這場譁變發生在甘肅提督高連升的營裡。事情的起因，須從劉松山入陝進攻董福祥說起。
初始，劉松山見董福祥擁軍達十餘萬人，懼其勢大，未敢貿然進攻，後經過詳細打探，得知董軍雖人眾，但器械不精，兵卒手裡多持長矛、大刀作戰，洋槍極少，洋砲更無一尊。劉松山這才放下心來，開始率軍逼近董軍，並放洋槍掃射。
董福祥率隊出迎，先遭遇官軍一頓猛烈的火槍射擊，陣腳不由大亂。這時，偏巧一發砲彈射來，將董福祥的中軍大旗轟倒。董軍於是疑其主帥已歿，便開始四散奔逃。董福祥阻飭不住，也被協裹起來奔跑，導致漫山遍野都是奔逃的回民義軍。劉松山先是命令各營包圍廝殺，後又親自騎馬率兩營親兵，衝入董軍大營裡面去作戰。也是事有湊巧，該著劉松山立此大功。劉松山沖進董軍大營不一刻，偏偏就和董福祥走了個滿懷。董福祥當時身穿龍袍，頭戴皇冠，極其顯眼。
劉松山一見，料定必是董軍主帥自稱大皇帝的董福祥無疑，便策馬近前，大喝一聲：“董福祥！劉松山在此，你還不下馬受降，還要等到什麼時候！”
董福祥見劉松山到此，還道全軍已然覆滅，加之官軍火槍火砲極多，自忖不敵，便就勢雙膝跪倒在劉松山的馬前，口稱：“敗軍之將不言勇，福祥願降也。”
劉松山一聽這話，自是喜從天降，當即讓身邊的親兵將董福祥身上的槍械拿下，隨後令董福祥作速傳命下去，讓所部放下器械，聽候官軍發落。劉松山入陝第一戰，便創造了天大的奇蹟。
左宗棠接報大喜，當天即派人急赴劉松山大營，幫同料理善後事宜，又讓劉松山轉飭董福祥，從回民義軍舊部挑選出三營兵勇，交由董福祥統帶。
左宗棠素知董福祥作戰勇猛，加之該人在這里土生土長，對這裡一草一木及回軍各營情況都熟，不想浪費了這個人。
左宗棠隨後著令劉典、高連升兩路人馬，連夜向董志原、寧州一帶進發，與劉松山、劉錦棠，從三個方向對進，圍剿白彥虎。
就在高連升率軍離開西安的第五日，所部九營發生鬧餉譁變事件。
後據劉典派人向左宗棠報稱：那日晚，高連升中軍大帳設在楊店。約在子夜時分，親兵營哨長丁玉龍，會同左營管軍裝差弁鄔宏勝、左營哨長蔣宏高、前哨甚長石文科等，突至大帳，聲稱與高軍門計議餉事。哨兵聲稱軍門已歇，欲加攔截，被鄔宏勝揮刀斬殺，旋突入大帳，摸黑尋至高連升榻前。
高連升業已驚醒，喝問何事。鄔宏勝答稱：索還欠餉，欲另投他處。高連升大怒，反問一句：“伊欲反耶？”鄔宏勝就一步跨前，揮刀亂剁，曰：“就是要反！”
鄔等戕殺高連升後，將高連升首級割拿在手，出營呼曰：“軍門欠餉，不顧我等死活，已斬殺矣！我等欲投他處，願往者隨之。”各營從者甚眾，竟有八營之多；有不想反者，因怕性命不保，也只得隨行。大營營官、總兵銜副將賀茂林、提督銜總兵黃毓馥二人，挺身勸阻，被眾兵勇殺死。
劉典聞變之後，立派記名提督丁賢發親率所部，進耀州，扼其南竄，然後親提所部各營向楊店進發，準備用武力平叛。譁變各營見大軍趕到，於是拼死抵抗，終因無人指揮，很快向後敗退。
劉典一面追擊，一面招撫，很快便有五營人馬受撫，有四營在奔逃過程中被趕來的官軍斬殺。兵變終被平息。
此次兵勇譁變，給左宗棠造成的損失頗大，不僅四個營的番號被取消，還折損了高連升、賀茂林、黃毓馥三員大將，這倒正應了那句古話：“屋漏偏逢連天雨，故知又是討債人。”
