按照南京當地報紙《和平日報》的記載，從1948年12月20日開始進行的夜間戶口檢查活動在新年的2月5日還沒有結束，並且正成為常態，兩萬多人的行政人員組成5千多個“夜間入戶”檢查小組，敲開房門檢查戶口，要是有不符合戶口記錄的人口，必須馬上去警察局登記，不進行登記的人家連每月15斤的戶口米也領不到。
報紙報導，“多數民眾能理智對待夜間登記”——事實上，“不理智對待”不可行，要是沒辦法領取政府供給的戶口米，多數平常人家只能餓死。
根據當時在南京政府公務人員周家讓回憶，儘管管制物價，規定所有商品不能超過1948年8月19日的價格，並且所有的商店不允許關門，可是，到了這個階段，金圓券發行沒有限制，米價與8月19日相比，已經上漲142萬倍，“人們用麻袋裝鈔票購買商品，已經不算是什麼新聞”。
按農曆算，這是正月初七，可是南京絲毫沒有過年氣氛，《和平日報》的記者實地考察，即使是山西路的富人區也悄然無聲，以往家家戶戶懸掛的精緻的荷花燈也不見了踪跡，只有“一個孩子拿著劣紙糊的兔子燈”在街道上玩耍。
“首都衛戍總司令”張耀明還在竭力維護首都南京的正常運轉，一方面是嚴格控制和供應食品，另一方面也是為了對付騷動不安的民眾，“自從戶口登記以來，已發生多起冒充公務人員入室搶劫案”。當然，更是為了防止共產黨人混進南京城。
可是，這種維持在2月初即成為泡影——就在5日上午，行政院長孫科正式宣布，行政院開始正式在廣州辦公。孫科自從1月20日離開南京後，一直在忙於行政院南遷，早在1月29日的農曆大年初一，由於行政院所屬的中央銀行南京分行的現金都已經搬家，代理總統李宗仁甚至拿不出銀元來慰勞“首都衛戍部隊”。行政院的很多部會，甚至只留下一兩個小職員看門。按照《李宗仁回憶錄》的記載，當時，“南京城空了一半”。
孫科將行政院遷往廣州後，“府院矛盾”展現在所有人面前——李宗仁陷入更大困境：政府的存在受到了置疑，南京只有一個空洞的代總統，沒有行政機構；而廣州只有行政機構，沒有政府首腦。 《李宗仁回憶錄》中，李宗仁坦誠了和孫科的矛盾起源：多年來，他和孫科一直關係尚好，可在1948年的副總統競選中，孫科作為蔣介石支持的“黑馬”，與李宗仁展開了激烈競爭，“桂系”的黃紹竑為了讓李宗仁當選，“竟至揭露孫博士作為一個政治家的陰私。黃氏用假名發表了幾篇文章，重提舊日的桃色事件——'鄙眷藍妮'”。
“藍妮是一個頗有姿色的交際花，曾有個時期是孫博士的情婦，後來，她還叫兩個女兒稱孫氏為父親。抗戰時期，藍妮一直留在上海，並且得到一筆相當可觀的來歷不明的財產。日本投降後，所有偽官員的財產都由政府沒收，其中也包括藍妮小姐的。”孫科當了立法院長後，給上海官員去了信，稱“藍妮”為“鄙眷”——此信成為轟動一時的笑談。而黃氏用文學家的筆法將此事重提，李宗仁回憶說：“孫博士尷尬萬分，並認為我手段惡劣。”
孫科不僅是為報復李宗仁，也是對守衛南京已經毫無信心，他對李宗仁說，共產黨的軍隊已經到了臨浦鎮，南京已經處於遠程大砲的射程之內，為使政治中心不受軍事威脅，他一定要將行政院遷往廣州。他把自己花了10萬美元在中山陵附近造的一幢精美別墅賣給了行政院下屬的中央銀行，這也是當時報紙轟動一時的新聞。
行政院遷往廣州後，李宗仁不得不反擊，他在南京召集立法委員復會，而孫科和蔣介石也指示20多個立法委員主張在廣州復會。當時報紙聲稱，願意在廣州復會的立法委員可以領到很高的報酬，遠比在南京復會的每日發2000金圓券的立法委員報酬高。可是李宗仁還是得到了大多數人的擁護，有300多立法委員在南京復會，立法院復會後通過兩項決議，一是讚成李代總統和中共和平協商的主張，二是要求行政院長孫科回南京報告施政過程。
監察院長於右任也站在李宗仁一邊，並沒有隨大批官員出逃。
按照《李宗仁回憶錄》記載，李宗仁在2月份先後派遣於右任等人去廣州勸返孫科，可是都無功而返。 2月22日，李宗仁自己飛往華南，表面上是去視察。當晚他和孫科進行了長談，孫科說，在敵人的砲火下，不可能處理政務。李宗仁拿出抗日戰爭進行反駁，說當時的情況更危急。最終，孫科同意將立法院遷回南京。
可是，即使遷回南京，此時的立法院也不能有所作為了。根據當時在立法院工作的儲子潤回憶，早在1月末立法院南遷前夕，就進行了大量裁員，當時思想進步的青壯年、在立法院系統工作的中共地下黨員或者同情中共的人，包括厭倦了國民黨統治的中年人基本上辭職，60%的人已經離開了立法院。
而在立法院遷回後，李宗仁只獲得了表面勝利，所謂复院，只是裝門面而已。儲子潤回憶，去了廣州的人根本不願意回來，孫科只帶了少數人回南京，“寡人一個，一籌莫展，終於辭職。”
此時的立法院已經成為爛攤子，沒有人願意接任。李宗仁多次勸說何應欽接任，並且用兩人多年前共事之情打動他，何幾次請示在溪口的蔣介石後，終於勉強接任。可是，因為當時南京城已經半空，“我和何應欽要克服無數困難才能組成新政府”。當時南京沒人辦事，行政院不得不動起了留在廣州的那批不回來的職員的腦筋，添設了六隻巨大的鋁皮箱，每日由飛機將大量文件送往廣州進行處理，儲子潤回憶，民航總局接到通知，廣州和南京之間的班機運送公文成為重要事情。