1969年，黨中央正式決定進行一次地下核試驗，並任命王淦昌為此次核試驗的總指揮。同以往核試驗一樣，當中央的重大決策下定，所有相關的製造與參加試驗的數百家工廠、數十家研究單位、數万人將要投入緊張的運轉。
可是人呢？人都到哪兒去了？王淦昌從北京飛抵羅布泊時，昔日人聲鼎沸的戰場，怎麼就見不著幾個人了？
“老院長您總算來了，我們的人都被拉去開批判會了，這兒已有一兩個月沒正經搞生產了！”有人走過來悄悄告訴王淦昌。
一兩個月沒工作？這還是不是核試驗基地了？王淦昌心頭之怒不由直衝腦門。他找到上面派來“支左”的頭目、人稱“惡二趙”的兩個人（兩人後被鎮壓），責問道：“中央的命令可以不執行嗎？”“惡二趙”見中央有文，自知不好正面與王淦昌較量，便悄悄避到一邊去。然而沒有人幹活怎麼行呢？地下核試驗可不是往地裡種蘿蔔，缺一個方面的人馬，就會使整個系統無法正常開展工作。身為地下核試驗的總指揮，王淦昌心急如焚。他又一次找到“軍管會”頭目“惡二趙”，要他們趕快停止把大隊人馬整天拉出去搞運動。
“那怎麼行！偉大領袖毛主席親自發動的'文化大革命'，本身就是一場史無前例的革命群眾運動，廣大群眾不參加還叫什麼運動，誰都別想破壞這場偉大運動的開展！”“惡二趙”氣勢洶洶，根本沒把王淦昌這個“總指揮”放在眼裡。王淦昌是個忠於職守的人，想不到碰瞭如此一鼻子灰！當天，他用機密電話向北京匯報了基地的情況。
“胡鬧！地下核試驗是毛主席、黨中央作出的決定，怎麼能耽誤呢？一定要恢復生產和科研工作，該上班的同志都得回到第一線！這是中央的命令，必須執行！”周恩來得知後，直接向基地打來電話。
“惡二趙”無可奈何地硬著頭皮開會傳達，然而基地的廣大干部群眾和指戰員恨透了這兩個人，沒有人理他們。這一下，“惡二趙”反倒緊張起來了。他們明白，“文革”重要，可核試驗也不是件小事，每次核試驗執行的都是鐵的紀律和鐵的命令，跟打仗沒有兩樣，誰真要耽誤了，或者在試驗過程中出了什麼事故，那可是天塌下來的事，誰頂得住呀？ “惡二趙”只得極不情願地張羅人開工，但已經陷入混亂的基地竟然到了想動也動不了的地步。
無奈，“惡二趙”找到了王淦昌：“王總，這可怎麼好，找不到人上班呀！我們是下了很大工夫的，可還是不見效，是不是由你向中央把這裡的情況匯報匯報？”王淦昌不傻，知道對方想把皮球踢到他這邊來。思忖片刻，他說：“既然這樣，就用我這張老臉去做做工作吧。在中央對地下核試驗定下的時間內，我們一定要按時完成，否則就是對不起毛主席。你們說呢？”危難之際，王淦昌心頭比誰都著急。其實基地廣大干部群眾、科技人員和指戰員都很關心地下核試驗，只是大家恨透了“惡二趙”破壞生產和整人的那一套，一些膽小的人甚至懼怕他們的瘋狂行徑，所以寧可少找點麻煩，讓“造反”就去“造反”，讓參加“批判會”就去參加“批判會”，啥生產啥試驗，才不管呢！面對如此一盤散沙，王淦昌怎能不急？
“同志們，我們幹的這個事業與西方世界有一大段距離，不能再耽誤了呀！大家應該清楚，科學試驗花的時間是很多的，我們本來就有很多事情要做，再因為運動和整天開會，生產和科研就沒有了保障，這就完不成中央交給我們的任務了！”
