“民四條約”簽訂後，袁世凱發誓要帶領國民奮發圖強，以便有一天能夠與日本“抬頭相見”。在他授意下撰寫的《中日交涉失敗史》一書印了五萬冊，他當時咬牙切齒地說：“這一次我們吃了一個大虧，將來有一天我們翻了身，這部書就可以公開發行了。”
可是袁世凱剛剛說完狠話，轉過頭去做的，卻不是如何抓緊時間富國強兵，而是如何更快更無阻礙地坐上龍椅。
復辟浪潮不落反漲，段祺瑞為此憂心如焚，他決定再次面謁袁世凱。徐樹錚知道後，認為袁世凱對帝制已經走火入魔，九頭牛也拉不回來了，段祺瑞再去勸說，不但不會有任何結果，而且還會進一步招致袁世凱的忌恨。
段祺瑞也清楚若進謁無效，自己的處境將更為不利，但他認為個人進退得失事小，國家安危事大，尤其他不能眼睜睜地看著袁世凱自取滅亡而不顧。
恰在此時，袁世凱派人來段公館，勸段祺瑞不要跟他頂著幹，以便消除雙方的不愉快。段祺瑞說，我也不希望這樣，但是搞帝制實在不得人心。
說客不以為然：“總統也好，皇帝也罷，不都是一回事嗎？”
“怎麼能是一回事！”段祺瑞頓時認真起來，聲調也提高了。
說客見段祺瑞一臉嚴肅，趕緊說：“芝泉，老頭子做了皇帝，對你我有什麼不好？”
“我不是為個人計較，”段祺瑞忍不住直抒胸臆，“老頭子對我個人怎樣，都無關緊要，要緊的是恢復帝制，必將弄出大亂子來！如果真心為總統好，就應直言相勸，切不可推波助瀾。”
說客被說得滿臉通紅，匆匆起身告辭而去。
第三次按約定時間見到袁世凱，段祺瑞不再像前兩次那樣有所保留，他不顧一切地向對方陳述利害，說明復闢帝制一事關乎國家安危及袁氏身家性命，萬不可做，萬不能做。
袁世凱的表情開始很緊張，繼而又惱羞成怒，他厲聲回答段祺瑞：“這是芸台（袁克定的字）和楊度等討論的問題，你何必這樣大驚小怪地重視呢？”
段祺瑞也變得更加激動，他站起來大聲說：“祺瑞受總統數十年的知遇之恩，不敢不直言奉上。此時懸崖勒馬尚可挽救，否則機會稍縱即逝，將悔之晚矣！”
忠言逆於耳，袁世凱對這位昔日的“干城肱股”早已不耐煩了，拿來跟陳宧一比，更是覺得段祺瑞面目可憎。他沒有再正面回答段祺瑞的問題，只以關心的口吻說道：“你氣色不好，想是有病，應當休息休息。”
見袁世凱下了逐客令，沒法再談，段祺瑞只得留下一句“總統好自為之吧”，然後離開了總統府。
袁世凱憎厭段祺瑞，也有他那帝制班子的一份“功勞”，這些人都巴不得段祺瑞早點消失——北洋老將之中，袁克定最忌的就是段祺瑞，因為段祺瑞對他向來都毫不敷衍，能給冷臉就決不給笑臉，特別是一鬧帝制，二人更是勢同水火，完全敵對。除了袁克定，在陳宧等人眼中，段祺瑞也從來都是一副盛氣凌人的樣子，他們自然也不會在袁世凱面前說段祺瑞多少好話。
看到段祺瑞屢次進諫，袁克定唯恐帝制活動受其影響，忙不迭地在外面放風，說中國之所以要向日本屈服，緣於陸軍不能作戰，而陸軍不能作戰，又緣於陸軍部無人負責，總長在其位不謀其政。
從小站練兵起，段祺瑞就與袁克定熟識，對其也很照顧，他想不到袁克定會這樣大潑自己的髒水，把“民四條約”的責任全部推到自己身上，不由氣憤至極，大罵袁克定忘恩負義。
這時徐樹錚以陸軍部的名義給袁世凱上了一道呈文，想請示給陸軍部部員加薪。本來是正常的請示，但袁世凱正對段祺瑞懷恨在心，不僅予以退回，還在呈文上親批了八個字：“稍有人心，當不出此！”
以徐樹錚極強的個性，哪裡能忍受這個！他馬上直奔段公館，把批文交給段祺瑞：“說咱們沒人心，這是罵我，還是罵總長呢？”
聯想到近期來袁世凱曾託人稍話，告訴他要多加休息，注意身體，段祺瑞意識到袁世凱對自己成見已深，所謂休息云云，不過是要他自動辭職挪位子而已。悲憤之下，他長嘆一聲，對徐樹錚說：“算啦，不干了！”
5月31日，段祺瑞向袁世凱稱病辭職，而後不待批准，就到西山去了。
袁世凱巴不得段祺瑞早點在面前消失，但段祺瑞真的辭職了，他又不得不惺惺作態，假意挽留。對段祺瑞的辭職呈文，他沒有立即予以批准，而是特批了兩個月病假，同時還贈送了人參和醫藥費。
段祺瑞請辭的當天，袁世凱即命王士珍署理陸軍總長。王士珍並不想幹，但吃不消袁世凱一再堅持，只得勉為其難。
段祺瑞離開陸軍部，徐樹錚的飯碗自然也難保。很快，肅政廳就對他進行了彈劾。
徐樹錚被抓到的“小辮子”是浮報軍火。有一年由徐樹錚經手，從美國購買了一套兵工製造設備，全部價值九十三萬美元，美商付給徐樹錚百分之三的經手佣金。當時美元一元合中國銀元三元三毛，算下來，徐樹錚可得佣金九萬餘元，但他一毛也沒往自己兜里揣，而是直接請示了段祺瑞和袁世凱。
袁世凱批复說既是美商規定的佣金，可以收受，如果覺得數額過大，不便私有，不妨拿去辦教育事業。徐樹錚聽從其言，果真用這筆資金在北京辦了一所學校和一家報館。
袁世凱厭惡徐樹錚的是“跋扈攬權”，是他作為段祺瑞智囊和靈魂的身份，可是僅此無法為其定罪，於是就把這件往事搬出來，說徐樹錚在訂購軍火時浮報了四十萬元。
1915年6月，袁世凱下達命令，以涉及受賄、存在弊端等為由，把包括徐樹錚在內的三位次長（交通部次長、財政部次長、陸軍部次長）一起予以罷免，時稱“三次長參案”。
此時袁世凱已將各省督軍改為將軍。各省將軍奉召入京開會，時間上正好跟罷免案撞在一起。日本駐京公使館的一家報紙就此登了首打油詩，諷之為“無端次長蕭蕭下，不盡將軍滾滾來”。