皇太極繼位後，和代善、莽古爾泰、阿敏三大貝勒共理朝政。皇太極空有一個汗位的名，卻沒有汗的權利。後金的一切軍機政事，實際上是輪流來掌管。戰爭中所得的人口、財務等都是八旗平均分配。皇太極如果想施行什麼政策，往往會被諸貝勒阻撓，此時的皇太極和先前的貝勒幾乎沒有什麼區別。皇太極對這種狀況不能忍受，開始想辦法解決以上問題，把權利集中起來，為自己所用。
很快皇太極便採取了一項舉措，他認為要想把權利集中起來，首先便是把三大貝勒的權利分散化，設立八大臣和十六大臣。八大臣總理一切事務，遇到重大事情和諸貝勒一起商議。除此之外，在兵權上，三大貝勒的權利再次被分配給十六大臣。把過去有較強自主權的八旗旗主勢力，納入正規的政治體制之內，這樣便能加強自己的權利。在先前的四大貝勒共議國政、總攬軍政大權的機制結構中，用八大臣、十六大臣的行政機制，代表最高統治者行使日常軍政管理職權，相對就削弱了除自己以外的其他三大貝勒的權利，這樣一來權利就集中到自己手中。但是，要想鞏固自己的汗位，還必須徹底消除三大貝勒的權利。謀劃已定的皇太極在靜靜地等待時機的到來。
天聰四年六月，阿敏率軍與明軍交戰，結果中了明軍的圍殲之計，一連丟了灤州、永平、遷安、遵化四座城，幾乎全軍覆沒。最終，他找個機會率領剩餘的殘兵倉皇撤回了瀋陽。
皇太極得到阿敏兵敗的消息後，心中很生氣，永平等四城在奪的時候是如此困難，沒想到丟的卻這麼乾脆。事已至此，皇太極也只有嘆息的份兒。當時商議守四城的策略時，自己就一直反對阿敏的作戰方案，反對歸反對，自己提出的策略也沒能得到其他三位貝勒的認可……想到這裡，皇太極腦中突然閃了一下，暗道：一直在找時機，現在時機恰逢其時地來了。連丟四城、屠殺漢民、擅自做主、濫用兵權……皇太極在腦中過了一遍，竟一連想到阿敏罪狀有十六條之多，對一個貝勒而言，一條兩條，甚至三條都不足以損害他什麼，但是十六條呢？情況那可就不同了。他把阿敏的十六條罪狀記在了一張紙上，反复揣摩了一陣，最終下了一個決心，利用這十六條罪狀剝奪阿敏的權利。
第二天，皇太極召集了諸貝勒和大臣會議，他對眾人說道：“永平是我後金的勇士們用生命和鮮血換來的，如今不但丟了永平，甚至連其他三城也一併丟了。如果說勝敗是兵家常事，單單一次征戰的成敗不能說明什麼，二貝勒阿敏的罪狀還不僅這些……”說著，他把阿敏所犯的十六條罪狀一條一條地列了出來，語氣鏗鏘有力，如同重鑿一般。諸貝勒和大臣們聽得都有些膽寒，心想：這陣勢如果誰站出來替阿敏說句話，無疑是自找麻煩。
“所以朕經過仔細斟酌，判處阿敏幽禁之刑，並沒收阿敏的全部家財，轉賜給其弟濟爾哈朗。”簡短的幾句話，阿敏的權利就被剝奪了，而且還被判了幽禁之刑。在處刑上，皇太極之前早就仔細考慮過，手足之親，罪大不能致死，也不能充軍發配，唯有幽禁之刑較為妥當，這樣就避免了阿敏翻身謀權的機會。阿敏的家財賜給濟爾哈朗也是皇太極的高明之處。按照常理，阿敏的家財應該充入國庫中，但這樣做勢必會讓一些人誤解，把家財賜給濟爾哈朗，相對還照顧了阿敏。其實，阿敏的兵權才是皇太極最為看重的。
