以傅斯年為首的中央研究院史語所退居台灣後，在資料的開放、研究上，與所外學者曾一度產生過較大矛盾並引起外部學者的不滿，因而有了對李濟、董作賓等人霸道十足，對所外學者“封鎖資料”、“把持資料”，企圖把學術之公器佔為己有等非議和抨擊。按台灣有位叫李敖者在一篇《從李濟的悲劇看中央研究院的幾個黑暗面》的謾罵、攻擊文章所言：傅斯年領導下的史語所，特別是李濟、董作賓等人之所以後來“封鎖資料”、“把持資料”、“不肯讓局外人窺視一二”等“惡行”，其主要原因是傅斯年與其同仁的“痛苦的經驗”使然。因為“當年他們曾因把資料開放而失過面子。例如第三次安陽發掘出來的大龜四版，出土時頗轟動一時。郭沫若那時正在日本研究甲骨文，特地卑躬厚禮地要大龜四版的拓片。當時李濟他們居然答應了郭沫若的請求，大概是為了表示學術公器的大度吧！不料郭沫若拓片到手，《卜辭通纂》書成。此書的內容有否有價值是另一問題，卻大大搶了史語所中人物的風頭，使他們因資料開放而大大地失掉面子！”因而，“這是他們沒齒難忘的'失策'。所以此後三令五申，繩為家法，嚴禁資料早洩，故胡厚宣離開史語所的時候，史語所特律以公函一道，警告他此後所有的著作，不得引用史語所未曾公開出版的資料！”
李敖此言未免又犯了一貫狂吠的老毛病。事情的真相大體如下：
1923年畢業於日本九州帝國大學醫科的郭沫若，由於在日本時期與鬱達夫、成仿吾等人發起成立“創造社”並從事文學創作，名聲大振，遂於1926年2月出任廣東大學文學院院長，7月參加北伐戰爭，10月出任國民革命軍總政治部中將銜副主任。 1927年蔣介石在發動反共清黨運動前夕，郭沫若對國民黨與蔣介石的做法頗為不滿，公開發表了《請看今日之蔣介石》一文，把蔣視為“流氓地痞、土豪劣紳、貪官污吏、賣國軍閥，所有一切反動派反革命勢力的中心力量”。這一“叛逆”行徑惹得蔣介石大怒，郭沫若隨即遭國民政府明令通緝。同年8月，郭氏參加了中共領導的南昌起義，在南下途中加入中國共產黨。 1928年流亡日本，蟄住千葉縣市川市，自此“在日本人的刑士與憲兵的雙重監視之下，開始對中國古代史和甲骨文、金文等進行研究”（郭沫若語）。 1930年結集出版了號稱中國馬克思主義史學開山之作的《中國古代社會研究》一書。直到1937年抗戰爆發後歸國，前後在日本亡命近10年。
1927年1月，魯迅根據中共的意圖由廈門轉赴已由廣東大學更名的中山大學，準備與他曾稱之為“流氓＋才子”的創造社“聯合起來，造一條戰線，更向舊社會進攻”之際，郭沫若等人已離開廣州，魯、郭二人遂失去了見面與製造聯合戰線的機會。而由歐洲歸國後至中山大學任教的傅斯年，連同後來進入的董作賓，更是無緣與郭氏相見，因而傅、董二人與郭沫若在抗戰之前的十幾年裡並不熟悉。正是由於這種情形，當郭沫若把“無處發洩的精力用在了殷墟甲骨文字和殷周青銅器銘文的探討上面”，在日本編纂所謂“在甲骨學史上具有里程碑式的意義”的《卜辭通纂》時，儘管“非常重視殷墟考古的每一進展並較早接受了西方考古學的影響”，但在向國內學界索要材料時，並未直接向傅斯年等史語所人員求助，而是致信容庚、於省吾、馬衡、徐中舒等代為搜羅。後來郭在日本蝸居的小黑屋裡看到朋友們寄來的材料中，有董作賓的《大龜四版考釋》一文，並讀到董氏對甲骨文中的“某日卜某貞某事”的釋解，神情大振，當即驚歎曰：“近時彥堂解為貞人之名，遂頓若鑿破鴻蒙。”到了這個時候，郭沫若才意識到史語所中人的厲害，同時壯起膽子致信董作賓和李濟，懇求一觀大龜四版的全份拓片，以為自己著述作參考。