努爾哈赤率領滿軍攻取了撫順、清河後，於萬曆四十七年正月，又親自率領大軍征討葉赫，拿下了大小屯寨二十多個。葉赫一向最得明廷的支持，便馬上把消息給報了上去。明廷原來聽說撫順、清河淪陷，已經派兵部左侍郎楊鎬為遼東經略，起用了山海關總兵杜松和大將李如柏等大舉討伐努爾哈赤。如今又接到葉赫的來報，便按捺不住，催促楊鎬等進兵，並又調取了福建、浙江、陝西、四川、甘肅等省兵力，齊集在遼陽，期望以重兵把努爾哈赤消滅在赫圖阿拉，挽回曾經敗亡的恥辱。
楊鎬住在瀋陽，命令眾將分四路進攻：左翼北路，總兵馬林，自開原出靖安堡攻其北；左翼中路，總兵杜松，出撫順攻其西；右翼中路，總兵李如柏，從清河、鴉鶻關攻其南；右翼南路，總兵劉鋌，從寬甸出涼馬佃攻其東南。四路軍兵八萬八千餘人（號稱47萬）長驅直進，氣勢不可抵擋。其中總兵杜松是個十分輕敵的人，他不聽文臣勸諫，打起仗來靠的是一身的莽夫之勇。他帶了三萬人馬，出撫順關，把大營駐紮在薩爾滸山上，自己則率領一萬人去攻打界藩山。
界藩山上，早有後金騎兵四百、築城夫役一萬五千人等候。兩軍在吉林崖交戰，明軍四面圍攻，卻沒有得手。努爾哈赤親自率領的大軍這時直奔杜鬆一路明軍而來。
努爾哈赤在得知明軍分四路進擊時，立即採用了李永芳“憑你一路來，我只一路去”的建議，將八旗兵的全部主力六萬餘人集中到了杜鬆一支明軍的方向。
努爾哈赤到了界藩山東，把部隊停了下來。他朝山上看了看，界藩山守軍和明軍的拼殺聲聽得很清晰。他回頭對代善和皇太極說道：“明軍現在正在和我界藩山守軍戰鬥，你二人帶領一萬五千兵力前去支援，爭取在最短的時間內把明軍全部消滅掉。”
代善和皇太極二人領了軍命，率領部隊沖入了界藩山。
努爾哈赤馬上又率領剩下的四萬五千餘人，浩浩蕩盪地朝薩爾滸大營衝去。
杜松帶走的是一部分善於拼殺的精兵，而此時留守在薩爾滸的明軍全靠槍、炮等火器防禦，大將也都跟著杜松去攻打界藩山了，只剩下監軍張銓和一些偏將和末將。
天色已近傍晚，大片的烏雲從天邊湧了過來，昏暗得幾乎咫尺的距離都看不見。張銓慌忙召集所有士兵聚集在一起，命令他們點著火炬守山迎戰來敵。努爾哈赤心中大喜，命令所有士兵悄悄前進，藉著柳林躲避火器，直逼明軍。可憐那些手裡拿著火炬、守著槍砲的明軍，還沒反應過來，就被滿軍突襲剿滅。這一戰打得很快，拿下了薩爾滸山的大營。
努爾哈赤沒有停歇，迅速又合兵返回吉林崖援助。
杜鬆在吉林崖山腰與後金騎兵、夫役打得正激烈，渡過渾河上山來殺的代善和皇太極也趕了過來，衝到杜鬆的後方，形成了夾擊趨勢。杜松大驚失色，看到自己完全被困在山腰上，前後都有滿軍，左右則是山崖和山壁，卻沒有一條空著的道路撤兵了，不禁悲從心起。
“薩爾滸已經被攻破了，你們還是投降吧！”這時山下突然有人大喊。喊聲過後，努爾哈赤帶領六旗大軍殺氣騰騰地衝了過來。