阿敏被判了幽禁之刑，代善和莽古爾泰都很生氣，同時也感覺到了一種危機感。代善想，反不如順，以後做事小心謹慎，處處為他著想，阿敏的事應該就不會落到自己的頭上。莽古爾泰和代善的想法正好背道而馳，他的脾氣秉性本就很魯莽，遇到點事就會大發雷霆，小則用語言去反駁，大則就要用行動了。莽古爾泰在會議上本就想大力反駁幾句，考慮到人多，反駁的人又是皇帝，就算自己有理也不利，於是他忍住了。
第二年八月，皇太極率兵與明軍在大凌河發動了戰爭，明軍的守將是攻占永平四城的孫承宗。莽古爾泰提議應該速戰速決，趁著明軍修築凌河壩口，給予沉痛的打擊。皇太極當然能夠看到這一點，但是卻有意地駁回了莽古爾泰的建議，說道：“明軍看似在修築壩口，實則是引誘我軍，等我軍一到，他們勢必會把壩口掘了，我軍豈不是要全軍覆沒了？”
莽古爾泰知道這是皇太極在有意與他為難，心想倒不如索性把話說個明白：“如今三大貝勒被皇上除去了一個，現在還剩下我和代善，皇上是不是還在尋求機會再找我們的麻煩？如果是這樣，皇上今天可不要在拗下去了。大敵當前，勝敗都在一念之間，皇上還在考慮這些問題，不如現在迅速出兵，等打了勝仗，皇上回去再把我除去也不遲。”
莽古爾泰的這番話太過於露骨，皇太極聽得直晃腦袋。他說道：“朕意已定，不能更改了，是你想得太多了。朕看你殺敵心切，並不怪罪於你，只是大凌河現在不能打。”
莽古爾泰急了，一下子把腰刀抽了出來，威脅皇太極道：“現在必須出兵！”
皇太極嚇了一跳，同時心中也是怒火中燒，騎著的馬朝後退了幾步。莽古爾泰催馬上前跟了幾步，卻被皇太極身邊的貼身侍衛突然一把從馬背上拽了下來，皇太極喊道：“給我綁了。”
大凌河之戰自然是後金勝了，這是皇太極早就料到的。但他的心並沒有完全沉浸在獲勝的喜悅中。在回瀋陽都城的途中，皇太極開始考慮莽古爾泰的問題。莽古爾泰沒有過多的心機，什麼事都表露在明面上。凌河之戰前，莽古爾泰之舉已經完全超出自己的想像，他沒有想到他竟然會提著腰刀逼迫自己，這是一個不好的預兆。或許真如他所說的一樣，他就算不反抗，自己早晚也要找機會奪了他的權。但對莽古爾泰來說，就不僅僅是奪權這麼簡單的問題了。他既然敢提著刀來威脅我，那麼以後還指不定會做出什麼更出格的事來呢！皇太極咬了咬牙，狠心下了個決定。
皇太極以莽古爾泰“御前拔刀罪”，革去了大貝勒的爵位，降為一般貝勒，罰銀一萬兩充入國庫，並且把莽古爾泰排除在執政大貝勒之外。莽古爾泰被革了貝勒的爵位，心中自然不甘，幾個月以後莽古爾泰突然得了一種怪病，渾身上下長滿了毒瘡。皇太極馬上派御醫過去瞧看，開了幾服藥，果然有所好轉，可沒過幾日，病情開始惡化，九個月後，突然死去。
代善不會犯像莽古爾泰這樣的低級錯誤，並且還按照皇太極的命令去做事。在莽古爾泰沒死之前，代善就開始朝皇太極靠攏，但是已經晚了。皇太極廢除了兩大貝勒以後，心中便沒打算留代善。於是在天聰九年九月，皇太極召開諸貝勒大臣會議，列出了代善四條罪狀，經過商議革去了代善大貝勒名號，消除貝勒的職位，其家財充入國庫。
自此，能夠對皇太極構成威脅的三大貝勒勢力基本上被消除，皇太極的汗權得到了真正的鞏固。皇太極在消除三大貝勒勢力之後，為了適應新的形勢和滿足後金的發展需要，建立起一套仿照明朝的國家行政體制。到此為止，後金政治體制中的貝勒親王會議制度宣告結束，所有的權力開始集中於皇太極一個人的手裡，實現了真正意義上的君臨天下。