先金後廈，還是先廈後金？葉飛頗費思量。重兵守廈門，蔣介石企圖最後一搏。蔣經國說：美國的白皮書，是宣布政府的死亡證明書，並暗示如何料理後事。張發奎勸李宗仁做張學良、楊虎城第二。李宗仁忍無可忍，以“國家元首”的身份嚴辭訓蔣。葉飛說：我一生打仗走過兩步險棋，攻打廈門算一回。湯恩伯本是甕中之鱉，但僥倖從海上逃脫。
福州解放後的第三天，即1949年8月25日，經中央軍委批准，福建軍區成立。第三野戰軍第十兵團領導機關兼福建軍區領導機關，葉飛兼任司令員，張鼎丞兼任政治委員，成鈞兼任副司令員，劉培善兼任政治部主任，陳鐵君兼任副參謀長。下轄8個軍分區，分別為：建陽軍分區（司令員聞盛森、政治委員陳桂芳）、南平軍分區（司令員郭廷萬、政治委員賈良民）、福建軍分區（司令員陳挺，政治委員王毅之）、閩侯軍分區（司令員黃永山、政治委員郝可明）、晉江軍分區（司令員葉克守、政治委員張慧如）、龍溪軍分區（司令員李成堯、政治委員盧叨）、永安軍分區（司令員林乃清、政治委員王敬群）、龍巖軍分區（司令員王勝、政治委員范元輝）。
與福建軍區建立的同時，福州市成立了軍管會，第十兵團政委韋國清擔任軍管會主任，負責接管福州工作。葉飛則率十兵團主力繼續南下，肅清閩南漳泉地區之敵，爾後再向廈門，金門兩島進擊。
福州失守後，蔣介石急忙重新調整了指揮系統，撤銷了福州綏署和第六兵團建制，由湯恩伯接任福建省主席兼東南軍政長官公署廈門分署主任，統一指揮劉汝明八兵團、胡璉十二兵團和李良榮的二十二兵團，並將兵力收縮防守廈門、金門、漳州和潮汕等幾個大據點。蔣介石如此部署兵力，目的是希望憑藉廈門海島的有利地形和要塞原有的永久性工事來抵抗共軍的進攻。
福州戰役結束後，第十兵團主力即位於福州、福清地區進行短期休整。
同時第十兵團司令葉飛令第二十八軍一個師渡過閩江，向甫推進。在閩中游擊隊的配合下，至9月中旬，先後解放了惠安、泉州、蒲田、安海、圍頭、蓮河、平漳、南目等廣大地區，為十兵團主力南下開闢了道路。
為了貫徹解放福建全省的既定決心，第十兵團部決定迅速率主力南下組織漳廈金戰役。
依據閩南地理位置和地形特點，第十兵團司令部決定漳廈金戰役分兩個階段進行：第一階段殲滅以漳州為中心的廈門、金門兩島外圍陸上殘敵；第二階段殲滅廈門、金門等島上殘兵。
具體部署為：第三十一軍及第二十九軍一部執行第一階段作戰任務。第三十一軍進至南安、安溪地區集結後，分往同安、長泰，直趨漳州，橫掃該地及廈門以西、以南陸上各點守敵，不使其逃入島上；第二十九軍一部由泉州以南地區出發，攻殲廈門以北澳頭、集美等地守敵，以配合第三十一軍肅清大陸殘敵。第二階段作戰任務區分為：第三十一軍及第二十九軍主力會攻廈門，第二十八軍、第二十九軍各以一部而以二十八軍為主攻擊金門，並爭取同時擊破兩島。另為掃除我軍南下作戰的海上障礙，並為金廈作戰準備船隻，決定以第二十八軍主力及第二十九軍一部於戰役發起前攻下平潭島。
部隊在休整期間，依據新的作戰任務和福州戰役的經驗進行了思想上、政治上的深入動員，使全體官兵進一步樹立“解放全福州、建設新福建”的決心和信心，迅速整頓了戰鬥組織，安置了傷病員。
9月10日前後，第十兵團主力陸續在葉飛司令員率領下從集結地出發。
為了鍛煉部隊適應海上作戰，南下時葉飛特命令第二十八軍兩個師沿海南下。
第一階段作戰十分順利。
第二十八軍主力經過約半個月的渡海準備後，9月14日攻占了大陳島；16日攻占了平潭島，俘敵第七十四、第七十三軍六七千人；17日又攻下了大小庫島、塘嶼等地，完成了預定作戰任務。
與此同時，第二十九軍也不甘落後，9月11日攻占湄州島，16日攻下南日島，隨後主力南下。 18日，二十九軍一部由泉州以南向澳頭、集美地區攻擊前進。 19日，進占馬巷，守敵西逃，二十九軍繼續跟追，各路追擊部隊與逃敵戰至25日，先後攻克海澄、港尾、嵩嶼、集美等要點，殲敵第六十八軍等大部，共約1. 7萬餘人。
當二十八軍、二十九軍順利進軍之際，第三十一軍按照部署9月18日由南安、安溪地區，分兩路向漳州攻擊前進。 19日，攻占同安、角尾、長泰、南靖等地。守敵懼殲，倉皇逃跑。 22日，三十一軍渡過九龍江攻占海澄、浮宮，25日漳州解放。至此，三十一軍先後攻克島美、嵩嶼、高埔一線廈門外圍陣地。
