在日本留學的最後一年，徐樹錚進入日本軍隊見習。見習期滿，他便結束留學生活，回到了中國。這時的徐樹錚更加躊躇滿志，因為他過去的身份只是一個秀才、師爺，如今則通過士官畢業取得了軍人資格，已經是“文武兼資”了。
讓人鬱悶的是，徐樹錚回國之時，正是北洋系遭受嚴厲打壓之際。段祺瑞先在第六鎮當統制，等徐樹錚通過陸軍部的複試，主動要求分發第六鎮時，段已離開第六鎮，到保定辦理陸軍學堂去了。
已經到了第六鎮，不能馬上說走就走，徐樹錚只得暫時在第六鎮屈就一個小小的隊官。後來得知段祺瑞被任命為江北提督，他立即離開第六鎮前去投效。
對舊部來投，段祺瑞自然十分歡迎。雖然徐樹錚已取得軍人資格，但他仍以幕僚相待，段的部下也依舊稱呼徐樹錚為徐師爺。與之前不同的是，徐樹錚從此不僅替段祺瑞辦理筆墨文案上的事務，而且對於軍隊的訓練調配，也可以充分發表意見了。
當段祺瑞由江北啟程趕赴信陽時，徐樹錚即被委任為第二軍總參謀，參與各項軍務的運籌襄贊。對於信陽的混亂局面，他與段祺瑞一樣，都認為應該抓住機會整飭軍紀，只是他比幕主更加狠辣絕情——段祺瑞交給他處理的肇事士兵被他一個不留，全部予以正法！
這就是徐樹錚後來一貫的行事方式，即只要認准了應該做，便來個乾淨徹底，既不給別人留後路，也不給自己留後路。
聽說徐樹錚把肇事士兵全都殺了，段祺瑞大吃一驚，忍不住搖了搖頭。儘管連段祺瑞也覺得有些過分，但亂世用重典，在關鍵時刻，此舉確實起到了殺一儆百的作用和效果，第二軍的軍紀因而有了明顯好轉，信陽的混亂局面大為改觀。
大家說某人手狠心黑，說的都是徐樹錚，段祺瑞則贏得了治軍有方的美名，而正是因為徐樹錚敢於做這些幕主不便親自去做，但又必須有人代勞的事，他才能夠得到段祺瑞越來越多的信任和重用。
就在段祺瑞設法穩定信陽局面的時候，北方突然傳來驚人的消息，新軍兩鎮一協的高級將領在灤州通電實行“兵諫”。
認真說起來，這次“兵諫”其實是滿人“中興派”搬起石頭砸了自己腳的結果。 “中興派”裡的良弼係日本士官學校畢業生，他對新軍中武備生受到重視、士官生遭遇排斥的狀況十分不滿，因此提出讓大批士官生進入新軍，從而以士官派對抗武備派的計劃。計劃一經提出，即獲得了載灃的支持。
袁世凱被開缺回籍後，載灃、良弼開始實施這一計劃，將一批士官生安排到新軍中擔任高級職務。 “兵諫”的主角張紹曾、藍天蔚都是士官生，他們分別擔任了統制、協統，而在袁世凱下台之前，這些位置都屬於袁氏親信所有。
載灃、良弼所不知道的是，他們一心要扶植的這些士官生在政治理念上卻跟他們大相徑庭。早在清廷準備舉行灤州秋操時，張、藍就有過秘密協議，打算在參加秋操的過程中私帶子彈，然後突然發難，解除禁衛軍的武裝，只是由於武昌起義突然爆發，秋操被中止，該計劃才未能實施。
在武昌起義的影響下，1911年10月29日，山西新軍中的革命黨人在太原發動起義，殺了巡撫，宣布獨立，同時推舉新軍標統閻錫山為軍政府都督。清廷聞訊，急忙傳令第二十鎮統制張紹曾前去征討。
接到命令後，張紹曾召集部下們商討對策，一部分將領主張就此舉行起義，直搗京師。張紹曾、藍天蔚雖然也與清廷不是一條心，但他們受康梁學說的影響，主張實行君主立憲，不太贊成搞過於激烈的革命。其他一些將領的態度則更趨保守，都擔心過激生變。
大家商量下來，最後取得一致意見，決定以電奏清廷的方式實行“兵諫”。他們在“兵諫”中列出了“十九信條”，要求清廷讓權國民，實行立憲，如果清廷不答應，將立即舉兵入都。
灤州“兵諫”與太原起義發生在同一天，它對清廷的打擊比武昌起義更沉重、更致命。以載灃、奕劻為首的滿洲皇族心驚膽戰、方寸大亂，不得不答應“兵諫”的部分要求，同意實施“十九信條”。按照“十九信條”，滿洲親貴均不得參與政權，奕劻、載濤等人乖乖地同時“謝政”，也就是辭去了原有職務。
可是清廷的讓步太晚了，社會輿論認為他們只是故作姿態，藉以緩和局勢，一旦風頭過了，肯定還要反悔。在“吾民勿受欺”的輿論推動下，上海、江蘇也隨之宣告獨立。
眼看大浪不止，處於旋渦之中的京城更加岌岌可危，滿洲皇族和官員紛紛外逃。隆裕太后也已準備偕溥儀逃往熱河，經袁世凱去電力阻，才沒有成行。
此時整個清廷都把轉危為安的希望寄託在曾被他們疑忌和迫害的袁世凱身上。在奕劻的建議下，清廷解散了原有內閣，轉而任命袁世凱為內閣總理大臣，同時頻頻下旨敦促袁世凱入都，以重組責任內閣。
雖然意外地從中得利，可是袁世凱並不高興。因為他對於此次重登政治舞台信心十足，且已製訂通盤計劃，灤州“兵諫”打亂了這一計劃。更讓他感到不安的是，由此產生的一系列連鎖反應可能超出他的掌控範圍。
在北方風波得不到平息之前，袁世凱是不會輕易入都的。他援引“十九信條”中的“總理由國民公舉”，稱自己不敢奉詔，應由資政院選舉後才能成行。