三個月後，討伐聲、怒罵聲漸漸息止，聖旨也就在這個時候來到了保定；但卻不是將他革職拿問的聖旨，也不是允准他休致的聖諭，而是宣告大清國成立海軍衙門的聖旨。
聖旨曰：“授醇親王奕譞為總理大臣，慶親王奕劻、文華殿大學士直隸總督兼北洋通商大臣李鴻章為會辦，正紅旗漢軍都統善慶和兵部右侍郎曾紀澤為幫辦。”
海軍衙門全稱為總理海軍事務衙門。該衙門一切仿照軍機處辦理，與總理各國事務衙門平行，亦由親王領班。總理海軍事務衙門裡的會辦與幫辦，統稱海軍大臣。
手捧聖諭，李鴻章真正是哭笑不得。他一面上謝恩折，一面拜發懇請辭缺休致折。朝廷照舊是不准。無奈之下，李鴻章只好再上一折，懇請留任直隸總督辦理海軍事務，可否不到京供職。
李鴻章不想進京供職，也不能進京供職，他怕蹈左宗棠的覆轍，在幾位蔑視漢臣的王爺和太后中間受夾板氣。他已打定主意，如果太后准他留任直隸辦理海軍事務的請求，他就再乾幾年，把北洋水師未購齊的鐵甲船盡快購齊，在有生之年，把北洋水師乃至自己正在辦理和已辦成的洋務中未盡事宜盡快完善，然後就休致回籍去安度餘生。設若太后執意要他進京供職，他就只能效仿倭仁的做法，長期告病假了，直到太后允准他休致為止。
聖旨很快送進總督衙門，慈禧太后全部答應了他的請求，並囑其好好練兵，莫負聖望。李鴻章於是便不敢再有他想，全心全意地投入正辦和未辦的事務中去。
光緒十二年（公元1886年），李鴻章在奏設天津武備學堂的同時，又奏請官紳楊宗濂、買辦吳懋鼎、淮軍將領周盛波在天津合資設立自來火公司。光緒十三年（公元1887年），北洋水師除五艘艦隻系福建船政局製造外，其餘各艦均由國外陸續購進，包括鐵甲船兩艘、大小巡洋艦七艘，總計有艦隻二十五艘。
海軍衙門現在尚有七百萬兩海防捐可以使用，李鴻章準備用這筆銀子再購進兩艘鐵甲船、三艘巡洋艦。李鴻章明年便整滿六十五歲，後年便是六十六歲。他決定在自己六十六歲之前，把北洋水師艦隻添購成三十之數。到那時，他就奏請設立海軍，使北洋水師真正躋身世界海軍之列，讓日本以及所有西歐列強刮目。
這年三月，李鴻章奉詔進京到海軍衙門議事，順便進宮向太后請訓。他進京的落腳地照例是賢良寺。進京的當日，他依例先到文華殿去虛應了兩件公事，然後才趕到海軍衙門去議事。所謂議事，其實也不是什麼大事，不過是核對一下海防捐，報銷幾筆購船賬目，再就是議一議下半年購船的數量，大概需銀幾何等等。
醇親王沒在衙門，但他卻讓曾紀澤捎話給李鴻章，等李鴻章到後，便讓曾紀澤陪著去王府，並聲稱禮親王和慶親王都在那裡候著。他要給李鴻章洗塵。李鴻章聽了曾紀澤的話，不由苦笑數聲，只得同著曾紀澤一起趕往醇親王府。
當時正是北方風雪瀰漫的時候，可謂滴水成冰，呵氣成霜；一排一排的樹掛，形成無數個大白傘，把京城裝點得格外蕭條、冷漠。
但醇親王府的會客大廳裡，卻是暖意融融。三個王爺圍在一處，都穿著鹿皮小馬夾，臉上泛著油光，叉著兩腿，正哈哈笑著說著什麼。李鴻章同著曾紀澤進來，早有人飛跑過來侍候撣雪、寬衣，然後便手托著二位大人的皮毛大衣在前面哈腰引路，走向大廳。
李鴻章對著王爺們施禮，醇親王和慶親王趕緊起身來扶，只有禮親王大咧咧地坐著，口裡笑道：“少荃哪，這也不是在衙門，免了吧。”
曾紀澤也對著眾人一一禮過，然後便坐下，又有家人跑進來擺茶、擺果子。曾紀澤自打國外回來身體一直不好，總是鬧毛病，所以他到王府也只是坐了坐，見沒什麼大事可議，便提前告辭出來。三位王爺也知道這位襲侯的身子骨不強壯，便也不強留，放他回府去歇著。
