北洋內部的這種“均勢”維持了將近一年，但是就在這一期間，局部的戰爭與衝突也時有發生，新的危機開始不斷出現，並且顯示出處理稍有不慎，就有可能牽一發而動全局的勢頭。
1925年10月，長江直系以孫傳芳為總司令，組織浙閩蘇皖贛五省聯軍，向奉軍發起總攻擊，浙奉戰爭爆發。此時，馮玉祥接受蘇聯援助，使得國民軍的實力得到極大增強，於是便開始與孫傳芳密商反奉計劃，不久又與奉軍將領郭松齡訂約，建立起反奉同盟。
為了對付國民軍，張作霖也拋去前嫌，與吳佩孚結成了直奉同盟。自此，各派大動干戈，段祺瑞苦心經營的“均勢”再也無法維持下去了，“調和統一”更無從談起。
歸根結底，段祺瑞還是不具備整合北洋系的真正實力，也可以說，在袁世凱之後，能夠被北洋各派始終公認的權勢中心其實一直都沒有形成過。
在這種情況下，段祺瑞的“均勢”只能是權宜之計，而非長遠之策。有人把他比喻成給一群兒孫分蘋果的老婦，雖然想盡辦法要做到公平合理，可是蘋果再多，也就那麼一籃子，何況還有大小酸甜之分，所以最後仍不免群兒相鬥，甚至遷怒至他這個老婦。
“群兒”之中，最難打發的仍是自恃有擁戴之功的馮玉祥、張作霖。馮玉祥在執政府剛開局時，就因所獲得不到滿足而心生怨懟。張作霖更是氣焰萬丈，得寸進尺，得到河北地盤之後，又復要山東。
段祺瑞的侄子段宏綱長隨段之左右，他和“太子派”的一些人進言，希望段祺瑞對張作霖的一些過分要求予以嚴詞拒絕，如果拒絕不了，就立刻離京，通電下野，並且說不這樣做將威信盡失，以後會越來越被動。
段祺瑞因為自身缺乏實力，做事已不像過去那樣堅毅果斷。雖然他認為段宏綱說得很對，但並未能堅持下去，在聽了“國舅派”的另外一番勸說之後，仍任命奉係將領張宗昌為山東督軍。
國民軍方面對此非常惱怒，認為段厚於張而薄於馮，於是便把氣都撒在段祺瑞身上。他們首先奪去北京治安軍警權，接著便蓄意對段幕成員尤其是“國舅派”展開打擊報復——在馮玉祥的授意下，馮的嫡系親信、時任北京警備總司令兼警察總監的鹿鍾麟先後下令逮捕了執政府總參議曾毓雋、司法院長姚震，財政總長李思浩見勢不妙，趕緊避往東交民巷，陸軍總長吳光新則藉著到日本觀操的名義，逃到天津去了。
此時執政府風雨飄搖，身為執政的段祺瑞已無能力保護自己的這些幕僚和部下，他只能盡全力阻止各方衝突的進一步加劇。
發現馮、奉已成劍拔弩張之勢，他特派時任執政府秘書長的鄧漢祥到各處接洽，勸阻馮玉祥等人不要用兵，但鄧漢祥出去跑了一圈，結果是毫無所獲。
鄧漢祥回來後，將各方非打不可的情形詳細告訴了段祺瑞，勸他以“電主張未能實現”為由通電自動下野。段祺瑞並不是一個戀棧之人，過去因總統不能接受他的意見，也曾多次憤而辭職。可是這次他卻不能不戀棧了，原因就是關稅會議尚無結論。
當時各國在會議上已原則承認中國關稅自主，並決定在元旦裁厘實現後正式施行。儘管段祺瑞知道在自己任上要實現裁厘的目標已經非常渺茫，但仍想勉力一試。另外，半途因內亂棄職而去，他也擔心這樣會令中國在國際上丟臉。他對鄧漢祥說：“現在有五十幾個國家的代表在北京開關稅會議，我若毅然決然宣布下野，國際友人難免不責備我們對國家太不負責任。”
就在他心神不定的時候，他收到了一封從上海發來的電報，署名人是已經暌別很久的徐樹錚。