經過皇太極十幾年的治理，社會矛盾已經基本緩和。他登基稱帝后，政權得到進一步的鞏固與發展。然而在山海關以東，仍有明廷死死不肯放棄的錦州、寧遠、松山、杏山等重鎮，這些城如果不得，山海關就牢不可破，清政權要想入關就只能是一句空話。清軍如果想打開山海關，進攻北京，就必須拔除關外明軍的這些據點，取得全遼，才能把清的勢力推向全國。
崇德五年四月二十九日，皇太極親自率軍進攻錦州，錦州的守將是祖大壽。皇太極迅速組織兵力把錦州圍了起來，錦州被困的消息很快傳到了京師，崇禎很慌張。為了使錦寧防線不致因失錦州而崩潰，崇禎急忙把正在西部與農民軍作戰的洪承疇抽調到了遼東，出任薊遼總督，率領各部總兵共計十三萬人，火速馳援錦州。洪承疇久經沙場，他深知清軍作戰能力強，所以和清作戰一定要持慎重的態度。此時清軍的主要目的是奪取錦州，兵力應該在圍困錦州上下了很重的砝碼，這樣一來，在防禦外敵這方面肯定很薄弱。洪承疇決定鑽這個空子，徹底把清軍消滅在錦州之地。
清前線防守總指揮是多爾袞，駐守在乳峰山。洪承疇把兵力全部集中在乳峰山上，多爾袞倉皇出戰。兩軍大戰了一場，清軍大敗。皇太極下令退兵，在距錦州六十里的地方駐營。這次失利對皇太極打擊很大，一下就病倒了。養病期間，他一直在考慮奪取錦州的事，覺得以自己目前的兵力實在是無法在和明軍抗衡下去了，於是又下令搬來了援軍，等自己病癒再親自率領大軍出發。
八月十九日，皇太極大病初癒，就率領大軍趕赴松山。
皇太極把部隊安置在松山腳下，又親自派了一批人對鬆山進行了一番細緻的考察。他覺得松山城的戰略位置十分重要，它處在錦州、杏山、寧遠之間，彷彿是寧遠與錦州的咽喉。在詳細觀察了地形與明軍的布防後，他發現明軍大部分集中在前鋒，後面的隊伍防禦很薄弱。於是他突然頓悟出一個計謀來，想道：明軍這個陣法固然厲害，卻還是有些漏洞，這個陣法力量全部集中在前面，而後面的兵力簡直太薄弱了。利用這一點，把全軍力量集中起來攻打明軍的尾部，明軍必定大敗。
於是，他把軍隊部署在松山與杏山之間，然後從錦州西往南，穿越松、杏之間，直到海口，一連掘了三道大壕，各深八尺，寬有丈餘，使得人馬不能通過，形成了對鬆山的一種包圍狀態，同時也切斷了松山與後方杏山的聯繫，然後對塔山、寧遠來的援軍實行打援，並伏擊從松山突圍的明軍。這樣的佈置使清軍逐漸由被動轉變為主動。
等洪承疇得到這個消息的時候，清軍的作戰部署已經很完善，只等著明軍做出反應。洪承疇心裡慌亂起來，他沒想到自己先前精心佈置的戰略方針一下子全被清軍的這種打法給打亂了。他本想正面跟清軍來次決戰，沒想到清軍竟然繞到自己後面去了。後路被切斷，一系列對明軍不利的局勢接踵而來。
營帳中，洪承疇一臉愁容，他對諸將說道：“我軍既然已經置身此地，應該依照原先的計劃部署。不管後方如何，直接率兵攻打前方，解圍錦州，成敗就在此一舉。”
洪承疇的話剛一說出口，立刻遭到諸位將領的反對，他們提出：“清軍攻取錦州不是一時半刻就能拿下的，現在咱們的後路被截斷，糧餉得不到及時輸送，恐怕還沒到達錦州，我們的軍隊就支持不住了。況且清軍在前方設下什麼圈套，咱們都不知曉，盲目地發兵過去，遇到問題，再想抽身回來可就難上加難了。目前咱們唯一的出路是突圍回到寧遠，再從長計議。”
洪承疇一考慮，覺得自己剛才確實有些過於衝動了，便接受了將領們的意見。
第二天，天剛濛濛亮，洪承疇率領明軍進攻清軍防地，準備突圍，因為他們曾經在後部設置了諸多陷阱，現在倒把自己給限制住了，還沒進發到清軍圍困的地點，明軍就被自己設置的陷阱損傷了一部分人。洪承疇派人去前方打探清軍的狀況，探子回報說，清軍已經把松山圍了個水洩不通，兵力集中在各條下山的道路上，想突破重圍衝出去，恐怕很難。
