1996年9月，耗盡巨人集團精血的巨人大廈完成地下工程，開始浮出地面。也就在這時，巨人集團的財務危機全面爆發了。
在當時，很多知情的人已經看到了巨人集團的危機。可是誰也沒有想到，危機會爆發得那麼突然和猛烈。
從10月開始，位於珠海市香洲工業區第九廠房的巨人集團總部越來越熱鬧起來，一些買了巨人大廈樓花的債權人開始依照當初的合同來向巨人集團要房子，可是他們看到的卻是一片剛剛露出地表的工程，而且越來越多的跡象表明，巨人集團可能已經失去了繼續建設大廈的能力。這一嚇人消息一傳十、十傳百，像颱風一樣地捲刮到並不太大的珠海市的每一個角落。那些用辛辛苦苦賺來的血汗錢買了大廈樓花、原本夢想著賺上一票的中小債主再也按捺不住了，一撥接一撥的人群擁進了巨人集團。
1997年1月，在一些人的記憶中似乎是一個災難性的早春。上旬，如日中天的標王秦池的兌酒事件被曝光，引來傳媒一片嘩然；而到了中旬，南方便又爆出了巨人風波。 1月12日，數十位債權人和一群聞訊趕來的媒體記者來到巨人集團總部，恰逢深居簡出的史玉柱剛剛驅車從外面進來。於是發生了一場面對面的“短兵相接”。其間，一位律師對債權人和記者口氣凌厲地嚷嚷道：“如果你們不想解決而是來鬧事，你們就鬧去。作為企業行為，任何事情向社會曝光都沒問題。如果你們要曝光，可以先曝光，然後再談，我們不怕曝光。”
由於缺乏危機處理能力，巨人集團僅僅委派了律師與債權人和記者周旋，巨人與媒體的關係迅速惡化。於是，種種原本在地下流傳的江湖流言迅速地在媒體上被一一放大曝光：
巨人集團的資產已經被法院查封，總裁史玉柱稱已沒有資產可被查封了；
巨人集團總部員工已3個月未發工資，員工到有關部門靜坐併申請遊行；
巨人集團一位副總裁及7位分公司經理攜巨款潛逃；
史玉柱沉痛承認在保健品開發上交了上億元的學費……
那份樓花廣告中的保險公司100％擔保承諾，也被披露是一個騙局。保險公司與巨人集團簽署的保險協議其實在樓花廣告推出之前已經宣告失效，大聲宣告要“請人民作證”的巨人集團無法為自己作證。
這些聳人聽聞的新聞真假參半、泥石俱下，一時間讓史玉柱百口莫辯。就在這時，又發生了巨人被迫在杭州向娃哈哈道歉的事件。於是，巨人在公眾和媒體心目中的形象轟然倒塌，從此萬劫不復。
令人玩味的是，在巨人風波的爆發中，國內有些傳媒表現出了一種異常的投入和不冷靜，扮演了一個很曖昧的唯恐天下不亂的角色。用巨人集團一位高級職員的話說，就是“以落井下石的火力一夜間徹底摧毀了被它們吹捧了幾年的企業”。史玉柱在危機中曾幾度企圖恢復生產銷售秩序，可是幾度被傳媒的跟踪報導打亂。每出現一次報導，就會造成一批骨幹的離去，增加一批討債者的上門，以致惡性循環，難以挽救。史玉柱日後曾十分不解地感慨道：“巨人一直是一個'新聞企業'，我本人也是個'新聞人物'，想不當都不行。以前新聞總說巨人好，這也好那也好，現在說巨人這也不好那也不行。我原計劃1997年好好做市場，但各地報紙一轉載巨人風波，說巨人差不多倒閉了，產品沒人敢買了，這下子問題大了。”巨人風波平息後，國內傳媒自身也曾對此有過檢討，當數年後“愛多事件”爆發時，便有人籲請大家冷靜，以免重蹈巨人報導的覆轍。當然這些都是後話了。
在那些血雨腥風的日子裡，史玉柱一直躲在巨人集團總部四層的總裁辦公室裡。史玉柱將辦公室、書房、臥室、會議室、秘書室集於一體，構成了一個封閉的300平方米的“史氏空間”。當危機全面爆發的時候，史玉柱就躲在這個“孤島”上，拉下所有帷幕，拒絕與任何外界接觸，整日在不見一絲陽光的大房子裡孤寂地枯坐。
