明朝立國後，明太祖朱元璋廢除中書省，直轄吏、戶、禮、兵、刑、工六部，處理全國政務。
但事無鉅細，全部由皇帝一人處理又存在極大困難。朱元璋生前，按照《周禮》的官制分設春、夏、秋、冬四位輔官幫他理政。後來又依宋朝的殿閣學士制，設立武英殿、華蓋殿、文華殿、文淵閣、東閣五位殿閣大學士。大學士的辦公地點一般位於皇宮東角門內，外人不得輕易進出，故又稱“東閣”或“內閣”。內閣學士作為皇帝的輔臣，可以備左右、充顧問、庶理政務。
朱元璋之後的幾代皇帝對內閣建設十分重視，到明朝中後期，內閣負有票擬詔令、封駁禦誥、舉薦官員、決定政務的重大權力，朝臣入閣已相當於拜相。
在設立內閣的初期，各大學士的地位是平等的，但隨著內閣制度的逐步健全，各大學士個人能力的差別以及皇帝個人的偏愛，作為輔臣的大學士也有權力和地位的區別，能力最強或皇帝偏愛的大學士在內閣處主導地位，稱首輔或元輔，其餘稱次輔、三輔、四輔、五輔等。
為監督皇帝本人和各級官吏履行職責，明朝沿襲前代的監察制度，設御史台，後改御史台為都察院。都察院負責對皇帝本人不當行為進行規諫，對百官臣僚進行糾舉，對全國財政進行審計，對邊防四境進行巡視，對京城駐軍進行監察。對於聲震朝廷的重大案件，在皇帝授意下，都察院還要會同刑部、大理寺進行“三堂會審”。刑部、都察院、大理寺被稱為“三法司”，實行的是“刑部受天下刑名，都察院糾察，大理寺駁正”的製度。
為彌補都察院在行政監察方面的缺失，作為中央執行機關的六部還專門設有進行內部監督的六科給事中（又稱言官）。到了明朝中後期，一些給事中按照春秋大義和儒家倫理，經常越職規諫皇帝的私生活以及其他缺失。
明王朝的中央決策、最高行政與監督體制與機構非常完備和細密，有利於保持政體穩定。而負有治政頂級職權的皇帝，要駕馭好這套體制與機構，需要有極強的治政能力和旺盛的精力。
明代官制，三公為正一品，三孤為從一品，內閣大學士為正五品，六部尚書為正二品，六部侍郎為正三品。
明朝舍人分為中書科舍人、直文華殿東房中書舍人、直武英殿西房中書舍人、內閣誥敕房中書舍人、內閣制敕房中書舍人五種，均為從七品。其中，中書科本不稱科，因與六科均在午門之外，官署相連，時人習慣稱之為科。署中設二十人，不分長貳，以年長者一人掌印，稱“印君”。中書科舍人掌書寫誥敕，制詔，銀冊，鐵券等事。文華殿舍人，掌奉旨書寫書籍。武英殿舍人，掌奉旨篆寫冊寶，圖書，冊頁。內閣誥敕房舍人，掌書辦文官誥敕，翻譯敕書，並外國文書、揭帖，兵部紀功、勘合底簿。內閣制敕房舍人，掌書辦製敕、詔書、誥命、冊表、寶文、玉牒、講章、碑額、題奏、揭帖等機密文書，以及各王府敕符底簿。
小說中所提及的戎政尚書也是明代職官名稱。永樂初年，由尚書或侍郎、右都御史為協理京營戎政，掌京營操練之事。嘉靖二十年（1541年），始命尚書劉天和罷其部務，另給關防，名為戎政尚書，專理戎政，統轄五軍、神樞和神機三大營。
明中央官署位於皇城外，府部對列，文東武西，戒備森嚴。
明代廣場東側有禮部（掌管朝廷中的禮儀、祭祀、宴筵、貢舉等事務）、吏部（掌管全國官吏選授、勳封等事務）、戶部（掌管全國疆土、田地、戶籍、賦稅、俸餉及一切財政事宜）、兵部（掌管選用武官及兵籍、軍械、軍令等事務）、工部（管理全國工程事務）、宗人府（管理皇室宗族的譜牒、爵祿、賞罰、祭祀等事務）、鴻臚寺（掌管朝會、賓客、吉凶儀禮等事務）、欽天監（掌管觀察天象、推算節氣、制定曆法等事務）、太醫院（為皇家治病的醫院）等。衙署建築均坐東朝西。
廣場西側有左、中、右、前、後五軍都督府（全國最高統軍機構）、太常寺（掌管祭祀禮樂等事務）、通政使司（受理內外章疏、收臣民密封申訴之間的機構）及錦衣衛（掌管侍衛、緝捕、刑獄等事務）。衙署建築均坐西朝東。
京城官場交際中，稱謂大體稱官銜，多為古名或別名，以示雅觀。 “老”和“先生”均為尊稱，“老先生”為最尊稱呼。以下為小說中涉及的稱謂對照。
內閣首輔：端公。
內閣大學士：閣老。
六部堂官別稱：吏部叫“冢宰”；戶部叫“司徒”；禮部叫“宗伯”；兵部叫“司馬”；刑部叫“司寇”；工部叫“司空”。尚書、侍郎各冠以“大”“少”區別。
都察院左右都御史：大中丞。
國子監祭酒（國子監的主管長官）：大司成。祭酒原意為古代宴會時被推舉出酹酒祭神的長者，後世演變為學官名。
給事中：給舍。
中書舍人：中舍。
翰林院學士：北門。
錦衣衛指揮使：稱大金吾或掌印。
順天府尹：大京兆。
總兵：雅稱為“大帥”“大將軍”。民間百姓俗稱“總爺”。
巡撫：大中丞。民間百姓俗稱“都爺”。
明朝年號表