國民黨政府逃踞台灣，雖然只剩下彈丸小島，卻仍維持著舊日在南京的門面，五院各部俱全。也有一個“中央研究院”，算是最高學術機關，直屬“總統府”。
1957年秋天，中研院原來的院長朱家驊辭職。 11月3日，評議會選舉胡適為院長候選人。 4日，蔣介石便圈定胡適為中央研究院院長。胡氏正因台灣圍剿《自由中國》事件，決心回去；加上那時台灣局勢暫趨穩定，他已年老多病，想回台灣過幾年安定日子，了完學術上的舊債，便欣然應命。不久，胡適給陳之藩寫信，即說到他已決定回台北去。信中寫道：
我的打算回去，是因為我今年66歲了，應該安定下來，利用南港史語所的藏書，把幾部未完的書寫出來。 ①
這年4月6日，胡適便飛離美國，結束了在美國整整九年的流亡生活，於8日下午飛抵台北機場。
那天到機場歡迎胡適的，有台灣國民黨政府的“副總統”陳誠及各機關官員、友好和青年學生，據說有五六百人。連八十高齡的於右任老先生，也拄著拐杖，坐在機場進口處等候。胡氏被圍堵在飛機的舷梯旁，與官員友好一一握手，又在一些學生社團的旗下照相，又對記者談話，鬧騰騰的。第二天，又是賓客盈門，應接不暇。生性好熱鬧的胡適，自然很高興。
4月10日，胡適就任中研院長，並主持第三次院士會議。這天，蔣介石以“總統”
之尊，親臨致詞，對胡氏恭維頗多。胡適則忙著握手，致答詞，接著又選舉新院士，熱熱鬧鬧，忙得他滿心歡喜，滿臉微笑。
從此以後，胡適在台灣生活的近四年時間裡，當局和朋友都要藉重他來點綴“民主自由”，他也誠心希望台灣當局多搞一點“民主自由”，因此，令他高興的熱鬧事也便接連不斷。例如：這年11月，胡適搬進了當局給他專門撥款在南港建造的院長住宅。 1959年初，胡適所擬定的“國家長期發展科學計劃綱領”正式通過，並成立了以他為主席的長期發展科學委員會。這年7月，胡適接受夏威夷大學贈送的人文學榮譽博士學位，這是他一生獲得的35個榮譽學位的最後一個。 1960年6月，他所崇敬的原哥倫比亞大學校長、現任美國總統艾森豪威爾訪問台灣，胡適參加了歡迎宴會，並與艾氏同到圓山飯店晤談。 1961年10月，夫人江冬秀終於告別了紐約的牌友，回到台灣，家人團聚。四年間，他主持的三次院士選舉，選出了楊振寧、李政道、吳健雄、袁家騮、楊聯昇、任之恭、梅貽琦等30名新院士；
他的許多舊著在台灣重印，還影印了他心愛的寶書甲戌本。此外，更有經常的演講、宴會、拜訪應酬，以及獻花祝壽等許多熱鬧事，報紙上也不斷有關於他的“花邊新聞”。 1960年12月17日，是胡適的70大壽，祝壽的更是“你方唱罷我登台”，熱鬧了好些天；蔣介石也贈以親書的“壽”字鏡框，還特意在官邸設宴為胡適祝壽。 ②凡此種種，似乎可以說是知遇特隆，應該滿意的了。
然而，胡適在台灣這最後幾年的生活路程，是並不平坦的；在知遇和熱鬧的背後，許多不愉快的事竟彼此牽連，接連發生。
首先是他的健康狀況越來越不好。他本是有心髒病的人；在台灣的幾年間，先後四次住進台灣大學附屬醫院，每次都是心髒病復發，而且一次比一次嚴重。這自然是老年人所難免的；但若干不快意的事件和環境，往往是他舊病一次接一次復發的直接根由，又往往引起病情的惡化。
