中央研究院史語所由昆明派出的第一批車隊行程並不順利，一輛在易隆附近山區翻車，一輛中途拋錨，只有趴在山野草莽中暫且與虎狼為伴，後來經過千難萬險才到達瀘州江邊。林徽因等人乘坐的眷屬車也無一例外地遇到了麻煩，據梁從誡回憶：“到威寧縣城，天已全黑，而車子在離城門幾里處突然拋錨。人們既不能卸下行李掮進城，又怕行李留在車裡被人搶劫，最後只好全車人留在卡車裡過夜。而我又偏偏發起高燒，媽媽只好自己拖著一家人進城為我找醫生。次晨聽說，夜裡狼群竟圍著車廂嗥了半宿。”
當車輛陸續到達瀘州南岸的藍田壩後，在潘愨、王文林等先行人員與當地轉運站交涉下，人與物資一起轉入民生公司輪船，沿江西行至宜賓，再轉乘小型木船返回李莊。身在重慶的傅斯年得到消息，於1940年10月15日致電王世傑轉呈四川省政府報告說：“謝撥給南溪縣李莊為遷徙所址，第一批人員物資已到達，餘在途中。”
11月12日，由史語所研究人員王崇武押隊的第三批共140箱物資抵達宜賓，稍事停留後，分裝幾艘民生公司小型駁船運往李莊。意想不到的是，剛駛出宜賓不遠，其中一艘駁船不幸失重傾覆，船上運載的貨物全部滾落於江水。眾人一看大事不好，急忙上岸找人打撈搶救，宜賓專員冷寅東聞知，深感事關重大，當即下令所屬水運局火速派遣潛水員下水打撈。在上下左右一番緊急搶救後，總算把落江的箱子全部打撈上來。萬分遺憾的是，落水者偏偏不是收藏的青銅器、陶器或甲骨，而是分裝於各箱中的拓本與善本書籍，儘管裝箱時外部包了一層函套，仍全部被江水浸透。
此事迅速報知了先期到達李莊的董作賓和在重慶的傅斯年，二人聞聽大驚，董作賓向傅斯年發電商討救治辦法，傅斯年早已氣急敗壞，大罵王崇武成事不足，敗事有餘，眼睜睜地看著幾十箱珍貴書箱翻落水中。罵過之後，一面派人和民生公司在重慶的總部聯繫查驗、索賠事宜，一面指示宜賓王崇武等人速把落水書箱搬到一個安全地方開啟驗示並設法救治。此後，傅斯年電請董作賓由李莊趕往宜賓，親自組織指揮對落水書籍的救治事宜，凡從江水中打撈出的箱子，全部集中到宜賓明德小學進行開箱、晾曬，並一一登記造冊。於是，在重慶與宜賓之間，傅斯年與董作賓的信函你來我往，頻頻交換救治情況並向民生公司通報。宜賓方面，除了王崇武一隊人馬外，又加派了後到的一組同仁共同晾曬救治。大約到了1941年1月11日或12日，晾曬的書卷才算告一段落，所有人員乘船押運物資抵達李莊板栗坳駐地，正如石璋如所說，這一下“等於曬了三個多月的經”。除了王崇武等一隊人馬中途發生意外，在昆明最後一批押車起程的石璋如，途中也遇到了較大的麻煩。一輛汽車翻入赤水河橋下，所幸沒有摔入水流滾滾的河心，車上的箱子大都散落在橋頭，只有幾個滾落於河邊的淺水里。石璋如與同行的王志維等人憋著悶氣到當地去找吊車求百姓幫忙拖吊，寒風呼號中，經過三天三夜的折騰，車子才被拖上來重新上路。當來到瀘州裝船時，已是1941年1月9日。又經過4天的裝船押運，全船物資才算安全運往李莊板栗坳居地。 ——至此，史語所全部人員和物資抵達李莊，眾人懸著的心才得以放下。
1941年1月18日，傅斯年從重慶匆匆趕往李莊，主持分房事宜。
