有了中基會對服務方向的定調，其附設的“社會調查部”就顯得有些尷尬和多餘，親主其事的陶孟和也越來越感到這樣一個非自然科學研究的機構隸屬於中基會，實乃權宜之計，對於調查研究事業的發展，終非所宜。為此，陶氏在苦惱中覺得這一機構非獨立不能發展，便有了拉桿子鬧革命，另立山頭的打算。 1928年，陶孟和在給正在上海中國公學做校長的胡適信函中披露了當時的心情和渴望獨立的計劃：“現有一件事，打算請你特別幫忙，就是擴大我們這個小機關並且使他獨立的事，現在能夠明白社會科學研究重要的人很少，就是稍為明白，也缺乏遠大的眼光。像這個小機關永遠做一個行政機關的小附庸，終非長久之策。還不如索興停止了罷。”陶孟和所說的“停止”當然是一時的氣話，他心中想的不但不是停止，而是獨立和壯大。他繼續說道，“我現在正起草一種意見書及計劃，將來請你教正，並且希望你在明年二月大會裡有所主張——如你贊成的話。”
在中國學術界早已暴得大名的胡適是中基會的董事之一，對內部人事有相當的影響力，陶孟和希望他能鼎力相助促成此事。緊接著，陶氏又敘說了一番自己的另一種苦悶：“北京自從諸友人去後，又經變成沙漠似的枯寂。我們所過的是離群索居的生活。我每天除了八小時的公事外，便是在家庭裡。小孩們因為請不到合適的先生，太太也變成老夫子了。”陶氏的這種苦悶，很難向外人道及，也只有對胡適這樣的好友才能略加表白。不過即使向外人道，也未必能得到多少理解。當年由林徽因、沈從文鼎力提攜和栽培的記者兼作家蕭乾，在許多年後的1994年8月，寫了一篇《我的書房史》的文章，其中有一段涉及陶孟和，文章說：
我生在貧苦人家。小時睡大炕，擺上個飯桌它就成為“餐廳”，晚上擺一盞煤油燈，它就是“書房”了。可是我老早就憧憬有一間書房——一間不放床鋪、不擺飯桌、專門供讀書寫文用的地方，對於讀書人或文學工作者，不應說它是個奢侈，那就像木匠的作坊。然而它在我大半生中都曾經是可望而不可即的。
二十年代初期，我每天都去北京安定門一條胡同去上小學，在三條拐角處有一排槐樹，旁邊是一道花磚牆，通過玻璃可以看到那棟洋式平房裡臨街的一間書房——後來才知道它的主人就是社會科學家陶孟和。平時窗上掛了挑花的窗簾，看不清裡面。冬天黑得早，書房裡的燈光特別亮。我有時看到主人在讀書或伏案寫作，有時又叼著煙斗在一排排書架中間徘徊。當時我小心坎上好像在自問：我長大後有一天會不會也有這麼一間書房？
霧中看花的蕭乾，眼見的朦朧影像是美好的，在他童年的心靈裡羨慕這間如同天堂般書房的同時，也一定猜想生活在裡面的主人的生活該是多麼愜意和無憂無慮的吧。豈不知此時陶孟和心中卻凝結著巨大的孤寂與落寞。
自1928年6月，國民黨北伐成功，定都南京，改北京為北平，隨著政治重心南遷，中基會人事也隨之變更。 1929年1月4日，在杭州新新旅館召開的第三次董事常會上，週詒春被當時的副董事長蔡元培，董事蔣夢麟、胡適、翁文灝、顏惠慶、顧臨、貝諾德、司徒雷登、孟祿等人整肅掉，由蔡元培出任董事長，孟祿、蔣夢麟為副董事長，翁文灝、趙元任為執行委員，與胡適在美國留學時的同學加好友任鴻雋（南按：胡適自稱與任鴻雋及夫人陳衡哲為共同的朋友），當選為董事、名譽秘書、幹事長，中基會的大權落到了蔡元培與任鴻雋手中，而身兼三職的任鴻雋則成了名副其實的掌櫃大臣。