按照緊急會議的決議，由段祺瑞領銜發出呈文，請總統徐世昌下令對曹錕、曹瑛（曹錕的弟弟，亦為直軍將領）、吳佩孚革職拿辦。
段祺瑞拿著呈文再赴總統府。徐世昌見對方動了真格的，急忙說：“老大哥何必這樣生氣，又錚的籌邊使本來和籌邊署辦有些疊床架屋，罷免他不過是掩人耳目罷了。等到風頭過去，就可以另行安插。請他在總統府委屈一下，閒散一兩個月，似乎也沒有什麼妨礙。”
徐世昌已經把屁股挪到了直系一邊，說一千道一萬就是不肯罷免曹、吳。他說：“曹、吳克復長沙，久戍湘南，全國輿論都加以稱讚。如果有功不賞，還免除他二人的職務，恐怕會遭到全國輿論的反對，而且可能引起曹、吳等人的巨變，那就小不忍則亂大謀了。”
要說功，徐樹錚收復外蒙古之功是當時沒有人能與之相比的，連孫中山都致電祝賀，你免他的職，怎麼就知道全國輿論不會反對？段祺瑞當然不服。
至於曹、吳巨變，此前兩天，段祺瑞已對西北軍第一、第三兩師及陸軍第十五師發出動員令，讓各部開往保定，準備對吳佩孚作戰——要打就打，誰怕誰來？
段祺瑞憤憤退出總統府，返回團河。由於過分激動，有人看到他“兩顴發紅，精神頗有錯亂之象”。他隨後派人告訴徐世昌，說徐樹錚被免職一事，他可以不再過問，但曹、吳擅自撤防北返之罪，不能不問。如果徐世昌依然故我，他段祺瑞為維護國家綱紀，“必興問罪之師”。
迫於壓力，徐世昌只得下達明令：吳佩孚撤職，交陸軍部依法懲辦，其第三師原系中央直轄軍隊，由陸軍部接收整頓；曹錕督率無方，革職留任，以觀後效。
自吳佩孚擅自北返而可以不受政府任何制裁之後，北京政府的權威和命令都已大大貶值。曹、吳對政府的免職令絲毫不予理會，吳佩孚則不僅不交卸軍隊，反而繼續統兵北進，而段祺瑞也已改邊防軍為定國軍，自任總司令，做出了“討伐”的姿態。
7月12日，曹錕聯絡張作霖、李純、王占元等人聯名發出通電，說段祺瑞是在“施一網打盡之計”，表示“迫不得已，唯有秣馬厲兵”。第二天，張作霖又另外發通電進行響應，決定“派兵入關，扶危定亂”。
徐世昌引吳部北上，是要利用直皖矛盾鞏固權位，他沒料到挑起的火會越燒越大，最終呈蔓延之勢。眼看著自己不但不能左右逢源，而且連總統寶座都可能保不住了，徐世昌趕緊又發布一道命令，要各軍一律退駐原防。可是這道命令為時過晚，在戲幕已經完全拉開之後，還要不要演、如何演，都跟他沒有任何關係了。
按照先前在團河會議上的部署，在正面作戰的皖軍分為東西兩路，東路在京奉鐵路沿線，總指揮為徐樹錚，對面直軍為曹瑛所部。
歸徐樹錚指揮的是原駐廊坊的西北軍第二混成旅。徐樹錚練兵，本來就比較重視實戰訓練，第二旅的旅長宋子揚及以下一批軍官均來自馮玉祥的第十六混成旅，而馮玉祥的練兵方式又與徐樹錚比較像，所以該旅對演習、射擊和體力訓練就抓得更緊一些，在西北軍的四個旅中，第二旅的聲譽也最好。
徐樹錚到前線指揮，問宋子揚對戰事有沒有信心，宋子揚當即表示：“這沒問題，司令下命令，開步走也走到天津了。”
直皖戰爭在7月14日正式打響。東路開始相當順利，第二旅於黎明起對直軍所駐守的楊村發動進攻，不到兩個小時，即將楊村攻下。接著又向前追擊，部隊在玉米地中撿得軍衣，軍衣上繫著白領章，另外還撿到了兩支三八式步槍。這都是奉軍的軍裝樣式和他們慣用的槍支，徐樹錚這才知道，奉軍也已經加入了對他們的作戰，為謹慎起見，遂命令第二旅暫時停止前進。
段祺瑞在派徐樹錚指揮東路的同時，另授命段芝貴指揮西路作戰。可是這一任命實際上是段祺瑞不善用將的一個典型佐證。
段芝貴更確切地說，只是一個以應酬見長的官僚，而非合格的戰將。他雖然也畢業於天津武備學堂，但在校的學習成績非常一般，以後又長期混跡於宦海，精力主要都用在對付人上面了，他對於軍事學簡直可以說是完全不懂，並且嚴重缺乏帶兵經驗。
水平不高，倘若認真一些，沒準還勤能補拙。可段芝貴又不是一個對自己有要求的人，他平日最注重的便是“享受”二字。
據說段芝貴每天都要更換衣服數次，出門時副官一定要隨身帶著一大包衣裳備用，而他的副官也以衣飾華麗著稱。與穿衣服相比，更講究的是，段芝貴到哪兒都得帶著他的御用廚師，非這位御用廚師做的菜就入不了口。
御用廚師姓李，老被段芝貴這麼“慣”著，脾氣便上來了。有一次段芝貴在屋內罵他，他也回罵。段芝貴氣得將他逐出了段府，可是李廚師一走，段芝貴就因此吃不飽了，於是又將李廚師請回。如是者三，以後段芝貴在屋內小聲罵，李廚師就在院內毫不客氣地大聲回罵，段芝貴還拿他沒有辦法。
別的總指揮上陣，隨其左右的都是幕僚衛隊。段芝貴當然也帶著幕僚衛隊，但對他而言，李御廚和拎著一大包備用衣服的副官或許更讓他掛心。為此，他還特地準備了配有餐車及頭、二、三等俱全的七節專車一列，上面滿載洋酒、罐頭、火腿、板鴨、紙菸。知道的明白他是去指揮打仗，不知道的還以為他是到哪裡去度假呢。