第一階段作戰，十兵團共殲敵2.3萬餘人，完全控制了廈門外圍大陸沿海的陣地，形成了對廈金兩島三麵包圍的態勢。
第三十一軍先頭部隊越過九龍江後，在南靖西北與堅持敵後鬥爭的閩粵贛邊區縱隊第八支隊勝利會師，率隊前來會師的是邊區縱隊參謀主任王漢傑。其時，邊縱司令劉永生已率領一、二、七團西去江西會昌，與南下的四野大軍會師。在此之前，邊縱在閩西的部隊已解放了武平、連城、清流、豐順、龍巖、安溪、永清、漳平等縣。會師後，邊縱積極配合第十兵團解放了平和、漳浦、雲霄、沼安等縣城。
閩粵贛邊區縱隊在敵後堅持武裝鬥爭長達30餘年，到漳廈戰役發起時，隊伍已發展為2000餘人。司令員為劉永生、政委魏金水、副司令員鐵堅、副政委朱曼平。與三野會師以後，邊縱分別受福建軍區和廣東軍區領導。
邊縱司令劉永生，福建上杭人，因長期堅持地下鬥爭，成了一個傳奇人物，在閩粵贛邊區，他的大名婦孺皆知，群眾給他編了不少故事，而且越傳越奇。早在1927年，劉永生就參加了閩西農民運動。 1928年他光榮加入中國共產黨。曾領導參與著名的金砂暴動。之後，他擔任永新縣革命委員會軍事部長兼縣赤衛大隊大隊長、獨立團團長、獨立八團團長、永東游擊司令員，打了3年游擊戰爭。抗日戰爭時期，留在閩西南繼續堅持鬥爭，擔任閩西南武裝經濟工作總隊總隊長、王濤支隊支隊長。解放戰爭時期，擔任粵東游擊支隊支隊長、閩粵贛邊總隊總隊長、閩粵贛邊縱隊司令員。會師以後，劉永生調任兵團兼福建軍區副司令員。
第十兵團在結束了第一階段作戰任務後，開始準備實施漳廈戰役中更艱鉅更關鍵的第二階段作戰：攻打廈門、金門二島。
廈門為福建南部的重要軍港和商埠，當時人口約17萬，靠大陸較近，海峽最窄處約1公里。該島長13公里，寬11公里，分南北兩半部。市區位於南半部的西南島，島上地勢西南高，東北低，大部分島岸場可登陸，東岸和北岸登陸較易，並利於向縱深發展。島上交通便利，舖有網狀公路。廈門島的西南是鼓浪嶼，那是座風景秀麗的孤嶼，島小崖陡，面積僅有1.09平方公里，距廈門島約700餘米，距大陸最近處約1100米。由於四周多是礁石陡壁，能登陸地段不多。廈門和鼓浪嶼均有一些永久性的要塞工事。在易於登陸的地段，蔣軍又新修了一些土木工事，設置了一些障礙物。
金門島位於廈門島以東10公里，北距大陸約9公里，分為大小金門兩島，在軍事上向來金廈並稱，相鄰並列，唇齒相依，所以十兵團原計劃金廈一起攻取。後因情況變化，才決定先打廈門。關於這些情況後有詳述。
據史書記載，宋嘉佑三年（公元1058年）就在名叫鷺嶼的海島上築塞設防。明洪武二十年（公元1387年），為了抵抗倭寇侵擾，江夏侯周德興奉命在鷺嶼建造城堡，命名廈門城，取大陸如華廈，鷺嶼即門戶，堅守門戶保大廈之意。同時，在鷺嶼東面的浯州嶼築城，命名金門城，取金湯永固、雄鎮海門的意思。從此就稱為廈門、金門兩島。明清兩代都有重兵駐守，戚繼光、俞大猷等名將都在這裡戰鬥過，明末清初，公元1646年，鄭成功起兵於浯州、南澳抗清，並於公元1661年，以廈門、金門和漳州部分沿海地帶為寨，發戰艦數百艘東征，收復台灣。鴉片戰爭時期，英國侵略軍始終把廈門島作為重點進攻目標，先後兩次進犯。抗日戰爭時期，日本侵略軍為大舉入侵東南內陸，早在1938年5月就佔領廈金兩島，直至被迫投降之時，才由當時的中國政府收回。
廈金兩島的重要性，國民黨是十分清楚的。當時國民黨的喉舌《中央日報》說得很清楚：“金廈的得失，對台灣國軍進守之勢，均有莫大的影響”，“本省（指台灣）應該盡一切的力量，來支援金廈戰事，以保全這一個重要的反攻基地。”
蔣介石的確是拼湊了當時所能收羅到的“一切力量”投向金廈。
廈門守敵為湯恩伯集團五十五軍全部、一六六師及六十八軍從漳州方向逃來的餘部，總兵力近3萬餘人。具體部署是：以裝備充足的七十四師3 個團守廈門北半島；以一八一師守東南面；以二十九師1 個團和要塞守各總隊，六十八軍殘部等守廈門市區；以二十九師兩個團守鼓浪嶼。在陣地編成上，分有前沿陣地、主抗陣地和縱深核心陣地，陣地內的工事大部分為鋼筋水泥結構。前沿陣地敷設雷區、鐵絲網、鹿砦、外壕，構成要塞環形防禦體系。
