坐上台大校長交椅的傅斯年，再度“聊發少年狂”，施展出當年敢打硬衝，“凡事先騎上虎背”的本領，對台大積習實實在在地來了一番大刀闊斧的改造，不論是通過誰的條子和門路，後台有多硬，凡不合學術水準，濫竽充數的教授，全部驅逐出校門。校內職員，特別是原“帝大”時遺留的醫務人員，凡無醫療常識，不知救死扶傷為何事，只想自己的薪水待遇者，一律解聘。未出幾個月，傅斯年掄圓了手中的權力之刀，如同切西瓜一樣“稀里咔嚓”，將七十餘名不合格教授與職工切掉，趕出校園。自此，台大面貌為之一新，形成了一個蓬勃向上的局面。許多年後，無論是傅的追捧者還是被趕走的對立面，在回憶這段往事之際，都不得不承認，假如沒有傅斯年，台灣大學在那樣動蕩的時局中，想要在短時間中迅速崛起，奠定一個現代大學的基礎，確是難以想像和不可能的。據陳雪屏回憶，傅赴台時健康情形已很是令人擔憂，“但他一方面心憂大局，同時銳志要把台大建設成一個夠世界水準的學府，殫精竭慮，竟無一刻的輕鬆”。也正由於世事紛亂與勞累過度，導致傅斯年英年早逝。
傅在台大的改革使一部分人為之叫好歡呼的同時，自然觸及了許多權貴者的利益，令對方極為不快和惱怒。當時台大師生反對國民黨腐敗無能，以權謀私等令人激憤的醜行，學潮一浪高過一浪，而傅的對立面借學潮運動趁機發難。有國民黨政客在報紙上發表致傅斯年的公開信，指責台灣大學優容共產黨，並指名道姓地說法學院院長薩孟武“參共親共”，某某院長、系主任是“共產黨分子或參共分子，他們把持院系，排除異己”，把各院系變成培植親共勢力的溫床等，企圖置傅氏於不忠、不孝、不仁、不義的絕地。
傅斯年對台大師生特別是台灣一幫鬧獨立的土著反蔣倒蔣活動一直深惡痛絕，對學生中有真憑實據的共產黨員亦不寬容，每有發現均嚴懲不貸，其態度與他處理西南聯大學潮時並無二致，曾不止一次地喊出了“讓布爾什維克滾出台大！”的響亮口號。但他同時認為，如沒有真憑實據，當局不能肆意進入校園在師生中搜查，更堅決反對隨意指責他人為共產黨。當年西南聯大爆發學潮，並鬧出了人命，他在致俞大綵的信中謂西南聯大學潮“地方當局荒謬絕倫，李宗黃該殺，邱清泉該殺”等便是他做人處世的主張與原則。
正是緣於這一指導思想，傅斯年讀了報上對台灣大學師生的指責後，既惱又怒，毫不顧及地以“他媽的！”開罵起來，而後採取以牙還牙的戰略進攻態勢，在報上兩次發表措辭強硬的檄文予以反擊：“學校不兼警察任務”，“我不是警察，也不兼辦特工”，“若當局有真憑實據說某人是共產黨，我將依法查辦，但是我辦理這種事，決不能含糊其辭，血口噴人”。最後聲明：“反共須有反共的立場，貪官污吏及其他既得利益階級而把事情辦壞了的，我不能引以為同志。”傅氏聲色俱厲與咄咄逼人的態勢，令對方不得不暫時退卻，伺機而動。
機會很快到來，1949年3月底，台灣省立師範大學與“國立台灣大學”學生聯合鬧將起來，並且高呼中國大陸的學運口號：“反內戰、反飢餓、反迫害”等，引發當局的嚴重關切，認為台灣校園確實受到共產黨的統戰與滲透，必須捉拿主謀分子，給予嚴厲懲治。台灣省主席兼警備總司令陳誠，命令警備副總司令彭孟緝率部緝拿。 4月6日，台北大批軍警按預定計劃闖入校園欲開殺戒，傅斯年對當局不經法律程序的進入台大校園內逮捕師生表示不滿，親自找國民黨最高當局交涉，要求逮捕台大師生必須經過校長批准。