通過近年來諸多中外學者對這一事件相關史料的重新研究，晉陽起兵的真相已經得到了澄清。海外的研究人員普遍認為：“有些重要情況可能是在唐太宗統治時期因太宗本人的堅持而編造出來的……根據從前被忽視的唐代初年的史料《大唐創業起居注》，歷史學家已經能對唐朝創立史的傳統說法中某些偏見和歪曲之處作出訂正。”（英·崔瑞德《劍橋中國隋唐史》）
國內的一些學者也認為：“由於官修史籍的不真實，晉陽起兵的內幕幾乎被掩蓋了。突出地頌揚李世民，而其他人則黯然失色，或者被埋沒，或者被歪曲……同時，舊史籍裡還塞進了一些虛構的情節，渲染李淵的荒淫無能，以襯托李世民的功德兼隆。”（趙克堯、許道勳《唐太宗傳》）
新的研究結論指出，李世民在晉陽首義和唐朝創建的過程中並不像舊史籍所塑造的那麼英明神武和居功至偉，而李淵也並不像舊史籍所描述的那麼猥瑣不堪。相反，“李淵此人雄才大略，讀太原起兵時記室參軍溫大雅所記《大唐創業起居注》可知。從隋大業十三年太原起兵到武德九年玄武門之變以前，李淵一直是最高決策者和全局指揮者……只因玄武門之變後李淵的政權為李世民所奪取……貞觀朝纂修《高祖實錄》就把太原起兵說成李世民所主謀，統一天下也幾乎全是李世民的功勞，李淵被誣為坐享其成”（黃永年《唐史十二講》）。
事實表明，李世民很可能在貞觀年間對相關“實錄”的修纂工作進行了乾預，從而篡改了某些重大的歷史事實。而後來編修的國史以及承用國史的兩《唐書》，包括更後出的皆因襲而不改，致使晉陽起兵和唐朝創立史的部分真相從此湮沒不彰。
在眾多學者的研究中，基本上都提到了初唐的一份重要史料——《大唐創業起居注》。
該書的作者溫大雅是太原人，史稱其“少好學，以才辯知名”；曾任隋東宮學士、長安縣尉，後因父憂去職，回晉陽閒居，見天下大亂而不求仕進。李淵到太原後，和他成為朋友，並慕其文名而“甚禮之”。李淵起兵後，溫大雅被任命為大將軍府記室參軍，“專掌文翰”。 （《舊唐書·溫大雅傳》）
很顯然，由這樣一位晉陽起兵的親歷者所撰寫的史料，其真實性肯定要遠遠大於唐朝建國後的那些官修正史。所以《劍橋中國隋唐史》稱他為“唐朝建立的目擊者”。
那麼，這位歷史現場的目擊者到底都目擊了一些什麼呢？
前文說過，其實早在大業九年，李淵就已經有了起兵叛隋、建立帝業的念頭，所以才會在涿郡與楊廣近臣宇文士及進行密謀，只是後來因時機尚未成熟而暫時隱忍。所以根據溫大雅的記載，大業十二年，當李淵以安撫大使的身份進駐太原時，他才會“私喜此行，以為天授”。
大業十三年正月，李淵因兵敗遭到免職處分並就地拘押。其實這個時候李淵就已經下定起兵的決心了。之所以沒有發動，只是因為李建成和李元吉尚在河東，李淵投鼠忌器而已。按《起居注》記載，其實當時並不是李世民苦口婆心勸說李淵，反而是李淵主動對李世民說：“隋歷將盡，吾家繼膺符命，不早起兵者，顧爾兄弟未集耳。今遭羑（you）裡（古地名，今河南湯陰縣北，為殷紂王囚周文王處）之厄，爾昆季須會盟津之師，不得同受孥戮、家破身亡，為英雄所笑。”
很顯然，此時的李淵頭腦非常清醒，他本來是想等三個兒子齊集太原後再起事，不料卻突然遭到囚禁，所以他告誡李世民——如果情況沒有好轉，那麼他們三兄弟就必須迅速集結、立刻起兵，不能坐以待斃，遭天下英雄恥笑。
所以當後來隋煬帝又赦免他時，李淵便對李世民說：“當見機而作！”隨後立即行動起來，命李建成“於河東潛結英俊”，命李世民“於晉陽密招豪友”，積極建立起義的核心力量。
但是直到此刻，李淵還是沒有動手。
因為他身邊安插著兩顆釘子。
副留守王威和高君雅。
他們是隋煬帝楊廣特意安插在李淵身邊的兩名親信，目的就是監視和製約他。