西安糧台在高連升大營譁變的當夜，便收到曾國藩緊急籌助的十萬兩餉銀，隨後又有李鴻章的十萬兩到賬；尤其是胡雪巖派人送到的有利銀行借款合約到左宗棠之手後，左宗棠才算徹底地鬆了一口大氣，知道西征的危機是真正地過去了。
白彥虎在各路官軍抵達寧州之前，便已將所部分成四路人馬，分由白彥虎、馬正和、崔偉、於得彥四人統帶，擬趁官軍尚未合圍前，退往金積堡一帶與馬化龍會合。
白彥虎的如意算盤被劉錦棠識破。劉錦棠親赴老湘軍大營相商於叔父劉松山，想提前發起對白彥虎的攻擊。
劉松山卻說道：“白賊不同於董福祥。白賊久居董志原一帶地方，又幾次從洋人手裡購得洋槍洋砲，逆眾騎、步各半，頗有戰力，不可輕攻。毅齋，你意如何？”
劉錦棠說道：“叔父大人容禀。暗探已打探明白，白賊已把部眾一分為四，分路退往金積堡，想賴馬化龍之力，長久與我抗衡。愚侄以為，金積堡一帶地方，地形險惡，若任由白賊竄去，恐成不了之局，莫不如在白賊退往途中半路擊之。暗探又報稱，白賊此次退往金積堡，並非真心想和馬化龍會合，他不過是想通過金積堡而到達肅州（今甘肅酒泉），由肅州而出關外。”
劉松山大驚道：“毅齋，你是說，白賊是想出關，去與那個洋犢子阿古柏會合？”
劉錦棠答道：“暗探稱，白賊正是此意。”
劉松山低頭想了想，道：“毅齋，你我兩路人馬，不過兩萬人，白賊卻有十餘萬眾。據說，白賊光火槍營就達二十營，騎勇也有三十營，還有兩個砲營，若攻之不利，必被其所害。我以為，還是等劉撫台、老爵帥等各營到後，再計議進擊為上策。毅齋，殺敵最忌心急，心急必露破綻。這是曾相國常講的話，你可細細揣摩。”
劉錦棠答道：“叔父大人所言極是，愚侄可只對白賊監視，若有軍情，隨時禀報吧。”
劉松山道：“毅齋呀，董福祥所降人眾，尚未辦理遣散事宜，都是因為沒有糧餉啊。董部不辦理明白，任由這些人反投到白賊那裡去，其禍大矣！”
劉錦棠點頭稱是。劉錦棠離去的當夜，劉松山所部兩營兵勇發動譁變，因劉松山發現及時，出兵過快，沒有造成損失。兩名營官被劉松山就地處斬，兵變平息。
左宗棠此時正在同著劉典、袁保恆等人，籌辦在西安設立西安製造局的事。
對西安設立製造局的事，寧夏將軍署陝甘總督穆圖善卻持有異議。為了阻撓這件事，他兩次上奏朝廷，認為左宗棠在西安設立製造局，是好名之舉，除了徒費餉銀，不會對西征有絲毫幫助。為此，朝廷曾兩次給曾國藩、李鴻章下旨，徵詢對此事的態度。
曾、李二人卻都持贊成態度，認為設立西安製造局，是鞏固西征的根本舉措，有百益而無一害。朝廷於是詔準。西安製造局總算趕在同治八年（公元1869年）的新年到來之前宣告成立。
左宗棠委西征糧台督辦袁保恆兼西安製造局督辦。為防大軍進甘後布政使林壽圖掣肘，左宗棠又奏請準袁保恆專折奏事。
林壽圖萬沒料到自己身為一省藩台，在西征糧台與西安製造局成立之際，竟然被左宗棠排除於事務之外，一氣之下，橫下一條心來，要同左宗棠鬧上一鬧，把長久憋在心裡的那幾口惡氣出一出，也讓左宗棠見識一下他的手段。
這一天，他藉著給西安將軍庫克吉泰送禮的由頭，到將軍府來拜望庫克吉泰。
庫克吉泰與寧夏將軍穆圖善是兒女親家，林壽圖素來都對庫克吉泰高看一眼，何況將軍並不受地方督撫節制，直接歸朝廷調遣，這就更讓林壽圖把庫克吉泰當成了一座靠山。
庫克吉泰對林壽圖的到來是極其歡迎的，林壽圖奉上年敬之後，庫克吉泰更是熱情異常。庫克吉泰雖是位將軍，但在貧困的陝西地面，能給他送上份像樣年敬的人並不多，尤其是左宗棠到西安以後，除了布政使林壽圖以及自己的屬官逢年過節還記著他，給他送禮的人幾乎就更少了。