傅對前往執行任務的彭孟緝道：“我有一個請求，你今天晚上驅離學生時，不能流血，若有學生流血，我要跟你拼命！”彭孟緝禁於傅的氣勢，不敢造次，遂當場保證：“若有人流血，我便自殺。”未久，台大被捕的學生多數放回，而師範學校不但近百名學生被送進監獄，還有7名學生以反革命罪名被槍殺。事件過後，省立台灣師大受到了停課整頓，師生重新登記並接受軍訓、校園戒嚴等懲處。而國立台灣大學雖受波及，但比之師大要好得多，此皆得益於傅斯年竭力庇護、斡旋之功。許多年後，台灣師大師生還就這次事件與台大相比，並大罵當年的學校領導者軟弱無能，幾乎就是一文不值的臭狗屎一堆，而對傅斯年誇讚不絕。
1950年新生入學考試，國文卷由傅斯年親自命題，其最重要的一題摘自《孟子·滕文公下》中一段：
居天下之廣居，立天下之正位，行天下之大道。得志，與民由之；不得志，獨行其道。富貴不能淫，貧賤不能移，威武不能屈，此之謂大丈夫。
此題可視作傅斯年赴台後“雖千萬人吾往矣”的心志獨白，也是對台大學生精神層面上的心靈寄託。
這年1月，風浪再起，校外校內傳言傅斯年“將去國，將辭職”。針對傳言，傅氏在23日的校刊上發表了《致台大同事同學》公開信，信中說：“半年多來，校外攻擊斯年者，實不無人，彼等深以不能以台大為殖民地為憾。然彼等原不知大學為何物，故如遂其志，實陷本校於崩潰。鑑於一年來同事同學對斯年之好意，值此困難之時，決不辭職，決不遷就，決倍加努力，為學校之進步而奮鬥！”
正是這種內外交困局面與本人剛烈不屈的性格，導致傅斯年血壓驟然增高，身體很快垮了下來。 1950年夏天，傅身患膽結石，不得不到醫院做手術。出院時醫生勸他至少要在家中休養一周，但台大的事務紛亂如麻，根本無法辦到。對此，隨國民黨赴台的朱家驊曾以十分傷感的心情回憶道：“在他（傅斯年）去世的前幾天，閒談之中，他忽然對我說：'你把我害苦了，台大的事真是多，我吃不消，恐怕我的命欲斷送在台大了。'當時我只以為他因感覺辦事的辛苦，而出此苦語。不意數日之後，便成讖言。”
像冥冥中有一種淵藪，傅斯年於心力交瘁中，生命的步伐戛然而止，一頭扎進了煙雨迷濛的黃泉古道。其情其景，俞大綵有一段深情的回憶：“三十九年十二月十九日，他去世的前夕，是一個寒冷的冬夜，我為他在小書室中升炭盆取暖。他穿著一件厚棉袍伏案寫作。我坐在對面，縫補他的衣襪。因為他次日要參加兩個會議，我催他早些休息，他擱下筆抬頭對我說，他正在為董作賓先生刊行的《大陸雜誌》趕寫文章，想急於拿到稿費，做一條棉褲。他又說，你不對我哭窮，我也深知你的困苦，稿費到手後，你快去買幾尺粗布，一捆棉花，為我縫一條棉褲，我的腿怕冷，西裝褲太薄，不足以御寒。”
傅氏說到這裡，俞大綵一陣心碎，欲哭無淚。儘管當時台灣的經濟狀況極度混亂糟糕，但比抗戰時期在昆明和李莊總要好一些，傅斯年作為當時台灣島內唯一一所大學校長兼“中央研究院”史語所所長，一般人也許覺得他不該再像李莊時代那樣鬧窮了，殊不知當時傅領的只是台大的一份薪水，時兒子傅仁軌仍在美國讀書，他和時任台大英語系副教授的夫人俞大綵兩個人的收入，僅能維持最低限度的生活。此前傅斯年拿到一筆報刊文章的稿費，想托衛生署的官員劉瑞恆出差到香港時買一套現成的西服，但把稿費和家裡的存款加起來一算，只能買一件上衣。傅斯年只好說：“幸虧我還有沒破的褲子，那就只買件上衣吧。”