為了給廈門守軍壯膽打氣，國民黨軍政首腦接二連三地從台灣來廈門“巡視”，還由台灣派來勞軍慰問。湯恩伯、劉汝明、毛森等吹噓廈門防禦“固若金湯”，“守三五年沒有問題”。
對於廈門，蔣介石一向是看重的。自8月17日他一再下令死守的福州沒有幾天就被共軍不費吹灰之力拿下以後，蔣介石就在憂慮廈門的防守問題。
早在上海戰役期間，蔣介石就曾對湯恩伯說過：“台灣為民族復興的基地，舟山、馬祖、金（門）、廈（門）等地至為重要，必要時應增加其守備。”
之後，蔣介石一再督促湯恩伯加固廈門的工事，作好固守廈門的計劃。
1949年9月13日，蔣介石再次致電湯思伯等：“閩浙諸匪如要攻我海島根據地，其時期必在每月潮落之時，即陰曆初十與二十日之十日間，下月即為陰曆八月大潮汛，我軍務須特別加緊準備。海空軍尤應切實負責，朝夕不斷搜索匪船，凡可通海口各內河之上游100 海里之內大小船泊，必須徹底肅清，空軍更須低空偵察，勿使偽裝之船舶所欺惑，以貽誤大局。只要沿海與沿河離我前哨島嶼100海里內不使其船隻躲藏與集結，則其即無法襲取我海島；對於其艦船之偽裝，尤應特別防制，千萬勿忽。如果我舟山群島與閩廈沿海各島之基地，萬一被偷襲或攻陷，則該區內陸海空軍負責之各主官，必以失職誤國之罪懲治，決不寬貸也。”
1949年8月，廈門危在旦夕已令蔣介石坐臥不安，然而更令他焦慮的是，在這個危難之際，他的美國主子公開指責國民黨政府腐敗、無能，並且宣稱要從中國內戰中“脫身”出去。
1949年8月5日，美國國務院為了反對蔣介石一再掣時李宗仁，提前發表了一本在全世界引起反響的白皮書，此書全名為《美國與中國關係——著重於1944年至1949年時期》。在美國簡稱為《中國白皮書》，在中國一般稱為《美中關係白皮書》。在發表白皮書的同一天，艾奇遜發表了一項題為《美國對遠東政策的基本原則》的聲明，白皮書連同艾奇遜聲明的發表，目的就是為美國對華政策的失敗作全面的辯護，並為美國從中國內戰中“脫身”做輿論準備。用哥倫比亞大學教授裴裴的話說：“在中國這場內戰中，國務院沒有失敗，美國沒有失敗，失敗的是別的什麼人，我們無能為力，是我們之外的，非我們所能及的一種事物作出的裁決。”白皮書的結論是國民黨政權在大陸的失敗，“不是因為美援不足而造成的”，而是咎由自取。蔣經國對這份白皮書的評價是：“說得難聽一點，無異是宣布我政府的死亡證明書，同時暗示如何辦理後事。”
在白皮書中美國對中共伸出了橄欖枝，表示如果中共政權不倒向蘇聯一邊，美國將會尊重同中國人民的友誼，尊重中國領土主權的完整。同時美國也表明，如果中共威脅到美洲安全，美國將不能坐視。
已經摸清了美國脈搏的中共斷然對此不予理睬。毛澤東在北平連續執筆，寫了《丟掉幻想，準備鬥爭》等文章予以批駁。毛澤東指出：白皮書是一部反革命的書，它公開地表示美帝國主義對於中國的干涉。就這一點來說，表現了帝國主義已經脫出了常軌。偉大的勝利的中國革命，已經迫使美帝國主義集團內部的一個方面、一個派別，要用公開發表自己反對中國人民的若干真實材料，並作出反動的結論。去答复另一個方面、另一個派別的攻擊，否則他們就混不下去了。公開暴露代替了遮藏掩蓋，這就是帝國主義脫出常軌的表現。
白皮書的發表，對蔣介石不啻是雪上加霜，他深怨美國“自斷其臂”。他以美國的左膀右臂自居，甘願為美國的霸權效力，怎奈美國主子嫌他無用，把他一腳踢開。他哀嘆道：“甚嘆我國處境，一面受俄國之侵略，一面美國對我又如此輕率，若不求自強，何以為人？何以立國？而今實為中國最大之國恥，亦深信其為最後之國恥，既可由我受之，亦可由我湔雪也。”
白皮書的發表，也引起了國民黨內部強烈的不滿，他們紛紛要求蔣介石批判白皮書。蔣介石深知保台灣還要依靠美國，因而他只好採取打落門牙吞下肚的辦法，回答說：“不必了。”同一日晚上，蔣介石在日記上寫道：“耶穌被審判的時候，他是冤枉的，但是他一句話也不說。”
其實，蔣介石對美國的白皮書一直未曾忘懷。 8月10日，蔣介石在日記中，再次指責馬歇爾和艾奇遜的對華政策。他寫道：“馬歇爾、艾奇遜因欲掩飾其對華政策之錯誤與失敗，不惜毀滅中美兩國傳統友誼，以遂其心，而亦不知其國家之信義與外交上應守之規範；其領導世界之美國總統杜魯門竟准其發表失信於世之《中美關係白皮書》，為美國歷史上，留下莫大之污點。此不僅為美國悲，而更為世界前途悲矣。”