此時郭沫若的身份仍是國民政府正在通緝捉拿的一名政治犯，而中央研究院直接隸屬於國民政府（後隸屬總統府），其對立的關係可想而知。李濟與董作賓接信後，覺得郭氏儘管在政治上與黨國有所衝突，且與自己並無親情舊故，但畢竟還是一位名聲在外的風流才子，在如此艱難處境下，沒有墮落沉淪，像許多落魄文人一樣整日除了打架鬥毆，就是吃喝嫖賭逛窯子，尚能堅持研究古史與甲骨文字，頗值得同情。於是，經得傅斯年同意，不避郭氏被通緝之嫌，甘冒通共連敵的政治風險，以最快速度將大龜四版和“新獲卜辭拓片”寄去，信中特意說明此拓片尚未發表，僅供參考而已。董作賓一看郭氏在信中對自己發現甲骨文中的“貞人”之成果敬佩有加，頭腦一熱，把自己剛剛完成的一世英名之作《甲骨文斷代研究例》三校稿一併寄往日本。
想不到郭沫若材料到手，置李濟和董作賓聯名的叮囑於不顧，立即將“新獲卜辭”和大龜四版的拓片編入他的《卜辭通纂》一書，於1933年在日本用最先進的珂羅版精印出版發行。可能郭氏覺得如此操作有失君子之風，心生一計，在書的序文中以彌補的意味極盡討好地吹捧道：“大抵卜辭研究自羅王而外以董氏所獲為多。董氏之貢獻在與李濟之博士同開出殷墟發掘之新紀元。”遂復在“後記”中繼續鼓吹道：“承董氏彥堂以所作甲骨文斷代研究例三校稿本相示，已反複誦讀數遍，既感紉其高誼，復驚佩其卓識。如是有系統之綜合研究，實自甲骨文出土以來所未有。……如此快事，幾令人直欲拍案叫絕。”在一陣狂風暴雨般的大肆吹捧之後，郭沫若似預感到自己的做法肯定會得罪對方，因而在序文的最後一句急轉直下，頗有些悲壯與滿不在乎地寫道“知我罪我，付之悠悠”。意思是，反正我的書已寫就出版了，你們這些傻裡傻氣一根筋的書呆子，愛咋辦咋辦吧，我是頗不在乎的。
果然，此書由日本傳往中國再傳到史語所，傅斯年一看，僅史語所考古組發掘的“新獲卜辭”墨拓就用了22片，立即火起，盛怒之下，暴跳如雷，大罵不止，直呼“×××，他憑什麼”，並要訴諸法律云云。被徐志摩稱為“剛直木訥”的李濟面對此情，尷尬萬分，不知如何是好，儘管最後沒有同意傅斯年訴諸法律的要求，但默認了傅氏提出的“三令五申，繩為家法，嚴禁資料早洩”的鐵律。這一“鐵律”頗有點一朝被蛇咬，十年怕井繩的意味，後來遭到了許多圈外學者的詬病和攻擊，但就傅斯年與史語所而言，也著實有情可原。試想倘不如此，若再出個像郭沫若這樣將發掘單位未正式發表的資料公佈於世的情況，這個世界不知要亂成什麼樣子。台灣人李敖所說的胡厚宣，在史語所自昆明龍頭村即將遷往李莊的前夜，私自出走齊魯大學，傅斯年在勃然大怒之後，向齊大領導者所發出“今後若在貴校任何刊物內，載有本所未經發表之任何材料，自應由貴校負責，本所當採取適當辦法辦理”的討伐檄文，一併發函對胡厚宣給予敲山震虎的教訓，的確是與郭沫若這件事有直接的關聯。
對於這次“沒齒難忘的失策”，傅斯年耿耿於懷，李濟後來在重慶見到郭沫若時，也在非正式場合告訴對方“你這樣做是不對的，不要拿別人當傻子”云云，但沒有作進一步的討伐。儘管如此，傅斯年對郭沫若的甲骨文、金文研究成果，仍然給予了肯定。 1947年中央研究院進行第一屆院士選舉，事前傅斯年和胡適提出的候選人名單，都有郭沫若的大名。當年10月，中央研究院召開評議會會議，討論院士候選人名單，時傅斯年赴美就醫，史語所由代理所長夏鼐出席，夏據理力爭，最後以多數票通過郭沫若列入候選人名單。但是，當1948年3月中央研究院正式選出第一屆院士和9月舉行院士大會時，郭沫若已由國統區轉移到香港，即將於中共陣營中發跡，自是不把這個院士稱號放在眼裡了，此為後話。
