迎駕風波只是“中興派”對北洋係發起反擊的一個信號。說起來，彼時的北洋係也確實過於惹眼，他們所掌握的北洋新軍已漸漸超越舊軍，成為全國首屈一指的軍事力量。特別是在1905年到1906年，國內曾兩次組織秋操（指秋季的軍事演習），在這兩次規模宏闊的秋操中，新軍都引起了國內外輿論的密切注意。 英國駐華公使朱爾典看完秋操後，在會見清廷大臣時直言不諱：“我看中國之軍事，唯有新建陸軍；而中國之軍事統帥，也唯有袁總督大人（袁世凱）了。” 因秋操而聲名鵲起的不僅有袁世凱，還包括段祺瑞。段祺瑞擔任秋操中的北軍總統官，他所指揮的北軍在與南軍的對抗中略佔優勢，之後其知名度和權力便猶如長了翅膀一樣地扶搖直升。 面對北洋系勢力的急速膨脹，“中興派”深感威脅，其實掌控中樞的慈禧又何嘗不是如此呢，但是覺得不安是一回事，怎麼做又是另外一回事。

為什麼要編練新軍？當然是因為舊軍太不足恃，而指揮訓練新軍又得依靠袁世凱、段祺瑞這些人。如果像“中興派”所設想的那樣，將北洋系掃地出門，效果可能適得其反。 慈禧不會幹這種傻事。作為一個宮廷權力鬥爭的高手，這個老太婆向以狠鷙多智著稱，其心機和魄力絕非一般婦女所能及——試想一下，連曾國藩、李鴻章等中興名臣，都曾被她放在手掌中撥拉來撥拉去，又何況袁世凱這些後起之輩？ 駕馭滿漢大臣，慈禧的一貫策略是恩威並用，權不旁落。她一方面利用“中興派”乃至一些反袁漢臣的意見，用明昇暗降的辦法，對袁世凱及其部屬進行壓制和防範；另一方面也對“中興派”的過激舉措進行適當限制，以免把袁世凱逼得太緊太急。 在袁世凱調任軍機處之前，陸軍部已經收回了北洋六鎮中的四鎮，但是四鎮軍官仍出自北洋系，於是鐵良和良弼便醞釀對這四鎮中的各級軍官進行改組。由於觸及自己的底線，招致了袁世凱及其北洋將領的劇烈反彈，雙方鬧得不亦樂乎。

慈禧看到後，立即出面調解，讓與袁世凱私下關係不錯的慶親王奕劻掌管陸軍部，“中興派”的改組計劃由此擱淺。 雖有慈禧在上面玩平衡木，可是袁世凱、段祺瑞等人仍處於戰戰兢兢、如履薄冰的境地。收到袁世凱從京城發來的密函，段祺瑞意識到朝廷可能又發生了什麼大事，並且涉及了袁本人。 當下，他依照密函所囑，僅帶幾名隨從，化裝成商人模樣，從保定秘密潛往京城。到了京城之後，發現城內氣氛果然反常，只見街道蕭條、店門緊閉，往日車水馬龍、人來人往的袁府門口也變得極為冷清。 袁世凱不在自己府上，接待段祺瑞的是袁世凱的大公子袁克定。據袁克定說，光緒皇帝前兩天已經駕崩，而且光緒頭天駕崩，隔了一天，慈禧居然也死了。 最讓段祺瑞苦惱的恐怕還是後面這個：根據慈禧立下的遺旨，載灃之子溥儀將繼承皇統，載灃本人則為監國攝政！

慈禧固然也打壓袁世凱和北洋，可是她畢竟不會往死裡整，到了北洋的對頭掌握大權，就什麼都難說了。袁克定告訴段祺瑞，光緒駕崩當天晚上，睡夢中的袁世凱便被召到宮中商議立嗣之事，此後一直留在宮中未歸。 段祺瑞不寒而栗，他趕緊離開袁府，到租界找了家較為偏僻的飯店住了下來。 手下人被他派出去四處打探消息，但是打探出來的消息，幾乎都是對袁世凱不利的。有的說光緒皇帝死得蹊蹺，多半是讓慈禧太后給毒死的，這也罷了，還有人甚至直接說整個毒殺事件都是由袁世凱一手策劃的。理由是戊戌變法時期，袁世凱曾告密出賣皇帝，這老小子害怕光緒會死在慈禧之後並藉機對他進行報復，所以才下此毒手。 普通老百姓只知道皇帝駕崩，又怎麼會了解如此多的內幕？段祺瑞相信，這一定是袁世凱的政敵在出么蛾子，為的就是要給誅殺袁世凱製造輿論。

袁世凱似乎已經在劫難逃，但段祺瑞需要想盡一切辦法不讓這一情況發生，無論從公還是從私—— 從公，整個北洋係與袁世凱是一榮俱榮、一損俱損的關係，袁世凱若是倒台或者有個三長兩短，作為其部屬也就基本喪失了立足和進階的希望，更何況段祺瑞本人與載灃他們還有過節兒。 從私，袁段關係非常密切，袁世凱不僅是段祺瑞的老上司，還是他的伯樂乃至恩公。