儘管陶孟和是傅斯年的師輩人物，傅卻一直不把陶當長輩看待，除了前面早已敘述的陶孟和所率領的隊伍，並非是梁山晁蓋、宋江那幫兄弟的嫡系，也不是二龍山入夥的魯智深、楊志、武松等強勢集團，而只是如少華山入夥的史進、朱武等輩，雖踏進梁山大門，卻一直未能取得各門各派武林高手敬慕。更為致命的是，陶孟和所率領的這支滿身“土包子”色彩的隊伍，多少年來一直未有大的改觀，歐風美雨一直沾不到自己身上，頗有風刮不透、水潑不進的頑石狀加外來單幹戶的味道。在藏龍臥虎的水泊梁山族群中，這支隊伍也只能是謹言慎行，如履薄冰，委曲求全地居於花和尚魯智深、黑旋風李逵、矮腳虎王英，甚至一丈青扈三娘，或蒸人肉包子的母夜叉孫二娘等列位大哥大嫂之下了。
與此相反的是，作為最早入夥水泊梁山的傅斯年，自有一種先到為主，占山為王的霸氣、驕氣與傲氣“三氣”疊加之態勢。正如時任《中央日報》主筆的程滄波所說：“我與孟真接觸頻繁，在中央研究院成立時，當時南京成賢街的中央研究院總辦事處，蔡先生常常住在裡面，我常去盤桓，和楊杏佛陪著蔡先生吃飯的機會更多。蔡先生是不吃飯的，在飯桌上，蔡先生席位上是一暖壺紹興酒，大概是六兩。蔡先生一個人獨酌，我們陪他吃飯。蔡先生酒吃完，接著吃幾塊烤麵包。孟真也常去吃飯，當時孟真見著人，總是昂起了頭，有時仰天噓幾口氣，就是在蔡先生旁也依然如此。”
程氏只看到對方鼻孔朝天、對天噓氣的霸王神態，可能還沒領教傅斯年狂話連篇、目空一切的沖天豪氣。據傅斯年自己坦白交代，國民黨北伐成功之後，傅氏與幾個同學在蔡元培家中吃飯，神情亢奮中，蔡元培與幾人均喝了不少的酒，傅斯年乘著酒興，以梁山好漢的做派站在餐桌旁突然振臂狂呼道：待“我們國家整好了，不特要滅了日本小鬼，就是西洋鬼子，也要把他趕出蘇彝士運河以西，自北冰洋至南冰洋，除印度、波斯、土爾其以外，都要'郡縣之'……”此番張牙舞爪，不知天高地厚的大呼小叫，令微醺的蔡元培大為不快，蔡當場“聲色俱厲”地呵斥道：“這除非你做大將！”一句話如冷水潑頭，傅斯年大駭，轉頭看看蔡元培盛怒的面色，頓時酒醒三分，遂不再吭氣。 ——這個典故很形像地透出傅斯年性格中固有的囂張與跋扈本色。試想，傅氏膽敢在“北大之父”蔡元培身旁放肆一把，作為一個原北大教務長、現在與自己同在一級別的研究所所長、國民政府參政員如陶孟和者，傅斯年又如何放在眼裡？
陶孟和為人生性老實平和，盡可能避免與人爭勝和交惡，但在許多事情上有自己的算盤，一旦算盤打得過多，難免令同行看輕。除此之外，陶、傅交惡，更深層的癥結還在於二人各自所持的政治思想、人生觀等諸方面，或如後來中國大陸宣傳部門宣稱的“意識形態”不同與分歧所致。
陶孟和在英國倫敦大學求學時，主要研究社會學，接受的是韋伯夫婦的理論體系。因當時的韋伯與蕭伯納等共同創立費邊社，在英國從事所謂的社會改良主義運動，作為韋伯信徒的陶孟和，其思想多少也受到蕭伯納的影響。傅斯年在英國留學時，與韋伯夫婦和蕭伯納等輩曾有過接觸，但傅對二人特別是蕭伯納本人頗為輕視，或者說大為反感。出生於愛爾蘭都柏林的蕭伯納氏，自在倫敦以文學創作嶄露頭角後，號稱社會主義者，從36歲開始，到94歲嗚呼歸天，58年里共寫了51個劇本。 1925年獲諾貝爾文學獎。 1931年，蕭伯納來到深得自己好感的蘇聯訪問，高爾基寫信祝賀他的75歲壽辰。