比爾·蓋茨跟喬布斯性情並不相投。喬布斯曾說服蓋茨為麥金塔做軟件應用，最後給微軟帶來了豐厚利潤。但是，比爾·蓋茨抗拒喬布斯的現實扭曲力場，因此，他決定不為NeXT平台開發專門軟件。蓋茨會定期到加利福尼亞州看NeXT的演示，但是每次他都不以為然。 “麥金塔真的是獨一無二，但是我個人不太理解史蒂夫的新電腦有什麼特別之處。”蓋茨對《財富》雜誌表示。
造成這種情況的部分原因在於，這兩位彼此競爭的巨頭無法做到互相恭敬。 1987年夏天，蓋茨第一次造訪NeXT公司位於帕洛奧圖的總部，喬布斯讓他在大堂裡等了半個小時，蓋茨甚至透過玻璃牆看到了喬布斯只是在裡面走來走去地閒談。 “我到NeXT，喝了最貴的奧德瓦拉牌胡蘿蔔汁，見識瞭如此豪華的科技企業辦公室，”蓋茨回憶道，帶著一抹笑容搖了搖頭，“我們的會面史蒂夫遲到了半個小時。”
根椐蓋茨的說法，喬布斯的推銷說辭很簡單。 “我們曾一起做過Mac項目。”喬布斯說，“結果對你怎麼樣？非常好。現在，我們一起做這個，也會非常棒。”
然而，蓋茨對喬布斯很殘忍，就像喬布斯對其他人一樣。 “這款機器就是垃圾，”他說，“光驅的反應時間太長，機箱太他媽貴，整個東西太荒謬。”當時蓋茨就決定，微軟不會分散其他項目的資源來為NeXT開發應用程序，並且在隨後的每次到訪都重申了這一點。更糟的是，他一再公開表態，致使其他軟件公司也不願意花時間為NeXT開發軟件。 “為它開發？我會在它上面撒尿。”他在《信息世界》（Info World）上說。
兩人碰巧在一次會議的走廊上遇見時，喬布斯開始因為蓋茨拒絕為NeXT開發軟件而訓斥對方。 “等你有市場的時候我會考慮。”蓋茨回答說。喬布斯生氣了。 “當著周圍所有人的面，他們倆開始大聲爭吵。”阿黛爾·戈德堡回憶說，她是施樂帕洛奧圖研究中心的工程師，當時也在場。喬布斯堅持認為NeXT會是計算機產業的下一波浪潮。這次爭執跟以往一樣，喬布斯越是激動，蓋茨就越是一言不發。最後蓋茨搖搖頭走開了。
在兩人的爭執以及偶爾不情願地表示出的尊重背後，是基本理念上的差異。喬布斯看好硬件和軟件集成的端到端一體化系統，這就致使他要創造出與其他軟件和機器都不兼容的計算機。蓋茨推崇不同的公司做出互相兼容的機器，自己從中獲利：這些硬件設備都運行同一個標準的操作系統——微軟的Windows操作系統，並都能運行同樣的軟件應用程序，如微軟的Word和Excel。 “他的產品有一個有趣的特點，就是不兼容性，”蓋茨告訴《華盛頓郵報》說，“它不運行任何已有的軟件。它是一台超級棒的電腦。如果要我來設計一款不兼容的計算機，我覺得自己做不到他那麼好。”
1989年，在馬薩諸塞州劍橋市的一個論壇上，喬布斯和蓋茨先後現身，陳述彼此截然相反的世界觀。喬布斯談到，每隔幾年，計算機產業就會出現新的浪潮。麥金塔電腦借圖形界面推出了革命性的新方法。現在，NeXT通過將面向對象的編程方法與採用光盤為存儲介質的功能強大的計算機捆綁起來，正在引領新一輪的革命。喬布斯表示，每個大型軟件廠商都意識到了自己必須成為新浪潮的一部分，“除了微軟”。輪到蓋茨講話時，他重申，喬布斯控制軟件和硬件端到端一體化的系統終究會失敗，就像蘋果與微軟Windows操作系統的競爭一樣。 “硬件市場和軟件市場是分開的。”他說。當被問及喬布斯的方法可能會產生的偉大設計時，蓋茨示意大家看看還在台上的NeXT樣機，嘲笑道：“如果你想要黑色，我可以給你一罐黑色油漆。”