1913年12月8日，段祺瑞南下武漢拜訪黎元洪，之後宣布北歸，黎元洪過江送行。到火車站後，段祺瑞下車，黎元洪則留在車上並就此乘車北上。
整個計劃天衣無縫，而且事先被高度保密，僅段、黎及一兩個高級幕僚知道實情。
送走黎元洪，段祺瑞即奉命暫代黎元洪的湖北都督一職。早在辛亥革命時，他就署理過湖廣總督，現在以中央大員身份兼任地方，自然沒人敢說不行。
按照黎元洪臨走前留下的計劃，段祺瑞對湖北軍事進行了整理。由於行動周密，準備充分，一切程序都進行得非常順利，因黎元洪北上而在短時間內掀起的波瀾也迅速歸於平靜。
不到兩個月，已穩住湖北局面的段祺瑞又被袁世凱調回北京，用以對付另一個大患——白朗起義軍。
白朗起義是北洋時代規模最大的農民起義，同時也是中國歷史上最後一次農民起義。起義軍自在河南揭竿而起後，以“打富濟貧”為口號，應者云集，聲勢浩大。其影響之廣，連南方的國民黨都對此引起重視，“二次革命”期間，黃興就曾寫信給起義領導人白朗，要求配合討袁。
中國古代的農民戰爭雖然也可以稱之為革命，但起義領導人的政治訴求基本都局限於“風水輪流轉，明年到我家”，而且起義本身對社會經濟具有極強的破壞性。據記載，白朗軍在佔領洮州後，城中所有房屋大半被付之一炬，葬身火海者不計其數。老百姓在爭相出逃的過程中互相踐踏，各城門“積尸高至數尺”。白朗軍也因此被稱為“狼匪”，領導者白朗更被稱為“白狼”，可見其在時人眼中，行為幾與土匪無異。
北洋政府成立後，袁世凱調動軍隊對白朗軍進行過多方“追剿”，但白朗軍不但未被消滅，反而日益壯大，三年間經略中原，征戰千里，破城四十餘座，奪關隘無數，引得朝野上下一片驚恐。
負責“追剿”白朗軍的主將是河南都督張鎮芳。張鎮芳在清末考中過解元（即舉人第一名），讀書應試是一把好手，唯不知兵，用袁世凱的話來評價，乃“一介書生”。在他的指揮下，許多參加“追剿”的北洋正規軍都受到了很大損失，甚至還有全軍覆滅的。
由於張鎮芳“剿”辦不力，袁世凱決定免去他的職務，由段祺瑞兼任河南都督，全權指揮對白朗軍的“圍剿”。
1914年2月，段祺瑞趕到河南信陽，召開鄂豫皖三省剿辦會議，並在會上製定了“不在急擊使散，要在合圍聚殲”的作戰方略。
白朗軍和歷來的農民起義軍一樣，都具有作戰靈活機動的特點，一旦散開，官軍根本就抓不住。馮玉祥也參加過對白朗軍的“圍剿”，他回憶那時經常從上司那裡接到十萬火急的電報，一會兒說白朗軍到了這裡，一會兒又說到了那裡，弄得他疲於奔命，乃至於都不知道對方是“打哪裡竄走的”。
段祺瑞取“合圍聚殲”之策，是吸收了曾國藩“剿滅”太平天國的經驗。同時，陸軍總長的身份，也使得他在調兵遣將上運用裕如——陸軍部前後共抽調了北洋正規軍和三省地方軍數万人，已足以形成合圍之勢。
由於袁世凱擔心陸軍總長一直在外，反而會讓各國駐華公使對白朗軍更加重視，從而影響他及北洋政府的聲譽，所以在段祺瑞尚未完成“圍剿”目標之時，就將他調回北京。雖然段祺瑞沒能親手消滅白朗軍，但他所主導的各省“會剿”還是把白朗軍逼入了不歸路。幾個月後，白朗中彈身亡，白朗起義也以失敗告終。
就在段祺瑞不辭辛勞，替袁世凱鞍前馬後東征西討的時候，二人之間的裂痕卻在不斷擴大。
袁、段的矛盾不是一朝一夕形成的。 “二次革命”前，按照制度設定，國家軍事大權本應由陸軍部和參謀部分掌。可參謀部只是個毫無實權的空殼，以至於袁世凱想讓黃興當參謀總長黃興都不願幹，最後只得由當時尚在武漢的黎元洪遙領。參謀部的具體事務由參謀次長負責，實際發揮不了什麼作用，更談不上對陸軍部進行牽制。
袁世凱為此在總統府設立了軍事處，規定軍機要務須由陸軍部、參謀部提出處理方案，呈請總統批示執行，具體怎麼執行，由軍事處研議。
就像民初的國會和政黨政治一樣，制度聽上去都不錯，但實際運作往往又是另外一回事。軍事處原處長李書城是同盟會會員，毫無權力，甚至於連文件都看不到，到任不久就氣得掛冠而去。李書城一走，日常事務便由副處長傅良佐完全負責。
傅良佐也是段祺瑞的幕僚出身，他自然不會對陸軍部的事多插手，而段祺瑞也根本就不把軍事處放在眼裡，有時對袁世凱交代要辦的事都愛理不理。
由於缺少制約，軍事大權中的相當一部分尤其是軍官的任免，一直被陸軍部所掌握。對軍官的進退，段祺瑞往往不請示袁世凱就直接下達命令，在他所提拔的軍官中，又有很多是門生舊部。段祺瑞與這些軍官函電往來，廣泛聯繫，外人看來，從中央到地方已隱然形成一個派系，其勢頭猶如當年袁世凱與北洋系。
後來段祺瑞所謂的皖系當時實際並未形成，但袁世凱還是感到非常不安，他對段祺瑞的猜忌也開始一步步加深。