稱頌他是“勇敢的戰士”云云。 1933年2月，蕭伯納受中國民權保障同盟總會幾位大佬的邀請，儘管有不屑踏上中國領土的念頭，但最終還是於2月17日由香港到上海登陸作了短暫停留，並與宋慶齡、蔡元培、魯迅、楊杏佛、林語堂等名流匆匆見了一面。蕭氏之意“本來玩玩的”（魯迅語），但還是以西方人的自傲自大，以不屑的神情，居高臨下地對中國及中國文化咕嚕了幾句洋話，大放了一通厥詞，謂“中國固無文化可言，有之也在中國的鄉間田野”云云。後來中國許多各揣不可告人之目的，或稀里糊塗，大肆迷信和吹捧蕭伯納，將其視為哲人與世界人類的大救星，並藉此抬高與其有一面之緣的中國同盟幾位大佬的身價。但也有人當時就表示對蕭氏為人為文不屑一顧，對其行為更是深惡痛絕。在這批頭腦清醒、情感激烈的勇士中，傅斯年算是靠前的一個，對蕭的行為與思想給予猛烈抨擊。其惡感之深、用情之烈、直到十幾年之後的1950年依然鬱結在心、如鯁在喉，甚覺不吐不快。這一年，由其他事件引導，傅斯年想起蕭氏的思想對中國人流毒之深，於是寫了《我對蕭伯納的看法》一文，以消除其毒素，化解心中的塊壘。文中說道：
蕭伯納“自己實在無多創造的思想，而是善於剽竊別人的思想。”他所剽竊最得力的人就是魏伯（南按：韋伯）夫婦。蕭伯納的文字囉嗦，思想淺出，作品風行一時，一輩子賺了很大的錢。他對於抽版稅是絲毫不苟的。章士釗求見，說：'先生在中國很出名。 '他說：'在中國出名何用？中國不曾參加國際版權協定。 '這雖然帶有笑話，但我在英國讀書時（三十年了），大學學生演他的戲，版稅一道決不放鬆——儘管他是一個社會主義者。 ”“蕭伯納將老，怕要死，寫了一本《返於老彭》（BACK TOMETHUSEIAH），還是一部大作（大約是1920年）。從此以後，剽竊得越發生吞活剝，見解越無中心，越說越無責任心。我想，假如不返於老彭，少活三十年，豈不更為完美？這實在不像人死後的說話，但這樣場合，這樣說法我卻有點摹仿他的調兒。 ”
在傅斯年眼裡，儘管蕭伯納的思想抄襲韋伯，但韋伯夫婦也不是什麼好東西，是一對徹頭徹尾的“社會主義的新官僚派”，且是一位“人道主義的色彩甚淡，效能的觀念甚重，而謂人道主義者為幻想家”的庸俗之輩。傅在文章中頗負義氣地指責道：“魏伯夫婦晚年大大讚賞蘇聯，以為是一個新的文明。在東方的民族中，三個人都極其佩服日本，因為中國人'亂哄哄'，'不會辦事'，（好個帝國主義的看法）！魏伯遊中國後，說中國人是劣等民族，蕭伯納遊日本，路過上海幾有不屑上岸的樣子。”最後，傅斯年對蕭伯納作出的總體結論是“他在政治上，是看效能比人道更重的；在思想上，是剽竊大家；在文章上，是滑稽之雄；在戲劇上，是一人演說；在藝術上，是寫報紙文字。”總之，在傅斯年眼裡，蕭伯納是一個極其糟糕，無一是處的騙子、妄人加街頭小混混式的丘八。
此文一出，得到了一批中國自由知識分子讚譽和追捧，抗戰期間任《中央日報》主筆，後為台灣東吳大學教授的程滄波評論說：“《我看蕭伯納》大概是孟真最後一篇文章，這一篇短短的文章結束了孟真30年的文字生涯。這一篇文章，是孟真'等身著作'的壓台戲。孟真在那篇文章中說：他不是學戲劇，他也不是學文藝批評，但是，像蕭伯納這樣一個題目，不是一個專家寫得好的，這樣一個複雜、迷亂、幻景的題材與人物，不是具有豐富的中西學識、超特的智慧，是沒法一刀劈下去的。孟真那一篇文章，把一個蕭伯納，一刀劈下去了。蕭伯納經他這一劈，由神奇化為腐朽，把蕭翁一生的魔術全揭穿了。孟真的不朽，那一篇文章就夠了。”
