1933年1月17日，中共臨時中央決定由上海遷往江西中央蘇區。隨後，博古、洛甫等臨時中央負責人抵瑞金。不久，中共蘇區中央局與臨時中央合併，稱中共中央局。周恩來的中共蘇區中央局書記一職自行消失了。
這期間，周恩來和朱德一起，一直在前方指揮紅軍作戰。
中華蘇維埃共和國中央政府根據中共中央提議，於5月8日舉行第11次人民委員會常務會議，決定將中央革命軍事委員會由前方移至瑞金，增加項英、博古為委員，項英代理主席。同時，在前方另行組織中國工農紅軍總司令部，朱德為中國工農紅軍總司令兼紅一方面軍總司令，周恩來為中國工農紅軍總政委兼紅一方面軍總政委。此後，前方軍事行動的決定權，完全由博古、項英直接掌握。
博古、項英等人按照在上海的共產國際駐中共軍事顧問們的意圖，認為蔣介石與閩、粵軍隊有內爭暗鬥，而在中央蘇區的北部採取守勢，不易攻擊，所以要求紅一方面軍主力分成兩個部分作戰。將這樣的部署稱之為“兩個拳頭打人”。
中共中央局於6月13日致電朱德、周恩來，轉告共產國際駐中共軍事總顧問弗雷德·施特恩擬定的關於夏季軍事作戰計劃。電報中批評紅一方面軍前段軍事行動的缺點在於“主力集中於一個單獨的作戰單位，即方面軍，這就不能從各方面配合作戰”，“以致對於北方的敵人，很少機會再給予有力打擊”。為在閩、贛兩個戰略方面上同時取勝，提出從紅一方面軍調出若干部隊，組成東方軍團，進行分離作戰。強調“切實執行這一作戰計劃”，提出以紅3軍團為東方基幹，入閩作戰；紅1、5軍團依計劃在撫河、贛江之間作戰。
周恩來就夏季軍事作戰問題，於6月14日電複中共中央局：“東黃陂戰役後，除攻樂宜外，方面軍與敵戰鬥凡十二次，每次敵損失一團左右兵力，決不能說在北面戰線沒有設計削弱敵人主力。”針對入閩作戰一事，電報說：“須估計到清流、歸化、將樂、邵武等地的攻擊必須時日，6、7兩月正是給養最困難的時候，清流泉上一帶是貧瘠的地域，目前方面軍已有斷炊之虞，不知你們估計到否？”但他提出的這此問題，博古、項英等未予理睬。
16日至18日兩天內，他又和朱德連續四次致電博古、項英，不同意作為紅一方面軍主力的紅1、3軍團分開行動。彭德懷、林彪等軍團指揮員對洋顧問以中共中央名義下發的夏季作戰計劃亦持異議。但在後方的博古、項英等中共中央局及軍委領導人根本不接受前方軍事領導人的意見，三令五申，要求必須堅決執行由洋顧問擬定的夏季軍事計劃。
遭受博古、項英輪番來電催促斥責後，周恩來迫不得已，下令紅一方面軍兵分兩路：紅1、5軍團留在原地，改稱中央軍，實際上並沒有多大的作戰任務，基本上處在無用武之地；以紅3軍團為基幹組成東方軍，東出福建，計劃經清流、歸化地區折向北上將樂、邵武，進入贛東北，再與方面軍總部會合。
佈置完畢，周恩來於6月23日致電中共中央局：“絕對服從你們命令，並立即執行。我要求在部隊調動中回瑞一行，面陳不同意見或改在博生縣開軍委會或中局會。因許多問題非電文所能詳，許多批評完全不是我們願意也。”同時指出，清流、將樂、邵武城的地形都是易守難攻，而移駐福建的敵19軍的守城能力又強，因此，東方軍不宜在攻城上多耗時日。
紅一方面軍將主力分散部署，正中蔣介石下懷。
早在6月8日，他在南昌行營召開贛、粵、閩、湘、鄂五省“剿共”軍事會議上，總結了前四次“剿共”失敗的經驗，指出此次要實行“徹底封鎖”的作戰方針，就是所謂“戰略攻勢，戰術守勢”和“步步為營，節節推進，碉堡公路，連綿不斷，經濟封鎖，滴水不漏”的戰略和“三分軍事，七分政治”的策略，即保甲制度和保安部隊制度繼續施行。
7月8日，蔣介石在廬山設立軍官訓練團，自兼團長，陳誠任副團長，召集蔣系軍官輪流受訓。該訓練團完全以反共為目的，教育的中心思想就是“攘外必先安內”，“目前一切的一切其最重要的關鍵就在於剿匪。”利用這個喘息機會，蔣介石命令準備進攻的各部隊在中央蘇區周圍休養生息，補充物資，構築碉堡封鎖線，準備發動新的“圍剿”。經過這段時間的陸續增調，蔣介石已在中央蘇區周圍集結了50多萬人馬。