這之後，壞消息一個接一個傳來，蔣介石的心情也愈來愈沉重。首先是他關心的東南沿海局勢越來越糟，共軍已發起漳廈戰役外圍之戰，而且進展神速，9月底已抵廈門城下。其次西北戰場一敗再敗，8月26日，解放軍消滅了馬步芳和馬鴻奎的主力部隊，解放了蘭州。 9月19日，綏遠省主席董其武等39人宣布脫離國民黨，綏遠和平解放。不久，新疆省主席鮑爾漢、新疆警備總司令陶峙岳等，於9月26日通電脫離國民黨，新疆和平解放。 “至此整個大西北軍政局面，全部頓告瓦解。”而華中、華南戰場更令蔣介石不堪回首。 8月4日，湖南省主席程潛，華中“剿總”副總司令、一兵團司令陳明仁在長沙通電起義，長沙和平解放。共軍第四野戰軍長驅直入，直抵華南，廣州這個臨時國都岌岌可危，這使得桂系首領李宗仁代總統對他痛恨達到極點。
李宗仁怨恨蔣介石不無道理。自蔣介石在內外交困時把一堆爛攤子丟給李宗仁後，他一刻也沒有放棄過對李代總統施政的干擾。和談問題、江防問題等等都因蔣介石的插手而使李宗仁下不了台。李宗仁深感，只要蔣介石一日不放權，他一日就不能有所作為。南京失守後，為了表示抗議，李代總統決心撤手不管，以飛廣州的名義折回桂林，不理朝政。
當時的蔣介石見李宗仁真的動了氣，而自己親自赴穗主政又名不正言不順，於是策動國民黨元老居正、閻錫山、李文範3人隨白崇禧赴桂林促駕，並帶去一封親筆信，信中首先指責李說：“現在黨國處在危急存亡的最後關頭，你身為代理總統，對黨國、對人民負有不可旁貸的責任，豈能兒戲視之一走了事？”接著說：“我是國民黨的總裁，就我的處境和地位來說，義應黨存與存、你存我存。只有黨存在，你存在，我才能存在。也只有你有前途，我自己才有前途，此外別無任何出路，決沒有不全力支持你的道理。”最後表示只要李到廣州來負責，除了出國一事“殊有重加商榷之必要”外，從今以後“對於政治一切不復問聞”，一切軍、政、財權均可由李掌握，一定使李要錢有錢，要人有人，要軍隊有軍隊。
蔣介石的話說得十分誠懇，保證也作得十分鄭重，李宗仁不由得再次動心，決定5月7日飛抵廣州，去為“黨國”作最後5 分鐘的努力。
對於李宗仁的幼稚，劉斐曾當面譏諷說：“你像那個童話故事裡的那隻猴子。有隻猴子蹲在樹上，有個捉猴人想把它捉住，但沒有辦法捉到手。後來他想了個主意，從懷中取出一隻蘋果來，向猴子再三誘惑，示意要把蘋果給它，那猴子看見了蘋果，果然垂涎三尺，跳來跳去，終於經不起誘惑，下樹來取那隻蘋果，剛想把蘋果抓上，卻被捉猴人一把抓住，套上了鎖鏈。”
果然李宗仁赴穗主政後，蔣介石自食其言，仍以國民黨總裁名義在馬公島遙控軍政大權。更有甚者，7月14日蔣介石率領大批隨員抵達廣州，命令政府成立一個超憲法機構的“中央非常委員會”。蔣介石的願望很快實現。
16日，“非常委員會”成立，蔣介石親任主席，李宗仁為副主席。此時蔣介石已由幕後走向台前，再次集軍、政、財權於一身。之後，他就積極策劃犧牲華南確保東南的陰謀。
對於蔣介石的為人和險惡的用心，桂系和粵系的許多重要人物是看得很清楚的，他們紛紛要求李宗仁扣留蔣介石。其中呼籲最激烈的當屬張發奎。
張發奎作為粵係人物的名將和汪精衛的舊部下，對蔣介石一向深懷戒心。憑著他對蔣介石的了解，深感蔣介石決不會允許李宗仁獨立支撐兩廣局面與他分庭抗禮，而要想保衛兩廣必須去掉蔣介石從背後的掣時，最好的辦法是將蔣介石扣留於廣州。
程潛起義後，廣東已岌岌可危，張發奎再度向李宗仁建議：“把蔣介石扣起來，一如當年張學良、楊虎城之所為。你是代總統，居於合法地位，而蔣介石正處於兵敗如山倒之際，他的舊部未必還那麼盡忠於他。這是挽救廣東危局的最後辦法。”
可是李宗仁反對，他說：“這是徒招惡名，無樸實際的莽事。”
張發奎大失所望，一連說了幾句：“德公，你太膽小，太膽小了！”
李宗仁苦笑說：“你不在其位，可以幻想。你如在我的位置，你也不會幹的。”
接著李宗仁解釋說：“今日之下，我們所需要的，第一是兵，第二是錢。蔣先生把兵調走，把錢存在台灣，我們縱然把蔣扣起來，第一不能把兵調回，第二不能把錢取出，則扣蔣又有何用？固然，蔣先生一連串拖垮兩廣局面的毒計是罪無可道，把他扣起來宣其罪狀於天下，可以洩一時之憤，但我覺得處理國家大事，應以國計民生為出發點，不可徒為洩一時之憤。現在失敗的大局已定，不必於敗亡前夕作無補於大局之事，為天下人笑！”