傅斯年的老友毛子水也評價道：傅氏文章中的“三千個字，將永為文學批評史上重要的文獻，是要'知人論世'者所不可不讀的。……孟真先生以蕭伯納'看效能比人道重'的理由而不滿蕭伯納，對極了！”程與毛氏所言，是耶？非耶？或似是而非？但有一點似不可懷疑，即傅文一出，蕭伯納的迷信和製造的神話被戳穿、打破，許多喝過蕭氏製造的迷魂湯，一直沉溺在蕭氏神話迷夢中的國人逐漸清醒，而隨著時間的流逝，神情越髮變得清晰、明智，蕭伯納的影響也成了蜥蜴的殘夢——恐龍的時代一去不復返了。
與傅斯年的思想大不相同，或日背道而馳的是，陶孟和除接受了韋伯夫婦“社會調查”的思想並照章行動，對蘇聯的一切人事大加讚賞。 1924年1月24日，蘇俄領袖列寧去世，已從英國回到國內的陶孟和於2月26日，聯合李大釗、馬敘倫、鬱達夫、丁西林、沈尹默等47位教授致函北京政府外交總長顧維鈞，要求政府與蘇聯恢復邦交。函中特別指出“蘇俄以平民革命推倒帝制，……其顯揚民治，實吾良友”云云。由於對蘇聯革命的讚成與崇敬，陶氏的政治思想漸逐滑向另類，並對中共的思想與做法表示同情的理解。
傅斯年與之相反，他對中共與蘇聯皆無好感，公開表示反對。除了反共，傅同樣反蘇，“因為民族主義與人道主義，所以反共反蘇”。在傅氏的眼裡，共與蘇是連帶的，不可分割的一根繩上拴著的兩個螞蚱。對這兩個山林草莽中連蹦加跳的螞蚱，他心生嫉惡，欲加以剷除滅之而後快。按傅斯年的說法，中共緊隨蘇聯其後，學斯大林那一套，搞的不是民主而是專制，有一套不講事理不重人性的辦法。因而一旦共產黨掌權，社會秩序就將大亂，甚至認為人民的自由也會被剝奪，文化會變成一片荒漠等。
陶孟和早年曾對蔣介石本人和國民政府寄予厚望，並與蔣本人有過接觸。按金岳霖晚年的說法，“從他的家庭著想，他是可以當蔣介石的大官的，可是他沒有。我有一次在南京，疑心他要做南京的官了，因為他住的地方真是講究得很。可等待了好久，他仍然沒有做南京的大官，我疑心錯了”。又說：“陶孟和的思想偏左，不是舊民主主義者，也不是共產黨人。他的政治思想可能最近社會民主，但是也沒有這方面的活動。”
金岳霖說的當是老實話，陶孟和不是一個刻意追求做黨國大員的人，如果刻意要做，憑其與黃郛、錢昌照、沈怡的姻親關係，應該大有希望。抗戰期間，陶以無黨派人員和自由知識分子的身份，出任國民政府參政會參議員，開始涉足政界。但隨著對國民黨及蔣家王朝認識的逐漸加深，由失望漸漸產生反感。後來隨著主持多項農村經濟與社會狀況調查，以及整個社會政治向心力轉移，陶改變了自由知識分子的精英姿態，“左傾思想日益強烈”。在李莊時期，國民黨政府的腐敗已呈不可遏止的糜爛狀態，陶孟和引用原清華大學校長、時任農林部部長周貽春的話對手下的同事說：“國民政府已經爛到核心了（Rotten to Core），就是說不可救藥了。”面對這個“不可救藥”的政府，有一些所謂社會名流。仍不知好歹地趨炎附勢，竭力維護這個“核心”。為此，陶孟和以嘲諷的口氣舉例說：“這種人見到政治高層人物，屁股坐在椅子邊邊上，不管對方說什麼，他隻公雞啄米似的不住點頭，哈喲哈喲地連連稱是，一副奴才之相，望之令人生惡。”可見這個時候的陶孟和，除了保持自己作為一個自由知識分子的大節，對國民黨政府以及“核心”確是深惡痛絕，對蔣介石本人也不抱大的希望了。