一向不善交際的史玉柱似乎沒有什麼知心朋友，即便是在輝煌的鼎盛期，他也不太善於與外界交往。每當要作一項重大決策，他都喜歡把自己關起來，在屋裡來回踱步、苦思冥想。久而久之，大辦公區的地毯已凹凸不平，顯得坑坑洼窪。
史玉柱把自己在“孤島”上關了數十日。就在這些日子裡，新聞媒體對巨人事件進行了高密集的轟炸，巨人形像被破壞殆盡。可是，史玉柱卻始終沒有跟媒體、社會進行過哪怕一次認真、知心的對話。他異常平靜地對僅有的幾位對他和巨人還抱一絲希望的部下說，我們不必主動去找任何一位記者，我們的名聲已經這樣糟了，壞到了不能再壞的地步，還能怎樣？就這樣，史玉柱輕易地放棄了最後一次獲取同情和救援的機會。
其實，當時巨人集團所面臨的危機並沒有到絕殺的地步。
儘管巨人的保健品推廣大戰宣告失敗，可是在市場上並沒有完全喪失品牌信譽。而巨人大廈已經完成了地下工程，只需要1000萬元資金就可再啟動起來。按當時的房地產建築進度，5天可以蓋起一層，一層一層往上蓋，兵臨城下的債權人自可安心不少，諸多突發矛盾也可以化解。
史玉柱清醒地知道，缺少的僅僅是1000萬元而已。可是，他就是沒有能力籌措到這筆錢。 1000萬元對不久前的巨人集團算不了什麼，就在半年前史玉柱到山東開會，青島1個市場1個月交給總部的款項就達到了1000萬元。史玉柱仰天悲鳴：“什麼叫'一分錢難倒英雄漢'？這就是。巨人集團發展到現在，資產規模滾到5個億，區區1000萬元的小數目根本不算什麼，可眼下這一關就是過不去。”
正如人們日後所注意到的，由於缺乏必要的財務危機意識和預警機制，巨人集團債務結構始終處在一種不合理的狀態。史玉柱一向以零負債為榮，以不求銀行自傲。在巨人營銷最輝煌的時期，每月市場回款可達3000萬元到5000萬元，最高曾突破7000萬元，以如此高額的營業額和流動額，他完全可以陸續申請流動資金貸款並逐漸轉化為在建項目的分段抵押貸款，用這筆錢來蓋巨人大廈。可是史玉柱卻始終拒絕走這步棋，而是一味指望用保健品的利潤積累來蓋大廈，這無疑是造成巨人突發財務危機的致命處。
以冷眼待人，人自以冷眼待之。在危機爆發的那段時間，巨人集團平時很少與之打交道的銀行此刻自然袖手旁觀；一直鼓勵巨人“大膽試驗，失敗也不要緊”的地方政府也始終束手無策，拿不出任何有建設意義的方案；一些江浙地區的民營企業主聞風趕到珠海，終因一些細節問題沒有與巨人達成意向。
當時的巨人集團除了巨人大廈外沒有別的固定資產，公司在全國各地的市場營銷還在運轉，估計各銷售商欠巨人集團的錢有3億元左右，史玉柱自己估算屬於良性債權的至少有1.2億元。可是由於不久後集團的整體崩盤，就是這1.2億元絕大多數最後也沒能收回來，在某種意義上，正是史玉柱那種缺乏溝通的個性在關鍵時刻最終葬送了巨人集團。在巨人晚期曾出任常務副總裁的王建曾評價史玉柱說，他最大的缺點是清高，最大的弱項是與人交往，最大的局限是零負債理論。
在財務危機被曝光3個月後，史玉柱終於向媒體提出了一個“巨人重組計劃”，內容包括兩個部分：一是以8000萬元的價格出讓巨人大廈80％的股權；二是合作組建腦黃金、巨不肥等產品的營銷公司，重新啟動市場。可是談了10多家，終於一無所成。在這一過程中，龐大的“巨人軍團”分崩瓦解，而史玉柱也從公眾的視野中消逝了。