張嘆息不止，無可奈何他說：“德公，你雖有寧人負我，我不負人之德，可人家未必領你的情。當斷不斷，反受其害！”
李宗仁無奈他說：“終歸是要失敗，最後維持一點失敗的光榮不是很好嗎？”
李宗仁雖有宋襄公之仁，卻感動不了蔣先生。正因他的一意孤行，弄到廣州指日可下的局面。蔣先生的“江山寧讓共產黨坐，也決不留給桂系”的計謀快要得逞了。
面對蔣先生的欺人太甚，李宗仁已忍無可忍。廣州失守前，李宗仁專門約見了蔣介石。他已決定要嚴厲地教訓蔣介石一頓，以稍紓胸中積憤。
談話地點安排在梅花村蔣的行館，時間是9月中旬。
二人坐定後，李宗仁的第一句話便令蔣介石異常刺耳。李一字一頓他說：“今天我是以國家元首的地位來對你談話。”
李宗仁的嚴肅使蔣介石感覺今天的談話非比尋常，李氏一掃昔日的卑恭、奉承，蔣介石不由緊閉雙唇。
李宗仁說：“因為國事已至不可收拾的地步，不得不暢所欲”接著李宗仁數說了蔣氏的罪狀：“你過去每把事弄糟了，總是把責任和過失推到別人身上。例如東北剿共的失敗，徐蚌會戰的全軍覆沒，你說是軍隊不聽你指揮；又如發行金圓券，引起全國經濟恐慌，人民破產，自殺成群，你不躬自反省，反責備人民不擁護你的經濟政策；再如你縱容特務，濫捕學生及愛國人士，引起輿論指責，你不自疚，反說是本黨同志不聽你的話所然……凡此種種，真不勝枚舉！”
李宗仁越說越激憤：“你主政20年，貪贓枉法之風甚於北洋政府時代。輿論曾譏評我們為'軍事北伐，政治南伐'。其實，此種評論尚是恕辭，因北洋官僚政客對輿論抨擊尚有所畏忌，而我國民政府則以革命旗幟為護符，凡譏評時政的，即誣為'反動分子'，以致人人鉗口，不敢因片言惹禍。你對此情形竟亦熟視無睹，明知故縱！”
“記得在南京時，魏德邁特使曾在國府餞行席上痛詆中國官員貪污無能。他以一外國官員公開侮辱我政府，實在不成體統，當時與會眾人中，竟有當場掉淚的，可你無動於衷，你究竟作何感想？”
說到蔣介石下野後的幕後掣時，李宗仁更加激憤：“你此番已是第三次引退，你當時曾對張治中、居正、閻錫山、吳忠信等人一再聲明，5 年之內決不過問政治。此話無非暗示我可放手去做，改弦更張，不受你的牽制。可事實上，你的所作所為都完全相反。不僅在溪口架設7座無線電台，擅自指揮軍隊，且密令逮捕浙江省主席陳儀，撤換福建省主席朱紹良，這些都是自毀諾言、目無政府的荒唐行為！”
李宗仁急急地數落了蔣介石一通後，本以為蔣介石會暴跳如雷、咆哮辯駁的，可蔣介石出人意料地自始至終未發一言，唯唯而聽。李宗仁見蔣介石面色緊張尷尬，不置一詞，他獲得了心理上從未有過的滿足，彷彿過去所受的一切窩囊氣與遭到的挫折都從蔣介石的深默中得到了補償，於是氣勢漸消，冷冷地起身告辭。
李宗仁劈頭蓋腦的一番指責讓蔣介石難受了好一陣，因為這畢竟是他生平第一次聽任別人訓斥。
進入10月，蔣介石的處境更加艱難。 10月1 日，他的老對手毛澤東在天安門城樓向全世界宣布：中華人民共和國成立了。儘管他的老朋友美國宣布仍然承認“中華民國政府”。但第二天，蘇聯宣布承認中華人民共和國。
對此蔣介石非常擔憂。當天蔣介石寫下如下日記：“俄帝之承認匪偽政權，實乃既定事實，且為必有之事；而其所以如此急速，蓋以我在聯大控俄案通過，彼乃不能不出此一著，以作報復之行動耳。今後俄帝必與共黨建立空軍與海軍，則我為勢更劣，處境更艱，此為最大之顧慮。”的確是“最大顧慮”，一旦中共擁有海軍和空軍，蔣介石的彈丸之地台灣如何能保？
10月7日，蔣介石乘船抵達形勢已十分危急的廈門，隨即馬上召見了團長以上的將校訓話，內容不外乎鼓氣和督促守軍精誠團結，盡忠盡力，不成功便成仁的老一套。訓話結束後，蔣介石特意接見了湯恩伯，令湯死守廈門，鞏固金門，“為公私爭氣”。事實上，蔣介石對能否守住金廈心中並沒有底。為防備解放軍隨時都可能發起的進攻，他連有重兵把守的廈門都未敢進，只留在座艦上召見、宴請軍官。
就在蔣介石、湯恩伯為如何守住廈門、金門精心策劃之時，人民解放軍第十兵團司令葉飛也正在為如何打下廈門絞盡腦汁。