接到大營的敗報，又見滿軍三股力量全都聚合過來，明軍士兵不禁銳氣大挫。杜鬆一把撤下了戰甲，光著膀子朝身後的將士們大喊道：“給我殺出去！”結果還沒走出多遠，就被代善手下的一員將領一箭射在了脖子上，當場身亡。杜松和王宣、趙夢麟等將官全部陣亡，剩下的部卒更是橫屍遍野，血流成河。只有為數不多的明軍逃出了包圍圈，狂奔了二十里，到舒欽山時天色已黑，才止住腳步。
解決了明軍左翼中路的第二天，努爾哈赤立即向開原馬林一路發起進攻。馬林見杜松大敗，急忙轉攻為守，形成了一個“牛頭陣”。馬林親自率軍駐紮在崖邊，依靠著山結成了一個方陣，又命令士兵連挖了三層戰壕，壕外排列騎兵，騎兵外圍又布下槍砲，壕內則布列精兵；副將潘宗顏在飛芬山紮營，杜鬆後部龔念遂在斡琿鄂結營，兩營相距數里，呈犄角形。馬林愛好詩文，擅長吟詩作對，但在戰場拼殺運用戰計上卻很平庸。他自以為“牛頭陣”既能互相救援，又能以戰車和戰壕阻截滿軍騎兵的攻勢，以炮銃和火箭制伏滿軍的弓箭。但是他消極防禦，兵力分散，鼎足成陣，形成了被動挨打的局面，給努爾哈赤提供了可乘之機。
儘管努爾哈赤有多於敵軍三倍的兵力，卻沒有分兵圍攻明軍的三個營，而是集中兵力，先砍了“牛頭陣”的一個犄角，即龔念遂的營地。參將龔念遂和率領精兵的步騎，在槍砲的掩護下，進行嚴密防守。努爾哈赤攻打龔念遂營，也沒有四麵包圍，而是親自率領一千精騎，朝著防守最為薄弱的一面猛衝，攻打進去，推倒戰車，突破了一個缺口。八旗兵像洪水一般從缺口湧進龔念遂營，騎兵一字地向前衝，踩著死人和活人，衝突、砍削、狂奔、蹂躪。龔念遂營大敗。努爾哈赤在斡琿鄂得勝之後，急忙掉轉兵力前往尚間崖。
尚間崖的馬林營防守嚴密，努爾哈赤決定以佔據山的優勢，朝敵軍下面衝。當他看見馬林營內與壕外兵力會合，馬上命令道：“停止進攻上山，所有騎兵下馬應敵。”他派遣兩名貝勒率兵開始衝進馬林營。明軍見滿兵來襲，開始發鳥槍、放巨砲，但是他們的武器還沒怎麼施展下去，滿軍已到，明軍頓時陣腳大亂。兩軍開始用短兵肉搏，騎兵倒了一大片。滿軍受傷的也不在少數，滿將揚古力手臂上受了傷，他撕下衣服把傷口裹住，隨即率領一百餘兵力向馬林處攻去。正在激戰中的馬林驚恐萬分，慌忙帶了兵馬先行撤退。
馬林把大部分兵力撤走後，副將麻延立即被滿軍殺死，少數逃跑，剩餘的全軍覆沒。
努爾哈赤在攻下馬林營後，隨即又馬不停蹄地率軍朝飛芬山潘宗顏營進發。
飛芬山潘宗顏據山紮營，在陣前排列了很多戰車作為防御用，配合火器、督軍在內部堅守。努爾哈赤吩咐八旗兵力，命令一半重甲兵力持刀槍在前，輕甲兵和弓箭兵尾隨在後面；然後又命令另一半兵力包圍飛芬山，讓步兵冒死向前猛衝。
潘宗顏大呼道：“全軍給我壯起膽子迎戰！我們居高臨下，善於發放火器，戰勝滿軍不難！”衝上來的滿軍果真死傷無數，但是後者依然是勇猛異常，朝山上猛衝。潘宗顏眼看支持不住，八旗大軍幾乎都壓了過來。兩軍混戰、周旋、廝殺、肉搏，砲兵迎步兵、鐵騎衝砲兵；戰場上蜿蜒動盪，血肉橫飛。馬林的另一支犄角也被砍了下來，潘宗顏營終於潰敗。
這時葉赫率領兵力前來支援，聞聽明軍被打敗的消息後，又紛紛趕回營地。