在這個暗伏不祥之兆的冬夜，正當俞大綵為家中的窮苦生活黯然神傷時，傅斯年起身滿臉疲倦地打了個哈欠，突然指著壁上的書架說：“這些書，還有存於史語所一房間的書，我死後留給兒子。我要請董作賓先生製一顆圖章，上刻孟真遺子之書幾個字。”言畢，長嘆一聲，一反常態地對俞大綵說道：“你嫁給我這個窮書生，十餘年來，沒有過幾天舒服的日子，而我死後，竟無半文錢留給你們母子，我對不起你們。”俞大綵聽到這裡，大為驚駭，急忙起身摀住了傅期年的嘴巴，沒讓他繼續說下去。
後來俞大綵回憶這個夜晚的凶兆時說：“我一向不迷信，難道這幾句話就是他的遺言？夜深了，窗外吹起一陣寒風，室內盆中的炭已化成灰，我猛然感到一陣透骨的寒冷。”
不數日，當董作賓含淚把稿費送到傅家時，俞大綵雙手捧著裝錢的信封，悲慟欲絕，泣不成聲。用心血換取的稿費到來了，但此時的傅斯年已命歸黃泉，不再需要為自己的雙腿做禦寒的棉褲了。
1950年12月20日上午，傅斯年出席由蔣夢麟召集的農復會的一次會議，討論農業教育改進和保送台大學生出國深造問題。會上，傅提了不少意見，據現場的人回憶說，他一會兒用漢語講話，一會兒用英語和美國人交談，一會兒漢英交雜，滔滔不絕地大發宏論。兩個多小時的會議，他講的話比任何人都多。午飯後稍事休息，傅又於下午2時許趕往省議會廳，列席台灣省參議會第五次會議。這一天，參議會所質詢的問題全是有關教育行政方面的事務。會議開始後，傅斯年登台講話，但主要由時任台灣省教育廳廳長陳雪屏作答。大約到了5點40分，參議員郭國基突然站出來質詢有關台大的問題。這郭國基乃台灣省屏東人，生於1900年，曾留學日本。此人好勇鬥狠，在日本留學時，他就開始率領一些志同道合者，打起“蒼天已死，國基當立”的大旗或明或暗地搞運動。抗戰勝利後，他對國民政府派員接收台灣極不甘心，開始糾集蔣渭川、王添燈等一批人，與以國民政府接收大員陳儀為代表的台灣省行政公署官員公開叫起板兒來，對大陸赴台軍政官員極盡醜化、污衊之能事。尚以鐵腕著稱的陳儀對台灣人在日治時期的遭遇、命運深表同情，因而保持了克制，遲遲不忍動武，並有些浪漫地一直認為自己的善意總有一天會得到同樣的回應。但不久之後情況急速惡化，終於在1947年2月28日因當局取締私煙的事件，引爆了一場社會暴亂。以台灣土著郭國基、蔣渭川、王添燈等為首的人，召集本島內部與海南島等地歸台的群眾，成立了“台灣省自治青年同盟”、“大同青年同盟會”（服役日軍陸軍者）、“海南島歸台者同盟”（海南島歸台者）、“若櫻敢死隊”（服役日本海軍自殺艇隊員）等組織。而王添燈擬組織台灣省臨時民主自治政府，自任主席。各種運動組織一時聚集了十餘萬眾（一說共14萬人），聯合一處，兵歸一家，成立聯軍，身穿日本浪人服裝，其編制一如日本軍隊，帶隊者自封隊長，肩扛長槍，揮舞東洋刀，高唱日本國歌，甚至叫喊“皇軍馬上就要回來了”等口號，開始瘋狂地攻擊、佔領台灣長官公署與台灣廣播電台，企圖通過廣播號召全台人民加入運動隊伍。同時四處搶奪各地倉庫之械彈、以大規模武裝力量攻占軍事要地，整個台島浸染在一片暴亂槍聲與血污之中。當時國民黨駐台北軍隊不足千人，台當局陳儀等人採取保持克制的策略，未克彈壓。但近2萬大陸赴台軍公教人員，如墜淵坑，面臨著生命危險。短短幾日，就被打死槍殺約200人，傷約800眾。守台的國民黨軍隊遭到攻擊，開始反擊。