此次大會，胡適因董事任期已到，辭職並被接受。與胡適處於相同原因辭職的還有郭秉文、顧維鈞、張伯苓、顏惠慶、週詒春，分別由汪兆銘、孫科、李煜瀛、伍朝樞、任鴻雋、趙元任繼任該職。因胡適的特別處境，此次會議對陶孟和所託之事似乎沒有什麼明顯“主張”，除會議“議決撥付國幣八千元，作為社會調查部基金本年之息金，撥入該部存帳備用。”沒有其他記錄在案的明顯動作。
同年6月29—30日，中基會第五次年會在天津利順德飯店舉行，出席者為蔡元培、蔣夢麟、任鴻雋、翁文灝、趙元任等人。會議其中一項為改選董事。因汪兆銘、施肇基、蔣夢麟三董事，於本年度任滿，照章改選。此次改選所整肅的目標是在國民黨蔣介石政權中失勢的汪兆銘，“全體一致票選胡適君繼汪兆銘董事之任”、“名譽秘書任鴻雋任滿，票選胡適董事繼任”。同時會議全體一致票選施肇基、蔣夢麟二人董事連任。本次選舉意味著暫時避退的胡適捲土重來，並進入中基會權力核心，這個時候的胡適開始為陶孟和的理想事業助一臂之力。正是得益於胡適的“主張”，此次會議正式通過陶孟和的社會調查部改為社會調查所，並得到了下半年四萬元經費的預算。鬱悶中的陶孟和終於實現了造反起家，另立山頭的“宏願”，正式成為一個獨立的研究機構。據《社會調查所概況》載：“十八年七月改組以後，本所始有獨立之組織。首由中基會聘陶君孟和為所長，而另設社會調查所委員會。所內規模亦略事擴充。”又“專門學術機關之規模於是乎粗具”。 ——這是陶孟和在胡適的鼎力相助下爭取獨立自主的一次小胜。
對於胡適在自己危難之處顯示的真情與血性，陶孟和感恩戴德。作為投桃報李，對胡適遇到為難又非辦不可之事，陶孟和同樣採取了盡量予以支持的姿態加以呼應。
1931年底，胡適的愛徒吳晗給胡寫了一封推薦函，文中說“生有一北大友人千家駒君，此次在文史號撰《東印度公司之解散與鴉片戰爭》一文，他是用新的觀點來作嘗試，雖不能說是成功，卻似乎比時下一般自命為物觀者之生吞活剝、削趾就履來得強一些。千君是一個比較肯用功看書的人，他從前曾寫過一些文章，如在《平等》上發表之《抵制日貨之史的考察及中國之工業化問題》、《中日外交關係之過去與現在》等文，都還有點新見。他是一個畸零人，自幼便見棄於舊官僚的父親，憑著自己的努力，工讀到現在，今年在北大經濟系畢業了。他很想來見先生，不知可否？”
吳晗在信中囉嗦了那麼多，其實就是想讓聲名顯赫的胡適為同學千家駒謀個差事。胡見信後，除了顧及吳的臉面，也對千家駒的論文選題和不幸經歷產生了興趣與同情，遂相約來見。為人謙和又好熱鬧的胡適經過一番交談，對千家駒大為賞識，認為此君乃堪造之材，便在不知不覺中把千氏當成了“我的朋友”。既然是朋友，就要為其兩肋插刀，排憂解難，時為號稱大學生“畢業即是失業”之時，找份工作談何容易。興致中的胡老師想來想去，找不到一把合適的椅子供這位年輕的新朋友來坐，最後一拍腦門，終於想到了陶孟和的社會調查所，順手提筆修書一封，讓千家駒揣在懷裡上門求職。