侯君集的到來讓李世民終於鬆了一口氣，他煞費苦心，盼的就是這個結果。
在接受任命之前，侯君集提出請皇帝讓太子體面地離開飛虎軍，李世民卻拒絕了，他告訴自己的這位愛將，在開始編練一支真正的飛虎軍的同時，那支舊飛虎軍還要存在下去，做一隻掩人耳目的幌子——一直打到戰爭開始！李世民說道：“頡利身經百戰，也算一代梟雄，要是不用太子登台灌頡利的迷魂湯，這場隱真示假的大戲，如何能騙得過他的眼睛？君集啊，為了把戲演足，這件事兒，你不要告訴他。”
侯君集一臉憂慮地道：“陛下，只是那麼一來，太子承受的就實在太多了啊！他還小，臣真的擔心他的肩膀挺不住呀。”李世民也有些難過，他拍拍侯君集的肩膀道：“誰讓他是太子呢？他就該比別人多為這個國家扛上一些重擔呀。”
李世民和侯君集在承慶殿密晤了一整天，到了日薄西山的黃昏，二人又一起縱馬來到便橋西邊的一片原野上，那裡是武德九年唐軍與頡利鐵騎大戰的地方，侯君集從前那支驍勇的飛虎軍就是在那裡戰至最後十一個人的。李世民讓他帶著自己去看看老飛虎軍的墳墓，侯君集指著一片荒原道：“老臣原想給他們單獨修一座墳塚，後來小女海棠對臣說，飛虎軍不是我們侯家的飛虎軍，它是大唐的飛虎軍。所以臣就把他們和那一萬戰死的將士一起都埋在了這裡！”
李世民有些感動地說道：“海棠說得對啊，他們是大唐的英雄！”
侯君集回過頭喊了一聲：“遲德立，擂鼓，吹號！”遲德立向身後一小隊士兵一揮手，一面戰鼓被擂得震天地響，一排長號朝天而鳴。侯君集蒼涼的聲音在荒原上隨風響起：“猴崽子們，你們聽見了嗎？皇上要北伐了，快起來啊，跟著本帥出征！”
殘陽如血，戰鼓和軍號一遍一遍呼喚著那支遠去了的傳奇軍隊，雖然一直到天黑，荒野上什麼也沒有出現，但是在所有人的心裡，那些沉默在泥土裡的騎兵們真的已經站了起來，正舉著自己的軍旗迎風向前。
飛虎新軍的編練從第二天就正式開始了。
第一步是選兵，因為使命特殊，所以這支軍隊的兵員遴選得非常嚴格，一部分讓各鎮將帥從有實戰經驗的老兵中抽調，一部分從民間招募。這些人都是以替皇帝挑選東都洛陽離宮宿衛的名義徵集來的，到了長安，再由侯君集親自從這些精選的人員中考選。練兵的地點是由房玄齡物色的，十分隱秘，是終南山中一處已經廢棄多年的隋朝禁衛軍軍營，周圍是皇家禁苑，尋常百姓不能接近，房玄齡秘密派人用最快的時間將這裡修整到能駐兵的程度。李世民親自赴現場查看，對房玄齡的努力十分滿意。
儘管如此，侯君集對保密這一項還是不甚放心，他多年將兵，深知要使一支奇兵真正做到藏於九地之下，是不可能的。而這一次，李世民對他提出的要求是要悄無聲息地鍛造一柄前所未有的利刃，直到將它伸到頡利的脖梗上，對方還沒有察覺。這可讓侯君集著實犯難了，思來想去，他想起自己平定丁節時的一段舊事來。侯君集領軍剛到襄陽時，很吃過丁節幾次苦頭，他分駐周圍各縣的幾支人馬不斷遭到襲擊，損失巨大，看上去對方對唐軍的情形瞭如指掌，後來才知道，丁節的法門就是不斷搶劫侯君集運往前線的軍餉，從軍餉的數量判斷每一地唐軍的虛實。正當侯君集甚感棘手時，有一個商人找到他，為他出了個好主意：把軍餉存在商人設在各地的店舖裡，只發憑證給官兵們，官兵們再拿著憑證去各地店鋪兌錢，從此，丁節再也不能準確掌握唐軍的虛實，成了聾子瞎子，戰場形勢才逆轉過來。
飛虎軍既然是一支兵，就不能不用軍餉，一用餉就得牽動戶部、兵部及地方官吏，任你在其他事上多麼小心，只要留著這道通風的窗戶，就什麼也藏不住了。侯君集把自己的這段經歷說給了李世民聽，歸納出了藏兵先要藏餉的道理。李世民聽得津津有味，他問侯君集道：“你是想再用一回老辦法嗎？”侯君集告訴李世民，這次他想做得更徹底：先找商人借錢，用商人的錢發餉買糧，等打完仗再由朝廷還錢還利給商人。如此一來，就連戶部、兵部的賬簿上都見不著蛛絲馬跡了。李世民連聲稱絕，猛地一拍侯君集的肩膀，說道：“戶部、兵部沒有賬戶，就意味著朝廷根本就沒有這支兵！整個朝廷都被瞞住了，更何況頡利？君集啊，沒想到你這個猛張飛也會使起繡花針了！”侯君集笑著說：“這也是讓人血給餵出來的呀。”
李世民又問：“那些商人就不會把事情說出去嗎？”侯君集搖搖頭說道：真正做生意的人信用就是飯碗，他們死也不會吐出主顧的一絲秘密的。飛虎軍幾千兵馬，一年的開銷可不是一筆小數目呀，李世民擔心沒有商人拿得出這麼多錢來。侯君集卻告訴他：“我認識的那位商人拿出這筆錢不難，不過這麼大一筆數目，恐怕得陛下您親自出面做保了。”
李世民假意瞪了侯君集一眼，然後笑道：“你這是在將朕的軍呀，好吧！為了你練出這一支精兵，朕就放下身子一回，你說個時間，朕親自去替你借錢。”侯君集一臉感動，連連鞠躬道：“臣謝主隆恩！”
第二天，侯君集引著李世民、房玄齡等秘密來到了他所說的那個富商家中，原來就是安康公主常去學琴的竇家。因為襄陽的那段淵源，侯君集和竇乂很熟悉，彼此倒不拘束，他向竇乂說明來意，告訴他自己是替皇上來借修洛陽離宮的錢的。他擠眉弄眼地對竇乂說道：“竇老先生，我們打交道也不是一年、兩年了，皇上借錢，你要的利可不能高了。”
竇乂怎麼也不敢相信當今天子會駕臨他的府第，他戰戰兢兢地道：“不知朝廷要藉多少錢？”陪侍在李世民身側的房玄齡說：“五十萬兩白銀，利由你來定。”
一直站在竇身後的一個少年說道：“既然是皇上借錢，這利我們就不要了。”說話的是竇乂的義子慕一寬，他拿出一張紙在上面寫下四個字來：“百萬兩銀”，然後拿起一枚印章落下，雙手奉到李世民面前道：“憑此字據，可在小人長安的幾家商舖裡隨時支用。”