（1992年）隨著集團管理架構的調整，公司經營與管理職能的分離，總部設有專門機構研究公司的經營管理，集團老總平時考慮的問題也主要是公司的發展戰略。同時，各業務口的經營者也變得越來越成熟，能正確把握各自業務的方向，有更多的時間進行思考、分析與交流。
2000年，万科總部是一個投資管理公司，分管零售、地產等業務。在万科專注做地產之後，在總部的基礎上建立地產的工程管理部門、研發部門、營銷部門，直接控制分佈在10個城市的子公司。直到2004年，万科已經進入到20餘個城市，一直是總部高度集權的扁平化管理。
以總部論證委員會為例，決定是否投標一個項目，論證成功率為20%。也就是說，2004年万科拿了60個項目，經過論證的項目最少有300個。那這個論證委員會除了節假日不就是天天在論證項目嗎？不就是走過場了嗎？怎麼可能認真呢？管理體制出問題了，必須建立地區總部。
万科採用矩陣式組織結構來對子公司進行管理，子公司職能部門受子公司總經理領導，同時受總公司職能部門直線管理。儘管万科一直堅持採用“總部相對集權”的管理模式，但也並不是所有的權力都集中在總部，總公司與子公司、總公司職能部門與子公司職能部門之間也並不完全是指揮與被指揮、領導與被領導的關係，而是根據發展的需要和職能的種類，有些部門是總部集權的程度極高，比如財務管理部門、資金管理部門、規劃設計部門等；而其他職能部門，包括營銷企劃部門、工程管理中心等部門，總部更多的是通過制定政策和管理制度、規範業務流程和監督項目執行，從而指導、服務子公司。這樣既保證了總部對子公司的掌控和管理，又保證了一線子公司有相當的自主權，從而在具體業務中發揮自己的活力。
矩陣式組織結構不見得適合所有的大公司，但是在企業跨地域發展過程中，相關的流程建立是極為必要的。