天津教案件發生後，英、美、法等七國，聯銜向清總理衙門提出抗議，並從各國調集大批軍艦於天津、煙台一帶，法國水師提督伯理甚至揚言要將天津化為焦土。大清國上下頓時慌作一團。
朝廷十日三旨下到保定，調派大學士直隸總督曾國藩馳赴天津會同崇厚辦理此案。曾國藩不敢怠慢，火速趕往天津，到後見大軍壓境，洋艦雲集，擔心中法兩國開戰，希望儘早了結此案，便嚴厲處置了鬧事者，將其中的十八人充軍流放，並賠償法國四十六萬兩白銀。
曾國藩的舉動，不僅遭到國人的聲討，法國人也不領情，在內罵外討聲中，他身心疲憊，舊病復發，不得不向朝廷提出請假養病的要求，請朝廷另調大臣續辦此案。
慈禧太后緊急把恭親王傳進宮來商量此事。叔嫂二人經過一番周密的論證，話題漸漸集中到正在陝西督辦軍務的李鴻章身上。
慈禧太后說：“曾國藩這次替咱們挨了一頓罵，看樣子，他在直隸是不能再待下去了。”
恭親王感嘆道：“太后說得是，曾國藩這幾年是累壞了，他是該歇一歇了。”
慈禧太后又道：“直隸非同尋常，地處京師，畿輔要區，干係重大，非一般督撫可比，一定要挑一個可靠又肯任事的人才可以。你看誰行啊？李鴻章怎麼樣啊？我記得他剛到上海不久，就趕上白齊文鬧餉的事。他不僅頂著洋人的壓力辦了，還辦得不錯，洋人都挺服他。我看這直督啊，就放他吧。讓他接辦天津教案，也替曾國藩分擔一些毀謗。何況，洋兵雲集天津，我們也要有所防範。”
恭親王答：“太后所言極是，臣下去後就讓軍機處緊急給李鴻章擬旨，讓他帶兵北援京津，以防洋人有變。”
慈禧太后想了想道：“湖廣總督就放李瀚章吧。人老實厚道，又跟了曾國藩多年，你讓軍機處擬旨吧。”
恭親王剛從宮裡下來，江寧又遞進來一份八百里快騎專折。
慈禧太后看後大驚，忙又著人把恭親王二次傳進來，她把折子遞給恭親王道：“真是怪事，馬新貽好好的，怎麼就被人給刺死了呢？看樣子，這曾國藩還不能歇著，這兩江啊，還得他去。這馬新貽一案也來得蹊蹺，先讓張之萬到江寧去查辦此案。事關總督被刺，不能草率呀！”
派曾國藩回任兩江總督、李鴻章調補直隸總督的聖旨，火速由京師遞出。李鴻章此時剛剛抵達西安七日，尚未與陝甘總督左宗棠會面。聖旨命李鴻章快速率軍起程，不准延誤，先行赴津辦案。
李鴻章接旨後，長出一口大氣，他一面傳令隨行各營連夜拔寨回援京津，一面奏請調派江蘇巡撫丁日昌赴津會辦津案。
接旨不過兩日，李鴻章只給左宗棠留了一封告別函便離開西安，行動極其迅速。赴津途中，李鴻章在給楊禮南的信中這樣寫道：“中國不亟圖強兵經武，徒紛紛遇事張皇，事後苟且粉飾，必至失國而後已，可為寒心。”
這一年六月，曾國藩、李鴻章這對師徒，終於在洋艦雲集的天津會面了。望著憔悴不堪倒在床上的曾國藩，李鴻章淚如泉湧，雙膝跪倒在恩師的床榻前，哽咽著說道：“恩師，門生來晚了，讓您老受累了！”
曾國藩伸出顫抖的右手，指著旁邊的一把椅子說道：“少荃，你總算來了！你起來坐下，老夫要跟你講幾句話。”
李鴻章忍悲爬起身來，搬過椅子坐在床前，說道：“恩師，您老先歇口氣，慢慢說。門生來前，已托雨生在上海請了兩名洋醫生，估計這幾日就能到。”
曾國藩點了點頭，緩緩說道：“少荃哪，津案事起倉促，至今想來猶在夢中。天津風氣剛勁，人多好義，加之地方官與法領事豐大業均處置不當，以致一哄而起，傷及英、美、俄諸國多人。列強專講戰爭，一言不合，便動刀槍。道光庚子以來，莫不如此。眼下和局來之不易，正可發憤圖強，萬莫逞一時之勇，妄開釁端。
“你來之前，老夫已奏明聖上，將天津道、府、縣各官革職交刑部問罪。法國公使羅淑亞得知情況，已同老夫鬧過三次，定要拿道、府、縣各官抵命。老夫已斷然回絕於他，萬難允從。洋人詭譎成性，得寸進尺；遇事專論強弱，不論是非，兵力愈多，挾制愈甚。此次津門詭譎之變，若我國無備，洋勢則焰張，若有備，和議或稍議定。少荃哪，你來之前，老夫已暗調湘軍張秋全隊九千人，趕赴滄州一帶駐防，以防不測。你是否也有兵力佈置？講講看。”