其實在此之前，有人勸楊鎬說，馬林是個莽夫，從不聽取文臣的建議，希望明軍能夠換別的將領當此重任。楊鎬不聽，結果馬林終於兵敗。
努爾哈赤打敗撫順路杜松軍和開原路馬林軍後，馬上又接到了偵察兵帶來消息，明軍總兵劉鋌由寬甸已經進發到董鄂路，總兵李如柏也由清河進入到虎攔路。努爾哈赤先安排了下一步的預戰措施，然後命令一支軍隊向南部進發，防禦清河路李如柏的軍隊。他親自率領主力部隊朝東進發，在明軍必經之路上設伏，等待劉鋌軍到來。
劉鋌是明朝中與杜松齊名的勇將，受命之後，剛出寬甸，天氣突然大變，士兵們被風刮得睜不開眼睛，山谷雖然不遠，看起來卻是遙遙不可及，士兵的裝備武器都很不完善，沒有大砲火槍等重型武器，又因為地形不熟悉，遇到糧草不濟的問題，所以三天之後才到渾河，渾河距離毛牛寨還有六十里。而這時候劉鋌根本還不知道杜松和馬林部戰敗的消息。在這段行軍中，他們遭遇了不少小股滿軍。劉鋌在攻克了十餘座城寨後“軍勢大振”，但是他們沒有想到卻中了努爾哈赤的誘兵之計。
努爾哈赤對自己大軍說道：“和劉鋌明戰，我們佔不了便宜，所以我決定，派出一支精兵，將劉鋌等軍引誘到拉阿河、加哈和河分水嶺處的老道溝嶺，這個地形有利於設伏。只要劉鋌大軍一踏入這片領域，就會陷入我們的埋伏之中。”
劉鋌大軍一直追擊撤退的滿軍到阿布達里岡，這里地形複雜，易於設防。劉鋌大軍剛一到，就陷入了努爾哈赤設在阿布達里岡的埋伏當中。
努爾哈赤將一部分兵力埋伏在阿布達里岡的山間叢林裡，另一部分兵力潛伏在岡的南谷。劉鋌殺得正起勁，努爾哈赤的兵力在明軍的尾部開始進攻；代善率領四部騎兵，在岡的峽口前面的曠野進行正面突襲；又派了投降的漢人裝備成杜松軍卒的模樣，勸劉鋌投降。
努爾哈赤用剛繳獲的杜松軍中的大砲，點燃“傳報”。此時劉鋌正在阿布達里岡的進途中，忽然聽見了幾聲震天的砲響，以為西路的杜松軍士已經到了。劉鋌這人有些急功近利，怕杜松得了頭功，急忙又催促軍隊火速進軍。
由於阿布達里岡一帶峰巒重疊，路程艱難行進，馬不能列，兵不成伍，劉鋌隨後命令說道：“不要蜂擁朝前擠在一塊兒，分成一列。”
劉鋌的部隊剛進發到阿布達里岡的半道上，隱蔽在山頂上的、叢林中的、溪谷下的滿軍伏兵四起，將劉鋌部隊攔腰折斷，齊集兵力攻擊明軍的尾部。這時，皇太極也率領一支火槍兵沖向山上，那陣勢猶如洪水氾濫一般，朝明軍猛衝過來。
滿軍裡應外合，山谷佈滿伏兵，劉鋌奮力戰了數十回合，終於力竭敗亡。
阿布達里岡的劉鋌軍失敗之後，代善等移師富察，進擊監軍康應乾統領的劉鋌餘部。
在後金與明朝決定雌雄的薩爾滸之戰中，以金軍的勝利和明軍的潰敗而告結束。這次戰役，明軍損失重大，文武將吏死亡三百一十餘員，軍丁死亡四萬五千八百七十餘人，陣失馬、騾、駝共兩萬八千六百餘匹。明軍在薩爾滸之戰中所以失敗，固然有政治腐敗、軍事廢弛、將帥不和、指揮失算的原因，但是最主要的還是努爾哈赤戰爭策略的運用。面對四面合圍的敵軍，他沒有分兵四處截擊，而是集中優勢兵力各個擊破，就像李永芳所說的“憑你幾路來，我只一路去”。