關於這一時期的情形，費正清在他的回憶錄中曾有過記述：“李濟說百姓們現在都在挨餓。這些年來，他已死掉了兩個孩子，陶孟和也死了配偶。知識分子們認為，如果他們是被重視的，或者是當此國難之際，全國上上下下各階層是在同甘共苦的，那麼即使挨餓也沒有什麼關係。但是他們親眼看到瞭如此觸目驚心的不平等現象和社會上層的奢侈浪費。因此，許多知識分子感到心灰意懶，一部分人將會死去，其餘的人將會變成革命分子。”又說：“以上種種印象，僅是從當時所記錄的一大堆材料中間選擇出來的一部分，加在一起得出一個結論：蔣介石作為國民黨政權的象徵和中心，1943年後期已失去了中國知識階層的信任和忠誠。”費氏所言大致不差，蹲在李莊深受貧病折磨與生活苦痛的陶孟和，面對一個腐爛的“核心”，苦悶與孤寂得不到緩解，思想越來越滑向另類，最終走上了“棄暗投明”，全面倒向中共的政治態勢。
傅斯年則不同，他痛恨國民黨政府的腐敗，也看到和承認這個“核心”的腐爛，但只是“哀其不幸，怒其不爭，恨鐵不成鋼”式的痛恨，骨子裡一直是忠誠不減，且有欲以一己之力扶大廈之傾的妄念。這一政治、思想觀念的形成，除了傅斯年本人的特殊性格，還有一些複雜的社會原因相互影響交織而成。正如台北傅斯年研究專家王沉森所言：在那樣的一個時代，要想成為一個學閥或學霸，必須有學術以外的網絡和綿密的政府關係，同時還要與僅有的幾個基金會如中基會、中英庚款委員會，保持密切關係。而傅斯年正好具備了這樣的條件，無論是政府內部自由派大員還是基金會負責人兼黨國大員朱家驊，或是宜師宜友的中基會主要負責人之一胡適，都與傅保持了非同尋常的友誼。在民間資源絕少的年代裡，這是極為關鍵的一種關係。從傅斯年來往的書信以及在李莊時對梁家兄弟，連同林徽因的關照中即可見出，後來傅氏為陳寅恪治眼病向朱家驊與基金會求請款項也是如此。整個抗戰時期，傅斯年為貧病交加的落魄知識分子向各方請求補助，成為他生活中很大的一項要務，被譽為“照顧知識分子的知識分子”。因了這種關係和緣由，王汎森得出的結論是：“這樣的角色使得他在政治態度上不可能與國民黨政府決裂，他對政治的不滿與批評，驅使他連續轟走兩位行政院長，但他只是'御史'，而不是革命者。”
把自己當做“御史”的傅斯年，因其本身在政學兩界非同尋常的人脈背景，以及傅氏本人獨特強悍的處事方式和能力，最後得到了“老大”蔣介石的尊重。蔣的尊重又加重了傅斯年以整個身心擁護國民政府的因子，對國民黨和政府核心特別是蔣介石本人，越發抱有真誠的希望與幻想，這也就是為什麼傅斯年參政後，一直以“御史”角色頻頻出現並與當朝皇親國戚孔祥熙、宋子文之輩叫勁對壘的根由。傅當選國民政府參政員之後的一段時間，常在重慶的集會場合對黨國大事發表“宏論”。據他的老友程滄波說，忽一日，傅論及當時國民政府五院院長。論孫科，說“猶吾君之子也。”論於佑老，乃是“老黨人且是讀書人”。論戴季陶，說：“阿彌陀佛。”論到孔祥熙，高聲呈義憤狀：“他憑哪一點？”
後來，傅斯年一直抓住孔祥熙、宋子文死死不放，蔣介石無可奈何，最後不得不把孔、宋分別從行政院長任上卸下來——當然，這是抗戰勝利之後的事了。