儘管漳廈戰役的前期作戰，第十兵團進展十分順利，但是第十兵團對於攻取廈門這個要塞還是十分認真對待，進行充分準備的。這不僅因為廈門日本人構築的工事十分隱蔽，與海礁、岩石顏色差不多，不易發現，而廈門島離台灣又很近，敵人有海空軍支援，而且也因為我十兵團完全沒有渡海登陸作戰的經驗，又沒有海空軍的掩護。
第十兵團攻打廈門的作戰準備主要是徵集船隻。大軍渡海登陸，需要船隻數量很大，籌集不易。第二十八軍原本收羅了一些船，不料在平潭島吹散了大部分，不得已只好繼續在泉州灣蒐集補充。第二十九軍也在泉州灣徵集船隻，收穫不大。第三十一軍則在九龍江證船，得到的全是江船，江船平底，出海困難。由於船隻不夠，第十兵團司令葉飛不得不把攻擊廈門、金門的時間推遲了三次。
要攻打廈門、金門，對於毫無渡海作戰經驗的十兵團廣大干部戰士來說，還必須學習氣象知識。八九月份正是颱風侵襲福建、浙江沿海的季節。由於不懂氣象，在解放平潭時，第十兵團已領教了颱風的厲害。當時部隊登陸剛兩個團，突然颱風降臨，刮了一整天，船隻都被颱風吹散。敵人的船隻也被刮得稀爛，雙方都未能增援。攻打廈門可不能再冒平潭之險了。眾所周知，公元1281年，忽必烈出動10萬大軍攻打日本，因為遇上颱風，這支所向無敵的驃悍大軍全軍覆沒了。 1944年12月，美國海軍第三艦隊佔領菲律賓的明多羅，也由於強颱風襲擊，險遭全軍覆沒，損失僅次於珍珠港事件。由於有了平潭教訓。葉飛命令十兵團幹部戰士虛心向老漁民學習，記住漁民所教的已傳了一輩又一輩的諺語：“斷虹現，天要變”：“馬尾雲，吹爛船”；“靜海起浪頭，漁船快回頭”：“東吼叫，西吼叫，颱風來到鼻樑梢”：“海水發燙，船莫出港”：“海水發臭，颱風隨到”……
十兵團原定攻打廈、金兩島的作戰有三個預案，即：“金廈並舉”或“先金後廈”或“先廈後金”。這是9月26日在泉州召開的作戰會議所確定的。
十兵團為了解放福建全省，爭取迅速肅清廈金兩島的殘敵，初擬第二十九軍和第三十一軍攻占廈門，同時第二十八軍攻占金門。 “金廈並舉”完全是從軍事角度考慮。因為從來在軍事上金廈並稱，金門廈門唇齒相依，相鄰並列，扼台灣與大陸海上交通要衝，緊緊拱衛閩南大陸。這個方案的優點在於：可以造成國民黨指揮及兵力火力的分散，使其顧此失彼，可求全殲。後來這個方案沒有實行的主要原因是鉛只不夠，渡海登島作戰最關鍵的是船運問題。第十兵團不僅沒有可用軍艦，連渡長江時的木船也很難徵集到。由於很難籌集到足夠的船隻，又考慮到再也不能延誤戰機了，所以只得放棄“金廈並舉”的作戰方案，改成“先金後廈”或“先廈後金”。當時兵團研究判斷：如果先攻打金門，後攻打廈門，優點在於可以形成對廈門的完全包圍，暴露廈門的側背防禦弱點，便於乘隙攻擊，但缺點是廈門之敵勢必成驚弓之鳥，未等我軍轉手攻廈，廈門蔣軍就可能從海上逃跑，不能全殲。當然，如果“先廈後金”，金門之敵亦同樣因懼殲而倉皇逃跑，攻下廈門後倉促決定進攻金門，就有這方面的考慮，但是先打廈門，敵情清楚，距離近，便於準備，攻擊比較易於奏效。而且廈門的政治、經濟、軍事地位顯然要比金門重要。
葉飛權衡再三，從情報中得知：廈門守軍雖然在拼命作頑強固守的準備，但也顯露出恐慌動搖之態。湯恩伯總部後方和廈門補給司令部移到小金門，巡防處也從廈門移到金門總部；軍級以上指揮機關移至軍艦上辦公；技術兵團等撤往台灣。種種跡象表明，湯恩伯並沒有堅守廈門的決心。葉飛認為，應該趁敵軍士氣瓦解之際，拿下廈門。
10月7日，葉飛把“先廈後金”方案電報第三野戰軍司令部。 10月11日，第十兵團接到第三野司首長指示：“同意你們來電部署。依戰役及戰術要求，最好是按來電同時攻殲金廈兩地之敵。如以5個師攻廈門（有把握），同時以兩個師攻金門是否完全有把握？如考慮條件比較成熟則可同時發起攻擊，否則是否以一部兵力（主要加強炮火封鎖敵船阻援和截逃），箝制金門之敵，遂之攻殲廈門之敵。此案比較妥當，但有使金門之敵逃跑之最大壞處。究竟如何請你們依實情自行決定之，總之以充分準備有把握的發起戰鬥為宜。”兵團遵此指示，又鑑於船隻不夠，其時海上風向也不利於同時攻擊金廈兩島，故決定首先以第三十一軍及第二十九軍主力共5個師攻殲廈門守敵，爾後再轉移船隻和兵力攻取金門。