陶孟和見了胡適的手諭，當即表示可以在角落安一把椅子讓千家駒來坐。但稍後從側面一打聽，得知千家駒乃北大著名的“搗亂分子”，擔心其人是共產黨，或與共黨有瓜葛之徒，遂向胡適表示了自己的擔憂。開朗的胡適幾句話就打消了陶孟和的憂慮：“搗亂分子與研究工作並不矛盾，會搗亂不一定做不好研究工作，而且進研究機關，你怕他搗什麼亂呢？至於共產黨，我看不會吧！這樣的人才你不用，還用什麼人呢？”在胡適一番勸解、說和下，陶孟和勉強答應下來。千家駒進了社會調查所後，胡適感到一件心事有了著落，頗為歡喜，後來專門把千、吳二人作為例證，在天津《大公報》“星期論文”欄中發表文章，證明當時社會上所謂的“畢業即失業”之說，是根本不能成立的，“只要有本領，畢業決不會失業”云云。 ——當然，內中的曲折與人際關係的糾纏，幾次號稱“為政府做一點面子”的胡適是不會透露一個字的。關於千氏在北大的所作所為，並不糊塗的胡適是清楚的。 1936年元旦，當千家駒與楊梨音結婚時，證婚人便是胡適。胡在致辭中說：“千家駒在北大時，擔任學生會會長，是著名的搗蛋頭兒，但在今天的婚禮上，卻一點搗蛋氣息都沒有了，大概從今天起，千家駒已變成楊家駒了！”儘管是席間的玩笑話，但聰明如胡適者，已經隱約地暗中點出了千氏的政治身份。事實上，剛滿17歲的千家駒於1926年考入北京大學後，就秘密加入了中共地下黨，開始參與鼓動學潮、驅趕教授等等“搗蛋”生涯，北京大學發生的許多怪事，都與千氏和他的一幫地下兄弟之暗中操作有關。
進入社會調查所的千家駒，最大的感受就是陶孟和的寬容和信任。他後來回憶說：“陶先生是知道我的政治立場的，但他頗有蔡元培兼容並包的風範。他從不干涉我們的研究自由。他評判一個人的研究成績，是看他的成果，而不是其它。”從回憶中可以看出，當時的陶孟和也不是傻蛋一個，他只是礙於胡適的情面，揣著明白裝糊塗而已。不過，就陶孟和當時的思想觀點，確實也是能容忍不同思想傾向的人在一起做事的，只要別鬧出大的亂子，他也就睜一隻眼閉一隻眼地過去了。千家駒有所不知，當他到來之時，這個調查所的好日子即將走到盡頭。
在陶孟和主持的社會調查所獨立前，蔡元培主持的中央研究院於1928年在南京成立了一個社會科學研究所。此時的中研院如同當年的水泊梁山一樣聲勢浩大，威震八方。社會科學所成立之初，蔡元培曾邀陶孟和赴南京，專門商談籌組事宜，意欲讓其出面主持工作。但陶氏覺得自己已經在北平組建了社會調查部，山頭已立，並且有擴大的計劃與“宏願”，遂婉言謝絕。蔡元培見對方無意在自己手下為將，且有分庭抗禮之野心，轉而邀請留學歐美的博士、北大史學係與法學系教授陳翰笙出任所長，無奈由於時任教育部長的王世傑以陳氏屬共產分子加以阻撓，未果。到了1929年，為減輕阻力，蔡元培以院長身份親自兼任科學研究所所長，正式邀請陳翰笙出任該所副所長，所內一切具體工作交陳翰笙主持。
