1932年12月上旬，省委派杜衡去陝甘邊區執行省委8月做出的《創建陝甘邊新蘇區及紅二十六軍決議案》。杜衡到三原讓黃子文帶渭北游擊隊與其一同北上邊區，在宜君縣轉角鎮正式將陝甘游擊隊改編為紅二十六軍（當是只有第二團）。團長王世泰，政委杜衡（軍政委兼），參謀長鄭毅（後為劉志丹）。隨後，杜衡讓黃子文返回三原，向省委匯報情況。子文遂護送被杜衡解職的謝子長、閻紅彥一塊到武字區，並派人送謝、閻出潼關去上海。
1933年1月5日，子文向帙陝西省委寫信，一面匯報了杜衡改編中國工農紅軍二十六軍的情況，一面請示自己的工作問題。不久，省委派子文去白水、蒲城一帶巡視工作。子文接到指示後，於當月中下旬與金天華將渭北游擊隊帶回武字區後便去了白水。
3月下旬，黃子文回省委匯報巡視白水、蒲城工作情況。此時，杜衡亦回省委。 4月10日，杜衡主持省委會議，以“右傾”之名，給子文留黨察看三個月的處分。隨後派其去陝甘邊特委工作。
陝甘邊特委成立於3月份，領導著以李妙齋為總指揮、習仲勳為軍委書記兼政委的游擊隊——陝甘邊游擊隊。 4月中旬，黃子文去後接替李妙齋，任陝甘邊游擊隊總指揮，習仲勳任政委。陝甘邊游擊隊在習仲勳、黃子文等領導下，擔負保衛陝甘邊特委和陝甘邊革命委員會的重任，開展游擊鬥爭，鞏固和發展陝甘邊新蘇區。
5月下旬，杜衡由省委返回照金蘇區，提出了紅二十六軍二團南下渭華，建立新的根據地的主張。
6月中旬，杜衡不顧省委、陝甘邊特委、中共三原中心縣委的勸告與反對，強行帶紅二團南下。黃子文亦被令隨軍領路到武字區。省委得知此次行動的消息後，即派省委書記袁岳棟到三原阻止。待袁到三原，僅碰到準備回省委的杜衡。紅二團已由王世秦、劉志丹和代理政委汪鋒等人帶走。 18日晚，袁岳棟在三原民教館召集有杜衡、劉映勝、趙伯平（中心縣委書謁）、黃子文參加的緊急會議，批判了杜衡南下的錯誤主張，並決定由黃子文連夜追趕紅二團，阻止南下。當子文追至渭河北岸時，部隊早已渡河，不知去向。
為了挽救革命武裝，黃子文將情況向袁岳棟、趙伯平匯報後，即化裝成木匠，深入渭華山區尋找戰友。在渭南的程家鄉、橋南鎮，在華縣的高塘、東陽鄉堡子底、郭家莊、黃麓口、箭峪口，留下了子文艱難跋涉的足跡；在大明寺小學的教室裡，地下黨員姚明輝的瓜庵子地舖裡，藍田縣山林裡的石岩中，留下了子文的身影……。在十多天的奔波中，子文得到的回答僅僅是：“不知什麼隊伍，前兩天向南山去了！”南山即秦嶺，千豁萬嶺，橫貫陝西東西，找部隊猶如大海撈針。
一天晚上，子文躺在箭峪東溝一棵大樹下的磐石上，思索著如何盡快找到部隊的下落。猛然間，他想到了在渭華擔任縣委書記的趙應魁。他倆是鄉黨，一塊共過事，和他取得聯繫，讓渭華地方黨組織協助尋找部隊，豈不更方便，更快嗎？
第二天，他跑了一整天，終於找到了趙應魁。倆人商量後，由趙找來了幾個黨員，分頭尋找。子文讓他們裝扮成上山砍柴的，挑貨串鄉的，走親訪友的，奔向四面八方尋找。
在尋找戰友的日子裡，子文經常風餐露宿。在深山老林裡，十里八里碰不到一戶人家，白天餓了，燒洋芋吃；晚上冷，他拾些柴草，燒過之後，踩滅火星，趁熱睡在灰燼上。這樣子文磊嵩華地下黨的同志，忍飢受餓地又奔波了十餘日，終於在西；菇找到了病餓交加的劉志丹，後又找到了王世泰等。在渭華矗下黨員王杰、李凌雲、陳居義、宋金昌等協助下，幾經輾轉到了華縣。 7月下旬又轉到了渭南地下黨員張文華、張我公、白思堂家隱蔽，以待時機過渭河回照金。
七八月份，正是渭河河水暴漲的季節。大橋被敵人封鎖，渡口亦被敵人控制。黃子文、劉志丹、王世泰等聚集在張文華家，正為北渡發愁，特別是團長王世泰不識水性，除從大橋上過，別無辦法。大家的槍支，也不能各自帶在身上。子文出主意說：“槍讓我老婆帶上，與世泰從橋上過，其餘的人分頭泅水過河。”劉志丹怕李盛雲年輕，又有孩子，不願讓其冒險，子文笑道：“咱這老婆，坐過牢，造過手榴彈，會打槍，膽子大著哩，你放心吧！”子文望瞭望王世泰，又望瞭望抱著孩子的李盛雲補充道：“至於他倆如何帶槍過橋，我自有錦囊妙計，大家不必擔心！”
8月上旬的一天，一對年輕夫婦向渭河大橋走來，男的抱著一個兩歲多的小孩，女的挎著一隻籃子，籃子裡盛著香裱紙錢和獻食。他們剛剛到碼頭，敵人的哨兵跨前一步：“幹什麼的！”
“去河北給母親過週年的！”女的回答。
“他是誰？”哨兵問。 “我男人。”女人說。
哨兵望了一眼籃子，卻沒有動手，將頭一擺：“走吧！”
他倆過了河，不由加快了腳步。男的長出一口氣：“我懸著的心總算放下了！”女的笑了笑，沒有說話，顯得鎮靜自若。這就是子文讓王世泰和李盛雲裝扮的。
當王世泰和李盛雲到了原約定的集中點——地下黨員李毓章家裡時，黃子文和劉志丹、黃羅斌等已由渭南地下黨員分頭護送到了，李盛雲從籃子裡取出手槍，交給了大家，便抱著孩子帶著劉志丹的囑託，去西安找省委匯報情況。
黃子文當年化裝救戰友用的奔子（一種木工工具），至今還作為革命文物保存在渭華起義紀念館。