事發當日，陳儀曾致電蔣介石：“姦匪勾結流氓，乘專賣局查禁私煙機會，聚眾暴動，傷害外省籍人員。”但陳氏仍糊塗地認為事態不大，僅要求將21師部分兵力調返台灣即可（該師曾赴台接受日軍投降，後大部撤回大陸）。陳儀的善意與克制，被郭國基、蔣渭川等人曲解成懦弱無能；陳氏的讓步令對手以勝利者的姿態，步步進逼。在政府公署官員們被協迫與運動頭目的談話會上，高雄要塞司令彭孟緝應邀出席。郭國基狂妄至極，竟跳到桌子上指天戳地大肆叫罵，譏諷國民黨軍乃一群不堪一擊的烏合之眾，並指著彭孟緝的鼻子高聲說道：“我懷疑你們沒有什麼戰鬥力。”彭孟緝意識到對方可能要攻擊台島要塞軍事要地，遂乘間隙悄悄離開會場潛回要塞應付緊急事變。面對危局，中統局台北站卻極為清醒並富有遠見地密電南京，“今日之問題，已非陳儀能否統治台灣，而為祖國能否保有台灣”。蔣介石一聽這幫人要分裂祖國，那還了得？於是在震怒中高聲罵道：“娘希匹！我看是敬酒不吃吃罰酒，謀反作亂，分裂中國，此乃十惡不赦的逆天之罪，格殺勿論！”立即命令駐防江蘇崑山的21師師長劉雨卿，率一個精銳整編師火速乘船赴台平叛。同時命令海軍司令桂永清調派太康、伏波兩砲艦開赴基隆，歸陳儀指揮，炮轟暴徒陣營；空軍司令周至柔調派飛機抵達台島上空偵察敵情，與陸海軍配合聯絡，並散發傳單，勸台灣民眾“勿受人煽動，勿犧牲自己的生命，作野心家的工具”，等等。
3月9日，2萬國民黨軍精銳在基隆、高雄相繼登陸。在隨後的戰鬥中，郭國基方面除少數人退往中央山脈進行游擊鬥爭外，大隊人馬很快被各個擊破。王添燈等數百人被擊斃，郭國基、蔣渭川等數百人被俘。 ——這就是台灣現代史上著名的“二二八”事件。此事件對台灣的政局產生了深遠的影響，也為後來的動盪局面埋下了伏筆。
隨著國民黨撤往台灣，為安撫當地土著領導人，同時也受當地政客要挾，國民黨高層決定從“二二八”事件中選出幾個著名領導人為省參議員，以達到平衡與和稀泥的效果。如此這般，郭國基被關押了一百二十多天后，隨著國民黨新政策的到來，順利出了監獄。未久，又成為具有正義化身的台灣省參議會的議員和立法委員。坐上政府大員專用木頭皮椅的郭國基，喜歡直抒胸臆地發一些火藥味甚濃的長篇宏論，江湖上人送外號“郭大砲”。
意想不到的是，作為台大校長的傅斯年竟與這樣一個人物在議會大廳遭遇了。
當時的台灣大學屬台灣省政府撥款，具體通過省教育廳長，也就是當年在西南聯大為平息學潮出力甚多，於“搶救學人”中在南京出謀劃策的陳雪屏具體操作。故“郭大砲”便以台灣土著的身份，向“傅大砲”斯年開起火來。據在場者事後透露，郭的發難主要是國民黨教育部從大陸搶運來台並存放於台灣大學的器材如何處理，以及放寬台大招生尺度等問題。此事看起來簡單，但又十分敏感、複雜、棘手。如台大招生，尺度己盡量放寬，招生人數已達最高限度，但各界仍不滿意，特別是郭國基等人認為台大虧待了當地生源，便宜了國民黨官僚的後代，並以各種方式和手段向學校施加壓力，惹得傅氏極其惱火憤怒。今日郭氏質詢，當然需由傅斯年親自答复，於是傅不得不第二次登台講話。在回答完上述兩個問題之後，郭又提出台灣大學用的是台灣人的錢，就應該多聘台籍教授，多取台灣土著學生，否則便是與台籍人民作對等。