當開平上下歡慶忽必烈稱汗時，遠在漠北和林的阿里不哥的心情卻與這早春的寒風一樣料峭。那些擁護者們叫嚷著，謾罵著，無法接受這個既成的事實。於是，他們也緊隨忽必烈之後，在蒙哥皇后兀魯忽乃妃子、蒙哥的兒子玉龍答失、察合台孫阿魯忽等人的擁戴支持下，阿里不哥在和林召集西北諸王的庫裡台大會，宣佈為大汗，控制了蒙古本部和察哈台、窩闊台兀魯思（封地）。漠北的草原上，出現了兩個太陽，一對親兄弟間的廝殺慢慢拉開了序幕。
然而，忽必烈的策略、思維和組織管理能力要比自己的這個四弟更勝一籌。他未雨綢繆，在大戰來臨前，就積極採取措施，千方百計穩固自己，瓦解對方。
在開平忽必烈大汗行營，緊張的研討一刻也沒有停止過。忽必烈知道，按成吉思汗的法律，這次倉促的選舉是非正式的。按傳統，庫裡台大會應該在蒙古草原召開，會前應召集成吉思汗的四個兀魯思的代表們出席。自己的汗位來得不是那麼光明正大，自己的弟弟絕不會善罷甘休。於是，繼位之後，忽必烈馬上著手做好應變準備工作。
宮殿內，喜慶的佈置還沒有來得及撤下，空氣就變得緊張起來，各部首領及各級指揮官濟濟一堂，共同研究著大元下一步的走向。
郝經說：“陛下，皇帝登基，理應詔告天下，讓天下黎民歡慶，讓率土之濱擁戴。而今，我大元帝國應速派出使者，走馬四方，把陛下承天運大事盡快讓陛下子民知曉。特別是漠北和林，更應派出龐大的使團，向阿里不哥王子說明此事，防止小人讒陷，導萬民於水火。”
忽必烈早有此打算，自己的親兄弟，能不動干戈最好，畢竟一奶同胞，血濃於水呀！
因此，忽必烈立刻准奏，即刻組織了一支一百多人的豪華貴族代表團出使和林，這支代表團由多位宗親王爺和異密（大臣）組成，他們身份高貴，能言善辯。臨行前，忽必烈親自召見了他們，並語重心長地囑咐他們說道：“和林之行，光榮而艱險，一定要想辦法勸說我的親弟弟，你們的四王爺，向他闡明既然哥哥已經登基，都是自家人，一母所生，一奶同胞，何必要斤斤計較呢？哥哥當了大汗，自然就有弟弟的份子，當哥哥的怎能會虧待小弟弟呢？只要他擁戴、支持哥哥為蒙古國的大汗，他想要什麼哥哥都答應！”
郝經的用意很明顯，他要引誘阿里不哥把理輸給忽必烈。
結果，暴躁的阿里不哥上當了，他不但不聽忽必烈的苦口婆心的勸說，還憤怒地把這一百多名特使都關進了牢籠，後來還不解恨，為表示決絕，又把這些特使全部殺了。他的這種過分的做法，在黃金家族的許多部落看來，他顯得極端、暴躁和無禮，因而許多部落轉而投向了忽必烈這邊，甚至有被殺的宗親部落毫不猶豫地站在了反對阿里不哥的前沿。
接著，阿里不哥派出了兩路人馬，氣勢洶洶地向燕京殺來，首先挑起了戰爭。
工於心計的忽必烈卻恰好相反，他不厭其煩地派使者到每一個部落，千方百計贏得他們的支持，證明自己是名正言順的蒙古大汗，以求得更多人的擁戴。儘管路途遙遠，但他依然派出使者到欽察汗國，對欽察汗說：“忽必烈秉性仁和，為當之無愧的人君。欽察汗國向來與托雷家族關係親密，我們大汗是不會忘記的！”同時轉告他們說，忽必烈大汗也承認欽察汗國的存在，“長子西征”中拔都佔領的領土，理應是欽察汗國無可辯駁的國土，蒙古帝國將一併承認；蒙古帝國將致力於同欽察汗國的經貿發展，友好通商，互相往來。同時送上大量的金帛，以金錢和領土贏取他們的支持和擁戴。
