看過輪船之後，左宗棠當晚又馬不停蹄趕回大營，繼續提軍前行。
這時，太平軍餘部在李世賢、汪海洋等人率領下，由江西轉入福建，並很快佔領了漳州、龍巖、南靖、平和及長汀、連城、上杭交界之南陽、新泉一帶，把福建全境鬧了個面目全非。
左宗棠氣得牙根發癢，一面下發緊急文件，命令在福建的各路官軍征剿，一面上奏朝廷，請留老湘軍劉松山部四十營二萬人在福建助剿。
朝廷收到左宗棠的奏請，知道福建省兵力單薄，只得照準。曾國藩知道左宗棠的良苦用心，他為了能把劉松山及所部兵勇長期留在左宗棠的身邊，於是也上奏朝廷，提出：“懇請格外天恩，也為左宗棠調派便當，能否將劉松山所部改隸楚軍建制？”
朝廷見到曾國藩的折子，急忙下旨徵詢左宗棠的意見。左宗棠接到聖旨，不敢貿然上折，寫信和劉松山商量。劉松山很快回函，不同意易旗，堅持使用湘軍旗號。
劉松山短短的幾句話，左宗棠讀出了兩行熱淚，他掩信嘆道：“做人當如劉壽卿！從一而終，真大丈夫也！”
左宗棠督軍行至福建浦城的當天，突然接到劉典從江西發來的快信，告知自己即將離營回老家，為過世的母親守孝。
左宗棠接信不由一愣，暗道：“福建戰事正是棘手之時，劉典即將率軍進入福建，若此時回籍，如何得了啊！”
左宗棠連夜派員趕往江西，給劉典送奠儀及挽留書信一封，接著又起草奏摺，懇留劉典幫辦軍務，並密保楊昌浚出任浙江臬司。
奏摺發走後，左宗棠又給楊昌浚寫了一封加急信，告訴他自己已經推薦他擔任浙江按察使。楊昌浚見信大喜，殊不知，當浙江巡撫馬新貽得知按察使劉典丁母憂的消息後，馬上向朝廷保舉自己的隨員高卿培，出任浙江按察使員；馬新貽的折子整整比左宗棠的折子提前三天拜發。
二十幾天后，聖旨分別下到杭州、左宗棠大營、江西劉典大營。聖旨同意劉典離職，以二品頂戴的身份去福建幫辦軍務；浙江按察使則讓高卿培擔任。
劉典接旨之後很快率軍進入福建，不幾日即到達寧化，會同贛勇王德榜所部，趁機收復龍巖。
左宗棠接旨之後愣了許久，懷疑是馬新貽在搗鬼，卻也無可奈何，只好給楊昌浚寫信，說明原因。楊昌浚為此生了好多天的悶氣。
馬新貽不把左宗棠放在眼裡，自有他的一番想法。若無自己的路子，他是無論如何也不敢背著左宗棠單獨上折的。
馬新貽從同治元年至三年這段時間裡，幾乎是一年一個台階，官運順得已不能再順。馬新貽既非湘係也非淮系，又不是楚系，他何以能如此平步青雲呢？原來，他進京會試前，便牢記“朝中有人好做官”的古訓，曾拜大學士戶部尚書祁寯藻為師；當年會試，大主考放的又恰是大學士潘世恩。考罷，他又成了潘世恩的座下門生。經祁寯藻介紹，得識時任翰林院編修的寶鋆，更是門路大開。
馬新貽到安徽為官後，每年都打發人進京一至兩趟，去看望兩位恩師以及寶鋆等人，從未間斷過。同治元年（公元1862年），寶鋆成了當紅大臣，在軍機大臣上行走，並擔任總理各國事務衙門大臣，不久升為戶部尚書。馬新貽與他來往更加密切，每年都有十幾萬兩的銀子送進京師寶鋆府。寶鋆感恩，於是便力保馬新貽。馬新貽想不紅都不行了。
試想，馬新貽有寶鋆這樣的朝廷重臣在背後撐腰，他又怎會把一榜出身的左宗棠放在眼裡呢？楊昌浚等人自然也就更不放在眼裡。
左宗棠率軍抵達延平時，已經是歲底，天寒地凍，新年將至，進福建的各路官軍漸漸增多，糧餉開始跟不上。
