直皖戰爭結束後，接下來基本就是一個直奉為刀俎、皖係為魚肉的過程。皖系軍隊全部遭到改編或繳械遣散，無一倖免——“邊防軍一個也不能留”其實就是吳佩孚自己的心聲，他在戰爭中已經看到了邊防軍的潛力，又怎麼可能再聽任這樣一支軍隊存在下去？
西北邊防軍因為徐樹錚的關係，更被直奉認為勢必除之。徐世昌下令撤銷西北籌邊使官制及西北邊防軍，至此，西北軍在編制上壽終正寢，其存在時間僅僅只有一年零七個月。張作霖本來還想把被徐樹錚“挖”去的那兩個旅要回去，但兩旅堅持“願再戰不願繳械，願改編不願歸奉軍”。張作霖見狀，便將槍支收走，人員一律遣返原籍。
西北軍第三混成旅系徐樹錚當初帶到外蒙古去的駐軍。該旅留在國內的部分率先被繳械遣散，只有在外蒙古的主力被暫時保留。在徐樹錚失勢之後，原庫倫都護使陳毅已重回外蒙古掌權，此人認為徐樹錚搶了他在外蒙古撤治上的功勞，對徐樹錚及其西北軍一直抱有妒恨之意，這時便落井下石，上書北京政府，要求將第三混成旅“調回內地遣散，以去疑竇”。
北京政府不是不想調第三旅，奈何外蒙古形勢發生了新的變化，白俄軍隊趁中原動盪、無力兼顧外蒙古之機，欲謀奪庫倫。發現庫倫戰事迫在眉睫，北京政府只得對第三旅暫緩內調，將其改為陸軍第二十五混成旅，直屬陸軍部。
這支塞外孤軍遭到了白俄軍隊的大舉進攻。旅長褚其祥連電北京告急，並派參謀長及庫倫中國商會會長赴京求援。可是求援人員剛剛到京，庫倫就已經失守。在白俄的脅迫下，外蒙古活佛哲布尊丹巴再次宣布“獨立”。
退出庫倫的第三旅分途退向祖國，其中退往張家口的全部因凍餓死於途中，褚其祥所率另外一部被蘇聯紅軍解除武裝，次年，他與幾個中級軍官由蘇軍押送，經海參崴遣返回國。在此之前，蘇聯紅軍已擊破白俄軍隊，佔領庫倫，並在庫倫成立了由蘇聯扶持的“蒙古人民政府”。
在徐樹錚二返外蒙古途中所作的那首七律上，有一句這樣寫道：“中原鼎沸誰孤憤，大海迴瀾作夜聲。”相隔徐樹錚和西北軍出塞僅僅兩年，他們做出的努力、建下的功業，就被“中原鼎沸”給覆蓋得無影無踪了。
就在褚其祥旅折戟沉沙的那一年，原被派往海參崴參加“西伯利亞干涉”的“中國支隊”也撤回了國內。那時他們所屬的陸軍第九師已被直系改編，師長也換了人。這支同樣曾經立聲名於外的功勳部隊一樣落到了無人問津的地步，只得在他們所暫駐的吉林牡丹江“就地落草”，接受吉林督軍的改編。
往前推一年，1920年春，那時直皖戰爭尚未爆發。服務於“一戰”的“威海衛華工營”準備啟程回國，許多華工前去向那位出生於北京西郊海淀，如今已定居於法國的女子辭行。大家問她想不想回中國，女子說：“怎麼不想？做夢也在想！不過一年多來，我向許多同胞問了國內的情況，倒使我遲疑起來。祖國太亂了，人民太苦了，簡直是一個公共的殖民地。以後再看吧！”
臨別時，女子的眼眶裡全是淚水，她一邊哭，一邊拉著同胞的手說：“我多麼盼望祖國統一、獨立和富強啊！”
這個希望轉瞬就成了泡影。回國後的華工也有很多人被迫捲入直皖戰爭，他們沒有死於“一戰”，卻死在了內戰之中。那位在華工營中具有很高威信的“先生”就是其中之一。他的華工朋友和他通了幾次信，但直皖戰爭後去信幾次都無回信，可知一定是已經戰死了。
中國嗜於內鬥的“傳統”，彷彿再一次讓人們看到了它骨子裡的無可救藥！
內鬥就像一個在屋內開設的大賭場。在直皖戰爭的這一局裡，皖係是個大輸家，“十禍首通緝令”中的十個人都是輸家中的一員。照理說，通緝名單上的人應該是最慘的，但實際上不是。傅良佐因為投靠徐世昌、靳雲鵬，並替徐世昌勸說段祺瑞通電下野的“功勞”，而受到庇護，沒有被通緝。他認為自己不會有什麼事，不料曹、吳卻不想饒過他，不久他就被直軍給逮捕了。
這個倒霉勁兒！早知如此，還不如跑日本使館尋求政治避難了。傅良佐被抓後，家人行賄二十萬元，對方仍不肯放人，令傅良佐又氣又恨。過了一年多，鬱鬱寡歡的傅良佐患了精神病，這才得以保外就醫，但回家不到兩個月就死了。
原段幕人員中，只有靳雲鵬算得上是贏家。直皖戰爭結束後，他成了各方面都能接受的大紅人，1920年8月，他再度組閣，風風光光地做了總理。