當時段祺瑞乘坐的是“楚育艦”，一部分隨員乘坐的是“楚材艦”。在行至漢口劉家廟附近時，適值招商局的“江寬號”客輪開來。 “楚育艦”速度快，已經開過去了，“楚材艦”則與“江寬號”撞個正著，前者的船頭碰著了後者的船腰，兩船都幾乎沉沒。
當年袁世凱復辟帝制時，段祺瑞的義子羅鳳閣曾被人收買，欲行刺段，後又中途悔悟並離開了段公館。袁世凱死後，段祺瑞原諒了他，他也重新到陸軍部辦公，這次隨段南下，他正好就坐在“楚材艦”上。
發現兵艦可能要沉沒，羅鳳閣和一個姓楊的團長急忙坐上救生船，之後他拔出佩刀，要砍斷救生船的纜索。可是沒想到忙中出錯，只砍了一邊的纜索，救生船直吊起來，把羅、楊拋入江中，二人都因此被淹死了。
對義子死於非命，段祺瑞極為惋惜，難過傷心了好幾天。不過這次“南巡”確實成果不小，除了暫時安撫住李純等人外，段祺瑞還在漢口召集督軍會議，對作戰行動重新做出部署。
會議決定對廣東、四川只預定作戰方案，如果西南“再肆反抗”，才發動進攻。湖南則成為北軍需要肅清的重點，曹錕、張懷芝、張敬堯被責成共同作戰，以克復衡陽、衡山。
會議一結束，吳佩孚即率部沿鐵路直趨長沙，南方聯軍望風披靡，紛紛向湘南撤退。隨後，吳佩孚與張敬堯會師於長沙，張懷芝進入醴陵，包括奉軍在內的其他部隊也都相繼開入了湖南。南方聯軍總司令譚浩明見勢不妙，趕緊逃往廣西桂林。南方聯軍自行瓦解，其中的粵、桂軍各回本省，湘軍則退集粵桂邊境。
雖然在漢口會議上宣布要放棄“攻粵、入川”計劃，但段祺瑞內心裡其實並沒有放棄這一目標，因為只有“攻粵、入川”，才能最終完成他的統一設想。回京後，段祺瑞在向馮國璋詳述南下經過時，仍強調：“北軍應以攻粵為優先。”
接到攻湘勝利的消息，段祺瑞喜不自勝，他當即給曹錕發去急電，要曹錕轉令吳佩孚繼續追擊湘軍，直搗“兩粵”（即兩廣）。按照這一電令，吳佩孚率部相繼攻克衡陽、衡山，但隨後卻按兵不動，不再向南進攻。
事情還得先從吳佩孚的上司曹錕身上講起。徐樹錚引奉軍入關，奉軍首先進入的地域是直隸，而直隸又是曹錕的地盤，這就已經讓曹錕感到了不安。接著馮國璋又暗地通知他，說段祺瑞、徐樹錚要升他為兩湖檢閱使兼湖南督軍，徐樹錚自己則出任直隸督軍。曹錕聽後，認為段、徐是在對他施行明昇暗降、調虎離山之計，於是慌忙從武漢跑回保定。等徐樹錚聞訊趕到武漢向他做解釋時，已經遲了一步，曹錕在當天上午就動身北上了。
徐樹錚對此很不高興，慨嘆：“曹三（曹錕在家排行第三）目光短淺，放著大功（指在南北戰爭中建功）不就，真是坐失良機！”曹錕卻仍對徐樹錚那不知真假的“奪位之舉”耿耿於懷，說：“這小子太損了，要把我這攤連鍋端哪。”
曹錕是北洋督軍中的第一號實力人物，又是主戰派大將。他若有個風吹草動，將對主戰派造成極大打擊。段、徐只能做出讓步，段祺瑞為此還請求總統府特授曹錕勳一位，授一等大綬寶光嘉禾章。
可是段祺瑞的這一籠絡手段並未讓曹錕感到滿足，後者仍然一個勁兒地請辭和請假，這又反過來令段祺瑞和徐樹錚感到對方有了異心。奉段祺瑞之命，徐樹錚親自到漢口勸阻曹錕不要辭職或請假，他同時在漢口做出新的部署，把南下奉軍的兩個旅編為一個支隊開往前線，名為增援，聽候曹錕的調遣，實際是對曹錕所部的行動進行監視。
正是由於不再信任曹錕、吳佩孚，段祺瑞在給曹錕發急電，要求吳佩孚繼續追擊湘軍的同時，又任命皖系的張敬堯為湖南督軍兼省長。
曹錕本身是直隸督軍，他當然可以不在乎一個湖南督軍，吳佩孚則不然。就實際情況而言，攻湘最賣力氣、戰功最大的是吳佩孚，張敬堯在湘東曾多次敗給湘軍，這個敗軍之將能夠進入長沙只不過是藉了吳佩孚的光。如果論功行賞，新任湘督應該是吳佩孚，而不是張敬堯。
看到湘督居然落到了他很看不起的張敬堯頭上，吳佩孚極為憤慨，認為段祺瑞只是把自己當成了一個為他賣命的走狗，常說：“做走狗，也不是這樣做法！”段祺瑞催促他乘勝前進，直搗粵桂，他就偏偏置之不理，按兵不動。
另外，吳佩孚和馮國璋還有一段淵源。曹錕早在率部南征之前，就任命吳佩孚為第三師師長。當時有人也想奪這一職位，便向總統府寫匿名信控告吳佩孚。馮國璋先找人打聽了一下吳佩孚的品行，然後就表示誰也不能撤吳佩孚，要堅決保住他的師長位置。
吳佩孚得知後自然對馮國璋感恩戴德，現在見段祺瑞這樣“不辨賢愚”，就更增加了對馮國璋的好感。馮國璋主和，這是盡人皆知的事，於是吳佩孚也擁護馮國璋的主張，不但不再向南進攻，還與湘軍往來接洽，商定南北兩軍各守原有陣地，互不侵犯。
發現湖南戰場陷入停滯，段祺瑞馬上明白自己出了昏招。他趕緊設法補救，派徐樹錚赴湘南前線，對吳佩孚重點拉攏。孰料此舉非但沒有收到預期效果，反而適得其反，曹錕聞訊後認為徐樹錚是在收買自己的部下、拆自己的台，對此極為不滿。在未經段祺瑞批准的情況下，他就又擅自跑到天津“養疴”去了，臨走時還帶走了司令部的全部人馬。
至於吳佩孚，到底是個品行經過馮國璋考查的人。他畢生所堅持的軍人品質之一，就是在任何情況下都不背叛有恩於自己的上司，無論是馮國璋還是曹錕。徐樹錚在他身上同樣一無所獲。