清初，黃河氾濫決堤十分頻繁。順治年間大的決口達十五次，康熙元年至十六年，黃河大的決口竟達六十七次之多，農民處在水深火熱之中，被迫背井離鄉，流離失所，被洪水淹死者更是不計其數。雖然清朝在一定程度上做了補救，但是效果不佳。康熙時，清朝處於政治的平穩期，朝廷開始把目光投向治水問題上，準備花大精力、物資、人力把黃河問題徹底解決。康熙自繼位後，就把平三藩、治黃河作為兩大必做之事，掃平三藩後，治理黃河馬上就成了康熙首要面對的問題。他決定派個有能力的人去治水，經過篩選，康熙認為禮部尚書靳輔是最為合適的人選。
靳輔接到皇上的任命後，剛開始心中是一陣驚慌，對於這個任務，朝中百官無人敢接。前任河道總督就是因為治水沒有成效，被罷了官，差點被砍了頭。水火無情，想治住它豈是這麼容易的。隨後，他又覺得自己太過於擔心了，前任河道總督之所以治水沒有成效，大部分原因在於他沒有完全投入到治水中去，可以說沒有把深受其害的老百姓放在心中，這樣的官能治好水患麼？想到這裡，他心里便坦然了，對於皇上的任命甚至有些感激，為百姓做事情不正是自己當官時的座右銘麼？
康熙十六年三月，康熙任命靳輔為河道總督，離京城到宿遷河工署就任。途經邯鄲時，靳輔結交了一個名叫陳潢的人，兩人一見如故。靳輔見陳潢談吐不凡，馬上就覺得遇到了一個有才之人，便說道：“不瞞你說，我是奉了聖上之命去宿遷河工署擔任河道總督之職，如不嫌棄請隨我一同到宿遷去治水。”
陳潢很高興，立刻接受了靳輔的邀請。到了宿遷，靳輔沒有停歇，直接到了黃河患處進行考察。因為剛下過一場大雨，先前河道總督派人修建的攔壩已經搖搖欲墜，隨時都有可能出現決口。看來自己剛一接手，就遇上難題了。靳輔和陳潢在河堤上站了一會兒，才回到住處。
兩人經過研究，最後得出的結論是先從調查、考察開始。為了掌握情況，他們用了兩個多月的時間，沿著河幹上下行了千里，對河患區進行了實地考察。他們認真聽取各方面的意見，廣泛求教當地的農民、工匠、役夫，只要是對治河有幫助的意見，靳輔便把它記在本子上。經過這一趟長途跋涉，他們的收穫不小。回來後，又對歷代治河經驗進行了一番研究，終於從中找出一個治河方案來。
靳輔決定採用明代治河官潘季馴的治河理論，在它的基礎上增添了新的舉措，彌補了其中的不足之處。河堤要築起來，加速水的流動，以水攻沙，將沙子衝到海域。這只是實施中的一個方法，為了避免加速水流後堤壩的牢固性被破壞，靳輔又準備在河的兩邊二里的地方修築第二堤。兩人商量了一晚上，最後把方法統一起來，提出了一個將河道、運道視為一體，進行綜合治理的方案，寫了一份奏書《經理河工八疏》呈現給康熙。康熙隨即表示同意靳輔的治河方案，並且強調說道：“朝中有不少大臣反對方案，但朕相信你的方案。朕實在找不出方案的一絲缺陷來，我希望愛卿能夠以身作則，按照方案上的部署一步一步來。朕撥銀二百五十萬兩，限期三年內完成。”
方案得到通過，這對靳輔來說無疑是一件好事。但是時間實在是過於緊迫，三年之內能完成這麼大的工程麼？陳潢說道：“我還真有些擔心，這三年時間能完成這浩大的工程麼？咱們雖然有了計劃，但計劃也需要時間去實施。我感覺三年時間不充裕，咱們還是提前做好心理準備吧。”
陳潢的話確實讓靳輔心中起了一層波瀾，想想自己以前的生活，就不必這樣擔心，難道自己走錯了麼？農民們正處在水深火熱之中，可能自己努努力，他們就能平安地生活下去，一家老小在一個桌子上吃飯。皇上既然肯把這麼重要的任務交給自己，就是對自己的充分信任。想到這裡，他突然覺得自己走得併沒有錯，相反先前那些擔心倒顯得多餘了。
有了這樣的信念，靳輔開始把所有精力放在治河上來。他們和河工們同吃同住，甚至跟河工們一起勞動，身臨一線的指揮，效率果真很高。河工們大多是當地的老百姓，看到靳輔這樣一個大官也和自己一樣奮斗在治河現場，心中很感動，出的勁也更足了。夏季河道附近的蚊子很多，晚上睡帳篷的人們幾乎都是在拍蚊子的聲音中睡著的。有一次，靳輔背了一天的土，晚上倒在帳篷裡就睡著了，陳潢有事找他，掀開簾子一看，不禁臉色大變。他看見靳輔露出的腿上，密密麻麻趴著上百隻花腿蚊子。陳潢急忙把蚊子趕跑了，喊醒了靳輔，問道：“大人，你不覺得難受麼？”
