在黨衛軍保安處內，希姆萊不信任海德里希，這已不是什麼秘密了。海德里希給黨內每個人，包括元首在內，都立了厚厚的一本檔案，因此便受到他人的鄙視（一天，海德里希讓他的下級昆特·西魯普看了一幅希姆萊的照片。他捂著希姆萊的臉的上部說，“上半部是教師，下半部是”虐待狂”）。但是，希特勒卻為海德里希安排了大計，甚至考慮讓他當繼承人——由於空軍錶現令人失望，戈林失寵——除仍讓他享有高官厚祿外，還讓他出任“摩拉維亞和波希米亞代理攝政王”一職。在捷克斯洛伐克製造白色恐怖，迅速地粉碎了抵抗運動後，海德里希又做巫婆又做鬼，充當了恩人的角色，尤其是對工人和農民。他提高了產業工人的脂肪定量，改善了社會安全系統，為工人階級徵用了不少高級族館。“他與捷克人玩貓捉老鼠的遊戲”，他的知識分子同事戈培爾評論道。不管他放什麼在他們跟前，“捷克人都一口把它吞掉。他採取了許多極受歡迎的措施。尤其是他幾乎完全征服了黑市。 ”
海德里希在捷克斯洛伐克所取得的成就，激起捷克流亡政府採取行動。由於捷克斯洛伐克的居民，在這位仁慈的惡霸管轄下，有可能服服貼貼地接受第三帝國的統治，他們便決定暗殺海德里希。於是，曾在蘇格蘭一所學校裡受過破壞訓練的兩名無銜軍官楊·庫比斯和約瑟夫·加拜克，便乘坐英國飛機，空降至這個託管國。
５月２７日上午，這兩名暗殺者，在兩名捷克愛國者陪同下，藏在海德里希的鄉間別墅與布拉格赫拉德欣堡之間的一拐彎處。當海德里布的綠色的敞篷“麥塞蒂斯”開過來時，加拜克跳了出來，扣動他的輕機槍的扳機。槍沒響，他再次扣動扳機，槍再次卡殼。站在他身後的庫比斯連忙朝小汽車甩出一顆手榴彈。手榴彈滾了滾，不動了。海德里希喊道：“踩油門！司機！”但是，最後一分鐘換上來的司機卻仍在踩剎車。
手榴彈爆炸了，炸掉了小車的尾部。表面上看未受傷的海德里希，跳到路上，手中提著手槍，邊打邊喊，活像是“任何一部西部片中某一場戲中的主人公”。庫比斯騎自行車跑了；加拜克並未受傷，槍卡殼時他呆立了片刻，然後脫逃。突然，海德里希手中的槍掉落在地上，他摸了摸右半邊屁股，搖晃著身子。車子表面的裝飾物碎片和彈簧碎片打進了他的肋骨和胃部。人們立刻將他送進附近的一家醫院。但是，由於他的傷勢看來不重，他只接受德國醫生為他診治，其餘一概拒絕。人們終於找到一名德國醫生，他宣布，必須進行手術治療，因為碎片已打進肋部與肺部之間的隔膜，有的還打進了脾臟。
身在“狼穴”附近的臨時指揮部內的希姆萊，聽說自己的得力干將生命垂危，不禁哭了出來。但有些黨衛軍官兵卻認為，希姆萊流的是鱷魚眼淚，因為海德里希平步青雲，深得希特勒的寵愛一事令他非常惱火。在布拉格，海德里希已奄奄一息，他小聲警告其手下人西魯普，必須提防希姆萊。
後來，在檢查海德里希的死因時，希姆萊對黨衛軍外國情報處主任瓦爾特·舒倫堡說：“不錯，正如元首在他的葬禮上說的，他確是個有鋼鐵般意志的人。但正當他身處權力巔峰時，命運有意將他調走了。”他的語調非常陰鬱，但舒倫堡卻永遠不會忘記。 “在講這些話時，他像老佛爺似地點頭稱許，夾鼻眼鏡後的那雙小眼，突然射出光芒，活像是非洲沙漠中似龍非龍，似蛇非蛇的怪物的雙眼。”
那兩名暗殺者，連同另外５名捷克抵抗運動的成員，終於被黨衛軍在布拉格一座教堂內捕獲，並被處決。但這只是報復的開始。在波希米亞和摩拉維亞，出現了恐怖統治，使海德里希的所作所為都變成了仁政。包括利迪策的所有男人在內的１３００多名捷克人被立即處死，其莫須有的罪名是這些居民窩藏兇手。利迪策被焚，連廢墟也被炸毀和推平。這座不出名的村莊之被剷除，不但引起了西方世界的厭惡和忿怒，而且在捷克斯洛伐克內部也點燃了抵抗精神的火焰（*“我們飛往捷克斯洛伐克去刺殺海德里希時，總的想法就是如此”，戰後，英國工黨議員帕古特承認，“捷克的抵抗運動的主力是後來黨衛軍採取報復手段的直接結果。”）
海德里希被謀殺後，受苦最深的是猶太人。在他被謀殺的當天，柏林就處決了１５２名猶太人，還有３０００名被從德萊西恩施塔特集中營運往波蘭。 ——在波蘭，屠殺營已開始源源不斷地接收受害者。
在“最終解決”問題上，最可怕的一個發明恐怕是“猶太人委員會”了。這個委員會除主管驅逐工作外，還擔任毀滅工作。它是由猶太社會中認為最好的政策莫過於不抵抗並與德國人合作的頭領們組成的。 “我不惜犧牲５萬名猶太人”，一個名叫摩西·梅林的典型的頭領說，“去拯救另外５萬人。”