彭德懷率東方軍入閩作戰後，先後攻占歸化、清流、泉上、連城、白砂等地。 8月12日，周恩來、朱德致電中革軍委，提議東方軍進入第二階段之目的在求得繼續消滅閩敵一二個師，於運動戰中以破壞贛的東方側翼並藉以分散敵兵力，最後集結強大的優勢兵力出現在邵武、光澤、資溪之間，尋求敵之5、6兩師突然襲擊之。以便逼使贛敵移動與重新集中，造成中路軍北向的有利條件。
博古、項英等對此意見未予採納，於次日下令：東方軍經歸化、夏茂地區，於8月底以主力攻占洋口、峽陽等地，消滅洋口、順昌、將樂地帶之敵；由紅1軍團等組成的中央軍擔負箝制正面蔣軍，並破壞北面蔣軍的碉堡封鎖線，打擊筑碉部隊；紅5軍團組成撫東支隊。
紅軍正按博古、項英的指令作部署時，駐守信江的蔣軍第4、第21師南下，進犯中央蘇區。而順昌、將樂城防堅固，東方軍一時無法攻克。
9月3日，周恩來、朱德致電中共中央局，報告東方軍已結束戰鬥，“集結延城附近，準備回師”，並作了遲滯蔣軍南下的的佈置。 7日，中革軍委復電，堅持要東方軍消滅蔣19路軍的基幹兵團，完成第二階段的作戰任務後再回師北上。
9月12日，中共中央局又轉來共產國際的指示電，提議延長東方軍在閩的作戰時間，在閩浙邊界的崇安、浦城、松溪一帶創造一個廣大的游擊區域。周恩來即於當日電複，指出這樣一來，“北上期必更延遲”，“5軍團調一個師去，在目前只打將、順、邵敵人實無必要”。次日，周恩來再致電博古、項英，強調執行共產國際指示電第一步關鍵在“求得勝利地結束東方戰鬥，迅速北上”。並提出東方軍回師路線與作戰方案。
9月14日，中革軍委電複朱德、周恩來：“順昌、將樂未打下，將束縛我軍不能集結優勢兵力於決戰方向，且保障我後方交通線周旋較難，固現應力求在決戰前，打開順昌或將樂。”要求東方軍遲於20日若干時間再行北上。
圍攻將樂、順昌的戰鬥，並沒有博古、項英等人想像的那麼順利。戰鬥進行了一個月，仍未能如意“打開順昌或將樂”，而北線敵情已日益緊張。 9月24日，周恩來致電項英並轉中共中央局，提出“必須迅速結束東方戰鬥，否則將會失去剪除贛敵之良機，坐視其搶先集中撫河”。次日，再電提出東方軍必須最大限度集結兵力，以最大機動求得勝利地結束東方戰鬥，不為堅城所繫，不為強敵所滯，以便能在運動中滅敵一部，趕早北上。
27日，中革軍委命令紅一方面軍主力結束東方戰線，集中泰宁地區，會合撫西紅軍，以全力與蔣軍在撫河會戰。而在此之前兩日，蔣軍乘紅一方面軍分離作戰，無法及時北上之機，以四個師的兵力進攻蘇區北方重鎮黎川，隔斷了中央蘇區同贛東北蘇區的聯繫，使中央紅軍在第五次反“圍剿”戰爭一開始就陷於不利的作戰態勢。
周恩來獲知蔣軍搶占黎川後，9月28日連續致電項英並轉中共中央局，指出撫東戰局因紅軍為將樂、順昌堅城所繫之誤，將使蔣軍得先築據點為守，現紅軍必須以極大機動性處置當前戰鬥。正面迎蔣軍或強攻黎川都處不利。他建議“東方軍與中央軍會合”，集中優勢兵力破敵一方。但是，中共中央局對他的意見未予接受。
就在這個時候，共產國際駐中共軍事顧問李德從上海到達中央蘇區。這個消息，給正陷入後方與前方之爭的苦惱中的周恩來，帶來了一絲欣慰。他跟朱德說：“共產國際的顧問來了，情況該有所改觀了吧！”
朱德說：“至少會有些變化吧！不然，要洋顧問來幹什麼？”
“共產國際給我們派來的顧問是德國人，蔣介石請來的顧問也是德國人。天底下竟有這樣巧合的事！”
“我們的敵人蔣介石是黃埔軍校校長，蔣介石的敵人周恩來，也是黃埔軍校政治部主任嘛！”
“這麼說，我們兄弟翻臉，德國人也兄弟翻臉！”兩人笑了笑。周恩來沉思片刻，心情還是有幾分沉重地說：“但願李德來了，我們的前方與後方的爭論也就隨之結束了。”