廈門之戰是解放戰爭一次成功的渡海登陸作戰，是在不宜於航海的颱風季節裡，進攻有重點防守並有永久性工事的要塞島嶼。
進攻廈門之前，我攻廈部隊依據作戰計劃，進行了緊張的渡海登陸戰的準備工作。在人民解放軍的作戰史上，這是第一次渡海登島作戰。對此，從兵團到連隊都不敢輕率從事，除陸續收集足夠的航海船隻，增加對氣象知識的了解外，對渡海航行的情況及島上敵情、地形、都進行了調查研究，選擇確定最合適的起渡時間、航行線路和登陸地段，部隊普遍進行了渡海作戰的動員教育。第一梯隊還進行了必要的海上訓練。
10月10日，第二十八軍一部在第二十九軍一個團的配合下，冒著急風暴雨向大嶝島發起攻擊。我攻擊部隊乘海水落潮，奮力涉過三四里遠潮水過膝的海灘，突上大嶝島，與島上守敵展開了激戰。經過反复衝殺，直至10日24時，全殲守敵二十五軍四十五師一三四團全部、一三五團大部及第十八軍十一師三十一團，勝利解放大嶝島。戰鬥中，我二十八軍八十五師二五一團五連作戰英勇頑強，首先突破崎口下登陸點，又連續奮戰擊潰數倍於我之敵的20餘次反擊，在連隊傷亡大，全連僅剩30多人的情況下，以大無畏的英雄氣概，浴血奮戰，勇猛插入敵側後，斷敵退路，為配合兄弟部隊全殲該島守敵，保證戰鬥勝利，做出了貢獻。二十八軍黨委在戰後召開的第三屆英模大會上，特授予該團五連為“大嶝島戰鬥模範連”。 11月晚，該團由大嶝島乘勝攻擊小嶝島，全殲守敵第二十五軍四十五師一三五團三營。 15日，我軍另一團攻占離金門最近的小島——角嶼，殲敵3個連。至此，金廈外圍之敵全部肅清。
15日黃昏，我軍發起攻取廈門的戰鬥。
如何攻取廈門？
葉飛斷定敵人反擊部隊集中在廈門島腰部。因此決定：首先渡海登陸強攻鼓浪嶼，造成敵人錯覺，調動敵人縱深機動部隊南援，這是佯攻方向；主攻方向則放在廈門島北部高崎。
首先渡海登陸佯攻鼓浪嶼，這是調動敵人很重要的一著棋。 35年後，葉飛談起廈門之戰時說：“這是我又一次採取魯南突圍時使用一個師首先東進以調動敵人，然後主力突然向西突圍的戰法。當然，這是險著，我一生就用過這兩次。”
攻擊廈門的具體部署是：三十一軍的九十一師及九十三師一個加強團，擔任佯攻鼓浪嶼任務；二十九軍八十五師、八十六師和三十一軍九十二師，在集美強大砲兵群的火力支援下，從西、北、東北登船，採取多箭頭，在廈門北部高崎兩側30裡的正面登陸突破，奪取高崎灘頭陣地，然後向廈門繼續攻擊。同時，把二十八軍配置在大小嶝島、蓮河、圍頭沿海陣地，監視金門國民黨軍，並以炮火壓制金門進行牽制。
10月15日，進攻廈門的戰鬥從鼓浪嶼拉開序幕。
下午4時30分，天氣由晴轉陰，東北風漸起，砲兵依原令提早30分鐘開始進行破壞射擊，但命中率不高。
18時，三十一軍兩個主攻團，即九十一師二七一團（濟南第二團）和九十三師二七七團4個一梯隊營，揚帆鼓槳，從海滄灣、沙壇灣，魚貫而出，逆風行舟，分別駛向鼓浪嶼。由於東北風越刮越猛，第三十一軍突擊船隊遇風受阻，航行不利。當船隊行至距岸200米左右時，鼓浪嶼國民黨守軍開始以猛烈的火力攔阻。 21時30分後，突擊船隊開始單船零星抵灘登陸。由於風浪大，部分船隻被風漂回，大部分船隻沒能在預定的突破口抵灘，整個登陸部隊在灘頭遭到重大損傷。 23時後，九十一師組織3個二梯隊營起渡，也因風浪太大，大部分被吹回，只有兩個排登陸上岸。儘管情況嚴重，突擊部隊幹部戰士仍奮力拼搏。在濟南戰役中榮獲“青年戰鬥模範班”稱號的二七一團一連八班，抵灘時遭敵火力嚴重殺傷，班長叢華滋高喊口號，帶領全班勇猛突擊上陸。副團長田軍帶領二連一個排單獨於鼓浪嶼西南面岩石下登陸後，連續炸開鹿砦、鐵絲網，突入灘頭地堡。九十一師砲兵二連政治指導員趙世堂在抵灘時，船隻被擊沉，他率領10餘名戰士強行涉水登陸，突入前沿陣地，直插日光岩西側制高點，最後只剩下他一人，仍然堅持戰鬥。
三十一軍的英勇頑強，造成了湯恩伯判斷錯誤，他誤以為鼓浪嶼是共軍主攻方向，立即將預備隊一個師投入鼓浪嶼，並將其控制於廈門腰部的機動部隊南調，這就造成了我軍從廈門北部登陸的有利時機。鼓浪嶼由於敵方的增援，戰鬥更加激烈了。登陸的戰士英勇頑強，面對強敵，毫不畏懼，直至全部壯烈捐軀，終於牽制了敵人，威懾了敵膽。戰士們灑滿鮮血的陣地，戰後命名為“英雄烈士山”。