如此，在中國一南一北，實際上存在著兩個研究性質相同的陣營或山頭。由於蔡元培尚有兼容並包的肚量，兩家還算相安無事，陳翰笙實際主持的調查所特別關注“三農”問題，按他的想法，既然馬克思發現了資本家剝削工人的秘密，那自己就要試著發現一下窮人、特別是農村那些窮人們的秘密。對這一構想，陶孟和也大感興趣，1930年雙方以平等的地位進行了友好合作，共同對河北保定清苑進行農村經濟調查，選定10個自然村1578家農戶，對其勞動力、僱傭農業勞動、工資、畜養、住房及農舍、水井和水澆地、耕地佔有與使用、交租形式等等進行了詳細調查研究。
1933年8月，陳翰笙出席在加拿大召開的太平洋國際會議，宣讀了論文《現代中國的土地問題》。論文號稱繼馬克思之後，陳翰笙本人發現了窮人的秘密，認為中國嚴重的“三農”問題是地主富農一手造成的，必須來一番打土豪、分田地等等暴力手段才得以最終解決。陳氏的言論傳到國內，立即引起了社會各階層震動，國民政府的黨國大員對此大為不滿，立即給予痛擊。在一片喊打討伐聲中，陳翰笙只好採取鞋底抹油——溜之乎也的戰略戰術，辭去中央研究院本兼各職，帶著手下幾個鐵桿弟兄悄悄溜下山坡，跑到魚龍混雜的上海灘潛伏下來，準備待機而起。中央研究院社科所幾乎成為一個有名無人的空機構，各項工作無法運轉。
正在這時，對陶孟和自立山頭成割據之勢產生芥蒂，且耿耿於懷的中基會幹事長任鴻雋跳將出來，表示陶孟和既已經獨立，腰桿子越來越硬，喘氣也越來越粗，看來沒有必要再依附中基會這個老巢了。既如此，索性把這個調查所拋將出去，讓其合併於中研院。此舉既在形式上幫助了蔡元培，使其麾下勢力不至於因陳翰笙的出逃而削弱，同時也達到了給陶孟和施以顏色，並驅逐出中基會這座大靠山的目的。主意打定，任鴻雋主動與中研院方面聯繫。其時，中研院總幹事楊杏佛因與蔡元培、宋慶齡、魯迅等人搞“中國民權保障同盟”，於1933年6月18日被國民黨高層派出特務暗殺。聲名顯赫的地質學家丁文江受邀繼任中研院總幹事。丁氏聽任鴻雋如此一說，當場表示樂意接收陶氏調查所的家業，收編全部人馬為己所用。老於世故的丁文江讓任鴻雋作為說客先與陶孟和接頭，算作投石問路，待陶氏方面有此意向，再由丁文江親自出馬一舉拿下。
想不到任鴻雋把自己的打算跟陶孟和說出時，陶氏勃然大怒，嚴厲痛斥對方亂用職權，假公濟私，黨同伐異，排棄異己等等不道德做法，並義正詞嚴地指出：此舉完全違背了中基會的宗旨與學術界的公理，是對北平調查所合法權益的公然挑釁和肆意踐踏，也是對陶氏本人及手下職員人格尊嚴的污辱，遂當場予以拒絕。
眼看陶孟和敬酒不吃要吃罰酒，任鴻雋毫不退讓，表示樂意奉陪到底。於是，任氏憑其手中的大權，指示中基會大量削減調查所的預算，截其糧道，斷其財路，使之不戰自潰，以達逼其就範的目的。面對這一兇招，陶孟和極其惱怒與憤慨，他在致胡適的信中說道：“叔永（南按：任鴻雋字）逼我們一步一步的太緊了，先限制我們的預算，繼之以促進合併（即驅逐之變相），又繼之取消我們對於現用的建築所有權，並規定我們幾時退出。現在竟公然的要求隨時停止我們的補助費了。”
