事實上，在陳垣跳出來向胡適打響第一槍之前，“倒胡”運動已經開始，只是在聲勢上沒有陳氏這一槍直接和響亮，因而少為大眾所知。
吳晗等人以軍管會的名義接收北大、清華、師大後，即按照中共高層的旨意開始組織人員討論胡適與“胡適思想問題”。馮友蘭、俞平伯、朱光潛、沈尹默等眾多學者出於各種原因，皆不同程度地在會議上向昔日的朋友、今日的仇寇胡適發難，並信誓旦旦地向中共派到學校的軍代表承諾，一定要拋棄胡適四處販賣的自由主義歪理邪說，膺服偉大的、在中國革命航程中具有燈塔地位和重大意義的馬列主義光輝理論云雲。稍後，以中共軍代表身份進入清華園，實際主持校務的吳晗，在把馮友蘭頭頂的清華校務委員會委員、文學院院長兩頂帽子整肅掉之後，繼續對這位在西南聯大時代差點成為國民黨中央委員的哲學家實施排擠打壓。無端丟掉官帽又遭擠壓的馮友蘭“心不自安”，開始琢磨在這改朝換代的大動盪、大混亂中如何見風使舵，東山再起。經過一段時間的冥思苦想，終於想出了一個奇招，但因事關重大，加之機會尚未成熟，這個奇招遲遲未能出台亮相。
苦苦等待的機會還是到來了，1949年10月5日，即新中國成立後的第五天，馮友蘭風聞清華大學有許多教授開始向毛澤東寫信表忠心，遂決定加以仿效，並要有所超越。在一番冥思苦想後，強按內心急促的跳動，潑墨揮毫寫就一封效忠信，密封後託人送給已“縛住蒼龍”的毛澤東主席。信中，馮沉痛地斥罵自己過去兩次加入國民黨，且差點當上了中央委員，謂自己在校內校外散佈封建哲學，幫了國民黨的忙，成了革命的反面典型與活教材。今後一定要痛改前非，改造思想，認真學習馬列毛澤東思想，重新做人，爭取用五年時間重新寫出一部馬列主義史觀的哲學史，在學術上立功贖罪云云。
毛澤東接信，於10月13日寫了回信，由一名解放軍下級軍官騎摩托車送至清華園馮友蘭家中。信曰：
友蘭先生：
十月五日來函已悉。我們是歡迎人們進步的。像你這樣的人，過去犯過錯誤，現在準備改正錯誤，如果能實踐，那是好的。也不必急於求效，可以慢慢地改，總以採取老實態度為宜。此復，敬頌教祺！
毛澤東十月十三日馮友蘭於1918年夏天北大畢業之際，正是毛澤東從湖南進京並在北大圖書館當一名助理之時，僅是一個暑假前後的交錯，使馮友蘭失去了見到毛澤東的機會。倏忽間31年過去，已是江河改色，天翻地覆，馮氏望著天安門城樓上那個高大的身影和展開的巨手，知道自己今生今世無法與之抗衡了，遂以識時務者為俊傑的中國古訓，以“自罵”和“獻忠”的雙重招數，表明自己心理上的臣服和行動上的自覺，同時勾起毛對北大往事的回憶，以便開恩眷顧，來個鼓勵獎掖。想不到毛澤東並不買這位原北大學生的陳年老賬，反而板起面孔，公事公辦式地劈頭蓋臉給了一頓教訓。馮“頗有意外之感”，垂頭喪氣，一時竟不知如何是好。對這次獻媚表忠的失敗，許多年後，馮在自述中說：“信中最重要的一句話：'總要採取老實態度為宜'，我不懂。而且心中有一點反感，我當時想，什麼是老實態度，我有什麼不老實。經過了三十年的鍛煉，我現在才開始懂得這句話了。”馮認為自己當初決心在五年之內重寫一部中國哲學史，實在是“膚淺之至，幼稚之極”。理由是掌握馬克思主義的立場、觀點，談何容易，至於要應用到哲學史的研究工作中去，那就更困難了，“豈是三年五載的時間所能完成的”？因而，“明眼人一看就知道是大話、空話、假話。誇誇其談，沒有實際的內容，這就不是老實態度”。