對於弟弟旭烈兀治下的伊爾汗國，忽必烈也以同樣的方式贏得了他們的支持。旭烈兀與忽必烈關係向來不錯，此時的旭烈兀，正領軍發動第三次西征。旭烈兀當時已攻克巴格達，先後攻占美索不達米亞北部諸城，以及大馬士革等。接到忽必烈在開平即大汗位，並且和阿里不哥發生了汗位之爭的消息後，他決定不再赴和林，而是留在波斯。就是採用這種方法，忽必烈初步分化、瓦解了阿里不哥的陣線，再加上阿里不哥驕傲自大、蠻橫暴躁，讓各部落沒有好感，所以當他的使者再去告知阿里不哥稱汗時，諸王們堅決抵制。旭烈兀和別兒哥則二話沒說，就把他的使者趕出門去……
政治上贏得先機後，忽必烈沒有停止備戰的腳步。深諳用兵之道的忽必烈知道，打仗，其實拼的是經濟。誰能有一個穩固的後方，誰就能源源不斷地獲得錢糧，誰就能在戰爭中走得更遠。況且，阿里不哥控制著整個草原最為精銳的部隊，加上蒙哥的大部兵馬，實際上他掌握的是草原部落軍事力量的百分之七八十。如此龐大的力量，如果沒有充足的錢糧做後盾，他的理想只能是夢想，他的夢想最後會褪色為幻想。因此，他接受了劉秉忠、姚樞等人的建議，在中央設置中書省，提拔王文統擔任行中書省平章政事，主管中原漢地政務，改革賦稅制度，“除舊弊﹐立新政”，為了戰爭積蓄了充足的錢糧。
為了更有效地控制地方，忽必烈聽取了劉秉忠、姚樞、郝經等的建議，設置了行省，由中央政府直接向各地派遣親信和能臣，著手打造一個穩固的後方。他首先派出才能出眾、辦事認真的趙壁、董文炳為燕京路宣撫使，幫他鞏固漠南，確保這塊物阜人和的根據地不受侵犯。同時，徵調七千多人的怯薛軍駐紮燕京，又調集史天澤等帶兵駐紮邢州，拱衛都城，確保中央政府的安全；派遣臨事鎮定、處理問題果斷的廉希憲、商挺出鎮關中，任京兆、四川道宣撫使，運籌帷幄，平定關隴，穩定大西南；派遣張啟元為西京宣撫使，控制並穩定關中地區，確保阿里不哥大軍不能侵襲中原。 ……在牢牢地掌握了這些重要的地區後，還向益都、濟南、河南、平陽、太原、真定、京兆、東平等路派置官吏，鼓勵農桑，興修水利，屯田種糧，發展農業生產，盡快醫治戰爭創傷。為避免兩線作戰，忽必烈還派出謀臣郝經為翰林侍讀學士，賜佩金虎符、充國信大使，攜國書出使南宋，“告登寶位，布弭兵息民”，促使南宋議和。 （郝經出使南宋，被賈似道秘密關押達十六年之久，但他對忽必烈的忠心始終不改，被稱為南宋“蘇武”，一時傳為佳話。）
他把吐番地區仍然交給他最信任的八思巴。
現在，忽必烈是要人有人，要錢糧有錢糧，戰爭的條件已經成熟，隨時都可以征討不聽話的阿里不哥。而且，這一系列的措施，也讓更多的人清楚地認識到，只有忽必烈才能統治這個龐大的帝國，而脾氣暴躁、毫無章法的阿里不哥，怎堪勝任泱泱中華的偉大皇上！
此時的忽必烈已經佔據了天時、地利和人和，但忽必烈仍舊徹夜難眠，為什麼呢？因為陸續傳回的信報說，唯有六盤山及川陝一帶的渾都海部，仍是阿里不哥的忠實支持者。大戰前，能事先平定該部，這樣才會更有勝算。
於是，忽必烈密令川陝宣撫使，一定要在與阿里不哥正面交鋒前，設法瓦解阿里不哥的陣線，消滅敢於違背自己、追隨阿里不哥的渾都海部。接到命令後，廉希憲和商挺矯詔在京兆捕殺支持阿里不哥的劉太平和霍魯海，在成都捕殺明里火者，在青居誅殺乞台不花，這樣釜底抽薪，孤立了渾都海。渾都海一看不好，企圖向阿里不哥靠攏，結果被打敗，全軍覆沒。忽必烈乾淨利落地穩定了西南地區，失去了渾都海的支持，阿里不哥未出師先折翅，力量幾乎失去了一半。
此時，忽必烈以漢地豐富的人力、物力為依托，決定出兵討伐這個不聽話的弟弟，於是爆發了兩個“汗”的戰爭。