針對郭的提議，傅斯年予以反擊，在講台上大談其辦學的原則、規矩、計劃與理想，並云台大考試，對台籍學生已盡量照顧，考慮到台籍學生的國語水平較差，光復未久，在錄取時專門規定國文科分數比大陸學生降低10分錄取等。講著講著，傅氏情緒激動起來，說道：“獎學金制度，不應廢止，對於那些資質好、肯用功的學生，僅僅因為沒有錢而不能就學的青年，我是萬分同情的，我不能把他們摒棄於校門之外。”又說：“我們辦學，應該先替學生解決困難，使他們有安定的生活環境，然後再要求他們用心勤學。如果我們不先替他們解決困難，不讓他們有求學的安定環境，而只要求他們用功讀書，那是不近人情的……”言畢，大約是6時10分，傅斯年滿含怨氣地慢步走下講壇。就在即將回歸座位時，突然臉色蒼白，步履踉蹌，坐在台下的陳雪屏見狀，趕緊上前攙扶，傅只說了一句：“不好！”便倒在陳雪屏懷中昏厥過去。較近的議員劉傳來疾步向前，把傅斯年扶到列席人員的坐席上，讓其躺下，順便拿陳雪屏的皮包作了枕頭。從此，傅斯年進入昏迷狀態。
劉傳來本身是台大的醫學教授，經他初步診斷，傅是高血壓病發作，於是一面用冷毛巾貼額，一面打電話通知台大附屬醫院和俞大綵。傅原定當天晚上6點鐘在家中召集有關人員開會，商討台灣省政府和台灣大學合辦“血清疫苗製造所”事宜，下午2點多鐘還打電話給校長室秘書那廉君，讓他把自己親筆擬定的合作辦法準時送到家中，以便開會時用。 5點多鐘，那廉君來到傅家，俞大綵以為眾人在家裡開會，自己不便打攪，準備外出去吃飯。不一會兒，傅的司機老楊氣喘吁籲地跑進來呼喊：“校長不行了，校長暈倒了！”俞大綵、那廉君等急忙驅車趕到省議會廳。
大約6時30分，台大附屬醫院院長魏火曜、台大醫學院代院長葉曙、副教授王大傑亦趕到會場。經王大傑診斷，傅斯年得了腦溢血，當即採取急救措施。此時，台灣的陳誠、何應欽、王世傑、程天放、羅家倫、朱家驊等政界要人，以及學術界人士李濟、董作賓、毛子水、薩孟武、英千里、勞榦等紛紛趕來探視病情。蔣介石聞訊，立即指令陳誠動員台灣所有名醫，不惜任何代價搶救傅斯年的生命，並要陳誠每過半小時打一次電話報告傅斯年的病情。陳誠得令，竭盡全力組織台灣一流醫務人員進行搶救。病床上的傅斯年仍處於昏迷中，西裝已被剪開，頭部堆滿了冰塊，醫生、護士跑前跑後地緊張忙碌。滿臉焦慮之色的陳誠在會議室來回踱步，周圍站立的一圈黨政要人均不敢坐下，神態凝重地觀望著來自病室的風吹草動。
9時30分左右，傅斯年的血壓漸降至180左右，體溫亦降至38℃，情況稍有好轉。至11時23分，仰躺著的傅斯年突然睜開了眼睛，床前的醫護人員驚喜交加，以為傅氏終於醒了過來。醫師急忙走過來按了按脈，抬手合上了眼皮，一聲不吭地退後低下了頭。這時眾人才頓悟——傅斯年走了。門外的俞大綵會意，疾步進來抱著傅斯年號啕大哭：“孟真呵，孟真……”陳誠等人聞訊，衝出會議室呼呼隆隆地向病房奔來。 ——傅斯年就此與大家永別了。
第二天，台灣省議會副議長李萬居召開新聞記者招待會，宣布台大傅斯年校長於20日夜“棄世”。李萬居乃台灣土著，國語水平極差，有大陸籍記者誤把“棄世”聽成“氣死”。於是馬上傳出消息，說傅斯年參加省議會，被參議員郭國基活活氣死。當天台灣報界刊發消息，稱“郭大砲”與“傅大砲”兩門大砲不幸交火，“大砲議員郭國基罵倒傅斯年，傅氏絕命身亡”云云。