６月初，集體屠殺的暴行已在希姆萊的書面命令下進行了。艾克曼曾把這份命令讓他的一名助手狄埃特·維斯里塞尼看過。他還向他解釋說，“最終解決”的意思，是把猶太種族滅絕。 “上帝可千萬要禁止我們的敵人也對德國人做類似的事情！”大吃一驚的維斯里塞尼喊道。
“別感情用事”，艾克曼說，“這是元首的命令。”這一點，在７月末希姆萊寫給黨衛軍主要辦公室的一封信中也得到證實。 “東部佔領區的猶太人必須清除乾淨。元首已把執行這道命令的艱鉅任務加在我肩膀上了。不管在何種情況下，誰都無法幫我卸下這副重擔。所以，我非禁止任何人的干預不可。”
武裝黨衛軍技術消毒服務處處長庫特·格斯坦因所聽到的消息，已經使他絕望了。 “納粹的惡魔行徑令他大驚失色”，一位友人回憶說，“也使他覺得，他們並不是不可能取得最後勝利的。”那年夏天在德占區４個滅絕營進行的一次巡察中，格斯坦因親眼看到了他所談到的東西。在第一個滅絕營，他和兩名同事——艾克曼的副手和一名叫普芬南斯狄埃爾的衛生教授——被告知說，希特勒和希姆萊剛下令“全面加速行動”。兩天后，在貝烏澤茨，格斯坦因見到，這些話已變成了現實。
“看了那麼多，或能看到那麼多的人”，負責人克里斯蒂安·維爾特告訴他，“活著的不到１０個了。”格斯坦因觀看了滅絕的全過程。那天貨車運來６０００人，其中１４５０人業已死亡。活下來的人被用鞭子趕下車後，便命令他們將衣服剝光，把假肢、眼鏡等取下，把貴重物品和錢交出來。女人和少女的頭髮全被剪下。 “給潛艇人員做好東西”，一個黨衛軍人員解釋說，“做漂亮的拖鞋。”
格斯坦因眼見著他們列隊進入死亡室，內心非常反感。男女老幼，赤條條的，列隊打他跟前走過，非常可怕。一個身材高大的黨衛軍士兵、用牧師講道的口吻，大聲向眾人保證，不會有可怕的事情發生的。 “你們只要深呼吸就行了。這可加強肺的功能。吸氧是防止傳染病的方法之一，是消毒的一種良方。”有些人膽怯地問，他們的命運如何？這個黨衛軍士兵作了進一步的保證：男人修路、造房子，女人做家務或在廚房裡幫工。但是，死亡室裡發出的臭味卻不講自明，前面的人站著不動，是後邊的人硬把他們擠進去的。大多數人都默默無語，只有一個女人，眼中閃著忿怒的光芒，大罵謀害她的兇手。維爾特用鞭子抽她，迫她前行（維爾特是斯圖加特前刑警局局長）。有些人在祈禱，有些人則在問：“誰給我們水去洗死者？”格斯坦因與他們一起祈禱。
至此時，毒氣室已擠得水洩不通。但是，柴油車用其廢氣毒殺猶太人，司機發動不著車子。因為耽擱而氣得發瘋的維爾特，便用鞭子去抽司機。兩小時又４９分鐘後，柴油車發動著了。又過了２５分鐘後，格斯坦因往毒氣室裡瞧了瞧。裡邊，大多數人業已死亡；３２分鐘後，全部歸西。格斯坦因回憶說，他們全筆挺挺地站著，“像玄武岩柱子似的，因為連倒地或傾斜的空間都沒有。各家人都手拉著手，死後仍拉著。”恐怖仍在繼續：一群工人用鐵鉤將死者的嘴巴撬開找金牙，其他人則在肛門里或陰道裡尋找珠寶首飾。維爾特很得意。 ”你自己看看”，他指著一大箱金牙說，“有多少黃金呀！昨天，前天也收了這麼多。每天我們能找到什麼，你是想像不到的；有美金，有鑽石，有黃金，明白嗎？”
格斯坦因硬著頭皮看完了最後一個程序。他們把屍體扔進壕溝。壕溝有許多條，每條長數百碼不等，就在毒氣室旁，很是方便。人們告訴他，因為中了毒，屍體數天后便會腫脹，屍堆高起二三米。消腫後，屍體被堆在鐵路枕木上，加上柴油，燒成骨灰。
次日，格斯坦因一行驅車來到華沙附近的特萊勃林卡。在那裡，他們看到的設施幾乎毫無二致。但規模更大。 “８個毒氣室，衣裳堆積如山，高３５米至４０米不等。”為慶祝他們的來訪，營方特為僱員們舉行了一次宴會。 “當人們看到這些猶太人的屍體後”，普芬南斯狄埃爾教授說，“他們便會明白，你們做的工作是何等偉大！”晚宴後，主人向客人們分發奶油、肉和酒，作為臨別贈禮。格斯坦因撒了個謊，說這些東西他農場裡供應充足。於是，教授便拿了他的那份和自己的一份。
到達華沙後，格斯坦因馬上動身返回柏林，決心將自己眼見之可怕情景告訴人們。他成了一個現代的“古老水手”，他把真情傳播給他的同事們——他們怎麼也想像不到會有這種事！如同扔進池塘中漣漪越泛越大一樣，庫特·格斯坦因的故事也越傳越廣。