傅斯年既然對“老大”介公和其操控的黨國政府深以為然，且大有一榮俱榮、一損俱損之觀念，這就決定了他與陶孟和雖同住李莊一隅之地，卻“雞犬相聞，老死不相往來”的政治宿命。
如果僅是老死不相往來，陶、傅之間的關係或不至於鬧到決裂甚至反目成仇。但是，既然同在中央研究院這個大鐵鍋裡摸勺子吃飯，筷子與碗的相碰就成為不可避免的事實，何況有時候人在江湖，身不由己，陶、傅二人的分裂圍繞“進軍西北”事件很快展開。
1941年年初，身為中央組織部部長、中央研究院代院長的朱家驊，電召正在齊魯大學研究所任職的顧頡剛到重慶辦《文史雜誌》。朱要顧去重慶的目的，不專為編《文史雜誌》，還有一項重要任務，就是幫他做邊疆工作。時朱家驊在組織部辦了一個邊疆語文編譯委員會，他自兼主任，顧到後為副主任，主持委員會日常工作。這年的10月12日，對“邊疆”問題極為熱心的朱家驊發表了《西北建設問題與科學化運動》一文，鼓動科學工作者“到西北去開闢一個科學的新天地”，使原已興起的“西北熱”再度升溫。顧頡剛感念朱家驊對自己有知遇之恩，上任後請了費孝通、韓儒林、李安宅等蒙、藏、阿拉伯、暹羅、安南諸種語文的專家操作起來。許多年後，石璋如回憶說：“這時政府跟民間都瀰漫一股西北熱。民國三十年於右任赴敦煌考察，歸後盛讚敦煌景緻，另外也有與我們關係不大的藝術考察團去，而更早些時候張大千已經去敦煌了，各界因此紛紛組團去西北。”
這一情形的出現，除了社會各界人士的熱情，與最高領袖蔣介石的政治考慮與支持鼓動密不可分。早在幾年前，蔣介石就意識到西北在政治上的危險，特別是新疆土皇帝盛世才公開對抗中央，屯兵新疆，對中央政府構成很大威脅。而盛世才與蘇聯關係過從甚密，強大的蘇聯或明或暗地打著新疆的主意，時刻準備將其吞併，劃入蘇俄紅色帝國版圖。面對這種危局，蔣介石先是忍而不發，直到1941年德國進攻蘇聯，斯大林無力東顧，蔣介石才趁機出動，先派朱紹良統率重兵於河西走廊，對盛氏集團形成一種強大的威懾力。 1942年8月，蔣親自乘機赴西寧、酒泉等地視察，以軟中帶硬的手腕解決了新疆問題，驕橫跋扈的盛世才表示臣服中央政府。
西北視察歸來，特別是降伏了盛世才之後，蔣介石精神振奮，同時進一步認識到西北對於中央和整個國家的重要性，遂提出“西北不但是我們抗戰的根據地，而且更是我們建國最重要的基礎”的主張。蔣的演說，立即在社會各界引起強烈反響，“'開發西北、建設西北'等口號風起雲湧，頗有雨後春筍之勢”。
在這股大浪高潮聲中，作為中央大員的朱家驊不甘落後。為了迎合蔣介石的主張，他突發奇想，提出了一個“進軍西北”的計劃，讓李莊的陶孟和把社科所辦到西北去。此事得到了原清華大學歷史系主任、時任國民政府行政院政務處處長蔣廷黻的讚成，二人一拍即合。朱家驊找來陶孟和協商，陶當即表示同意，並慷慨激昂地表白道：“當此之時，有可服務國家之處，當決然擔任。”朱家驊一看這陣勢，立即讓陶孟和拿出一個書面計劃面呈最高領袖蔣介石批示。陶孟和很快把計劃弄將出來，意在把社科所搬遷到蘭州，專就經濟及文化接觸兩項進行研究，並請蔣廷黻轉呈介公審閱。老蔣看罷。認為這個計劃正是深入貫徹自己這個最高領袖指示精神的體現，當然樂觀其成，只是不知出於何種考慮，批示要社科所遷到蘭州以西的地方去。這個批示令蔣廷黻和朱家驊大感意外，不知老蔣心中搞的什麼鬼把戲。