東南沿海地區、西南高原地區和廣大的北方地區，甚至在偏遠的山麓，在孤立的海島，雖然遠離新石器文化發達的中部地區，但也有史前居民在那裡繁衍生息，遺留下許多各具特色的文化遺跡。這些居民中的不少部族，就是現代一些少數民族的祖先。
在福建閩江下游地區，有以閩侯曇石山遺址命名的曇石山文化，時代估計可早到距今4000—3500年。曇石山人雖然已有農耕和畜養，漁獵在經濟生活中仍佔有重要地位，以海生貝類為主要食物之一。與福建隔海相望的台灣島及澎湖、蘭嶼諸島，也都有新石器時代居民生活的遺跡。因台北縣大坌〔ben笨〕坑遺址得名的大坌坑文化，有簡單的石器和粗糙的陶器，漁撈經濟可能占主導地位，未見農耕和家畜存在的證據，年代可早到距今6400年前。稍後有圓山文化，因台北市圓山遺址而得名，有進步一些的石器和陶器，時代為距今4400—3000年前或更晚。
華南的兩廣地區，發現不少洞穴遺址和貝丘遺址。有些洞穴遺址發現的磨製石器遠少於打製石器，也不見陶器，文化堆積中有十分豐富的獸骨和螺蚌殼，年代可早到距今一萬年前，應是屬於新石器時代早期的遺存。在部分貝丘遺址中，打製石器亦多於磨製石器，但出現了粗糙的陶器，也有大量介殼發現，表明當時是以經營漁撈為主，還不能肯定有農耕活動。稍晚一些的遺址不僅有了農耕遺跡，製陶技術也有了顯著提高。
華南地區發現的最有代表性的史前農耕文化是石峽文化，因廣東曲江縣石峽遺址而得名，時代為距今5000—4000年前。石峽人種植水稻，有加工精細的石器和玉器；陶器採用輪制技術，器型變化多樣；流行二次遷葬習俗，注重用生產工具隨葬，有隨葬100多件陶器、石器和玉器的大型墓葬。
西南地區也發現了不少新石器遺址，但係統發掘做得不多，比較重要的有云南賓川縣白羊村遺址和西藏昌都的卡若遺址等。白羊村遺址位於滇西洱海地區，白羊村人生活的時代可早到距今4200年前，種植水稻，飼養家畜，使用磨光石器和器型簡單的手製陶器；居住長方形地面建築，墓葬有單人葬和合葬，基本不見隨葬品。
卡若遺址位於海拔3100米的昌都附近的瀾滄江邊，後來命名為卡若文化，時代為距今5300—4000年前。卡若人有同於黃河流域的農作物粟，也飼養有豬和牛等，大量使用打製石器，有一定數量的磨光石器和細石器；陶器較粗糙，器型也很單純；居住半地穴式和地面式房子，以石塊為建築材料。
在東北三省、內蒙古和新疆所在的北方地區，也進行了許多考古調查和發掘工作，發現了一些比較重要的文化遺存。東北地區年代較早的新石器文化是興隆窪文化，因內蒙古敖漢旗興隆窪遺址而得名，年代為距今8000—7500年前。興隆窪人有手製夾砂陶，使用的石器有打製的、磨光的和細石器，建有半地穴式居址。年代稍晚的有新樂文化，因瀋陽新樂遺址而得名，約為距今7300—6800年前。新樂人有一定的農耕活動，石器類型與陶器器型同興隆窪文化有相近之處。
在黑龍江密山縣，70年代發掘了新開流遺址，因此命名為新開流文化，年代為距今6000年前。新開流人以漁撈經濟為主，發現有大量漁具，還有不少藏魚的窖穴，未見農耕和家畜存在的證據；石器有磨光斧、鑿，也有細石器；陶器為手製，器類不多；有公共墓地，流行二次合葬，隨葬品主要為生產工具。
在遼寧長海的廣鹿島發掘的小珠山遺址，是一處很有特點的海島史前遺存，年代可早到距今6500年前，延續2000年上下。小珠山人有粟類作物栽培，飼養豬和狗，亦取海生貝類為生，居住半地穴式房屋，發掘時未見到墓葬。
在長城以北的赤峰，30年代發掘了紅山後遺址，後來命名為紅山文化，年代約為距今6000年上下，與仰韶文化年代大體相當。紅山人有農耕和家畜養殖；以石塊砌築祭台和神廟，用黏土塑造神像；墓葬有積石塚和石棺葬，大墓隨葬品比較豐富；以玉石製作裝飾品和藝術品，有了龍形玉雕。
在內蒙古和新疆地區的多次考古調查中，發現了不少含有細石器的文化遺址，作過一定規模發掘的遺址不多，要全面認識它們的文化面貌尚有一定困難。過去人們曾將細石器作為北方草原文化的一個重要特徵看待，認為華北地區是細石器起源的中心地帶。近些年在南方地區也發現了不少細石器地點，究竟是一地起源還是多中心起源，還有待深入研究。