靳輔一時沒聽明白陳潢說得“難受”是什麼意思，便問道：“'難受'什麼？”
陳潢用手指了指他的腿，說道：“我剛進來的時候，你腿上趴了上百隻蚊子，在吸食你的血，你就不覺得難受麼？”
靳輔這才注意到自己的腿，大疙瘩一個緊挨著一個，奇癢難忍。 “下次如果看到，就別喊醒我，睡著了沒感覺。你這麼一喊，我今晚怕是睡不成了，明天還怎麼工作？”靳輔說道。
陳潢笑著回答道：“我要是不喊你，就這花腿蚊子叮一晚上，兩個大人恐怕都不夠蚊子咬的。”
靳輔工作在堤壩上，考察在河堤上，和農民們在一起時，他很熱忱，也很虛心，只要有道理，靳輔就會虛心接受。他和自己部下談論一些事情時也是一樣。靳輔和陳潢談話時，兩人有共同點就一拍即合，如果出現分歧馬上爭個面紅耳赤，但這並不影響兩人之間的關係，也不影響眼下要做的事。
三年期限很快就到了，工程大部分完成，但是導黃河入海工程在三年期限內沒有完成。康熙二十年，後補布政使崔維雅奏《河防芻議》和《兩河治略》，對靳輔所主持的治河工程採取了一概否定的態度，並提出了二十四個問題質問靳輔。
這二十四個問題，讓靳輔心中憋了一肚子氣。這算什麼問題？與農民攀談就是不務正業，玩忽職守了？靳輔心中覺得好笑。他答辯道：“臣自認為自己已經盡力了，如問題上所說，我和農民交談是為了了解治水之法，和玩忽職守無法扯在一起，上述問題多數是硬塞進去的。”
康熙皺眉說道：“那麼限期沒有完工該如何解釋？”
靳輔說道：“前任河道總督把水治得比不治還要嚴重，臣在調整過程中也需要時間，其次是部署計劃方案需要時間，後者動工實施就更需要時間了，如此浩大的工程如果想沒有紕漏地把它做好，三年時間是遠遠不夠的。如果臣把治水作為搪塞來做的話，兩年時間就夠了，如讓民安，就必須謹慎地把它做好，這樣臣才對得起自己的良心，對得起皇上對臣的信任，對得起天下的所有百姓。”
康熙被靳輔的話給打動了，他仔細推敲其意，沒有一句話不站在“理”字上。於是，他站起來說道：“聽愛卿剛才一言，朕心中也是感慨萬千。朕便再給你時間，如今三年未見黃河大的決口，可見愛卿治水也有實效，放手去做吧，朕支持你做下去。”
靳輔領命返回宿遷。
康熙二十三年到二十七年，靳輔主持的治河工程已由下游轉向中游，此地是洪澇的多發區，靳輔在此下了很大工夫。他修築了很多減水壩，河身狹窄的地方是堤壩承受水勢壓力最大的地方。為了減少該處堤壩的壓力，靳輔就在該處開渠引水，調節水量，然後再把引出來的水引到河面較寬的正河道，從而避免了水急沖垮堤壩的危險。
治水如火如荼地進行著，而在清朝統治集團中，關於如何治理黃河突然產生了分歧意見。以於成龍為首的一些大臣，主張另一種治河方案；而此時靳輔治水正在關鍵時期，他和陳潢等人堅持自己的做法。雙方各執己見，爭論不休。康熙便想了一個折中的辦法，任命靳輔督理黃河堤岸，任命於成龍管理下河事務。這樣一來，靳輔所做的工程就讓給了於成龍。但是治河的分歧並沒有因此而告終，相反愈演愈烈，最後演變成統治集團內部的政治矛盾和鬥爭，很快靳輔成了這場鬥爭的犧牲品。
康熙二十七年三月，康熙把靳輔革職，將陳潢入獄。後來康熙南巡時，眼見黃河堤岸修築堅固，又聞聽江南等不少地方的農民都在稱讚前任總督堤岸治水如何有能耐。康熙便覺後悔，當初自己不該聽信讒言，革了靳輔的職，實在是魯莽之舉。
康熙三十一年，他重新任命靳輔為河道總督，但靳輔在當年就在任所裡逝世了。在靳輔去世以後的三十年裡，靳輔的續任者於成龍等人基本上還是遵守了靳輔的治河方針。
自此之後，黃河之水在近三十年的時間內沒有出現過一次重大的決口事件，這和康熙的用人有關，但更主要的還是靳輔的努力。他的實事求是的做事態度、事必躬親的原則，使得他在治理黃河水上取得了很大的成就。他的這種態度不光使他掌握了第一手資料，從而為製定出合理有效的治理方案奠定了基礎，而且在方案實施的過程中，也正是由於自己親臨工地跟河工一起吃住的精神感動了周圍的百姓。大家齊心協力，使得合理的方案得到了很好的實施。為官者能有這樣的精神和態度，於古於今都不失為一位受人敬重的好官。如果不是由於各種政治上的因素導致靳輔革職下獄的話，他還能取得更大的成就。