憑當時的猜測，蔣介石可能出於政治方面的考慮，想讓陶孟和的社科所像外國傳教士一樣在西北鄉村建立工作站，以考察民情、民風為名，潛伏於社會各階層中，密切關注和監視對中央政府形成威脅的外在危險力量，實際上相當於中統和軍統的工作站，以蒐集情報為職業的特務機構。然而，中央研究院社會科學研究所是一個公開的學術研究機關，所做的事和追求的理想自然是學術事業，不可能變成一個掛著羊頭賣狗肉的特情機構。既然介公已作批示，又不能送回去重批，在無力回天的情況下，為了安撫興致正濃的陶孟和，蔣廷黻、朱家驊二人想了一個對策，由蔣廷黻出面寫信給陶孟和，說道“無以介公批了遷蘭州以西而失望。若干工作仍可在蘭州作，只是牌子掛於蘭州以西”云云。
按照對這段歷史有過專門研究的台灣近代史研究所研究員潘光哲的推測，當時陶孟和之所以很痛快並熱心“進軍西北”，他有自己的一個小算盤，這就是“名義上是遷，實際上是添”，即社科所本部仍在李莊紮根不動，憑藉政府撥發的一筆經費，另外聚集一部分人馬在蘭州安營扎寨，形成事實的社科所分所。如此這般，經費既足，人馬強壯，活動範圍廣大，就自然能產出豐厚的科學研究成果，陶孟和與整個所內人員也可藉此揚眉吐氣，以雪自離開北平加入中央研究院以來的種種怨怒與恥辱。
潘氏的推測自有道理，但似不全面，此次所謂的“進軍西北”，顯然是陶孟和藉機擺脫傅斯年的壓力，把社會學所從李莊撤出，他本人帶領一幫難兄難弟進駐蘭州，從此與傅斯年本人和史語所徹底斷絕交往，以圖眼不見心不煩，弄個難得的清靜。按照當時朱家驊與蔣廷黻的設想，所謂蘭州以西，不過在蘭州郊外，或者在蘭州與西寧交界之城鎮罷了。當朱家驊與蔣延黻請示介公，這個“以西”到底要落實到何處時，想不到蔣介石大筆一揮，寫上了“酒泉”二字。這個酒泉是處於蘭州以西千里之外飛沙走石的不毛之地，陶孟和與手下的弟兄果真到了這塊荒無人煙的沙漠戈壁，如何自處？又會有什麼作為？如此一著，令所有熱心奔波者都感到冷水澆頭，全身發涼。
既然黨國領袖白紙黑字寫得清楚明白，朱家驊與蔣廷黻也不敢明目張膽地耍布袋戲，以此來擺弄精明如猴的介公。陶孟和得知此情大感沮喪，但一時又想不出對策。正在幾人無計可施之時，此事被蔣廷黻譏諷為中央研究院“太上總幹事”的傅斯年聞知。傅未作深究，又以“太上總幹事”的習慣和派頭主動致信朱家驊，開始替這位交情甚篤的上司排憂解難。信中說：
……此事大可發愁，酒泉嚴格說僅一油棧，如何設社會所，其中既無經濟可以研究，亦無文化接觸可以研究（研究文化接觸最好在西寧），社會所如在西北設分所，必以蘭州為宜，酒泉切切不可，此點若不改，後患無窮。若名稱上在酒泉掛社會所之牌，必為空洞。以介公之熱心西北，夏、秋未必不去，一看其為空洞，非真遷也，恐本院整個蒙不良之影響。 ”又說：“本院似不當把社會所實際上放在李莊，分店在蘭，牌子卻掛在酒泉，而謂不在蘭州也。 ”
傅斯年寫這封信的時候，的確有點“太上”的架勢，對朱家驊、蔣廷黻與陶孟和串通弄出的這個到西北創辦社科所的主張，表面上熱心，實則心存介蒂。傅意識到西北之重要，但只是限於政治上之危局，至於朝野上下掀起的西北建設和立國之本之類的說法，頗不以為然，並有輕視之意。在這樣的思想觀念指導下，傅斯年對陶孟和主張社科所搬遷西北的構想，曾戲謔道：“引當時報上一名詞云'陽奉陰違，貽誤要公'以為笑謔。”兩個月後，傅斯年綜合各種信息分析，突然感到苗頭不對，陶孟和如此熱心“進軍西北”，分明是和自己爭地盤的一個陰謀。