“難也得衝出去，我們現在一下子由主動變成了被動，且不要說援助錦州，就連我們自身都難保了。魯莽的做法雖是兵家大忌，但站在我們這個角度看的話，也只有這條路可行，起碼這樣做還有一絲希望。”
洪承疇先派了一部分兵力清掃了先前設置的陷阱，準備在天黑的時候發動所有兵力進行突圍。
夜幕降臨，山林間顯得很蕭條，毫無生氣，圓月被一團黑雲遮掩了一半，只露出了半邊，卻也灑下了少許的月光。洪承疇率領部隊剛行至半山腰的位置，聽到了幾聲馬哨聲，這是清軍相互聯絡的方式。果然哨聲過後，一批清軍從半山腰的山後殺了出來，其中以鐵騎為先鋒，多爾袞提著長刀跨馬朝明軍狂奔。明軍陣勢頓時大亂，一下子被截成了幾個部分。
其他將帥率領自己的部隊朝杏山的方向奔逃，引起了明兵大亂。這時皇太極率領八旗兵力也趕了過來，命令一部分兵力追剿逃往杏山方面的明軍，其餘的仍舊圍剿困在松山沒逃出去的明軍。總兵吳三桂、白廣恩等兵馬在潰逃突圍的時候，誤入了清軍設下陷阱的地域。他們覺得自己選對了路，茫茫夜色中幾乎沒有清軍的影子，以為自己已經衝破了清軍的圍攻。沒想到部隊剛去了沒多遠，就進入了清軍設置的“危險地帶”，觸動了機關，橫箭亂飛，射死無數明軍。土壕陷阱上舖一層土，移了些雜草，彷彿平地一般，底下卻豎插了無數把利刃。明軍哪裡知曉，剛才遭遇一番亂箭，已是混亂成一團，開始潰散，摸著黑朝各個方向奔逃，誰想大部分又踏入了陷阱，被利刃穿了個透心涼。
吳三桂、白廣恩眼見這陣勢，心裡一下也沒了主意，心想前方不知還有多少像這樣的陷阱，便又率領殘軍撤回松山，與正在努力突圍的洪承疇會合。三人一核算，明軍損失的兵力已經超過了五萬，剩下的兵力已經不足萬人了。洪承疇眼見突圍不成，便和曹變蛟、吳三桂等人，又一起撤回了松山城固守。
皇太極取得松山大捷，消滅了明軍援助錦州的主力，但是松山、錦州、杏山三城仍舊被明軍佔領。在經過一番對比之後，皇太極決定把松山上洪承疇的兵力作為主打目標，然後再各個擊破其餘兩個城。皇太極採取的戰術仍舊不變，不去攻堅，而是圍困。
從崇德六年九月松山、杏山等城被圍困，明軍們在城中大都驚慌失措，眼巴巴地守在城中，既不得溫飽，也不得消停。清軍不時派部隊進行騷擾，來消磨明軍的鬥志，明軍很快就抵擋不住了。
直到第二年二月二十一日，圍困松山的豪格、多鐸等傳來新的情況。明軍松山副將夏承德投降，並把自己的兒子夏舒作為人質，約定在二月二十八日為內應，獻城給清軍。此時鬆山城內是人多糧少，援兵無望，城中人處於極度的絕望狀態，甚至出現了相互殘食的慘烈事件。二十八日晚，清軍按約定率軍攻城，一舉拿下了松山城，生擒了洪承疇等將領。
松山一破，錦州城內的情況就更加慘烈，城中糧食早就吃光了，人食人的事件經常發生。祖大壽無計可施，眼看著援軍近在眼前卻都被清軍一一擊破，心裡那份僥倖也隨之消失了，他率領部下打開城門投降了。清軍圍困錦州用了一年多的時間，終於不戰而克。
四月二十一日，皇太極命令濟爾哈朗率領部隊攻打杏山城。不到一日的時間，杏山城淪陷，清軍佔領杏山。至此，松錦戰役最後以清軍勝、明軍敗而宣告結束。此次戰役是清朝戰役上的一次重大突破，此戰以後明清雙方戰略相持階段結束，清廷轉向戰略進攻，為進關開闢了道路。
失敗有時並非一件壞事，清軍在乳峰山戰敗，消除了皇太極對明軍的輕敵思想，相反重新謹慎起來。人無完人，即便是強的部隊也有弱的一面，這就好比打蛇避免蛇頭，攻擊蛇尾，即便是再兇猛的蛇也抵擋不了。皇太極正是利用了這一點，在敵強我弱的形勢下，扭轉局面反敗為勝。