“什麼？震天雷火藥配方失踪？”震怒之下的趙頊，第一個念頭就是，如果火藥流落到西夏、遼國的話，大宋要付出的代價簡直不堪設想！
石越此時卻在想王安石知道這件事時的反應：當時正在寫批文的王安石手中的筆“當”的一聲掉在了地上，墨汁灑在王安石的衣服上，到處都是。他直覺地感到，王安石沒有參與這起陰謀。想到這兒，石越不由又有點緊張，如果不是陰謀……如果不是陰謀……他也不敢想下去了。
至於皇帝的吃驚與震怒，是在意料之中的。
趙頊恨恨地說道：“好個沈括！好個孫固！深負朕望，深負朕望！”
王安石這時卻早已冷靜下來，連忙勸道：“陛下，這件事情，還要調查清楚，與沈括、孫固未必有關係，臣以為，二人應當不至於賣國。”
石越也道：“不錯，若是沈括要賣國，根本無須盜卷案，震天雷的資料他一清二楚，自己寫出來就是了。而孫大人是陛下舊臣，陛下當深知其為人方正。這等事，臣是可擔保的。”
趙頊怒道：“朕不是懷疑他二人賣國！但即便不是他們做的事情，軍器監看管不嚴，賬目混亂，他們二人玩忽職守，罪責難逃。赦令，沈括、孫固，罷守本官。蔡卿，火藥配方失踪之事，你去找開封府陳繹，調集得力人手，加快破案！”
蔡確卻不領旨，而是頓首說道：“陛下，火藥配方失踪，自當破案。若是流傳外國，必經關卡，可下令各地關卡嚴查，嚴防挾帶出關。再派人盯緊在京的各國使者，方是上策。另外，臣身為御史中丞，職責所在，還要彈劾石越薦人不明，至有此失，陛下當議石越之罪。”
石越見蔡確當面彈劾自己，連忙跪下來，頓首謝罪：“臣薦人不當，請陛下降罪。但是臣敢擔保沈括無叛國之心，其人人才難得，還請陛下許其戴罪權知兵器研究院。震天雷有失，正當責令兵器研究院加緊研製改善新的火器。”
趙頊顧視石、蔡二人，沉吟良久，才冷冷地說道：“石越薦人不當，罰俸一年。沈括也別想去領什麼兵器研究院了，案情沒有調查清楚，讓他到白水潭教書。石卿你先兼領兵器研究院事，呂惠卿守喪期滿，已經在返京的路上了，等他回來，讓他判軍器監，知兵器研究院的人選到時候再議不遲。”
後來被稱為“軍器監奇案”的事件，是熙寧年間一件值得關注的重大歷史事件，其帶來的一系列直接間接的後果，影響相當的深遠。但在當時而言，最讓人震撼的，是之前在政治鬥爭一直佔據著主動，並且從未有過真正大挫折的石越，這一次卻遭遇了真正的慘敗。因為石越曾任提舉冑案、虞部事，而兵器研究院又完全是石越一手創建的，因此在朝廷中，幾乎所有人都知道軍器監幾乎完全是置於石越影響之下的，除軍器監之外，欽天監與白水潭學院也有牽扯不斷的關係，欽天監的幾乎所有官員，都曾在白水潭學院兼過課，而且絕大部分和石越關係良好，沈括更是朝中少數被視為“石黨”的人物。而這一次沈括被徹底整跨，聖意要讓呂惠卿出任判軍器監事，顯而易見，以呂惠卿的能力，石越對軍器監的影響力會被減至最低。而欽天監雖然不至於如軍器監那麼慘，但是沈括的罷官，也足以構成一大打擊。只不過欽天監在註重“事功”的時代，不如軍器監那麼引人注目罷了。