陶孟和此舉，是想讓胡適出面“拉兄弟一把”。但此一時彼一時，如今的情形已比不得當初拉桿子時的“獨立運動”了。當年陶氏要另立山頭，成就一方霸業，只是與任鴻雋一人或一個中基會的諸位大佬交鋒，胡適尚可躍馬挺槍為陶助戰，或在陣外擂鼓為其吶喊助威。而現在中間又橫插進一個坐地“招安”的老大——中央研究院，這中研院坐前兩把交椅的又是自己的師輩人物蔡元培與平輩的“丁大哥”，胡適聞之雖甚著急，但感到左右為難，不便援手發力，處於觀望之中。由於胡適的怯戰與未能及時救援，陶孟和很快陷入前無救兵，後無糧草的絕境。在此境況下，尚以辦事幹練著稱的中研院總幹事丁文江一馬當先沖出本部立入陣前，以勝利者的姿態揮槍弄刀，威風凜凜地勸其降服，並令其放下武器，老老實實地接受改編。陶孟和眼看大勢已去，如不就此下馬受降，等待著自己的將是丟盔卸甲，全軍覆沒的命運。瞻前顧後，為保住自己的實力，在山窮水盡中只好就範。同當年大宋朝的少華山的史進、朱武、陳達、楊春等一幫頭領，率部歸降實力雄厚的水泊梁山晁蓋、宋江兩大首領一樣。萬般無奈中，陶孟和只好放棄割據勢力，以悲愴的心境硬著頭皮將隊伍自北平拉到南京，無條件地接受改編。此舉在丁文江致胡適的信中，可以看到陶孟和當時的痛苦之情和艱難抉擇：“當叔永提出合併的問題的時候，孟和就大怒，說××'壓迫驅逐'。經我再三疏通……彼方表示可以合作。”
對於此事，丁文江是打著避免浪費金錢和人才的旗號而作出的收編決定。關於這一做法的得失功過，李濟後來曾有所提及：“他（丁文江）的理由詳細說來是很動聽的。他說，中國的科學人才不多，而金錢更少，我們現在花一個錢，就應該有一個花這一個錢的意義。現在中國的學術機關，往往以科學研究的名義買了很多儀器，卻常常地沒人用，等到上了銹，糟蹋了，也沒人管，豈不是浪費？這毛病就是有責任的人不但對於金錢的價值沒有真正的認識，對於人的價值也沒有真正的認識。而這種損失，不特是金錢的、人才的浪費，更難估計的，為那追求的目標將愈離愈遠。”
當時不只是李濟一人，幾乎整個中央研究院所屬人員都頗贊成丁文江收編陶孟和這支流散隊伍的做法。在他們眼裡，陶氏在北方另立山頭，無論從哪一個方面來看都不舒服，必須收入麾下才覺心安理得。丁文江在收拾陶孟和與社會所一役終於如願以償，斬獲頗豐。在凱歌聲中，丁文江於聲威顯赫中接著排兵布陣，欲一鼓作氣將中基會所屬的靜生生物調查所拿下，收編合併到中央研究院自然歷史博物館，成立一個由中研院領導、秉志主持的動物研究所。此時，中基會所屬的靜生生物調查所，由北洋政府時期的教育總長、中基會第一屆幹事長、尚志學會會長、著名生物學家范靜生草創。範不幸於1927年12月因病去世，為紀念范靜生提倡生物學未竟之志，由其胞弟、化工實業家范旭東捐出范家在北京石駙馬大街83號的房產作為調查所開辦所址，由尚志學會撥付基金15萬元，委託中基會組織靜生生物調查所。 1928年10月1日，靜生生物調查所正式成立，由動物學家、教育家秉誌任所長，植物學家胡先彇、動物學家壽振黃為主要成員，任鴻雋兼任該調查所委員會委員長，翁文灝任書記。調查所成立後一切經費皆由中基會承擔，與中基會成為依附的母子關係。因生物調查所的科研人員老老實實地依附於中基會這座大靠山，沒有像陶孟和一樣拉桿子造反另立山頭的野心，因而，當中央研究院方面的丁文江率部襲來時，遭到了中基會掌門人與生物調查所雙方的共同抵抗，丁文江見對方無隙可乘，久攻不下，最後只得收兵回城不再出戰，收編靜生生物調查所的宏願無果而終。