這場大屠殺的出現不是偶然的，它是荷蘭殖民主義者對華僑實行歧視性政策的結果。
出自統治的需要，荷蘭殖民者千方百計地引誘甚至擄掠華僑到雅加達。但當華僑的人數激增，特別是華僑經濟力量的發展危及它的經濟壟斷地位時，就轉而採取歧視性政策，想方設法對華僑實行限制。 17世紀末他們開始實行限制巴達維亞華僑人口增長的政策，企圖通過減少華僑人口的辦法來達到削弱華僑商業經濟的目的。進入18世紀以後，荷蘭殖民政府限制中國移民入境的政策更是變本加厲。 1727年6月，“荷蘭東印度公司”作出一項規定，所有最近10至20年內來巴達維亞居留的華僑，如未申領當局所頒發的居留許可證者，一律遣配出境。之後，又進一步規定，任何華僑在限期滿後而未領居留證者，一概視為“非法偷漏入境或藏匿未報之人”，一旦發現，即拘捕入獄。到了1736年，甚至作了這樣的規定：凡1729年以後入境的華僑，只有被當局認為“有用”的，在繳納申請費、拿到居留許可證後，才准留下；而對那些被認為“對殖民者無用”的華僑則遣送回國。這種居留許可證制度，實際上成為荷蘭殖民者敲詐、迫害華僑的一種手段。依據上述種種規定，荷蘭殖民當局派出軍警，在巴達維亞四周捉拿華僑，甚至發展到只要穿黑色衣褲的人，即被捉拿。因為當時的華僑喜著黑色服裝。 1740年7月25日，荷蘭殖民當局通過一項決議，對華僑採取更加嚴苛的規定：凡被認為可疑的華僑，不論有無居留許可證，都要逮捕待審；凡是不能證明其有正當職業的華僑，一律遣送錫蘭(今斯里蘭卡)，由荷蘭殖民當局作最後處理。這項規定，使巴達維亞華僑處於惶恐不安之中。華僑感到“與其坐以待斃，不如作難而反，庶幾死中求生”，已到了官逼民反，民不得不反的地步了。在巴達維亞郊區，華僑的反荷活動開始出現。 9月上旬，在郊區的一家糖廠已聚集了華僑起義者，並且人數從最初的1000人迅速增至5000人，他們還推舉了起義領袖。荷蘭殖民當局開始對此事信疑參半，他們認為中國人是“世界上最膽小的民族”，不敢進攻他們。但他們忘了，這個時候華僑已到了忍無可忍的境地。 10月7日，華僑的武裝力量伏擊了前來進攻的荷軍。荷蘭殖民當局以此事為藉口，開始策劃一場對無辜華僑的大屠殺。
慘劇發生在10月9日。
荷蘭殖民當局的手段是相當毒辣的。他們先在10月8日向住在城內的華僑下令：夜間一律閉門靜坐，不得點燈，不准外出，並且要交出包括小刀在內的一切利器。穩住城內華僑後，就集中力量去擊退城外的華僑起義者。接著在10月9日夜，荷蘭東印度公司的職員傾巢出動，挨家挨戶搜查華僑住宅，藉口是查繳武器。華僑不知是計，仍然閉門靜坐家中。很快，所謂搜查就演變為屠殺、搶掠、焚燒。荷蘭人見到華僑，不論男女老少，一律殺害。荷蘭總督還下令殺死關在監獄中的500名華僑，將因病、傷住在醫院的華僑趕到街上，讓暴徒一個個打死。據說，華僑的鮮血把流經巴達維亞的一條叫紅溪(Angkee)的小河的河水也染紅了。當天，全城大火，有600餘間華僑房屋被燒成灰燼，這場大火足足燒了三天。刀光劍影，鮮血橫屍，荷蘭的檔案裡把10月9日夜稱作“是巴城也許是全世界人類所遭遇到的最恐怖的一夜”。這場歷史上稱為“紅溪慘案”的大屠殺，持續一個星期，城內被殺害的華僑有近萬人，倖免於難的只有百餘人。荷蘭的檔案裡這樣記載著：“慘案結束後，全城華人的房屋，沒有一間是完整的。只見斷瓦殘垣，一切都被劫掠和焚毀。全城看不見一個華人。所有的華人，或被屠殺，或被燒死，或自縊，或溺斃。”在慘案發生的日子裡，城外的華僑起義隊伍曾奮力攻城，拯救城內同胞，但終因火器不足，無法攻入。起義部隊邊打邊退，進入了爪哇的中部和東部地區。這一地區的華僑在“紅溪事件”發生後，十分震驚和憤怒，他們紛紛拿起武器向荷蘭殖民主義者進攻。他們的組織和裝備要比巴達維亞的華僑起義者好，而且得到了包括部分當地王公在內的印尼人的支持，因此實際是在進行著一場華僑和爪哇人民聯合抗荷的鬥爭。這場鬥爭進行了將近三年，最後在1743年以失敗而告終，但其意義是十分深遠的，它譜寫了亞洲近代史上光輝的一頁。