在依靠低成本製造取得一定市場地位後華為意識到，產品成本不僅僅體現在製造成本層面。 IBM顧問團隊在1999年的調研報告中指出，華為的供應鏈管理水平與領先跨國公司相比存在很大差距：一是華為的訂單及時交貨率只有50％，而行業領先的跨國公司的平均水平為94%；二是華為的庫存周轉率一年只有3.6次，而跨國公司平均每年為9.4次；三是華為的訂單履行週期長達20～25天，而跨國公司的平均水平約為10天。 IBM顧問指出，華為的供應鏈管理僅僅發揮了20％的效率，存在很大提升空間。
其實，供應鏈管理效率的低下是中國製造企業普遍存在的通病。儘管華為十分關注降低製造成本，但注意力卻只集中在製造環節本身，而很少關注製造環節以外的成本與效率的問題，導致綜合運營成本經常處於失控狀態。
著名經濟學家、長江商學院院長項兵曾指出：“我們強調'鏈條對鏈條的競爭理論'的重要性，不僅僅是提示中國企業關注如何提升產業鏈控制力，更為重要的是提高'端對端的整合力'，即從原料採購到客戶管理等各產業價值鏈環節中，中國企業該如何依靠自身的獨特競爭優勢來整合原材料、製造、渠道、品牌等資源。”
“供應鏈管理與流程再造”工作當時在華為的實施很快引起了很大爭議，也一度導致華為的市場反應速度明顯放慢。任正非要求，“要先僵化、後優化、再固化，推進集成產品開發的實施”。最終，任正非強大的推動力和個人魅力讓這個艱鉅的流程變革項目不斷推進實施，他始終相信，用最教條主義的方法來推進這次變革也許不是最完善的，但的確在華為是最有效的。任正非堅信，只有先將IBM的東西系統性地吸收進來，才能真正搞明白哪些適合華為，也才能夠看清楚華為存在哪些需要改進的問題，再從整個企業環境角度將變革持續不斷地推動下去。
當華為的業務流程變革在任正非的堅定推動下最終得到實施後，公司發生了許多明顯的變化。如果說這種變化最初表現為華為內部的動盪，那麼在2000年之後華為積極拓展全球業務時期，它對提昇華為在產業價值鏈的上游（供應商）和下游（客戶）的管理能力方面所表現出的全球對接性，則相對隱性了許多。或許，這種流程變革就像是一種行業的“世界語言”，當你掌握它的時候並不覺得有多麼重要；而如果你不掌握它，則只能用一種原始的方式溝通。許多中國製造企業大多為跨國公司從事代工生產，在任正非看來就是一種最簡單的產業分工方式。
沿著客戶價值創造鏈梳理，打通端到端的流程，並將這些經過檢驗並穩定運行的流程固化到企業信息化系統中，使這些流程管理電子化，同時將它們運行的數據固定到數據庫中，實現從客戶端（需求）到客戶端（供應）最簡潔、最規範、最不情緒化的控制有效地連通，擺脫對人的依賴。
現在，機構在哪裡，華為的IT就支撐到哪裡，它覆蓋了全球，而且華為所有的員工都能享受到這個系統的服務，這是華為建立的一個企業信息化網絡。也就是說，華為現在幾乎所有的行政和業務運作基本流程都能夠實時完成溝通、信息共享、業務審批和跨部門協調，不受地理位置和業務流程環節的限制。分佈在各國家地域的15000名研發人員，可進行7×24小時全球同步研發和知識共享；在全球辦公或出差的員工，任何時間任何地點，均可使用網上報銷系統，在7天內完成費用結算和個人資金周轉。整個華為公司，在財務管理上實現了製度、流程、編碼和表格的“四統一”，通過在ERP中的財務系統建立全球財務共享中心，具備了在4天內完成財務信息收斂和結賬的能力。
華為的客戶、合作夥伴和員工，能夠24小時自由安排網上學習和培訓考試，採用網上招聘和網上考評；通過連接每一個辦公區域的一卡通系統，人力資源部可每天對3萬人實現精確的考核管理，準確地把數據納入每月薪酬與福利計算；EPR系統，實現端到端集成的供應鏈，讓供應鏈管理人員一天就可執行兩次供需與生產計劃的運算，以“天”為周期來靈活快速地響應市場變化，客戶還可以網上查詢和跟踪訂單執行狀態；全球的電視電話會議系統，每年節省差旅費3000萬元，並大大增強了時效性；華為是國內第一家通過BS7799信息安全國際認證，建立主動安全的預防和監控管理機制的，華為的知識產權和機密信息也由此逐步得到保護；在客戶現場的服務工程師，可以隨時網上調閱客戶工程檔案和相關的知識經驗案例，網上發起並從公司總部或各地區部獲得及時的技術與服務協調，孤身前往的工程師不再感到孤立和無助。