劉典是署撫，又是京卿銜，他現在在西安，除左宗棠外，幾乎不買任何人的賬，庫克吉泰休想從劉典手裡撈到任何好處。但林壽圖有林壽圖自己的算盤。
一杯熱奶未喝完，林壽圖便神秘地說道：“庫大帥，您老沒有發現嗎？這陝西自從左季高來了之後，不僅司裡這藩司成了皇上家的擺設，連您老這堂堂的西安大將軍，也快成了擺設了。這左季高想幹什麼呀？”
庫克吉泰不知林壽圖這話裡藏著的意思，反倒哈哈笑道：“我大清立國至今，從來都是講究'能者多勞'這四個字。左季高能耐大，又賜封了伯爵，他自己原本就是該多幹些事情，才不負上頭對他的期望。本官老了，在西安多年，不僅腰眼子常酸，老寒腿也是每到這個季節便發作。本官是不想再做什麼功勞了。有功勞，本官都留給他左季高去幹。無論怎麼講，本官辛苦了這麼多年，該享幾天清福了！”
林壽圖一見庫克吉泰說出這等話來，便知這位西安將軍，是不想再有所作為了，於是也就住了口。
林壽圖回到府邸後，又整整思慮了兩天，便忽然向劉典寫了篇告假的快函，提出要回原籍去省墓。劉典當時正在和劉松山會在一處，他原本已和劉松山、劉錦棠等前敵將領約好，想在大年底下再回西安去過年，今見林壽圖忽然要告假，便只得把大營的事料理了一下，同劉松山、劉錦棠以及各路人馬中總兵銜以上的武職大員，提前趕回西安。衙門每逢年底都比較忙碌，藩、臬二司更忙，衙門有許多事情要趕在大年之前辦理完結。林壽圖在這個時候要告假回籍省墓，這的確是在給劉典這個署撫出難題。
劉典回到巡撫衙門的當日，便急傳林壽圖來見，送信的親兵卻回稱：藩台大人正在府裡打點行裝，不得空閒。林壽圖等於是在同劉典叫板。
劉典無奈，只好來見左宗棠。
左宗棠卻笑道：“我大清素來以孝治國，林藩司此時回籍省墓不僅該准假，還應當奏請上頭表彰於他。克庵哪，給朝廷的這個折子本部堂來寫，你會銜。”
劉典笑笑沒言語，他是被林壽圖、左宗棠二人給弄糊塗了。
左宗棠當日交代劉典，暫委袁保恆到布政使司衙門，去接辦林壽圖未竟事務，然後便把自己關在書房裡，開始給朝廷擬折子。
左宗棠先說林壽圖肯於任事，是陝甘兩省不可多見的能員。又說劉典統兵離開西安期間，巡撫衙門一應事務，俱由該員代為料理等，然後才話鋒一轉寫道：“奈該員體弱多病，不堪繁劇，每每在人前陳述諸多苦處，往往涕淚俱下，又多次陳情開缺回籍休養之因由，實屬迫不得已。”折子最後才道出真意：“懇請朝廷體恤該員苦處，准予回籍休養有年，待身體復原後，再圖報答。臣查二品頂戴、西征糧台督辦、西安製造局總辦袁保恆，於錢糧事務比較熟悉，可勝任陝西藩司一職。”
大年一過，左宗棠就要同劉典等人統兵離開西安，他只是不放心林壽圖這個人。為免除後顧之憂，也為事權歸一，他決定讓林壽圖回籍休養，以便袁保恆能放開手腳做事。左宗棠這麼做，不僅林壽圖沒有想到，連西安將軍庫克吉泰和寧夏將軍署陝甘總督穆圖善也沒有想到。
新年尚未過去，已回原籍的林壽圖，便收到陝西巡撫衙門轉來的聖諭：朝廷為體恤臣子，准予林壽圖以原品休致。林壽圖未及把聖諭讀完，便覺眼前一黑，一頭便栽倒在地。
正想在官場有番作為的林壽圖，就這樣糊里糊塗地被朝廷准予休致了。清朝官員所謂的休致，按現在的話講，就是退休。本不想退休的人你讓他退休了，換誰都要一頭栽倒。