在得悉赫斯出走的次日，希特勒便發布了兩道鎮壓的法令。第一道法令宣布，在即將到來的入侵中，凡持武器反抗德軍的俄國人，均係不法分子，可以格殺勿論。另一道法令則授權希姆萊執行“兩個相反的政治制度之間的鬥爭所產生的特殊任務。”希姆萊可以不受陸軍制約而獨立行動，“自行負責”。任何單位均不得乾預，“政府和黨的最高人士”不得進入業已佔領的俄國領土，因為在這些地區裡，被稱之為“特別行動隊”的黨衛隊的特別暗殺隊，將對猶太人和其他搗亂分子進行“清洗”。
這兩道法令使艾爾弗雷德·羅森堡發愁——不久前，他已被任命為“東歐問題中央控制委員會”專員。羅森堡本人是波羅的海地區人，認為應把蘇聯人當作反斯大林分子，而不該當作帝國的敵人對待。他對希特勒說，他們會歡迎德國人的，會把德軍當作把他們從布爾什維克——斯大林暴政下解放出來的解放者看待的。我們應該信任他們，給他們一定的自治權。每個加盟共和國都應區別對待。例如，烏克蘭“應是與德國聯盟的獨立國家”，但高加索卻要由一名德國“全權大使”統治。
羅森堡堅信，在東方採取高壓政策，勢必毀滅生存空間的精神。於是，他便草擬了一項備忘錄，上書希特勒，反對這兩道法令。如果不使用現在在治理蘇聯人的文官和行政官員，德國怎麼能在佔領區建立起一個文明政權？他建議，只“清洗”“年老的或暮年的官員”。希特勒未作肯定回答。希特勒的特點是，他不願積極參與希姆萊和羅森堡的權力之爭——這種鬥爭，只要德軍一跨進蘇聯，勢必發生。在這場權力角逐中，正在國社黨內飛黃騰達的新星鮑曼將是一個決定性的因素。他已加盟希姆萊。
與此同時，“巴巴羅沙”的最後準備工作在繼續進行。 ５月１０日海軍上將雷德爾告知希特勒，他將停止向蘇聯交付重要的原料。事實上，在此之前，從東方來的到貨很多，而運往蘇聯的貨物已相對減少。除１５０萬噸糧食外，蘇聯交付了１０萬噸棉花，２００萬噸石油產品，１５０萬噸木材，１４萬噸錳，和２．５萬噸鉻。斯大林雖然懷疑赫斯出走一事，但仍急於撫慰希特勒，批准用快車從遠東向德國運送重要原料（例如銅）。
同一天，舒倫堡會見了莫洛托夫。早些時候，舒倫堡曾猜測，斯大林新近鞏固政權之舉，只意味著蘇聯的外交大權完全掌握在斯大林手中。此次會見加強了他的這個看法。在匯報中，舒倫堡對“巴巴羅沙”避而不談，只是說，在過去幾星期中，蘇聯對德國的態度大有改善。但是，無論是海軍上將還是外交官員，都無法再說服希特勒。 ５月３０日，即德國軍隊從英國人手中奪得克里特島後３天，雷德爾敦促希特勒向埃及和蘇伊士運河展開大規模攻勢，試圖將他的注意力從東方引開。他敦促說，打擊，此其時也。若有援軍，隆美爾將軍定能取得決定性的勝利。他說，“這一招，對大英帝國來說，比奪取倫敦更為致命！”
這種勸告希特勒是不會聽了。 “巴巴羅沙”已在行動，除了大禍臨頭，否則什麼也無法將它推遲。他最關心的莫過於保密。一年前在比利時的不幸至今仍令他心有餘悸，所以，時至今日，他們未將入侵俄國一事通知墨索里尼。 ６月２日，當他與他的年長的盟友在勃崙納山口會晤時，他還大談迫使英國投降（此次將使用潛艇）的決心，赫斯的出走以及巴爾幹半島的形勢。對“巴巴羅沙”，他隻字不提。這不但是為了保密，而且是因為墨索里尼曾明確告誡希特勒不要進攻蘇聯。這已成了德國的“痛腳”。
“巴巴羅沙”最後階段的準備工作開始時，通往東部的公路和鐵路線非常繁忙。 ６月６日，希特勒將日本大使大島召至貝希特斯加登，並向他透露，由於蘇聯侵犯邊境，大量德軍已開往東部。 “在這種情況下”，他說話時的信心給大島留下了深刻的印象，“我們之間的戰爭或許是不可避免的。”在大島看來，這等於是宣戰，於是便立刻警告東京，（德國）入侵俄國已迫在眉睫。
這是對元首很有意義的一天。他令馮·勃勞希契元帥起草一份指示，宣布消滅所有被俘的蘇聯政委，因為這些人代表了完全與國家社會主義相反的意識形態。以便把發動一場殘酷的意識形態之戰的威脅合法化。他的總司令激烈地反對。
希特勒簡短地說：“我並不要求諸位將軍理解我的命令，但我要他們執行。”這項指示的措詞是不可能被誤解的。 “這些政委是野蠻的亞洲戰法的發明者，因此，必須從嚴從速予以處置……不管是否在戰爭中或抵抗中被俘，均應立即槍決。”這道源於意識形態的命令，將由陸軍和希姆萊的特別行動隊共同執行。而這道命令由最高統帥部發布這一事實，對希特勒而言，是對軍方的另一次勝利。它把軍方與他的政治綱領捆在一起，將他們變成不心甘情願的同謀，同黨衛隊一起，去完成未來的宏偉計劃。
為達到這一目標，他必須首先消滅紅軍。為此，他又必須得到與蘇聯交界的可以信任的各國的幫助——這些國家，由於對布爾什維主義抱有恐懼的仇恨，也有自己的帳要與斯大林清算。被迫接受苛刻的條款以結束與俄國的短暫的流血戰爭的芬蘭人，用不著多少言語，便願意參加這次遠征。 ６月８日，德軍步兵師的先頭部隊便在芬蘭登陸。兩天后，曼納興元帥下令部分動員。希特勒也信任羅馬尼亞；６月１１日，他私下對伊昂·安東奈斯庫將軍說，他決定進攻俄國。他說，他決不是要求安東奈斯庫援助他打這樣一場戰爭，“僅僅希望羅馬尼亞能為自己的利益，盡力為成功地結束這場衝突提供方便”。由於對未來的戰利品和軍事榮耀動了心，羅馬尼亞的獨裁者便匆忙宣布，從第一天開始，他便參加戰鬥。