1262年，中統三年二月，山東江淮大都督李璮發動叛亂，佔據濟南。忽必烈北征阿里不哥，先命宗王哈必赤，總督諸路蒙漢軍向南平叛討伐，又增派右丞相史天澤專徵，諸將皆受節度。史天澤到達濟南，會同哈必赤開河築環城，築長圍，樹林柵，將李璮圍困於濟南城中達四月之久，城中糧盡，軍心渙散，李璮投大明湖自盡未遂而被俘。史天澤立即將李璮在軍前處死。
史天澤之所以要匆匆處死李璮，是因為李璮知道的太多了。
十幾年前，當金國被蒙古滅亡後，為了拉攏中原的軍閥豪族，窩闊台、蒙哥都對他們這些地方割據勢力實行懷柔政策，他們被封為世侯和將軍，兵民政權出於一家，讓他們幫助蒙古人綏靖地方，或幫助他們和大宋作戰。
但是，作為一個受儒家思想濡染很深的漢人來說，他們的正統思想還時時作祟。他們看不起這些只會彎弓盤馬的人，往往以華夏幾千年的文明來俯視他們，把他們看成一夥什麼文化也沒有，只知殺戮的“匪類”，覺得他們終究成不了大氣候。因此，他們往往一面應付著蒙古人，一面卻又在一起高談闊論，把自己的觀點毫不掩飾地流露出來。只是後來蒙古人成了氣候，特別是忽必烈表現出來了千古帝王的雄才大略，這時他們才死心塌地擁戴他，並為之效忠。現在，李璮卻不自量力，竟然趁忽必烈親征阿里不哥，後方空虛之際叛亂，企圖利用擁漢滅蒙的策略得到各路世侯的響應。史天澤認為李璮知道自己及世侯的事情太多了，一旦他被帶到忽必烈面前，亂扯亂咬，那自己過去的一切將袒露無疑。李璮自當誅殺，但自己也絕不會有什麼好果子吃！因此，史天澤斟酌再三，最後還是決定冒險殺死了李璮。
當然，他也知道，擅殺欽犯，在任何朝代都是不允許的。於是，他就連夜上書向皇上請罪。他為自己找了些理由，什麼李賊大罵皇上，使人氣憤不過；什麼咆哮營帳，使人怒髮衝冠，等等。
但忽必烈並非好糊弄的。他疑心塞胸，疑慮重重，他對世侯的反感在李璮叛亂的基礎上又增加了一重：他不明白，史天澤為什麼要急於殺死李璮？他們之間有什麼瓜葛嗎？
忽必烈不得不重新審視這些漢人幕僚，他們是怎樣來到自己的身邊的呢？
他忘不了劉秉忠、姚樞、廉希憲、張易、商挺、趙良弼、王文統……他們都是相互舉薦來到自己的身邊的。他們相互舉薦，能不結為朋黨，狼狽為奸嗎？自己對他們委以重任，但他們是否真的能以儒家的正統思想對待自己？今天有一個李璮，明天還會不會有什麼史檀、張檀……更多的漢人世侯反叛呢？一個還好說，一旦他們連成一片，自己將如何應付？
一連串的問號，太多的聯想讓忽必烈後背冷汗直冒。對忽必烈而言，自金末以來盡專中原兵民之權的大小世侯，無疑是新王朝有效地鞏固和強化自身統治的極大障礙。雖然公開稱叛的只有李璮和個別響應者，但曾與李璮互相交通、非議朝政的諸侯為數並不少。因而，要解決這一棘手的問題，還不到時候。大宋一天不滅，他們思想上還有一天的動搖。一旦操之過急，就會造成兔死狐悲、群起自保，甚至激起更多的反叛。
明白了這個道理，忽必烈便在殺死了李璮的老丈人——中書省平章政事王文統後，果斷地停止了對李璮和王文統案情的追究。