醇親王這時說道：“少荃哪，天冷，咱們幾個今兒吃羊肉鍋子吧。我讓他們用虎腰子打底兒，壯腎。”
李鴻章笑著欠欠身道：“王爺美意，下官感激不盡。下官每次來京，不是醇親王爺請吃，就是禮王爺和慶親王爺做東。也不知幾位王爺，什麼時候能得空閒，到保定或天津走一遭兒，讓下官也盡盡心。”
慶親王這時道：“少荃哪，你這次進京，我要先向你道個喜。”
李鴻章一愣，問：“王爺這話可讓下官糊塗了。下官這幾年光挨罵了，哪還有什麼喜呀？”
醇親王道：“少荃，你別插嘴，讓慶親王說。”
慶親王道：“少荃哪，你知道，駐日公使徐承祖五月任滿，上頭準備放李興銳接任，同時把二等參贊官黎庶昌提拔成一等。咱們經方是二等參贊，照理也應該晉一級，但這些話你不能說，只能我說。所以哪，我就給上頭遞了個折子，保了一保。我同你說完這些，你可能不大在意，但這裡面卻有個講究。什麼講究呢？就是李興銳現在病得要死要活，肯定不能去日本。他不去日本，這公使一缺就得放給黎庶昌。咱經方呢，自然就得接黎庶昌的缺分。所以哪，咱經方明著是晉一級，其實是晉了兩級。你說這是喜不是喜啊？”
李鴻章苦笑道：“聽王爺這一講，這還真是喜事，吃完火鍋兒，真得到慶親王府去走一遭兒，看看府裡還缺什麼。下官回保定後，好讓人置辦一下送過來。”
醇親王哈哈笑道：“少荃哪，你別明知故問了。他府裡能缺什麼？他慶親王府同我們一樣兒，什麼都不缺，就是缺銀子！你呀，以後在報銷海防單子上，想著給我們留出一些也就是了。哈哈哈！”
李鴻章忙欠身問道：“下官上次讓人來核銷單子，不是已經給三位王爺每人留了二十萬嗎？難道三位王爺沒有收到？”
世鐸這時道：“那二十萬自然收到了，醇親王說的是以後。你手裡的北洋水師，是海軍衙門裡的用銀大戶。你不能光圖自個兒手頭寬裕，時不時地也想著我們些。你李中堂不能眼看著我們三個喝西北風啊！”
李鴻章忙賠著笑臉道：“禮王爺，您老這可真是冤枉下官了。下官心裡可以不想著別人，可卻不敢忘了您三位王爺。北洋水師靠誰活著哪？還不是靠三位王爺！不過話說回來，北洋水師也有北洋水師的難處。三位王爺知道，北洋水師雖有艦隻二十五艘，但砲彈並不足備，何況只有兩艘鐵甲船、三艘巡洋船，這些艦隻都靠充足的彈藥才能發生效力。現在各船多的是演習彈，少的是實戰彈。衙門裡的七百萬兩海防捐，還要用於添購鐵甲、巡洋兩種大船，而各省的濟餉，有一大半都被截留，到不了北洋水師的名下。”
世鐸笑道：“你這個李少荃，本王一跟你談論正事，你就東拉西扯個沒完。反正本王把話說到這兒，你以後看著辦吧。沒有銀子使，我就打發管家到保定去問你借。”
醇親王哈哈笑道：“禮王是把少荃看上了。好了，談了半天了，也都該餓了。走，到裡面吃鍋子去！飯後再搓他幾圈兒。”
李鴻章回到賢良寺的時候，天已是很晚。他讓人簡單熱了碗粥喝下，便把同來的盛宣懷叫進房裡，吩咐道：“你手裡不是還有張三十萬兩的銀票嗎？你明兒兌成三張，每張十萬兩，分別送到禮親王、醇親王、慶親王府去。今兒宮裡來沒來人？”
盛宣懷答：“宮裡一共來了兩撥儿，一撥儿是御膳房的張公公打發過來給您老請安的，職道照例遞了他個五百兩的紅包；一撥儿是太后身邊的李公公打發過來給您老道乏的，職道按您老的吩咐，給他封了張一萬兩的銀票。”
李鴻章長嘆一口氣道：“北洋的確是塊肥肉，誰都想咬上一口。他們現在是靠買船過日子，這麼咬下去呀，早晚有一天，得靠賣船過日子！老夫活到這把年紀，還從沒有見過這麼貪婪的王爺！真是讓人大開眼界呀！”
李鴻章話到此，忽然揮了揮手，盛宣懷急忙退出去。李鴻章坐著發了一回呆，忽然自言自語道：“咳，大清國的氣數，是真將盡了！”