1948年和1949年的交替，預示著一種舊政治制度的結束。蔣介石周圍的世界碎裂了，他即使坐在總統府的子超樓裡，也能清晰地聽得見“破冰”的聲音。他的私人秘書和智囊陳布雷在南京的住宅中自殺了。 “讓我安靜些。”在陳布雷的日記後面有這樣一句話，“我現在已到了燈枯油幹的時候了。”他身體虛弱，患有失眠症，心情總是很憂鬱，最不能使他忍受的是，他發現自己唯一的女兒竟是共產黨的地下黨員，把重要機密送給了共產黨。陳布雷感到國民黨的失敗已是無可避免，並責怪自己沒能影響蔣介石的政策和決定。
國民黨能動用的軍需儲備物資幾乎已被全部投入到南京以北兩三百公里的廣闊戰場上去了，蔣介石在徐州和長江一線的防御也被攻破，何基灃軍隊的倒戈在左側打開了一個缺口；徐州之戰更注定了國民黨政府的命運。
這時，國民黨政府內部出現了一個和平團體，認為只有和共產黨談判，才能延緩共產黨的進攻。起初，他們的頭頭是廣西將領白崇禧，很快這些人就擁白崇禧的老朋友李宗仁負責。白崇禧控制著50萬軍隊，對他的要求，蔣介石不能掉以輕心。
蔣介石派張群兩次從南京飛漢口，和白崇禧商討形勢，但幾乎所有人都跟蔣介石唱反調。湖南、湖北、河南、廣西各省參議會議長聯合簽發了一份電報，要他對自己的前途馬上作出決定，張群也對蔣介石說他贊成和談。聖誕節，蔣介石收到了白崇禧的電報，要他在美蘇聯合調停下立即與共產黨和談。
南京總統府隨後度過了氣氛壓抑而可怕的一個星期。蔣介石召集全國主要軍事將領，舉行了整整一星期的會議。每逢新年，蔣介石總習慣於向全國發表一份新年文告，文告內容通常在一星期前就公佈於眾了，但1949年，直到元旦前一天下午文告才起草好，並譯成外文。
12月31日，蔣介石發表新年致詞時，邀請了大約40名國民黨中央執行委員會委員到他在黃埔路的官邸吃飯。他默默地聽完了他們謹慎的發言，接著咆哮說：“我不想引退，你們這些國民黨官員卻想讓我引退。我引退並不是因為共產黨，而是因為國民黨內部的某些人。”這天晚上，所有國民黨的核心人物都在這所房子裡度過。
蔣介石引退後的1個月，南京政府陷入了混亂。時任國民政府行政院長的孫科宣布，以3個月薪金的疏散費遣散80%的公務員工，在當時惡性通貨膨脹的形勢下，3個月的薪金只夠1個月的伙食費。面臨失業的財政部官員們包圍了他們的次長楊道樾，並對一個叫羅宗文的司長大打出手，結果除了3個月薪金，還爭取到3000元疏散費。這個事件讓各部門紛紛效法，並聯合了2000人到行政院請願，致使“政務會議”不得不三遷會場。
2月初，國民政府行政院院長孫科宣布要把政府搬到廣州，他在這座南方大都市組建了包括外交部在內的內閣。但對於臨時首都究竟定在哪，孫科自己也沒有完全拿定主意。原來決定政府一級部門（行政院、國防部、外交部等）的首腦應當留在南京，但他們大多數人都在上海或到廣州去了。倒霉的是下級官員，外交部下屬200人帶著400名家屬剛開始他們漫長的行程，就在此刻極為混亂的火車站等候了3天。後來終於乘上火車，卻在去上海的途中，為了給軍隊讓行全部被趕下車來，在吳淞口為等候南下的輪船耽擱了一個星期。