早在南京中央研究院招降北平的陶孟和舊部時，滿身霸氣與嗅覺敏銳的傅斯年就曾專門找到陶訂了一個“君子之約”，其中有“近一百年史，即鴉片戰爭起，由社會所辦，其設備亦由社會所”。而鴉片戰爭之前的歷史，則由傅主持的史語所辦，社科所不得染指。傅斯年在後來的行事中，確是實實在在地履行了這個君子協定。史語所研究人員全漢昇“昔有志治近代一問題”，被傅斯年及時阻止，傅命其研究範圍只能在清初以上，不得窺視近代。傅氏如此，陶孟和也只好號令手下弟兄不能窺視近代以上，兩所人員可謂大路朝天，各走一邊，井水不犯河水。令傅斯年想不到的是，此次陶孟和借“進軍西北”之機，已經暗中招兵買馬，擴軍備戰，開始了實際行動。據朱家驊透露，陶孟和慾把顧頡剛在重慶辦《文史雜誌》招聘的費孝通、韓儒林、李安宅等輩，全部弄到駐蘭州的社科所分所，以壯聲勢。李安宅早年畢業於燕京大學，與費孝通亦師亦友；韓儒林雖畢業於北大哲學系，但後來任教於燕京，顧頡剛在重慶時，一度受中央大學校長顧孟馀邀請，出任中大出版部主任，邊疆語文編譯委員工作，則由顧氏推薦的這位蒙藏史專家韓儒林主持。
幾年前在昆明時，傅斯年就因吳文藻、費孝通鼓搗出一個所謂的“民族學會”，另立山頭與史語所相抗衡大為惱火，直至雙方乾戈相向，傅用奇計把吳、費等輩山頭推倒削平為止。現在陶孟和又暗中拉攏集結費孝通等“燕大派”進入中央研究院社科所，企圖嘯聚山林荒野，與史語所抗衡對壘，這還得了？於是，傅斯年立即致函陶孟和，內有“恐有大規模之重複在後，未便再顢頇下去”等敲山震虎式警告和交涉之語。陶孟和正為“分店在蘭，牌子在酒泉”之事如何蒙混過關大傷腦筋，忽見傅斯年以咄咄逼人的氣勢對自己所做的一切橫加指責，自是不甘臣服，當場揮毫予以反擊：“……今又遭一再鞭撲，且警告以所請之人不得任為研究員（實際上現僅有一人），弟行能無似，如足下承認弟無資格進行西北工作，或須完全退出'中央研究院'，尚祈坦白告我為幸。”
傅斯年接函，見對方不把自己這位“太上總幹事”放在眼裡，竟敢公開叫板兒，火氣更盛，高血壓呼呼上躥，再度潑墨揮毫，除了對陶孟和嚴加痛責，還致書朱家驊，把陶孟和慾“掛空牌於酒泉”的設想，上升到“近於蒙蔽政府之事”的政治高度，並堅稱此為“院務之大事”，應該“聞之院務會議，以商其各種可能之利害”，因為這等大事。並不是院長和某位所長合謀就可以算數和應該執行的事情。至於中央研究院的發展前景，該如何擘擬，不容許“黑箱操作”。傅斯年此言既有政治高度，又有理論依據，還有事實上的利害得失，可謂步步為營，刀刀見血，針針封喉，令處於黨國大員地位又“高處不勝寒”的朱家驊聞之心驚肉跳，不得不好好思量一番。
已經開始對傅斯年打壓進行反擊的陶孟和並不服氣，他再次致函傅斯年直言不諱地說：“退一步講，中國學術工作，以至近於學術之工作如此幼稚，研究之處女領土如此之大，'重複'……又有何妨？”而傅斯年最不能容忍的就是別人與自己所掌控的領域“重複”，與自己“重複”，就等於另立山頭。扯旗造反，向自己宣戰。這一點，從傅氏當年特別看重的弟子夏鼐於1955年的說辭中即可以明了。時任中國科學院考古研究所副所長的夏鼐，在政治壓力下，於同年《考古通訊》第三期發表了《批判考古學中的胡適派資產階級思想》一文，文中列舉了胡適多條罪狀，其中第五條便是：“宗派林立，學閥稱霸。胡適傅斯年輩學閥，是以研究機構和高等學校作為地盤的，成為一種排他性的宗派。像軍閥一樣，他們雖時常打算擴充地盤到別人的勢力範圍中去，但自己的地盤是決不容他人染指的。這種風氣也傳染到考古工作中去。”夏鼐這些話，雖是處於當時嚴酷的政治形勢而不得不為之，但也從另一個側面反映了胡適、傅斯年確實有這方面的毛病。
