魏晉南北朝時期，是我國目錄學發展的一個十分重要的階段。在這個時期不僅有了綜合性藏書目錄，還有了專業性藏書目錄。
如前所述，荀勖的《中經新簿》是反映西晉藏書的綜合性總書目，他的著錄方法是只登錄書名、卷數、作者，並加以簡要說明。在簡要說明中，他未像劉向父子那樣對圖書內容加以敘述和評論，但是記載了圖書的存亡情況，這種目錄對後代考查、辨偽是十分重要的。特別是對我們這樣一個歷史悠久、典籍豐富的文明古國是非常有用的。
在魏晉南北朝時期，也出現了私人編制的目錄。最著名的私人編目是南朝劉宋王儉的《七志》和梁朝阮孝緒的《七錄》。 《七志》改劉歆《七略》六分法為七分法，即將各類中的圖譜集中在一起構成第七類圖譜。它開創了我國私人編目活動。阮孝緒則是梁朝的“處士”，他在過去目錄的基礎上編制了《七錄》。 《七錄》分內外兩篇：內篇有經典、紀傳、子兵、文集、術技；外篇有仙道、佛法。共收書6188種，44521卷。這個目錄現已佚亡，只能從《廣弘明集·七錄序》及其他記載中了解一二。阮孝緒編制目錄時很窮，住在寺廟裡。他對“遺文隱記，頗好蒐集”，使天下遺書和以前未見之書能在他的《七錄》中看到。他的艱苦卓絕的奮鬥精神甚為感人。以致有一個叫劉杳的人得知阮孝緒在整理目錄，便主動把自己收集的材料送給了他。
這時編的專業書目，主要是佛經和道藏總目。魏晉南北朝時期，佛經譯著大量問世。在此情況下，東晉孝武帝寧康二年(公元374年)，高僧道安編制了中國第一部通錄古今的佛經分類總錄——《綜理眾經目錄》，簡稱《安錄》。道安之前的佛經目錄，只列經名，不著錄名類與年代。這個目錄則根據當時流傳的佛經分門別類，並標明年代與譯者，便於辨別和整理。 《高僧傳·釋道安傳》說“安乃總集名目，表其時人，詮(鑑別)品(評定)新舊，撰為經錄。眾經有據，實由其功。”不過這個《安錄》早已佚失，原來的題目不詳，《綜理眾經目錄》只不過是後人給定的名字。梁朝的僧祐見過道安的目錄，他的《出三藏記集》中的第二部分“經論本錄”就是在吸收道安目錄的基礎上增補、擴大而成的。因此，僧祐撰的《出三藏記集》成為現在保存下來的最古的佛經總目。這個時期還產生了我國第一部佛家人物傳記——梁朝慧皎撰的《高僧傳》，收錄了自東漢至梁450餘名著名僧人傳記。
魏晉南北朝時期，道教也有很大的發展，道教書籍很多，南朝宋文帝元嘉十四年(公元437年)道士陸修靜編制了道藏的第一個總目錄——《靈寶經目》，包括經書、藥方、咒、符、圖等目錄，總共2228卷。