一連三天，忽必烈都沒有上朝。他驚悸不安，憂憤煩躁，幾次在聖安寺作佛頂金輪會，為自己壓驚、祈禱，要不就躺在察必皇后的鳳帳內望著金頂的廊柱出神。甚至還傳出話來告誡史天澤說，要是朕讓你們殺什麼人，你們可不能立即執行，得遲個三五日，免得殺錯了……
忽必烈驚懼不安，漢人大臣們更是如坐針氈。
史天澤明白樹大招風的道理。自己作為漢人的世侯，擁有“清樂軍”和“黑軍”兩支軍隊，蒙古人之所以倚重自己，完全是他們戰略上的需要。如今李璮的叛亂，讓忽必烈震動不小，也為那些想取締漢人幕僚的蒙古人提供了口實。雖然自己並不以權重為好，這個忽必烈是知道的。想當初，在窩闊台時，為報兄被殺之仇，自己曾接任大哥史天倪軍民之職。打敗武仙后，自己即請上奏歸職於侄，自己願退還田間，耕種為樂，此舉得到窩闊台的讚許。
但今天的忽必烈面臨著漢人世侯的信任問題，這個史天澤能看出來。雖然李璮叛亂沒有擴大牽連，自己擅殺李璮忽必烈也沒有深究，但是忽必烈三天不上朝，說明他是在作著艱苦的思想鬥爭。忽必烈是開明的，有帝王的胸襟。但是，他畢竟是一個被漢人稱之為“蠻族”的蒙古人，在他身邊固守蒙古傳統的大有人在。他能力排眾議，做到用漢人施漢法，漢化治國，已屬不易。今天，李璮叛亂，讓他脆弱的思想怎能不一下子近於崩潰呢？
與其自上而下動刀子，不如自請消除兵權，以消除忽必烈對漢儒、世侯的猜疑，只有這樣，才能緩和忽必烈的疑慮，才不至於忽必烈採取更為嚴厲的手段對付漢族的世侯軍閥。
於是，第四天忽必烈上朝之後，史天澤就上奏說道：
“兵民之權，自古不可並於一門，漢朝邦國，唐朝藩鎮，都是血腥的教訓，說明自古地方就應聽命於中央。今我朝過分垂愛臣等，不僅大授美職，還模仿漠北蒙古傳統制度讓我們世襲官職，造成地方割據勢力過於龐大，導致像李璮這樣有不軌之心人的叛亂。所以為加強中央對地方的控制，消除中央與地方割據勢力的矛盾，以免造成了社會動盪，百姓塗炭，臣請皇上消除職權，退休還家，同時亦解除史氏子侄握有兵符者十七人之兵權。行之，請自臣家始！”
忽必烈說道：“史愛卿，你不必多慮。你們史家，對我蒙古帝國的建立，可謂拋頭顱，灑熱血，肝腦塗地，忠貞可嘉。先前窩闊台汗就曾對愛卿讚之，憲宗皇帝也多次稱頌你的美好品德，他們都不同意你退休的請求，今我怎能讓你退休呢？”
姚樞出班奏道：“皇上，臣下以為，史將軍所言極是，一門不可兼掌兵、民之柄。藩方侯伯，牙借棋置，各土其地，各分其民，父死子繼，各握重兵，多者五六萬，少者亦不下二三萬，難保不再出一個李璮。既然史將軍今再一次提出消權柄，皇上可因勢利導，罷諸侯世守，設守牧，立遷轉法。規定身兼兵、民職者，可自選一職任之；掌軍的將領，子弟不得再任軍職；世侯死後，子孫蔭而不世；諸路管民官理民事，管軍官掌兵戎，各有所司，不相統攝。屆下官員均由中央遷調，使天下大官、小職咸知名器自朝廷出，這樣不但能加強中央對地方的控制，也能使地方民眾減輕負擔。”
忽必烈一聽正中下懷。三天的罷朝，他也曾想到這個問題，但是關鍵是如何做更為穩妥。史天澤的請辭和姚樞的建言，恰好就解決了這個讓他頭疼很久的問題，他怎能不高興呢？
於是，忽必烈就故意說道：“各位世侯勞苦功高，為我江山社稷之棟樑，朕怎能捨得如此去做呢？萬萬不可，各位愛卿不必多言。”