就在第三十一軍一部強攻鼓浪嶼之後，擔任主攻廈門的第二十九軍兩個師，第三十一軍一個師的先頭部隊，於當晚12時，分別由北、西、東北登船起航。東北風對攻廈部隊十分有利，船隊順著強勁的東風，在茫茫夜色中箭似地駛向各自的預定登陸突破點，對高崎發起全線攻擊。
對高崎灘頭進攻，葉飛分三段進行。
在西段，三十一軍九十二師兩個營率先抵達預定登陸點石湖山、寨上。由於這是一片寬約1000米的淤泥灘，又正逢落潮，淤泥陷沒膝蓋。國民黨守軍發覺後，用密集的火力封鎖。二七四團三營八連三排八班長崔金安在副連長、排長和七、九班長負傷的緊要關頭，挺身而出，指揮全排剩下的12名戰士，攻下山腰地堡，堅守陣地。苦戰4小時，打退敵軍5次反撲，在兄弟連隊策應下，奪取了山頭。戰後被授予“廈門登陸先鋒排”光榮稱號。至19日晨，九十二師有4個營勝利突破了石湖山、寨上一線，佔領了前沿陣地。
在中段，二十九軍八十五師從高崎和神山兩處同時撕開口子。高崎是扼守廈門島北部的重要卡口，國民黨軍在這裡重兵把守，自吹是“海上堡壘”。但是，當二十九軍主攻部隊的船隊趁夜秘密地在高崎東側的白蓮尾、湖蓮一線抵灘，先頭班越過塹壕時，國民黨守軍才從酣睡中清醒過來。經激戰，16日晨6時，“海上堡壘”土崩瓦解了。同時，另一主攻團也在高崎西側的神山前沿抵灘，隨即攻克神山。
在東段，八十六師在鐘宅、下馬一線上陸。這裡多陡壁，經人工削修，高達三四丈。我兩個營在夜色掩護下，順利登上陡壁時，國民黨守軍還以為是自己人。國民黨軍發現上當後，隨即以坦克、裝甲車為前導進行反撲，苦戰數小時，二五八團二營只剩50餘人，仍堅守海灘陣地。
16日拂曉，十兵團突擊部隊在20多里的進攻正面上，全線突破了國民黨軍在廈門北半島前沿一線的防禦，並迅速地向周圍擴張，沿岸建立了穩固的登陸場。上午11時，湯恩伯慌忙把已南調的機動部隊北調向高崎反擊，被我軍一舉擊潰。我軍即由高崎向廈門本島追擊，向縱深發展。戰後，被俘的國民黨軍七十四師中將師長李益智說：“沒有想到你們從石湖山攻下來，從來沒有想到你們這樣打廈門。”的確，解放軍選擇鐘宅至石湖山多泥灘多陡岸地段作為主攻方向，太出乎他們意料了。
16日下午，我登陸部隊基本上控制了廈門島北部，並且把進攻線推到了島腰仙洞山、松柏山、園山和薛嶺山一線。
這一線山頭是廈門南北半島的天然屏障。搶占這一線山頭，就控制了整個北半島，並可以此作依托，向南推進。
位於中段的松柏山，是卡住廈門南北交通的咽喉。午後至黃昏，湯恩伯調集一個師的兵力，向我反撲，很快被我軍擊潰。特務頭子、廈門警備司令毛森見勢不妙，即用卡車運來他的特務營，剛到山口，就被截住，未等他們跳下卡車，即將其全殲。
19日黃昏，被擊潰的國民黨軍慌亂南撤，大部縮集於東南海岸曾厝安、黃厝一線，紛紛向艦艇呼救。兵團接到報告後，當即令各部勇猛追擊，排除當面小股敵人的阻撓，堅決向退集海岸待運之敵猛插猛撲，務求全殲。這時，新任福建省“主席”，坐鎮廈門指揮的湯恩伯，本已成為甕中之鱉，但可惜的是卻讓他僥倖從海上逃跑了。當時，湯恩伯見大勢已去，帶了一部分人馬，一邊向海邊跑，一邊用報話機直接呼叫停泊在海中的軍艦放下小艇接應。其時，天已黑，潮已退，小艇抵不了岸，急欲靠岸搭救也無可奈何。湯恩伯在海灘上急得團團轉，一個勁地向軍艦呼救。我十兵團司令葉飛接到司令部報告說，他們從監聽報話機裡清清楚楚聽見湯恩伯的呼救聲。葉飛急命先頭部隊儘速追擊，務必活捉湯恩伯。可是前線部隊只顧追擊當面敵人，卻忽略了同後方聯繫，連報話機都未打開，任憑兵團司令部怎樣呼叫，也無回音。湯恩伯在海灘上足足滯留一個多小時，恰逢海潮又復上漲，敵小艇急速靠岸，湯恩伯跳上小艇急急逃掉。事後，追擊部隊得知因忽視聯絡而致使湯恩伯僥倖逃脫並已到金門，一時引為憾事。
湯恩伯逃跑的同時，並非蔣介石嫡系的八兵團五十五軍也作鳥獸散。其頭目劉汝明急令所部下海逃台，但我緊追不捨，敵八兵團廈門守軍大部被俘，只有4000餘人上船逃跑。
10月17日，廈門和鼓浪嶼全部解放。至此，我十兵團矛頭所向，直指金門。
漳廈戰役自9月16日解放平潭島開始，至廈門解放，計一個月整，共殲敵1個兵團部、1個要塞司令部、2個軍部、7個師及其它部隊，共5.1萬餘人。