其次是他的經濟狀況，也使他不能不憂慮。當年在胡適身邊工作的楊樹人先生寫了一篇回憶文章，其中有這樣一段記述：
他在四十九年最後一次赴美以前的某一個晚上，我親記得他對我說：“我不在美國，我的太太一人要計劃自己出資，借南港一塊小地，建一所小屋，身後即送與研究院。我想，在那一晚對我說話時，那一筆錢是沒有了。聽說，他曾退而求其次，打算籌集一點小款，在台北市內頂一所小房子，備胡夫人回國居住。據王志維先生(他受託處理胡先生私人收支)告訴我，少數版稅(胡先生在台印書，多半不收版稅)的收入，經他盡量設法積存，付一所15疊席房屋的押租都不夠。我想，其餘就不必深問了。
後來胡夫人是回國了，我想胡先生的經濟情形並沒有什麼改善。連一次一次進醫院的醫藥費都感覺困難。醫師每次都說他需要在醫院多住幾天，他的朋友也勸他，而他自己總是堅持提早幾天出院。 ③
“人怕老來窮”，人們由此大約也不難想見胡適晚境的淒涼罷。
而最讓胡適感到困擾和難堪的，是社會上牽涉到他的許多風風雨雨的事件。
最先的一件，是《胡適與國運》。 ④據楊樹人先生的文章說，胡適回到台灣的第二天，即有人送給他一本《胡適與國運》的小冊子。這是一本濫用“學術研究”
之名，對胡適進行謾罵和人身攻擊的書，共收四篇文章。有的說胡適自己想當領袖，他的公式是：
理想的胡說的領袖=無智+無能+無為+外國大學生=胡適。
有的攻擊胡適當年打孔家店，“是攻破民族精神堡壘”；而今提出“三無”總統，“何嘗不是要撤銷今日台灣的國防呢?”很明顯，這些是對胡適那篇為蔣介石祝壽文的反攻。有的則說胡適當年反孔，反文言文，把大陸的人心搞亂，為共產黨鋪路，因而使國民黨丟了大陸。而作者認為——
不料有人說胡博士要到台灣講學，我想大陸已經給他講掉了。倘使他不肯饒在台灣避難同胞的命，還要把復興基地台灣講掉，那我們黃帝的子孫就真正萬劫不復了。
這就把國民黨在大陸的失敗也歸罪於胡適了。書末還附載“壽聯”幾副，說是“轉載社會公論”，實在都是肆口謾罵的無聊文字，筆者不屑於引錄，以免污了讀者的視聽。
《胡適與國運》的文章，顯然沒有什麼學理可言，胡適本來也不必理會。但這本小冊子的出版發行卻十分詭秘，成了台灣現實政治風雨中一本神秘的怪書，又難免引起胡適的煩憂。這書的出現，恰恰是在胡適返回台灣的前夕，顯然是要給他一個警告；而書剛一出現，台灣的行政院秘書處，便立刻函請治安機關予以查禁，台灣各報也一致譴責，算是給胡適一點面子。但後來事情愈演愈迷糊，台北市政府甚至也避免對這書的作者執行罰款的措施，而把案子送到法院去，便沒有下文了。到“五四”這一天，台北各處的書報攤上忽然又出現了《胡適與國運》這本“禁書”!第二天，《聯合報》第一版又登出大幅廣告，由“學生書局”出名，聲明“印行本書，俾免以誤傳誤，影響胡適博士的聲譽”。居然大量公開發售，每冊定價五元。 ⑤這還不是對胡適的一個打擊嗎?