12月21日，台灣大學宣布停課一天，悼念校長並下半旗誌哀，由各院系學生代表聯合會組織學生排隊前往極樂殯儀館致唁。當學生們聽說傅斯年是被郭國基活活氣死的消息後，心中的悲痛立即轉為憤怒，紛紛衝出靈堂，打著“失我良師”的白色橫幅，向省議會廳擁去。學生們聚集在省議會廳門口，強烈要求氣死傅斯年的郭國基出來述說昨日會場中質詢經過。郭國基隔著門縫一看，學生們包圍了參議會，並高聲怒吼：“郭國基有種你出來，你出來……”沖在前方的學生喊叫著與阻攔的議會人員扭打在一起。躲在門後的郭國基見狀，立即意識到事情嚴重，怕遭到對方的群毆，張狂之氣頓消，乃悄悄溜出後門，老鼠一樣逃竄了。副議長李萬居一看郭氏溜之乎也，萬般無奈中，只得硬著頭皮出面向學生解釋，說郭國基昨天提出的質詢沒有傷害傅校長處，言辭也不過分，等等，學生們置之不理。陳雪屏又出面加以解釋說：“昨天的質詢，總共有六項，我本人回答了四項，傅校長回答了兩項，那些問題都不是什麼難題……”但學生堅持要郭國基出來答話。人越聚越多，有人喊出了“殺郭國基為傅校長報仇雪恨”等口號，並開始衝撞議會大廳，局面異常緊張，台北市警察局長親臨現場指揮大批警察維持秩序。此時陰風頓起，大雨驟降，風雨交織中現場更加混亂。憤怒的學生終不肯離去，繼續衝擊議會大廳，並與警察發生肢體衝突。直至下午1時20分，台灣大學訓導長傅啟學冒雨趕來，向群情激憤的學生高聲喊話：“我跟傅校長一塊在北大時，即是好朋友，我到台大也是由於傅校長讓我來的，這次出事我十分憤慨。不過現在大家只有百多人，我們回去聚集全校師生開會討伐他。而且現在是戒嚴時期。”傅氏轉頭看了一下全副武裝的憲警，又說，“郭國基在議會裡講話，可以不負責任，他所問的問題，都是些沒有常識的問題。傅校長是學術界第一流的人物，拿他和一個毫無常識的參議員是不能相比的。今天大家到這裡來，是出於對傅校長的敬愛，假如他在世的話，一定不願大家這樣做。如果今天同學出了事，叫我如何對得起地下的傅校長。”言畢，傅啟學已是淚流滿面。學生們見狀，悲從中來，同聲哭泣，淚水和著雨水在整個議會大廈前瀰漫流淌。眼看已是黃昏時分，傅啟學含淚表示將同學們提出的問題交省參議會，由參議員作書面答复，尚未吃中午飯的學生已是飢腸轆轆，聽說郭國基已從後門逃跑，一時難以抓住，只好拉隊返校。
12月22日，傅斯年遺體大殮，自早晨7時起，前來弔唁者越來越多，殯儀館的屋子和院子幾無立足之地。在上千弔唁者中，有台灣學者、名流、國民黨軍政大員、傅斯年的親友、同事和台灣大學的學生。國民黨元老於右任扶杖前來，陳誠哭得兩眼紅腫，王寵惠、蔣夢麟、羅家倫、王世傑、朱家驊、李濟、董作賓、毛子水等人，另外加上一個剛從香港赴台，與傅斯年生前關係並不融洽的錢穆，都站立在人群中默然相送。 10時30分，傅斯年的遺體送往火葬場，上千人冒著大雨，踏著泥濘的道路，慢慢行走。熱淚橫流的學生們手執小旗，上面寫著：“校長，回頭來瞧瞧我們！”望之令人心碎。目睹此場面的台灣記者於衡在後來回憶自己採訪生涯的長文中說：“傅斯年先生逝世，是我採訪二十五年中，所見到的最真誠、最感人的一幕。”