馮友蘭總算明白了其中的一點奧秘，為此很有些懊悔地說：“如果我從解放以來，能夠一貫採取老實態度……就可能不會犯在批林批孔時期所犯的那種錯誤。”只可惜馮氏在這方面確實醒悟得太晚，後來發生的對江青“讒媚逢迎”，或許就是他所說的自己醒悟得太晚的悲劇吧。就在馮友蘭接到毛澤東書信五天之後的1949年10月19日，新成立的中央人民政府正式決定在原國民黨政府“中央研究院”和北平研究院基礎上成立中國科學院，任命郭沫若為院長，陳伯達、李四光、陶孟和、竺可楨等四人為副院長。中科院下設考古研究所、近代史研究所等人文科學和自然科學十多個研究所。其中在原北平研究院史學研究所和原中央研究院史語所部分人員基礎上成立的考古研究所，由文物局局長鄭振鐸兼任所長，梁思永、夏鼐為副所長。 1950年9月，中央博物院籌備處正式改名為國立南京博物院，隸屬於中央文化部文物局領導，任命南京市軍管會文教處處長徐平羽為院長，曾昭燏為副院長。與此同時，中共在全國教育科學界進行了一次規模龐大的整編與人事調整，如上海的同濟大學原教務長、測繪學家夏堅白出任該校校長，原在昆明西南聯大學潮中出力甚多的華崗出任山東大學校長兼黨委書記等，一個全新的格局在教育、文化、科學界業已形成。
與馮友蘭的糊塗相比，毛澤東一直是醒著的，他在指揮數百萬槍桿子以武力推翻蔣家王朝奪得萬里江山的同時，十分明晰地認識到，僅僅把原有的文化、教育、學術界各機構來個關停並轉，選出幾個新骨幹予以領導是靠不住的。剛剛從國統區“轉新”的一大批知識分子，儘管沒有跟著老蔣跑到台灣或逃亡海外，但對共產黨懷有觀望心理。這些知識分子與即將在全國展開的施政方針格格不入。如此一個急轉直下的劇變，在馮友蘭等一般書生們看來是極其艱難的，但在身經百戰的毛澤東看來卻“如烹小鮮”般容易，因為前有蘇聯老大哥整肅知識分子的成功先例，後有強大的無產階級專政工具，二者結合，自是攻無不克，戰無不勝。毛澤東在權衡之後，按“擒賊先擒王”的中國古代兵法要領，首先對自由主義思想體系中最具影響和號召力的“反動頭目”開火，這個“反動頭目”顯然不是急於獻媚表忠心的馮友蘭輩，而是馮友蘭的老師、號稱“五四精神”的楷模，具有自由主義風骨，一貫攻擊中共理論與做法的學界“大鱷”胡適之。
儘管此時的胡適像中的猢猻悟空一樣，早已借混亂之機一個跟頭跳出瞭如來佛的手掌心，蹦到了美利堅的國土上，但“人還在，心不死”，陰魂不散，精神的幽靈仍在中國大陸花果山水簾洞中徘徊，並在一幫徒子徒孫心目中發揮著別人無法替代的巨大感召力。只有先把胡適這個學術界的精神“教主”撂倒在地，壓於五指山下，使其永世不得翻身，才能對滿腦子自由主義的知識分子產生殺一儆百的震懾效果，也才能在新的天地裡樹立革命的、共產黨的、毛澤東的絕對權威。 ——正是出於這樣一種深謀遠慮，繼陳垣打出第一槍之後，批胡運動的號角在九州大地開始吹響。
1950年9月22日，香港《大公報》發表了胡思杜《對我父親——胡適的批判》一文，文章是胡思杜在華北人民革命大學政治研究學院畢業時“思想總結”的第二部分。未久，此文又在《人民日報》與《中國青年》等報刊轉載——這是胡適離開大陸後，繼老友陳垣首次向他射擊之後打出的又一發子彈。極富歷史況味的是，這顆子彈竟出自他的親生兒子之手。胡適一生情人多多，戀情不斷，風流韻事遍及中外，且還造成一個表妹曹誠英因愛生怨直至出家為尼的悲愴結局，但算在他名下的只有江冬秀一個夫人。江冬秀生有三個孩子，其中一女早夭，長大成人者為長子胡祖望（思祖），得名於胡適的母親馮順弟，有光宗耀祖之意。次子胡思杜，由胡適親賜，寓意“思念杜威”，既表達了胡適對這位美國洋老師的敬重情，更深含他一生對自由主義的堅定信仰。當胡適最後一次由大陸赴美時，他的大兒子胡祖望已在美國工作、生活。而在北平圖書館工作的胡思杜卻鬼使神差地拒絕隨父母南飛留在了北平，不久即被新生的中共政權從圖書館弄出來，送入華北人民革命大學學習改造。