1959至1960年間，胡適又被捲進了總統連任問題的政治漩渦之中。蔣介石自1954年當選第二任“總統”以後，年事漸高，任期即將屆滿。根據憲法，不能連任三任。而蔣的長子經國頗有才幹，在國民黨政界也頗有影響，於是便有推經國繼任總統候選人的輿論。 1959年1月中旬，胡適與陳誠、王世傑、蔣夢麟等一道，去台中台南旅行遊覽了六天，便有人說他們是“商山四皓”，是蔣經國的羽翼。這所謂“商山四皓”的話，後來在台灣引起了幾個月的政治風潮。 ⑥胡適也確乎不贊成蔣介石連任，曾請當時總統府秘書張群向蔣轉達他的意見，主要是希望蔣“明白表示尊重憲法，不做第三任總統”；這同樣的意見，胡適多次向黃季陸、王雲五等友人和政府要人說過。 ⑦又多次對記者發表“反對修憲”，“反對三度連任”的話，都在報上刊載出來。 ⑧但是，由於蔣介石還不想退位，1959年年底，便有人提出“修改臨時條款”案，為蔣連任三任造輿論。胡適對此很不以為然，曾說，當領袖的人應該培養繼任人，到了適當的時候，便推選這個人出來，還應全力支持他。這才是大政治家的風度。他認為美國的羅斯福，沒有培養繼任的人，只有他個人一再的當選下去，這是羅斯福的錯誤。可見胡適是明顯地不贊成蔣介石連任。 ⑨到了1960年年初，“國民大會”臨近，“總統”連任或繼任的問題更為突出，台灣報紙上甚至報導說胡適“可能以不出席會議來作消極的抗議”。 ⑩
2月20日，“國民大會”第三次會議在台北召開，胡適還是出席了，並且又當了大會主席團主席。在蔣介石宴請國大主席團的宴會上，胡適又特別大講“無記名投票”的歷史和優越性，說它可以避免投票人受威脅，保障投票的自由，微露一點不願受人操縱選舉的意向。但他的話當場便遭到國民黨人士的反駁，他們說民主政治是政黨政治，政黨政治要維持黨的紀律，無記名投票自然要不得；黃季陸甚至竟說美國憲法也是記名投票的。受到這種無知而又蠻橫的圍攻，胡適很生氣，曾對人說：“我現在倒希望他們用記名投票。記名投票，我一定去投一票”。但是，他又擔心“他們可能用舉手，不用記名投票”。後來，修改臨時條款案三讀通過，在報上公佈了，為蔣介石連任三任辦妥了法律手續。有人來問胡適有什麼意見，連任三任是不是蔣介石自己的意思?胡適回答道：
如果不是他自己的意思，我想人家不會這樣做的。他老先生覺得他對國家的責任未了，身體還好。年紀大的人都有他的信心，像韓國的李承晚，大過蔣先生十歲，像西德的艾德諾(按，通譯阿登納)，像英國以前的邱吉爾，都是年紀大過他的。凡是做過大領袖的老一輩的人都是如此，不能說是錯的。問題是在修憲，尤其是為了三任連任問題而修憲，這是把大門打開了，現在大會出席的人數是合法了，以後隨便什麼事都可以做得出來了。你既然為連任三任而修憲，他們就為創制權、複決權等問題而修憲了。憲法並不是不可修憲的，大門一開了，給一班爭權的人來要求創制複決權，就無法再關上了。
過不幾天，胡適便因心髒病進了醫院，但還是去“國民大會”參加選舉。自然是蔣介石又連任第三任“總統”。這一次，胡適卻沒有去給蔣致送“當選證書”。
在總統連任事件前後，又有組織新黨的事件；接著又有雷震被捕判刑14年的事件。這一連串事端所引起的風暴，以及間接由此而發生的許多小漩渦，把一個想在台灣過安靜生活，想以餘年償清筆債的老胡適，幾乎是弄得坐臥不安，透不過氣來了。
筆債無法償，“民主自由”也難談，胡適便只好“容忍”，談“容忍比自由更重要”，“容忍是自由的根本”!而且說，他的提倡容忍，“不僅是對壓迫言論自由的人說的，也是對我們主持言論的人自己說的”。實際上，他的重點是希望“拿筆桿寫文章的朋友”，要存一種“容忍的態度”。據他說，拿筆桿的人，雖然受到種種“不合理的壓迫”，甚至於“圍剿”，但也還是“有權有勢的人”，因而“絕對不可以濫用我們的權利”。談“言論自由”談到了這樣的程度，胡適的心境該是何等淒涼，何等悲哀啊!