左宗棠在延平大營，一面派員分赴各省勸捐，一面給杭州下發文件，命馬新貽急運糧餉救急。此時，捻軍與西北太平軍餘部會合，推太平天國遵王賴文光為首領，仍採用太平天國兵制、兵法，易步為騎，開始在豫、鄂、安徽、魯等省流動作戰，聲勢頗大。
朝廷原調蒙古科爾沁親王僧格林沁所部鐵騎與捻軍作戰，不久又從黑龍江、吉林兩地徵調多路馬隊參戰。福建省戰事未息，捻軍勢力又起，朝廷一時手忙腳亂，顧此失彼。
眼見朝廷無法從各省調撥更多的濟餉給福建，左宗棠除了向浙江催調外，也只能向兩江總督曾國藩、江蘇巡撫李鴻章、江西巡撫沈葆楨求援。曾國藩緊急為福建助運了二十萬兩白銀與十萬石糧食，李鴻章為左宗棠運送了五萬兩白銀及一萬石糧食。江西比較貧瘠，沈葆楨原本無銀可助，但他收到左宗棠求救信後，還是咬牙讓藩台把全省僅有的四萬兩白銀撥付了過去。
浙江是福建浙總督所轄的省份，照理，總督衙門派過來多少餉糧數額，巡撫衙門都該照撥才對，但馬新貽一兩銀子、一石糧食也無。
浙江布政使蔣益澧收到左宗棠的信後，連夜便來見馬新貽，請調軍押運糧餉入福建。
馬新貽原本已收到左宗棠的咨文，但他偏偏裝作不知道的樣子，把蔣益澧遞過來的信看了看，打著官腔道：“爵帥這件事還要打個商量。老弟知道，爵帥離任前，就有修築海塘之議。現在，全省上下正在做這件事情。還有錢漕一項，全省剛剛平定，回遷百姓只是暫時安定了下來。今年收成又差，眼見放出去的籽種和款子是收不回來了。本部院上日剛奏請戶部請減杭、嘉、湖、金、衢、嚴、處等七府浮收錢漕，又要復興各府、縣書院，這也要一大筆款子。如此算來，我們不籌到二百萬兩銀子，是辦不完這些事的。”
蔣益澧忙道：“撫台容禀，爵帥離任時，已經給庫裡留了八十萬兩的銀子，糧食也還存有二十萬石。司裡想，如今軍務緊急，不妨先從庫裡提取五十萬兩撥給爵帥應急。糧食呢，運送過去十五萬石也該不成問題。司里辦完這些呢，再想辦法去籌些款子，讓各省再救濟一些餉糧，我們的事情也就可以辦了！”
馬新貽拉下臉道：“老弟此言差矣。爵帥走時的確給庫裡留了些銀子和糧食，但他老給省裡留了個永遠也填不平的大窟窿也是真的。他老好名太過，有時就不知死活。有些事，本部院不好當面駁他，但本部院卻是要同上頭講清的。”
蔣益澧驚道：“撫台何出此言？司裡怎麼越聽越糊塗？”
馬新貽冷笑道：“他走便走了，卻偏偏在杭州弄了個不清不混的造船局子，又不說是省裡的呢還是總督衙門的，弄了一幫子人氣不通的法國人，在那裡鼓搗，月月來向本部院黑著眼睛要祿金，還說是爵帥答應過的。尤其是那個日意格和德克碑，最讓人討厭不過，每次到衙門來見本部院，稍不如意，不是拍桌子，就是把眼睛瞪得跟燈籠那麼大。照這麼幹下去，我們省什麼時候才能熬出個頭兒呢？
“老弟，爵帥的事，緩辦吧。上頭既放本部院來做浙江巡撫，本部院凡事就要多替浙江想想。老弟你呢，是浙江藩台，落眼點自然也該是浙江才對。本部院已讓人知會了鹽政衙門的楊石泉，浙省的鹽丁，是一文也不能亂用的。”
蔣益澧被馬新貽一頓話，說得低頭沉吟了半晌，有心想爭上幾句，又怕惹急了馬新貽以後不好共事，表面上只有點頭稱是。下來後，蔣益澧乘轎到鹽政衙門來找楊昌浚想辦法。
兩個人思謀了大半天，仍無一點辦法好想，只好各自給左宗棠复信，據實言明情況算是交差。