李淵雖然是封疆大吏，但是日常能夠調動的兵力也極為有限。按照隋制，原則上只有皇帝本人才有招募和調遣軍隊的權力，地方官吏如果擅自發兵千人以上，就要被處以死罪。所以李淵要想擁有足夠的兵力起事，就必須獲得王威和高君雅的支持，且必須有充足的理由徵兵。但是，王威和高君雅都是對隋室忠心耿耿的人，要拉他們入夥幾乎是不可能的，弄不好就會功虧一簣、引火燒身，所以李淵絕不能冒這個險。
如何才能獲得充足的理由徵兵並取得王威和高君雅的支持呢？
李淵一直在焦灼地等待機會。
大業十三年二月，馬邑軍官劉武周突然發動兵變，殺了太守王仁恭，佔據郡城，自立為定楊天子。李淵笑了。
這真是天賜良機。他私下對王威和高君雅說：“武周雖無所能，卻敢僭（jian）稱尊號。萬一他佔據汾陽行宮，而我等又不能將其剪除，此乃滅族之罪啊！”王、高二人也覺得此事非同小可。汾陽行宮所在的樓煩郡（今山西靜樂縣）與馬邑郡相鄰，裡面不但儲積了無數錢帛，而且住著很多宮女，很可能成為劉武周的下一個攻擊目標。所以他們極力要求李淵趕緊徵兵，以討伐劉武周。
李淵心中暗笑。他知道王威和高君雅急了，可他不急。他慢條斯理地說：“再觀察看看吧，通知樓煩稍作防備就可以了，我們要以靜制動，以免自擾軍心。”三月中旬，劉武周果然攻破樓煩，並襲取汾陽行宮，將其中的宮女悉數俘獲，獻給了東突厥的始畢可汗。王威和高君雅大為震恐。下一步，劉武周的兵鋒絕對是直指太原了。
可李淵依舊氣定神閒。他召集眾文武將官說：“命士兵戒嚴，加強城池布防，撥糧賑濟流民。這三件事如今廢一不可，其他的事情，就看諸位的了。”
早已急不可耐的王威和高君雅立刻拜請說：“今日太原士庶之命，懸在明公。公若推辭，誰能擔此大任？”
李淵知道，現在招募和調遣軍隊的理由已經非常充分了，而且王、高等人的心情都比他更為迫切，只等著他一聲令下了。可李淵仍舊面露難色，說：“朝廷有令，將帥出征，一舉一動都要向朝廷禀報，接受朝廷節制。眼下賊兵在幾百里內，江都卻在三千里外，加上道路險阻，一路上又有其他賊兵據守，一來一往，不知要到什麼時候。率領這支事事要聽從遙控指揮的軍隊，抵禦狡黠詭詐、來勢兇猛的賊兵，就像是叫書生去撲火，能撲得滅嗎？諸公皆為國之藩籬，應當同心協力，以除國難。大家都是為了報效朝廷，最好不要相互猜疑。我今天之所以召集諸位，是想商議一個最妥善的辦法，並不是消極怯戰、推卸責任。”
王威等人連忙說：“公之文韜武略，遠近皆知，並且兼具國親和賢臣的身份，應當與國家休戚與共。如果事事奏報，如何應付突發事變？只要是為了討伐叛賊，專擅行事亦無不可！”
要的就是這句話。李淵心頭掠過一陣狂喜。可他臉上卻裝出一副無奈之狀，勉強同意了王、高等人的請求，下令徵兵。
命令一下，旬日之間便募集了近萬人。這支隊伍很快就將成為晉陽起兵的主力軍。李淵命他們駐紮在興國寺，私下對李世民說：“紀綱三千，足成霸業！處之'興國'，可謂嘉名。”同時分別遣使至河東和長安，催促李建成兄弟和女婿柴紹迅速前來太原集結。
萬事俱備。
接下來的事情就是如何收拾王威和高君雅了。
然而，王威和高君雅也不是等閒之輩——能成為皇帝親信並接受特別任務的人絕不會是笨蛋。
李淵的舉動已經引起了他們的強烈懷疑。
因為李淵把招募來的軍隊分派給了三個人——李世民、長孫順德和劉弘基。李世民是李淵的兒子，沒什麼好說的。問題出在後面這兩個人身上。他們是什麼人？他們都是逃避兵役的罪犯啊！早就應該處決了。本來沒有告發他們就算是很給李淵面子了，現在李淵居然把軍隊交到這種逃犯手上，這是什麼性質的問題？李淵到底想幹什麼？
王、高二人打算逮捕長孫順德和劉弘基，以防生變。可他們的想法馬上被一個人勸阻了。
他就是武士彠。