關於胡適一生教育老婆與栽培兒子的故事多多，可惜並不太成功，夫人江冬秀除了在麻將桌上廣顯神通，成為大牌的“麻將名星”，連寫一封家信的能力都不具備，如此思想才能要為兒子樹立榜樣，如同天方夜譚。早年的胡適曾說“不要兒子，兒子自己來了”，又說“思杜是我創造的”，意思是說中國應該選擇杜威的哲學理論指導實踐，並要一代代“思杜”下去。胡適對兒子如此命名，既是思念杜威老人，更是內心深處接納自由主義思想的期望。但他沒有想到，這個兒子竟在大地陸沉、自己流亡的艱難處境中，從背後給他射來一槍，稱他是“反動政權的忠實走狗”。
胡思杜在《對我父親——胡適的批判》一文中宣稱：自己剛被送入華北革命大學時，仍認為父親“作惡無多”。但經過“學代選舉前兩次檢討會，使我了解在這個問題上自己仍是站在反動的臭蟲立場。結合《社會發展史》、《國家與革命》、《中國革命簡史》的學習”，使自己翻然猛醒，自己的父親原來是“反動階級的忠臣，人民的敵人”。而這個敵人“始終在蒙蔽人民，使人民不能早日認識蔣匪幫黑幕，不能早日發現美帝狠毒的真相；並替蔣匪幫在美國籌計借款，出賣人民利益，助肥四大家族，鞏固蔣匪政府。這次出走，並在美國進行第三黨活動，替美國國務院掌管維持中國留學生的巨款（四百萬美元，收受這筆款的人大都是反動分子，民主個人主義者的資助和養成費），甘心為美國服務”。又說：“在他沒有回到人民的懷抱以前，他總是人民的敵人，也是我自己的敵人，在決心背叛自己階級的今日，我感受了在父親問題上有劃分敵我的必要。”對此，胡思杜表示，除了在思想上劃分敵我，還要在個人感情上劃分敵我，即與胡適脫離骨血相連的父子關係。
胡思杜文章在香港發表後，電訊於第二天便傳遍美國並在各大報如《紐約時報》等顯要位置登出，稍遲又出現在眾多的暢銷雜誌如《時代周刊》等刊物上，一時輿論沸騰，眾人側目。
就在胡思杜文章發表的三天之前，即9月19日，美國出版的Foreign Affairs（《外交事務》），發表了胡適花費四十天工夫寫就的《斯大林征服世界戰略下的中國》一文。文章主要論述決定中國和亞洲命運的是兩個歷史事件，即張賊學良弄出的那個西安事變和美英蘇三個邪惡軸心搞出的臭名昭著的雅爾塔密約，而這兩件大事使共產黨得到喘息並從中漁利，最終導致了國民黨丟失了大陸江山。胡適在文中不乏替國民黨台灣當局“說話”與開脫之意，真正動機如他給傅斯年信中所說：“夏間發憤寫了一篇長文給Foreign Affairs，十月號發表，題為China in Stalin's Grand Strategy。主旨是要人知道中國的崩潰不是像Acheson等人說的毛澤東從山洞裡出來，蔣介石的軍隊就不戰而潰了，我要人知道這是經過二十五年苦鬥以後的失敗。這段二十五年的故事是值得提綱挈領說一次的……”
因了胡思杜的戰鬥檄文以及表示脫離父子關係的聲明，胡適的《斯大林征服世界戰略下的中國》一文也受到廣泛關注，許多報刊把二者聯繫起來加以評頭論足。胡適面對兒子措辭激烈的言辭，不相信自己親手撫養長大的“小三”會作如此說。同前些時候他不相信老友陳垣會對自己射來鋒矢一樣，他認為此舉仍是共產黨耍的布袋戲，故意蒙蔽大眾和對胡適本人施行刺激，以達到不可告人的政治目的。對此，胡適在24日日記一條剪報旁加瞭如下兩句話：
小兒此文是奉命發表的。兒子思杜留在北平，昨天忽然變成了新聞人物！此當是共產黨得我發表長文的消息之後的反攻。
不管如何猜測，這個被胡氏夫婦稱為“小三”的兒子確實成了新聞人物，當胡思杜與老胡適決裂的電訊傳遍美國的同時，自然地傳遍台灣。 1950年9月23日，台灣《中央日報》第二版刊登了9月22日路透社香港電：
胡適的兒子胡思杜今日在左翼的《大公報》發表一文，斥其父為“反動分子，其罪行早和美帝有關”。胡思杜刻在北平，他聲言和他父親脫離關係，因為胡適是“人民的敵人”。
