第二天早飯過後，李鴻章帶上一隊親兵，決定去看望一下曾任總理衙門大臣現歸籍養病的薛煥、前湘軍將領提督銜現亦回籍休養的鮑超、前藩司嚴樹森等人，順便也瀏覽一下蜀地鄉下的風情。李鴻章認為，不管自己與薛煥以前有多大的過節，薛煥現在已由老虎變成病貓，他都應該主動與之握手言和。李鴻章趕到薛府以後，薛煥果然大受感動，不僅熱情款待，而且挽留李鴻章在府裡一連住了三天。三天裡，薛煥與李鴻章說了許多知心話。
兩個月過後，李鴻章認為結案的時候已到，於是揮毫命楮，上折陳述吳棠參案的查辦過程及結果。
在折中，李鴻章一共向朝廷匯報了六件事：一、經過訪查，吳棠赴任途中，全家上下僅五十餘人，更沒有向沿途地方官勒索；二、吳棠到任沒有收受過各屬員禮份子，也就是說沒有灰色收入；三、添置水桶不是用來盛銀子的，是用來挑水的；四、提督胡中和駐防一軍全行撤散純屬胡說八道；五、岑毓英差官入川是來催餉，不是來送禮；六、四川紳士和在籍養病的官員們都說，吳棠是好官，不是貪官，並稱頌吳棠善政宜民，可為川省造福。
折子於當日交六百里快騎拜發。
其實，在李鴻章看來，他這麼做，也並非故意為吳棠洗脫罪名，實在是因為吳棠所行之事，與昔時安徽巡撫福濟比起來，根本就算不了什麼。這樣的事情也有人要參，顯然是對人不對事。何況，用一個吳棠來保丁寶楨，也是件划算的事。
李鴻章設想，一個月後聖旨便能遞到，路途如果不耽擱，他完全能趕到武昌過年。但就在這時，四川順慶府酉陽州，發生了一起團民與教民互相殘殺案。
當總督吳棠把消息透露給李鴻章時，李鴻章先是一愣，隨後自言自語道：“照此說來，本部堂今年又不能同一家老小過團圓年了！也不知蓮兒現在怎麼樣了？”
沒過幾天，聖旨果然火速遞進總督衙門。聖旨先對李鴻章查辦吳棠參案的結果表示滿意，隨後便讓他速赴酉陽州，會同崇實、吳棠二人查辦此次教案，不得遲誤。
李鴻章長嘆一口氣，著人打點行裝，當日便起程趕往酉陽州。
在酉陽州，李鴻章一住便是四個月，等教案全部辦結，時間已是同治九年（公元1870年）的三月。
李鴻章起程出川，恨不能一步跨到武昌。
在途中，許鈐身笑著對李鴻章說道：“大人，從接到聖旨的那一天起，下官就一直擔心，怕您老這趟差事兩頭不落好。真想不到，會是這麼一種結果！上頭滿意，吳制帥也沒得話說，還間接保了丁宮保。”
李鴻章笑道：“這件事我心裡清楚，滿意的是少數，不滿意的佔多數。吳仲宣這個人，人緣不好啊。”
一個月後，李鴻章一行順利抵達武昌的總督衙門。
趙蓮已於年前為李家添了一位少爺，生產極其順利，母子俱各平安。李鴻章那顆懸了多時的心，至此才徹底落地。該子取名經述。
李鴻章此次入蜀查案，不僅保住了丁寶楨的前程，還有一個不為人知的收穫：他的賬上多了筆一萬兩銀子的進項。
此時的大清國，內亂漸絕，百業將興，通關頻繁，洋務倡起，頗有中興之象。
而曾國藩、李鴻章、左宗棠、丁寶楨等人，也被時人稱作中興名臣，聲名遠揚。
同治九年（公元1870年）五月，經過近一個月的休養，李鴻章決定重新著手籌辦製粉鋼磨製造局一事。但幾乎就在同時，貴州爆發了聲勢浩大的苗民起義。只幾日光景，貴州的部分州、縣便被義軍佔領。
朝廷感於貴州兵力單薄，於是緊急下詔，授李鴻章欽差大臣銜，率原淮軍舊部，馳赴貴州督辦雲貴軍務，雲貴兩省督、撫、提悉歸節制，湖廣督篆暫由李瀚章署理。
李鴻章知道事急，只好把湖廣的事情放下，把眷屬妥為安置，也不等大哥到任，便把督篆先交湖北巡撫護理，帶上一應隨員匆匆趕往貴州。途中又接一旨，讓他勿赴貴州，速改道轉赴陝西督辦軍務。因為在陝西與回民義軍作戰的湘軍悍將劉松山戰死，左宗棠的楚軍力不能支，朝廷不得不改變原來的征剿計劃，決定先向陝甘增軍。
李鴻章接到聖旨叫苦不迭，卻又不得不硬起頭皮飛檄各軍赴陝，而他自己則帶著隨員緩慢前行。
也就是這時，大清國爆發了有史以來最大規模的教案——天津教案。隨著事態的發展，天津教案很快成了大清國上下關注的焦點。
事情的起因是這樣的：
《北京條約》簽訂後，法國天主教傳教士在天津望海樓設立教堂，教堂內專設有育嬰堂。
同治九年（公元1870年）六月，育嬰堂收養的嬰孩，忽然在幾日間相繼死去三四十餘人，而就在此時，天津偏偏又出現了大規模拐騙幼孩的事件。當地百姓懷疑系教堂所為，這時偏又有人傳說，教堂拐騙幼孩實為剜眼剖心作藥材之用等語，百姓更加確信無疑。
這一天，百姓捉住拐騙幼孩者王三一人，並當即將其扭送至天津縣衙門。經天津縣知縣劉傑審問，王三承認，其拐騙幼孩行為，確係教堂一名伙夫所指使。消息傳出，民情頓時激憤，紛起聲討。
劉傑於是親押王三前往教堂對證，近萬名百姓亦聚集教堂前要求交出兇犯。教堂卻大門緊閉，不予理睬。
法國駐天津領事豐大業聞訊，急帶上秘書西蒙，奔赴三口通商大臣衙門，要求崇厚派兵彈壓。偏偏崇厚沒太把這事放在心上，竟然沒有派兵，只打發了幾名武弁前往教堂找劉傑了解事情起因。
豐大業見崇厚如此，於是大怒，當即搗毀衙署器物，又拔槍恫嚇崇厚，崇厚嚇得躲進內室沒敢露面。
豐大業無奈，只好離開衙署徑奔教堂。在路上，豐大業等人遇劉傑押王三迎面行來。
豐大業馬上拔出手槍開了一槍，當即打死劉傑的隨從高升。豐大業的秘書西蒙這時也拔出槍來威脅圍觀百姓。
圍觀的百姓見狀，當時怒不可遏，當場毆斃豐大業、西蒙二人，隨後又鳴鑼聚眾，焚毀法國教堂、育嬰堂、法國領事署及英、美教堂等署所，打死英、美、法等七個國籍教士、商人二十餘人。