左宗棠一見到蔣、楊二人快馬遞來的信件，氣得大罵：“馬榖山這個狗東西，真是反了！他竟然連本部堂的話都敢不聽！這樣的巡撫若不好好參他一本，還要王法做什麼呢？”他罵完之後，當即便把隨營的起稿師爺傳了過來，大聲吩咐道：“你馬上起奏一篇參劾馬榖山的奏稿，本部堂要和他到朝廷那裡去打官司！”
師爺急忙答應一聲，隨後問道：“請爵帥示下，您要參劾馬榖山什麼呢？”
左宗棠氣哼哼地道：“就參他抗命不遵吧。本部堂糧餉吃緊，已緊急傳命於他，讓他速撥糧餉若干到軍前應急，他竟理都不理！這還了得嗎？”話畢，又把蔣益澧、楊昌浚的來信遞給師爺，很鬱悶地說：“這是蔣鄉泉與楊石泉給本部堂發來的快信，你看一下就起稿吧。”
師爺接過信，細細地看了一下，小心道：“大人，這馬榖山違抗憲命，好像也是情有可原的，何況，朝廷已經準了他修築海塘的奏請。設若他當真又奏減杭、嘉、湖、金、衢、嚴、處七府浮收錢漕，庫裡不僅沒有多餘的銀子，恐怕還須外籌一些才能應付下來呀。卑職以為，這參劾折子呀，大人不妨等等再上吧。大人剛離開浙江就和巡撫鬧意見，折子遞上去後，朝廷會怎麼想呢？”
左宗棠摸了一把鬍子道：“其實，你就是不講這話，本部堂也認為這個參折上得有些勉強。可這個馬榖山，本部堂不整治他一下，咽不下這口氣呀！他馬榖山若是福建浙總督也就罷了，他偏偏是浙江巡撫，而本部堂才是總督啊！”
師爺嘴上不說什麼，心裡暗道：“現在的浙江撫台若是曾沅甫，就更有您老受的了！”
師爺下去後，左宗棠背著手來回踱步，苦思不得良策，只好給正在龍巖督戰的劉典送信一封，讓劉典速到延平商議事情。給劉典的信剛剛送出去，他又接到劉松山的來信。劉松山在信中稱，所部在收復南陽的時候，繳獲太平軍屯糧五萬石和白銀一萬餘兩。
左宗棠接信心稍安定。不久，曾國藩、李鴻章、沈葆楨所助餉銀及糧食陸續運到。眼望著這些餉銀和糧食，左宗棠淚流滿面，泣不成聲，不知該怎樣感謝才好。
劉典把軍務稍作佈置，即帶親兵營飛馬來見左宗棠。
劉典到時，正有軍兵從車上往下搬運糧食，場面熱鬧。他見到左宗棠說的第一句話就是：“哈哈！季高，這些糧食到得及時，您老是從哪兒化來的？”
左宗棠拉住劉典的手，紅著眼睛說道：“馬榖山這個混蛋！他明知道前軍各路人馬缺餉斷糧，卻紋絲不動。若非滌生伸出援手，我們連個年都休想過去呀！我正在著人給各路人馬分糧分餉，這一二天就能分撥妥當。克庵，龍巖怎麼樣？年前能不能收復？”
劉典說道：“各營已斷炊一日，眼下正靠宰馬匹度飢。我離營時還在想，若糧食仍無著落，兵勇非譁變不可。”
左宗棠道：“壽卿在南陽得到了長毛的五萬石糧食，我已派快馬過去，讓他緊急給你撥兩萬石過去。若不出意外，今兒個就能送到。克庵，我做夢都沒想到，滌生還像從前那樣待我！”
提到曾國藩，劉典不由嘆口氣道：“曾爵相與您交往頗深，他是知道您老為人的，但曾老九恐怕就不是從前的曾老九了。您老可能還不知道，他離開江寧時，已在人前發下重誓說，除非左季高拜相，否則他就不再與您老來往！他是真生您老的氣了！”
左宗棠苦笑道：“他說的這些話我也聽到了。這個曾老九啊，他明知道我大清一榜出身是不拜相的，他故意這麼說，無非就是想和我絕交罷了。左季高的苦處曾滌生知道，可他曾老九怎麼知道啊！好了，不說這些了。我把你緊急從龍巖召來，是要和你商議一下眼下的局勢。”
左宗棠話畢，傳人擺上福建省份圖，便指指點點地說起來。劉典返迴龍岩的當日，龍巖攻克，太平軍敗走新泉。劉典揮師猛追，一鼓作氣攻下新泉。在新泉稍事休整，劉典提軍向浮州進逼。