因此，有人這樣評論說：
這幾年來，別以為有那麼多人圍在他的身旁攪什麼獻花祝壽的熱鬧事，也別以為有那麼多的男記者女記者把他當作“花邊新聞”的採訪對象，而我卻體會到胡先生的心之深處，一直是孤寂的!一直是憂憤的!……近幾年來，胡先生固然是個人自由主義的象徵，但他也日益成為一個所謂“自由民主”的可悲人物!他的聲譽，也正漸漸地為點綴這點可憐的所謂“自由民主”，糟塌得不成樣子了!君不見許多懷抱自由民主理想的青年人，在他們的談話中，充分流露出他們“對胡適的失望”。雖然如此，可是，發自“威權領導中心”及其“文化打手”的“圍剿胡適”
之浪潮，卻仍是一波一波地湧過來。 ……胡適先生怎麼會不覺得心靈孤寂而憂憤呢?
評論是相當客觀的。在熱鬧的背後，胡適的心靈孤寂而憂憤，達到了難於忍受的程度。
①此信寫於1958年1月11日；一說寫於1957年。原信未見，轉引自韋政通《胡適小傳》(《現代中國思想家［七］》，台北巨人出版社1978年版，第7頁)。同樣的意思，在給李濟的信中也說過，他想自己出錢在南港借一塊地，造一座小房子，以便利用史語所的藏書，繼續他的研究工作。 (參看李濟《故院長胡適先生紀念論文集序》及《胡先生對中央研究院的貢獻與影響》二文，分別見台北《傳記文學》第2卷第3期，第28卷第5期)
②參看胡頌平編《胡適之先生年譜長編初稿》，台北聯經出版事業公司1984年印行，第9冊，第3402～3420頁。
③楊樹人先生當時任台北中央研究院秘書和長期發展科學委員會執行秘書；他所寫《回憶一顆大星的隕落——記胡適之先生最後的三年》，載台北《文星》雜誌第13卷第4期(總76期)，1964年2月1日出版。
④《胡適與國運》，台北“學生書局”1958年印行。收文章四篇：(一)《胡適的領袖欲》，作者諸心，系化名；(二)《請看空前的胡博士和我怎樣佩服他的理由》，作者朱光漢；(三)《敬以“無為”為胡適之先生壽》，作者李博愛，大約也是化名；(四)《拜倫哀希臘詩的漢譯》，作者王愛維。作者是否一人，真實姓名，均不得其詳。一說，經政府調查，該書出自幾個人之手，其中一人為徐子明，威斯康星大學畢業，在北大時是胡適的同事。
⑤參看杜蘅之《人性與自由——再論胡適與台灣》，載香港《自由人》1958年5月14日。
⑥參看胡頌平編著《胡適之先生晚年談話錄》，台北聯經出版事業公司1984年版，第56頁，1960年3月15日”所記。
商山四皓，原是指秦末隱居於商山的東園公、裡先生、綺裡季、夏黃公等四位八十餘歲的長者。傳說西漢初，劉邦曾去聘請他們，但他們都不肯出山。而呂后用張良的計謀，令太子卑詞安車，把四位長者請來。劉邦見了，認為太子羽翼已成，便打消了改立趙王如意為太子的企圖。台灣政界借指陳誠、胡適等四人為蔣經國的羽翼，自然是把經國當作“太子”。
⑦參看《胡適的日記》手稿本，台北遠流出版事業股份有限公司1990年12月版，第18冊，1959年11月15日、23日。 （三版註）
⑧參看上書第18冊，1958年12月25日、1960年2月21日所附剪報。 （三版註）
⑨同註⑥第37頁。
⑩參看台灣《自立晚報》1960年2月7日“星期專欄”載《國民大會幕前幕後》一文所記胡適的談話。
參看同註⑥第53頁3月14日所記。
參看同註⑥第52頁3月5日所記。
同註⑥第53頁3月12日所記。
參看《容忍與自由》(《自由中國》十週年紀念會上的講話)，原載《自由中國》第21卷第11期；後收入《胡適選集》“演說”冊，台北文星書店1966年6月出版。
胡虛一譯《民主政治底兩種觀念》一文的譯後記，載台北《民主潮》第12卷第6期，1962年3月16日出版。譯文題下有副標題：“敬悼胡適之先生”。