“地下核試驗意義重大，它可以豐富我們過去的地面和空中試驗，能掌握許多新的數據。所以大家一定要抓緊時間，全力投入工作，以最快的速度通過地下試驗這一關！”王淦昌一個科研室、一個生產車間地跑，一遍又一遍地跟大家講道理。當時的科研人員連看業務書都被禁止了，只能在自己的家裡偷偷看。王淦昌就利用就餐時間，挨家挨戶去請出科研人員帶著業務書上研究室學習、研究。
生產部件的車間裡不見一個人，王淦昌拖著自己有病的身軀，到處尋找車間主任。車間主任告訴他：“王總啊，我們都已經給人家奪權了，再出面也沒有人理我們啦。再說，大夥真的來上班，連食堂裡的飯都吃不上啊。大師傅們也都回家的回家了，鬧革命的鬧革命去了，不好辦呀。”看著車間主任為難的樣子，王淦昌急得直搓手，他是個科學家，能獨自運算和設計無數錯綜複雜的中子、原子一類的頂尖難題，也能作為一名核武器科學研究的主要領導與組織者指揮和處理各種千頭萬緒的業務工作，但他卻從來沒有做過行政工作。面對車間主任和下面提出的類似難題，不知如何是好。深思之後，他突然對車間主任說：“能不能把同志們的家屬發動起來，讓她們給大家做飯？”
“這……”車間主任想了想說，“倒是個好辦法。可誰給她們開工資呀？我們職工的錢都是上面按人頭撥下來的，家屬們乾了工作也不能從財務那兒拿得到錢呀！”
“這個問題我能解決。”王淦昌不假任何思索地回答，“可以由我來給她們發工資嘛！”車間主任不由捧腹大笑起來：“王總您有多少錢可以給大家發工資？再說您真給大家發了，人家造反派會說您是在僱工幹活，是'剝削階級'的行為嘛！”王淦昌一下愣住了，心想對呀，這倒是個難題。於是嘀咕道：“那還是我去動員那些燒飯的大師傅吧。”也許正是基地的干部群眾和科技人員們看在他們老院長這麼認真和天真的分上，再加上王淦昌本來威望就高，所以大多數部門和機構都回到了自己的崗位上。然而，被“惡二趙”人為搞成的兩派只要一發生衝突，基地上的生產和科研就會受影響，甚至停工停產。派別鬥爭已經嚴重到拿槍拿重武器的地步，為了讓雙方停止武鬥，回到生產和科研上來，王淦昌不止一次冒著生命危險親自跑到兩派的“司令部”勸說。
“你們都清醒地想一想，現在是啥時候了？按照中央規定的時間我們已經緊得不能再緊了，你們大家都不能再情緒化了。搞地下核試驗是國家大事，大家要以國家利益為重，否則將來就會變成歷史的罪人！”但由於派別鬥爭和管理上的混亂，一些原先就回北京休假或者辦事的人藉機都沒有回到基地，使得基地不少崗位的人手異常緊缺。從青海到北京，來去需要坐好幾天火車的工夫。王淦昌利用自己經常回北京匯報工作的機會，抽出時間走訪那些留在家裡的同志，勸說他們返回基地。
“九院”家屬大院中不少老同志感慨地對我說：“那陣子王院長天天串東家走西家地找人，碰見一個就盯住一個不放，一直到人家同意回基地為止。好多同志回到基地，就是衝著老院長的面子才離開北京的。沒有他呀，我國的第一次地下核試驗還不知要拖到什麼時候呢！”如果不是王淦昌上上下下動員，如果不是憑著他崇高的威望，被“惡二趙”把持大權的基地在那幾年是絕不可能進行任何實質性的試驗工作的。基地的人們還記得，當時從烏魯木齊通往基地關口的要道，都被兩派的造反派重兵把著，別說物資不易運送，就是行人也常常都要被扣下。