消息刊出，立即在台島引起轟動，胡適在台的一些朋友聞訊大為惶恐，生怕胡適受到國民黨密布海外勢力的打擊或暗算。在台灣大學校長任上的傅斯年迅速作出反應，與胡適一樣認為胡思杜的言論不是出於本心，乃是共產黨脅迫或蒙蔽的結果。為維護胡適父子的聲譽並顧及胡適本人的政治處境，傅以胡適手下“鬥士”姿態，於9月29日在《中央日報》發表聲明，就他所知胡思杜的情況及中共的方針政策為胡思杜解脫，謂胡思杜少年多病，學業不成，尚屬天性淳厚之人。 1948年夏由在美朋友送其回國。最後，傅斯年說：“共產黨對於不作他們工具乃至於反對他們的教育界中人，必盡其誣衊之能事。《大公報》上這一文，也不過一例罷了。陳垣、胡思杜等都是在極其悲慘的命運中。因為不能出來，別人代他寫文，我們也不必責備他了！”
胡思杜的檄文是否出自他自己的意願和本人之手，或是他人強迫、代筆與修改，已無從查考。可考的是，此文經新中國成立後團中央主辦的《中國青年》等一流刊物轉載後，迅速在大陸教育文化界產生強烈反響。 ——這是一個山雨欲來，海嘯突至的信號。隨後，相關機構發動北大文法兩學院討論“胡適思想問題”，並主使中文、哲學、史學、圖書館四個系科聯合舉行“控拆會”，由俞平伯、楊振聲、顧頡剛，以及自稱與胡適有過七年以上交情的湯用彤、朱光潛等人“帶頭控訴”。隨著倒胡、罵胡的巨浪翻轉升騰，胡適過去的同事、朋友、學生等大小知識分子在驚悚之餘，見風使舵，紛紛跳將出來揭發批判胡適的“反動罪行”，表示與這條“喪家的，美帝國主義走狗”徹底決裂。未久，中共高層又弄出了一個知識分子思想改造運動，全國高校與科研機構在集中力量對老少知識分子精神“洗澡”的同時，也把胡適、張伯苓、梅貽琦等人拉進來一併洗涮一番。據1951年11月30日香港《大公報》北京通訊發布的消息說，京津高等學校教師學習委員會，於11月16日召開第二次委員會議。參加學習的單位，由原定20個院校增至24個院校。另有研究機關如中國科學院、農業科學研究所、衛生部和鐵道部的研究所研究人員參加，人數已由3000餘人增至6523人。在討論會上，北京大學湯用彤副校長說“北大最近討論胡適的問題，比較深入。”南開大學校務委員會楊石先主任委員說：“我們已進行討論張伯苓的問題。由於張伯苓先生有很長一段時間離開學校，一般教師對他不了解，我們找了幾位對張了解的人討論。”又訊：“十一月十四日晚，北京大學湯副校長召集了十三位老教授，座談北大一貫的主導思想問題。通過老教授們的親身體驗，並著重從歷來的代表人物來進行分析的結果，公認胡適是一個具有代表性的，在舊學術界集反動之大成的人物。會上發言熱烈，羅常培先生並聯繫自己的思想進行批判；特別是向達先生，反映歷史系小組討論時的情況，他們對胡適的學閥作風和反動行為舉出許多生動的實例，作了感人的控訴，表現了極大的憤慨。”（南按：時湯用彤已改任副校長，馬寅初任校長）同年12月，《新觀察》刊發了記者肖離、王真的長篇報導，報導了京津高校6000多名教師參加運動的盛況，其中小標題有“批判胡適、梅貽琦”之語。這篇報導通過媒體的轉載傳到胡適手中後，胡對此極為重視，在附於日記的同時，又於文中多處加著重號，表示他內心的不服氣與無可奈何之情。
只是，此時的中共高層對胡適還存在返回大陸的幻想，於呼呼作響的彈頭射出之際，仍暗中派週鯁生、江澤涵等胡適的親友，從不同渠道勸其返回北京“棄暗投明”。因了這一不為外界所知的緣由，批胡運動在掀了幾個波浪之後，於1952年逐漸式微。中共高層在等待胡適回心轉意，反水倒戈，但胡適對大陸或明或暗投過去的信息不理不睬，且隨著朝鮮戰爭爆發、美國總統杜魯門下令第七艦隊駛入台灣海峽協防颱灣，蔣介石集團得以保全，在美隱居的胡適心氣也提高了不少，越來越堅定地支持台灣蔣介石政權。這一不識抬舉的做法，為中共下一輪更加猛烈的批胡運動埋下了伏筆。