與李濟大不相同的是，董作賓由於深受郭沫若“鑿破鴻蒙”、“拍案叫絕”、“高誼”與“卓識”等吹捧的刺激，雖默認傅斯年“嚴禁資料外洩”的“家法”與“鐵律”，但對郭沫若仍一往情深，久久難以忘懷。
抗日戰爭爆發後，國共兩黨的關係趨於緩和，郭沫若結束了流亡生活，拋別了日本老婆和孩子，隻身一人自日本返國參加抗日宣傳活動。 1940年，出任重慶國民政府軍事委員會政治部第三廳廳長。此時，已隨史語所遷往南溪李莊的董作賓得知郭沫若在重慶任職的消息，主動去信與之聯繫，等待親赴重慶拜訪的機會。在苦苦等了近兩年之後，機會終於來了。 1942年5月，受傅斯年委託，董作賓赴重慶參加中央研究院院務會議，並一道辦理史語所書刊印刷與合作社購物等事宜。適此機會，董作賓一到重慶，就迫不及待地來到了郭沫若在郊外的住所，開始了甲骨學“二堂”的歷史性會晤。
據董氏後來對李莊的同事說，二人見面後，郭沫若欣喜異常，兩人促膝暢談，敘新話舊，交流學術，不亦樂乎。郭沫若除設宴款待外，還藉著酒興當場潑墨揮毫，賦詩相贈：
卜辭屢載徵屍方，帝乙帝辛費考慮。
萬蟕千牛推索遍，獨君功力邁觀堂。
詩中的屍方是殷墟卜辭中記載的一個方國的名字，帝乙、帝辛則是晚商王朝的兩位國王。此處郭沫若意在表達董作賓在甲骨文的考釋和研究上，已遠遠超過了聲名顯赫的一代宗師王國維。如此一番吹捧，卻令把酒臨風、已有些醉意的董作賓覺得非常受用和舒服，禁不住頭腦又暈眩恍惚起來，把郭沫若當做一世英豪與鐵把子兄弟看待。待回到自己下塌的旅館，董作賓藉著酒勁，很快作成一篇《跋鼎堂贈絕句》一首，對郭氏給予了很高的評價，同時表示了自己將繼續為甲骨學事業奮鬥不息的決心，跋曰：
昔疑古玄同創為甲骨四堂之說，立廠和之，有雪堂導夫先路，觀堂繼以考史，彥堂區其時代，鼎堂發其辭例之目，著在篇章，膾炙學人。今者，觀堂墓木盈拱，雪堂老死偽滿，惟彥堂與鼎堂，猶崛然並存於人世，以掙扎度此偉大之時代。
三十一年春，訪沫若於渝，十年神交，握手言歡。彼方屏置古學，主盟文壇，從事抗戰之役，餘則抱殘守缺，絕學自珍。一生事業，其將以枯龜朽骨之鑽研而為餘之止境乎？興念及此，擱筆太息！
此時的董作賓只顧得與郭沫若握手言歡，揮墨題跋與擱筆太息，竟把自己來重慶的職責和任務忘得一干二淨。在李莊的傅斯年得知此情，大為光火，在給中央研究院總幹事葉企孫的信中，滿含怨氣地說道：“彥堂此行，旨在可謂場鬧之至。弟初以藥未至，遂言不去，繼得藥至，頗有去意。如去，則印刷等事必得辦妥當。旋思彥堂好朋友，而重慶未去過，故請他去，實在是有望助成其意之意。但絕未想到，彼到後只是演說，訪友、尋友（例如郭沫若處，彼能去三次），而公事置之不問也。彼之行也，弟叮囑周至，謂開會是具文，我們遇事不爭，此行第一事是出版，其次為合作社物。彼來兩次信，已謂行期在十五矣，而無一語提及出版之接洽……竟然將第一事忘了。17日始見到，在彼到渝將20日矣。大可不成話。”又說：“大約彥堂平日在所，辦事用心，而一經見實，心中飄飄然，其辦事乃不可恃矣。弟本為省事，請他去，反而多事。……煩極煩極！”
這是傅斯年對董作賓不滿的牢騷話，而沉浸在言歡暈眩中的董作賓尚未意識到，幾年之後，他將被郭沫若這位“神交十年”的朋友斥指為“跑到台灣去準備殉葬”的“妄人”一個。儘管中國有文人相輕的傳統，但郭、董的交惡，並不是一個“相輕”就可解釋的。此為後話。