一次，王淦昌和隨行幾個要員剛到烏魯木齊機場就听到激烈的槍聲，通往基地試驗場的通道被造反派們死死地把守著。 “怎麼辦？我們帶的都是機密資料，可不能被壞人搶走啊！”王淦昌著急得在原地轉圈。
有人建議繞道而行。 “不行，一旦途中發生情況，資料丟了怎麼交代呀？得重新想辦法。”王淦昌急中生智，連夜給有關部門打長途電話，於是很快來了一架飛機將王淦昌一行安全送抵了核試驗基地馬蘭。
今天很多中國人為自己國家擁有強大的核武器而無比自豪，誰能想到當年王淦昌他們所進行的試驗工作是那樣的艱難！不說國家的物質經濟條件差，不說西方世界對我國技術與情報的封鎖，我們自己給自己卻造成了那麼多的難題！中國的地下核試驗，實際上是在一個人工挖掘的山洞裡進行的，這個洞長達一公里。在這樣深的洞穴裡裝配原子彈，其難度要比在地面上大好多，特別是幾百根各式各樣的線路，每一根都要拉幾公里長，接頭與接頭之間、線路與線路之間，稍稍有一點點問題，都有可能釀成大難。
為了確保所有地下裝置與線路不出任何問題，王淦昌一面向各個環節與系統提出要求，同時親自深入洞內指揮和監督每道工序的操作和檢驗。
一次，探測器突然發出“啪啪啪”的響聲，王淦昌立即趕到現場，詢問是不是產品本身有放射性物質洩漏了，是不是山體本身有貧鈾礦存在？為了查清真相，王淦昌一連幾十小時鑽在幽暗潮濕的山洞內，那時的他已是60多歲的老人了。
到底是什麼東西在作怪呢？經過反複測試，終於查明是一種叫氡氣的東西在作怪。氡氣是一種放射性有害氣體，對人的呼吸系統有很大損害作用。王淦昌得知真相後，看到在洞內工作的解放軍小戰士們根本沒有任何防護措施，便一個個告誡他們：“小同志們，大家在幹完工作和吃飯時盡量不要待在洞內，那樣會很危險的。在工作時，一定要戴上防護口罩。千萬千萬記住我的話，人的生命寶貴啊！”
“他這不是宣揚活命哲學嗎？”
“這是擾亂軍心！”王淦昌沒有想到早已想治他的“惡二趙”一幫人，竟然把他關心戰士們的話當做“反動言論”，公然在大會上指名道姓地拿出來讓“革命群眾”批判。
“王院長，他們把大字報都貼出來了，您還是先躲幾天吧。”幾位好心人過來勸王淦昌。
王淦昌兩隻眼睛一下瞪得老大：“我躲什麼呀？週總理交代的任務誰來完成？氡氣就是有毒嘛，他們懂什麼？同志們長期在洞內，不注意防護就是要傷身體的嘛！我叫大家注意點有什麼錯？他們這樣批判我，我要向總理匯報，看看我到底有沒有錯！”老科學家較起勁來誰都拉不住他，“什麼叫'活命哲學'？我們是搞科學的，科學講究的是實事求是嘛！”正是老科學家的一顆愛國的赤誠之心，影響了全基地參加地下核試驗的將士與科技人員。在大家的共同努力下，試驗準備工作熱火朝天地進行著。
然而，地面上的大批判一浪比一浪高。當“惡二趙”赤裸裸地批判王淦昌是“反動學術權威”、“笑嘻嘻地腐蝕青年人”時，一位同志實在看不下去，便責問造反派：“像王淦昌這樣好的專家，你們都要批判，那這個世界上就沒有好人！”就這麼一句話，這位同志竟然被“惡二趙”一夥抓了起來，並戴上了手銬，拉到刑場進行慘無人道的“假槍斃”。
王淦昌得知此事後，潸然淚下。他憤怒地對天長嚎：“我們辛辛苦苦幹工作錯在什麼地方？”他終於倒下了，血壓驟然升高。但是他知道核試驗遠比自己生命重要得多，於是不顧大家的勸告，連續3天3夜在場指揮把最後的核裝置和乾燥劑放進洞穴。當工兵用最後一塊水泥封死洞口時，指揮系統傳來緊急狀況：控制台的電壓幾乎全沒了！沒有電源怎麼引爆地底下幾千米的原子彈呢！ “把洞口重新打開，我要進去檢查！”王淦昌立即命令。