而在社科所於西北掛牌的問題上，傅斯年見陶孟和把自己的警告當做耳旁風，且還振振有詞地予以辯駁，氣惱中再度給朱家驊發一密函，除了要求把此事“聞之院務會議”，還想出另外打壓制裁陶孟和的一個計策，強烈要求將社科所與史語所“兩所工作之分界，提交院務會議”，當院務會議將分界劃清並得到兩所負責人認可後，另“由全院辦一中央研究院西北工作站”，以便集中強有力的人員做更全面的工作。
陶孟和得知傅斯年的密函內容，深知這是傅在中間攪渾水的把戲，假如全院在西北辦一工作站，派去的人員自然又是以史語所為龍頭老大，社科所人員還是在他們的打壓欺負之下且永無出頭之日。想到這裡，陶孟和大怒，再也顧不得作為長輩的面子，乾脆撕破臉皮，以牙還牙，並以“足下伎倆高超，素所深悉”等語致函傅斯年，對其言行大加痛斥。傅斯年接函自是怒火萬丈，當即回函予以反擊，其中特別提到“伎倆”一詞。傅說道：
伎倆一詞，其Connotations在中國雖無標準字典，然試看《聊齋》、《西遊》、、《封神榜》等書，完全是一句罵人很重的話，意為“小小陰謀”之類或英語之treacherous，……此等罵人話，最好盼望我公收回，即是說，下次來信，聲明收回“足下伎倆高超，素所深悉”十個大字，除非我公認為不必再作朋友的話。
雙方情緒至此，已形同戰場上的肉搏狀態，裂痕既開，很難融合。又經過幾個回合的交鋒，二人的裂痕越來越大。最終的結局是，陶、傅二人形同仇寇，無論是陶孟和設想的“分店在蘭，牌子卻掛在酒泉”，還是傅斯年構想的“西北工作站”的對應之策，統統成了泡影。
意想不到的是，由於李約瑟的到來，形同陌路且於對方心懷耿耿的陶、傅二人，又暫時擯棄前嫌，雙手握到了一起。
關於兩位學術巨頭是以何等心境和緣由，在這樣的時間和場合走到了一起，歷史沒有留下詳細記錄，只是後來林徽因在給費正清夫婦的信中透露了只言片語，信中稱：“有人開玩笑說，梁思成成功地使平時有嫌隙的陶孟和博士與傅斯年博士在李約瑟的講演會上當眾握手言和，應當獲諾貝爾和平獎。這件事因為在大庭廣眾下發生，更具戲劇效果。它剛好在李教授在中央博物院大禮堂作講演之前那一刻發生的。據報導，許多人暗自為這件事鼓了掌。李濟博士走上前去和梁思成握了手，並且私下說要授給思成諾貝爾和平獎。”林徽因在信中特別提及讓費正清夫婦放心，並言“人類總的來說還是大有希望的”。最後又突如其來地插進一句：“這次和解的基本工作還得歸功於某位人士。這位人士有拼命捲入別人是非的癖好，而且盡人皆知。”
林徽因所說的“某位人士”，隨著當年在李莊的知情者一個個凋謝而難以查考。金岳霖晚年曾說過一句話：“陶孟和先生是我的老朋友，後來在四川李莊同我發生了矛盾，但是，那是個人之間的小事。”話到此處沒有接著說下去，具體細節不得而知。或許，這個矛盾與林徽因提到的“某位人士”卷人金、陶或沈性仁之間的是非亦有關聯，只是真相到底如何，尚不能確定，這個插曲或將成為一個永久懸案而無法破解了。