武士彠說：“這兩個人都是唐公的座上賓，如果你們一定要動手，恐怕會激起事變。”王、高二人想想也有道理。如今劉武周和突厥人虎視眈眈，倘若這時候引發內訌，對誰都沒有好處。於是他們只好暫時按捺下來。幾天后，又有一個叫田德平的軍官準備建議王威和高君雅調查李淵募兵的內情，武士彠知道後，又制止他說：“剿匪的軍隊全部隸屬於唐公，王威和高君雅雖然掛著副留守的頭銜，手中卻沒有實權，有什麼能力調查！”田德平只好作罷。
可是隨著局勢的發展，王威和高君雅越來越覺得不對勁了。李淵的一舉一動都讓他們滿腹狐疑並且心驚膽戰。他們覺得李淵很可能要發動叛亂！王威和高君雅最後橫下一條心，決定先下手為強。
由於當時的太原多日不雨，王、高二人就提出要在晉陽城南五十里處的晉祠舉行祈雨大會，請李淵主持，準備在會上伺機將李淵幹掉。
與此同時，李淵也一直在想辦法解決王威和高君雅。雙方都在暗中磨刀霍霍，是你死還是我亡，就看誰的出手更快了。
千鈞一發之際，一個名叫劉世龍的當地鄉長秘密來到李淵府上，把王威和高君雅準備在晉祠祈雨時動手的消息告訴了李淵。
劉世龍平日與高君雅頗有往來，所以他的消息應該是可靠的。李淵當即與李世民、劉文靜等人緊急制訂了一個行動方案。
大業十三年五月十四日夜，李淵命李世民和長孫順德率領五百名士兵埋伏在晉陽宮城的東門。十五日晨，李淵召集王威和高君雅在宮城中的辦公廳議事。眾人剛剛坐定，劉文靜就領著開陽府（禁軍徵兵府）司馬劉政會來到廳前。劉政會的手裡拿著一道訴狀，大聲禀報有事要奏。李淵示意王威和高君雅去接訴狀，劉政會卻說：“我要告的人正是兩位副留守，只有唐公可以看！”
王威和高君雅猝不及防，頓時大驚失色。
李淵也裝出一臉的驚詫，說：“怎麼會有這種事？”接過訴狀一看，立刻高聲宣布：“王威與高君雅暗中勾結突厥，準備裡應外合進攻太原。”
直到這一刻，王威和高君雅才意識到發生了什麼。高君雅一下就跳了起來，捲起袖子破口大罵：“這是有人要造反，故意陷害我們！”
可是，一切都由不得他們了。此刻李世民的士兵早已控制了宮城外的所有重要路口，王威和高君雅已經毋庸置疑地成了甕中之鱉。劉文靜、長孫順德、劉弘基等人迅速沖上來，將王、高二人當場逮捕，關進了監獄。
至此，所有準備工作全部就緒。與此同時，李建成、李元吉、柴紹等人也正在馬不停蹄地向太原趕來。李淵再也沒有顧慮了，只要李建成等人一到，晉陽起兵的歷史大幕就會轟然拉開。
這就是晉陽起兵的動因和真相。
根據溫大雅的記載，我們可以清楚地看到——李淵絕非胸無大志、庸庸碌碌之人，而是“素懷濟世之略，有經綸天下之心”（《大唐創業起居注》）；並且是一位“勇敢的領袖、剛烈的對手和足智多謀的戰略家”（《劍橋中國隋唐史》）。
也就是說，晉陽起兵的首謀之人，包括整個過程的組織者和全局總指揮，正是李淵本人。
但是在肯定李淵的同時，我們卻不能輕易抹殺李世民在這次起義中所發揮的重要作用。雖然貞觀史臣出於人所共知的原因美化了李世民，誇大了他的功績，可我們在還原歷史真相的時候卻不宜矯枉過正。應該說，從“密招豪友”建立核心力量，到募集義兵組建軍隊，再到“伏兵晉陽宮”控制王威和高君雅，李世民在整個起兵過程中的表現都是可圈可點的。起碼相對於來不及參加晉陽起兵的李建成和李元吉來說，李世民的首義之功就是他們無法比擬的。此外，李世民所表現出的年輕人特有的銳氣和進取精神，也恰與李淵老成持重、顧全大局的性格形成一種微妙的互補。
按照王夫之的說法，李世民的表現是“勇於有為”，而李淵的表現則是“堅忍自持”。 （《讀〈通鑑〉論》卷二十）
從某種程度上說，也正是由於李淵父子在起兵叛隋、締造大業的進程中既能保持戰略思想上的一致，又有性格和行為方式上的互補，才能確保起兵的成功，並迅速崛起於群雄之間，最終開創大唐王朝。