“不行，王院長你不能進去，裡面已經有了核物質裝置，太危險了！你絕不能進去！”戰士和現場的同志們組成一道人牆，把王淦昌攔在外面。
“你們都給我閃開，技術方面的問題，我有權負責處理。誰也別想擋得住我，走開，讓我進去！”王淦昌扒開人牆，指揮工兵迅速拆除封口，貓著身子鑽進深深的山洞之中……
後來終於查出事故原因：一個地方的電線“脫殼”！這一事故，使王淦昌下決心發動基地人員重新從頭到尾對已經裝置好的整個核爆系統進行全面檢查。
1969年9月23日，王淦昌和參加試驗的上萬人在幾十公里外的山巔上，親眼看到了在天山支脈的一個山體上揚起滾滾塵埃。從千米地下發出的陣陣悶雷，迴盪在天山南北……
我國的第一次地下核試驗，成功了！ “老院長，我們成功啦！我們終於完成任務啦！”在大家興高采烈地向王淦昌祝賀時，這位“兩彈元勳”的臉上只露出了一絲十分凝重的微笑……
王淦昌帶著地下核試驗成功的喜訊回到北京，然而當他回到那個熟悉的“灰樓”時，一切都突然變得陌生了。
“王淦昌先生，根據'林副主席'的'一號命令'，我們決定把在北京的九院所有機構，遷至四川綿陽一帶，這是一次極其重要的大遷移工作，組織決定你也一起遷至那兒。”二機部“軍管委”正式通知王淦昌。
“我一個人去，還是家屬都遷去？”王淦昌問。
“當然是全家都去。而且，你們要做好長期工作、生活在那裡的準備！”
“好的，我回去馬上做遷移準備。”王淦昌絲毫沒有想過其他什麼問題。在他看來，自己所從事的工作，本來就是高度機密的，幾年前自己連名字都改了，這很正常。只是這一次是大遷移，所以他想到了家的問題。回到家裡，王淦昌對老伴和子女只說了幾句話，就把全家離開北京的事全都定了下來。王淦昌當然不明白中央作出這項決定的大背景。
就在王淦昌忙於在羅布泊組織地下核試驗時，北京發生了一件大事：9月11日，周恩來總理和蘇聯的柯西金總理在北京機場進行了一次歷史性的短暫會面。這次會面，中蘇兩個大國敵對了近10年後雙方都想試探一下對方的某些意圖。但是那時的兩國政治家們實在太不相信對方了，所以作出的一些判斷現在看來都很偏激。在柯西金走後的一個多月，也就是在王淦昌報告第一次地下核試驗成功消息後的第22天，中南海召開了一次重要的政治局會議，主題只有一個：研究當前國際形勢和蘇聯戰略動向。不知哪兒來的一份情報顯示，蘇聯內部有人主張乘中國的核武器發展尚不夠充分的時候，對中國的核設施進行一次“外科手術”式的毀滅性打擊，這使得中國領導人懷疑“老蘇”真的想對我們中國突然發動核襲擊。會議經毛澤東批准，政治局作出決定：在全國立即開展一場“深挖洞，廣積糧，不稱霸”的全民戰備動員。
為防患於未然，黨和國家的領導人不管有無問題，一律緊急撤離北京。根據這一精神，毛澤東隨即到了武漢，“林副主席”到了蘇州，只有周恩來留在北京“守家”。
據後來了解，“林副主席”的“一號命令”共有5條內容：一是蘇聯談判代表團於10月20日來北京會談，對此要提高警惕；二是為防止蘇聯利用談判做煙幕對我軍進行突然襲擊，全軍各部隊要立即將重武器和重要目標隱藏起來；三是通信聯絡要保持通暢；四是國防工業要抓緊武器彈藥的生產；五是導彈部隊要隨時做好發射的準備。