李鴻章答：“恩師所論極是，也與門生暗合。門生接旨的當日，即令張樹聲、潘鼎新各營向直隸推進，又令丁日昌率江蘇境內湘、淮各路兵勇乘船而來。此非為戰，實為讓洋人看，希望和議成功。”
曾國藩頷首說道：“少荃，你做得對。你記著，兵端決不可自我而開，以為保民之道；時時設備，以為立國之本。二者不可偏廢。”
李鴻章道：“恩師說的是，門生下去後，就去會那些洋人，恩師只管在此安心養病，門生隨時過來禀報進展。”
曾國藩笑道：“少荃，見到你來，老夫亦心安了。老夫雖病，但交接印綬尚能支持。你手無直隸督篆，辦起事來難免不順，也讓洋人生疑。何況，兩江督篆虛懸，馬榖山一案也要盡快查明，老夫還是到金陵養病為好。”
李鴻章忙道：“恩師容禀，門生以為，朝廷已著江寧將軍魁玉暫護督篆，馬榖山一案，又著刑部尚書張之萬馳赴江寧查辦。恩師就算緩兩個月赴任也不為遲！何況，丁日昌帶著兩名洋醫正向這裡趕來。”
曾國藩道：“少荃哪，你與老夫相處日久，老夫心中所想你該知道。老夫急欲離津，為的就是能使你放開手腳辦理此案。你久與洋人打交道，深諳交涉之理。何況，湘軍自被裁遣以後，你所部淮軍已成我大清勁旅。洋人與你交涉，必心存懼畏，當不致索求無限，和議可成焉。老夫到金陵養病，不是更好嗎？”
李鴻章含淚說道：“恩師如此說，門生不敢違拗，門生只是擔心您老的身子骨啊！”
曾國藩果斷地說道：“少荃，你安排一下，我們午後就交印吧。”午飯過後，稍事歇息，曾國藩便與李鴻章在總督行轅舉行了交接儀式。
法國公使羅淑亞同著英國公使威妥瑪、俄國公使布策、美國公使衛廉士，氣勢洶洶地來到總督行轅，三次要求與曾國藩會面，均遭門外親兵攔阻。
威妥瑪等人又嗷嗷叫著去三口通商大臣衙門找崇厚論理，卻被告知，崇大人已於前一日進京到總理衙門去禀告案情，曾中堂與剛到任的直隸李爵相正在行轅辦交接。
羅淑亞等人於是恍然大悟。
英國公使威妥瑪頓足道：“怪不得這幾天京津一帶增兵無數，原來是李鴻章來了！李鴻章的淮軍可不大好惹。李鴻章來直隸任總督，我們的事情可要有些棘手。這個人可是有膽子的。”
其他人默然無語，怏怏散去，決定明天再向李鴻章交涉。
交印完畢，曾國藩彷彿肩頭卸下一個大包袱，精神頓見好轉。
他一面著人作速打點行裝，一面把李鴻章召進密室，說道：“少荃哪，直隸雖只十府、十二州、一百餘縣，但卻事簡而位重，靠近畿輔，有拱衛京師之責，非其他督撫所能及，是各地督撫的首領。朝廷放你來這裡，一是看好了你所部淮軍，二是看好了你這個人。你正可藉機一展身手，實實在在地為國家辦幾件事情，使外洋懼我國力，不敢言戰。
“老夫垂垂老矣，剩下的日子不多了，已經辦不了幾件事。今年你我在此話別，明年此時老夫或已作古。更多的話，老夫也不去說它了，總歸不過半由人力半由天意罷了。”
李鴻章聽後心酸不已，小聲說道：“恩師的話，門生已一一記在心裡。但有一句話，門生卻一直想問您老，雨生曾向您老說過的選幼童留洋的事，究竟可行不可行呢？”
曾國藩道：“這件事，老夫並沒有忘掉，也曾向衛廉士、威妥瑪等人提起過，大致可行，但眼下不宜提起。待津案了結後，老夫一定尋機起奏，不過須你我聯合起奏才有效力。”
曾國藩當日即起程離開天津，李鴻章親自送到城門外方洒淚相別。
就在曾國藩離開天津的當日，法國與普魯士王國爆發了大規模的戰爭，史稱普法戰爭。法國政府窮於應付，連夜將停泊在天津、煙台一帶的部分軍艦，悄悄調回國內。
大清國總理衙門信息閉塞，對法國的事情並不知曉，李鴻章自然更無從知道。他基本上按照曾國藩擬定的方案，終結此案。