借款案的通過大長了袁派人馬的氣勢。 1913年5月6日，袁世凱下達一道命令，表示要“除暴安良”，矛頭直指國民黨。段祺瑞更是毫不掩飾，堅決主張在緊急狀態下對南方用兵。自出任代總理以後，除國務會議外，他幾乎從不到國務院，每天只在陸軍部的辦公室里處理軍務。
在一次國務會議上，國務院秘書長張國淦曾表示“專靠武力，總不能根本解決”，並提出應就政治解決南方問題進行討論。還沒等他說完，段祺瑞就板起面孔，很不耐煩地說：“軍事非你文人所知，不應干預！”
國民黨方面，雖然孫中山一再主張“速興問罪之師”，但由於裁軍後南方兵力不足、國民黨籍都督們意見不統一等原因而未能及時發動。趁此機會，袁世凱、段祺瑞加快了對國民黨勢力進行掃蕩的步伐。 6月間，袁世凱以反對借款、不服中央為名，先後下令免去李烈鈞贛督、胡漢民粵督、柏文蔚皖督之職。
國民黨被“逼上樑山”，終於不得不舉起反旗。 7月上旬，孫中山在上海召開國民黨會議，決定興師討袁。 7月12日，李烈鈞奉命由上海轉回江西，在湖口宣布起義，組織討袁軍。自江西獨立後，江蘇、安徽、廣東、福建、湖南、四川、上海等地也先後響應獨立，“二次革命”由此而起。
袁世凱聞報立即發布“討伐令”。段祺瑞身為陸軍總長兼代理總理，或派兵，或直接指揮“清剿”，鞍前馬後，忙得不亦樂乎。
在北京政府已做好充分準備的情況下，國民黨的討袁之役一上來就出現極度被動的局面。不到兩個月，獨立各省全都一敗塗地，國民黨在南方的地盤盡失，孫中山、黃興也作為“亂黨”頭目遭到通緝，被迫流亡海外。
打敗國民黨之後，袁世凱還面臨著一個難題，那就是如何在10月舉行的正式總統選舉中獲勝。
按照大總統選舉法，有資格參加選舉的議員須有三分之二出席投票，而獲勝者得票數應達到四分之三。當時國會中的國民黨籍議員至少有三百五六十人，這可都是一些堅決不買袁世凱賬的主。
選舉法規定，一輪投票達不到法定數，還可以再投第二輪。兩輪投票都無人當選的，以第二輪投票中得票數最多的前兩名進行第三輪決選，過半數者獲勝。
第一輪投票就當選，連袁世凱自己都沒有把握，他只能寄望於第二輪和第三輪，但一輪投票約需四個小時，三輪共需十二小時，一天是辦不了的，至少得兩天或三天。遇到這種延會的情況，國民黨人就很可能會以不出席進行抵制，從而使得選舉一再延期。
面對這些坐而論道的國民黨人，袁世凱及其幕僚必然會有一種有力也無處使的感覺——“亂黨”可以直接“剿滅”或通緝，國會議員卻有國家法律作為後盾和保障，輕易觸碰不得，從這個角度上來說，手無寸鐵的議員其實也並不比國民黨都督們更好對付。
選舉延期，不僅意味著夜長夢多，也會讓袁世凱的臉面受損，影響他在社會上的聲譽和權威，這是無論如何都要避免的，袁派為此絞盡了腦汁。