王淦昌老兩口帶著外孫女三人很快到了目的地——四川綿陽（而今的長虹集團便是當年王淦昌他們的九院子屬單位）。司機大邵一家跟著王淦昌“榮幸”地一起到了綿陽那片山溝溝裡，並且這一去就是近20年。下面是大邵回憶跟著一起到四川後的有關王淦昌的一些情況——開始部裡說了，凡是重要的領導和院長們都要遷到那裡，可等我們一到那兒住下後，發現院級領導中就王先生一家搬去了。其他的院長都沒有去，房子留著卻是常年空空的。我對王先生髮過牢騷，說你看人家多精，根本就沒打算來。我們倒好，一下把全家的戶口都遷到了這兒，現在想回去都沒有門兒了。王先生說，別人我不管，可我們來這兒沒有錯，九院把主要人員和技術設備都搬來了，今後這就是我們工作的機構，我們不跟著工作的地方還能幹什麼？
王先生就是這樣一個人，在他的心目中，從來不去想那些亂七八糟的私事，只要他認為是上面交給的任務，不管在哪裡，不管是乾什麼，他都要全身心地投入，直到完美地把它做好為止。那時綿陽的條件極其困難，連孩子吃的食糖都得從北京帶過去。而我們的九院工作區為了適合戰備需要，整個工區和生產廠區鋪得特別大，共佔6個縣的地面，近的相互間距離三四十公里路，遠的達100多公里。整個綿陽地區實際上成為中國核武器試驗的大本營。那時王先生已經是近70歲的人了，但他是生產和技術的總負責，所以幾乎每天都要在幾百公里的工區裡奔波。當時我們所在區域還有不少國民黨殘留部隊，敵情很複雜。每次跟王先生出門，我必須帶上武器，隨時準備應付不測。由於“文革”影響，許多工廠停停幹幹，這給王先生的工作帶來極大困難，他既要安排科研工作，還要做人的工作，那幾年真是難為他了。綿陽地區又是地震多發區，我和王先生多次出門碰上地震，由於擔心出事，我不讓他往下面的工區跑，他哪兒肯聽！地震一來，夜裡我把他拖到汽車上睡，他就是不讓，說怕什麼？我是搞原子彈的，震波多大，對人類危害多大，我心裡都清楚。他照常睡在屋裡。有一次我問他，王先生你真的不怕地震砸死人啊？他嘿嘿一樂，說死誰都怕，只是你心裡裝其他事多了，死的事就給讓路了。我相信他的話，因為他心裡裝了那麼多工作，哪兒能顧及自己生死？但就是這樣一個兢兢業業為國家作貢獻的老科學家，“四人幫”一夥仍沒有放過他。青海基地的“惡二趙”派人把王先生抓到羅布泊，說是“工作需要”，實是為了批鬥他。而在後方的綿陽，他們則進行大抄家。我知道王先生家裡的東西都是國家核武器試驗的重要資料和文件，所以我堅決不讓造反派動一動。為此，造反派也給我扣上了“反動學術權威的司機”帽子。
但這也並沒有使我在抄家問題上屈服。我一直死死地把著王先生家的門，就是不讓造反派進王先生住的房子。後來總算達成了一個“協議”：把房子封存起來。我心想這一招也行，既保護了王先生的東西，又可以過抄家這一關。但造反派頭頭警告我，說：“你以後不准再照顧王淦昌了，就是他從青海回來也不能去車接。”不幾日，王先生真的從青海回到綿陽，我偷偷開車去接了他。王先生見了還特別高興地對我說：“還是綿陽這兒好，這兒我就不是受批判的壞人了。”他哪裡知道這兒的鬥爭有過之而無不及，只是許多好心人一直全力在保著我們這位可敬的老先生而已……