看到貴為一朝丞相的史天澤如此，其他漢人世侯心中就更無底了。於是一齊出班奏道：“臣等願自解兵權，交還封邑，接受朝廷的調遣。請皇上從江山社稷著想，派遣守牧入各地治理，我等應鼎力配合，報答皇上的知遇之恩。”
見眾世侯都如此，忽必烈也就順水推舟，說道：“窩闊台汗曾感嘆說，過去爭官者多，讓職者少。我朝恰恰相反，你們如此做法，實讓朕感動。既然各位意見統一，又心意懇切誠摯，那朕也只好答應了。哈哈，不過，朕也不會虧待各位愛卿的，自今日始，朕將每月供以俸祿，保證讓各位愛卿不在經濟上吃虧！”
不久，聖旨下，解除各地世侯兵權，實行軍民分治。規定各路總管、萬戶只理民事，不得乾預軍政；其次消弱、消滅世侯。規定收世侯符節，易地為官。死後，其子孫按蔭敘法授官而不再承襲父職。世侯軍閥除一人仕官外，子弟官職一律解任，也不能世襲，並實行遷移法，要他們離開老窩，到別處做官去，而在世侯所在地另立牧守，權利直屬中央；三是在中央成立軍事總指揮部——樞密院，由太子親任樞密院使，下設副使、僉書樞密院事等，全部由蒙古人和色目人充當，統一調度侍衛親軍和各地的蒙古、漢軍萬戶。由是確立了千戶、萬戶——統軍司（分立於河南、山東）或元帥府（立於東西兩川等地，後亦改為統軍司）——樞密院的指揮系統，把軍權集中控制在中央政府的手中。第四是嚴格查禁民間兵器。軍器由國家製造，私自製造者死，現有者拒不交出，斬立決。甚至農民的耙子、叉子，也都屬於上交的範疇，如果想使用，則向地方官申請發給，用後立即上交。
聖旨一下，光史氏子侄佩金銀虎符高位者就有十七人之多，他們全部被解除了兵權，異地調防。張弘略、張弘彥、嚴忠範、嚴忠嗣、玉文幹、鄭鼎、李毅等20餘名漢軍萬戶也先後交出兵權。中統四年正月，又“立十路奧魯總管”，規定各路漢軍奧魯不再歸各漢軍萬戶管領。漢軍軍戶的科差賦稅，由河南、山東的統軍司，東、西川的元帥府和陝西行戶部分管。 “凡奧魯官內有各萬戶弟、男及私人，皆罷之。”同時設置監戰萬戶和統軍司，負責監視漢軍萬戶的行動，掌管所在地區的漢軍各萬戶，處理日常軍務。同時要求官員子弟入充質子軍，用傳統的收納質子的方法來控制分散在各地的漢人、色目人軍官和民官。
忽必烈是在漢文化的熏陶下長大的，他又想入主中原，因此他還不想徹底與漢世侯決裂，但他在心理上對漢人加強了防範，他認識到漢人的精明不在於他們的公開反抗，而在於他們正在潛移默化地改變著一個彎弓盤馬的草原部落的生活方式，而這是最危險的。這樣他就一方面清理漢人世侯，並慢慢疏遠漢儒。另一方面在親重蒙古人的同時，開始逐漸培植色目人，與漢人進行抗衡，以便互相牽制。忽必烈與漢儒的蜜月慢慢地結束了。
應當說，史天澤識慮明哲，審時度勢，應變制宜，為國家的統一，主動交出本人封邑和兵權，以和平的方式實現平穩的過渡，一方面避免史氏家族功高震主，進而會導致盛極而衰和潛在危險，同時也有利於使蒙佔貴族和漢族地主階級緊密地結台在一起，達到了集權的目的，這對穩定政局無疑起到了決定性的作用。但忽必烈兼用漢人、色目人，引起統治集團中蒙、漢、色目人之間的重重矛盾，由此出現元朝內部長期的紛爭，則是忽必烈未能想到的。