元妃蕭耨斤雖然生下皇子，但是皇后蕭菩薩哥天生貌美多才，平日里對承天太后又非常恭敬孝順，所以依舊深得承天太后和聖宗皇帝的寵愛。這一切讓元妃蕭耨斤又妒又恨。那麼野心勃勃的蕭耨斤會用什麼卑鄙手段來對付皇后蕭菩薩哥呢？
元妃蕭耨斤看在眼裡，惱在心頭，你有什麼了不起？你連孩子都生不出來，就會弄點兒奇技淫巧，媚惑聖心。所以我得想辦法把你弄死，我好當皇后。
皇后多才，才女就難免有點兒酸文假醋，皇后愛聽曲，甚至自己有時作詩作詞，讓樂工譜成曲，所以她跟兩個樂工就接觸比較多。於是元妃就密告聖宗，說皇后跟這兩個樂工有曖昧關係。但是聖宗根本就不信，置之一笑，說你就是羨慕嫉妒恨，以後不要跟朕講這些了，我根本就不信。元妃處心積慮地要害皇后，甚至把匿名信扔到聖宗的龍床上，聖宗打開一看，說此必元妃所為，點把火給燒了，根本都不告訴皇后。
皇后對此事也很大度，因為她的地位是不可撼動的。你來這套就是因為你失敗了，我作為勝利者我很大度。所以，皇后不拿她當回事。而且在承天蕭太后死後，皇后也開始學習自己的姑母兼婆母兼舅母，把攬朝政，自置官署，把自己的生日定為順天節，皇后一族勢力是很大的，因為她的兄弟都是宰相。
皇后的勢力大，元妃也在培養自己的勢力，她的兄弟們也都入朝做官，後黨跟妃黨早晚有一天要火併。這一天很快就到來了，聖宗皇帝在位的第四十九個年頭上病入膏肓，眼看就要歸天了。皇帝還沒死的時候，元妃就當著聖宗的面惡毒地咒罵皇后：“老物寵亦有既耶！”（《遼史后妃傳聖宗仁德皇后蕭氏》）你老東西受寵的日子已經沒有了。聖宗還沒嚥氣呢，元妃就當著聖宗的面這樣罵皇后，所以聖宗很為皇后的將來擔憂。確實皇后是仗著我寵著，我要是歸了天，皇后宅心仁厚，鬥不過元妃蕭耨斤，可怎麼辦呢？聖宗就把太子，也就是皇后撫養大的耶律宗真叫到床邊，跟耶律宗真講：“皇后事我四十年，以其無子，故命汝為嗣，我死，汝子母切毋殺之。”（《契丹國志》卷七）皇后侍奉我四十年，因為沒有孩子所以立你為嗣，我死了之後，你告訴你親媽，就是元妃蕭耨斤，千萬別把皇后給害死。耶律宗真點頭稱是，兒臣領命，父皇放心地去吧。遼聖宗遺命，蕭菩薩哥皇后上尊號齊天皇太后。聖宗歸天后，耶律宗真繼位，是為遼興宗。
興宗一繼位，元妃大權在握，為了扳倒齊天皇太后，她就密謀要陷害蕭菩薩哥。首先她把先皇的遺詔焚毀了，遺詔裡說，皇后是太后，元妃是太妃，太妃也還是妃，所以這遺詔必須焚毀。元妃焚詔之後把自己抬升到太后的位置上，自稱法天皇太后，等於現在是兩宮太后了。這非常像清朝的慈安、慈禧，慈安是正宮，慈禧是生母，也是這樣的兩宮太后。她跟清朝的慈禧太后也有相似之處，就是一定要把正宮太后給扳倒。於是誣陷皇后的兩個親弟弟謀反，編排了一堆罪證，把兩位國舅下獄處死。
兩位國舅冤死之後，法天太后就要對齊天太后開刀了，原來的元妃要對原來的皇后開刀，報當年的一箭之仇，她要把太后下獄，興宗皇帝趕緊出面阻止。 《遼史后妃傳聖宗仁德皇后蕭氏》記載，興宗說：“皇后侍先帝四十年，撫育眇躬，當為太后；今不果，反罪之，可乎？”你自稱太后本來就不符合先帝遺詔，現在還要把齊天太后害死，能這麼幹嗎？法天太后就教育自己的親兒子，“此人若在，恐為後患”，必須殺掉。興宗抗辯：“皇后無子而老，雖在，無能為也。”她無子年老，就養著她吧，不要殺害。興宗這個時候雖然沒有什麼實權，但他畢竟是皇上，所以他說話，法天太后也不能不聽。既然興宗反對殺她，那行吧，就把她關起來。關起來之後，處心積慮地找機會要下手。終於趁興宗一不留神的時候，法天太后派內侍傳旨，讓齊天太后自盡。齊天太后看到這個讓她自盡的聖旨之後，對來人說，我實無罪，天下共知。然後沐浴，自縊而死，時年五十歲。
遼聖宗最珍愛的皇后，他立下遺詔要保全的皇后，終究還是沒能保全。