12月31日，亦即1950年的最後一天，治喪委員會在台灣大學法學院禮堂（當時台灣大學本部尚無大禮堂）舉行傅斯年追悼會。禮堂正中，懸掛著蔣介石親筆書寫的“國失師表”挽章，國民黨高級官員、名人學者的挽章、輓聯分掛兩旁。蔣介石親臨致祭，各界要人亦皆前來，竟日致祭者達5000餘人。據統計，當時各界致送輓聯達270余副，挽詩60餘首，挽詞20餘首，祭文6篇，唁電唁函90餘封。各報章、雜誌、專刊登載紀念文章110餘篇。
“中央研究院”歷史語言研究所同仁的輓聯：
廿二載遠矚高瞻，深謀長慮，學術方基，忍看一瞑；五百年名世奇才，閎中肆外，江山如此，痛切招魂。
台灣大學全體師生的輓聯：
早開風氣，是一代宗師，吾道非歟？浮海說三千弟子；忍看銘旌，正滿天雲物，斯人去也，哀鴻況百萬蒼生。
國民黨大佬於右任輓聯：
是子路，是顏回，是天下強者；為自由，為正義，為時代青年。
蔣夢麟輓聯：
學府痛師道，舉國惜天才。
蔣介石於12月22日發唁函致俞大綵夫人。 12月30日又頻布褒獎令。傅氏身後可謂備極哀榮。
台灣大學為紀念傅校長開創台大一代風氣的功績，按照美國維吉尼亞大學為杰弗遜（ThomasJefferson）專門在園內建造陵墓的成例，特在台大實驗植物園內劃出一塊地建造羅馬式紀念亭，亭中砌長方形墓一座，同時按中國傳統，墓前立無字碑一座，設紀念亭，另有噴水池搭配，形成獨特的景觀。 1951年12月20日，傅氏逝世一周年忌辰，舉行安葬儀式。典禮由繼任校長錢思亮主持，俞大綵親手將傅斯年的骨灰安置在大理石墓槨中。現場有二千餘人觀禮，氣氛莊嚴肅穆。自此，此處被稱為“傅園”，墓亭定名“斯年堂”，與周圍景緻渾然一體，蔚為壯觀。兵工署特別捐贈一座紀念鐘，鐘上鑄有傅斯年提出的“敦品勵學，愛國愛人”八字校訓。後來，這座鐘架設在行政大樓前的水池和椰林大道之間，名為“傅鍾”，成為台大精神的象徵。傅斯年溘然長逝，遠在美國的胡適聞訊，立即給俞大綵發來唁電：“孟真的去世使中國失去了一位最有天才的愛國者，我自己則失去了最好的朋友、諍友與保護人……”
隨著媒體報導，在海峽另一邊的學術界人士，也通過不同的渠道陸續得到消息並有不同的反應。已成為中國科學院副院長的竺可楨在日記中寫道：“閱《參考消息》知，傅孟真於星期二下午列席台灣省參議會，報告台大狀況，皆即患腦充血，於晚11點20餘分去世，年55歲。孟真為人專斷，才大而私心太重，解放前將史語所全移台灣，並影響數學所，實研究院之罪人也。”
幾乎與此同時，蟄住嶺南的陳寅恪亦得知傅的死訊，想起與傅的交情，特別是抗戰八年傅氏給予自己的幫助與關懷，悲從中來，賦詩一首為之追念。鑑於當時的天命、人事，以及嚴酷的政治氣氛和壓力，陳氏不能直白地剖露心跡，只能採取歷來知識分子慣用的“曲筆”手法，以《霜紅龕集望海詩云（一燈續日月不寐照煩惱不生不死間如何為懷抱）感題其後》為題而作，以此表達心中的哀悼之情。詩云：
不生不死最堪傷，猶說扶余海外王。
同入興亡煩惱夢，霜紅一枕已滄桑。
此乃仿明末著名學者，明亡後毀家紓難，嫠不恤緯，反清復明失敗而隱居山寺，並號朱衣道人的傅山（青主）之詩而作。傅青主原詩云：
關窗出海雲，布被裹秋皓。
夜半潮聲來，鰲抃鬱州倒。
一燈續日月，不寐照煩惱。
佛事馮血性，望望田橫島。
不生不死間，如何為懷抱。
陳詩通過仿傅青主之意，隱晦地悼念“歸骨於田橫之島”的亡友。 ——這是當時整個中國大陸對傅斯年唯一的一份文字紀念。