就在傅氏準備動身之時，同濟大學師生也陸續翻越烏蒙山脈，渡過赤水河，溯江向李莊趕來。原本只有三千多人口的李莊古鎮，突然要安置上萬之眾的“下江人”，儘管當地士紳和民眾早有心理準備，但當一隊隊人群扛著箱子，背著背包，提著行李，潮水一樣湧來時，還是感到震驚和為難。
當初聯繫遷徙地點時，同濟大學在先，李莊鄉紳拍發的電文也是“同大遷川，李莊歡迎，一切需要，地方供應。”中研院的史語所等機構只是跟隨而來，因而在李莊的院落房舍分配上，如同當地豪門大戶分家一樣，就形成了正房夫人與偏房二奶、三奶、四奶及小妾、丫鬟們的主次關係。同濟大學憑藉此次行動中開山鼻祖的地位，自然博得了頭彩，凡李莊鎮內最適合外來人員辦公、學習場所，如歷史上“湖廣填四川”時興建的各種會館、祠堂，或年代稍晚的“九宮十八廟”，均被其所佔據。如當地著名的南華宮成了同濟大學理學院，紫雲宮變成了同大圖書館。鎮內位置最好、規模最大、院內房舍最為寬敞明亮的禹王宮，成了同濟大學的校本部。最具川南代表性的建築——東嶽廟，當地士紳組織人力用滑輪和長桿起吊神像，讓這些掌管著風調雨順、五穀豐登的天神們暫時集中到一間黑屋子裡“辦學習班”，待抗戰勝利後再出來工作。騰空的大殿、偏殿和各個大小不一的套院，支起了簡易的課桌——同濟大學規模最大的工學院在此敲響了上課的鐘聲。鎮內原小學校址——祖師殿，騰出後移交同濟大學醫學院，除平時上課，還作為學院解剖、實驗場所應用。當地駐軍18師一個團部住在東嶽廟的偏殿內，經學校委婉勸說，也移遷它處，調給同大使用。同濟師生在這座千年古鎮找到了一片綠蔭與棲息之地。
與同濟大學相比，中研院來李莊的研究所、中央博物院籌備處、中國營造學社等機構，則遜色了許多。處於二奶位置的史語所，總算佔據了離鎮四公里張氏家族最龐大的住居地——板栗坳（栗峰山莊）。半年之後，當西南聯大文學院教授羅常培來李莊時，對這座山莊的位置和地形製作過如下描述：
歷史語言研究所的所址在板栗坳，離李莊鎮還有八里多……，離開市鎮，先穿行了一大段田埂，約有半點鐘的光景。到了半山的一個地方叫木魚石，已經汗流浹背，喘得上氣不接下氣。躲在一棵榕樹陰下休息一會兒等汗乾了，才能繼續登山。又拐了三個彎，已經看不見長江了，汗也把襯衫濕透了，還看不見一所像樣的大房子。再往前走到了一個眾巒逃拱的山窪裡，才算找到板栗坳的張家大院。
儘管板栗坳離鎮中心遠了點，且位居一座大山的山頂，要到其地需過田埂，穿樹林，上山需爬500多級台階。但這個當年曾經暗藏刀兵的大本營，如同當年水泊梁山的水寨一樣龐大，且自成一統。太平天國後期，當地一個號稱“張四皇帝”的人，曾與出走西南的石達開暗中聯繫，率萬餘人在此造反起事，後被清兵與當地民團剿滅。如此龐大的城堡式山莊，除了房舍存放大批物資，還可安置研究人員和家眷，倒也不失為一處理想的避難之所。傅斯年到來後，開始找人修整房舍並著手分配。因板栗坳交通相對困難，特別是要爬500多個台階才能到達山峰頂部的山莊，來往異常辛苦，考古組的李濟與梁思永兩個重量級人物都不想上山，自己在李莊鎮內找房租住。另一位重量級人物董作賓則不怕山高路艱，樂意上山與眾人一起聚居。為此，傅斯年嚴格規定，凡是單身的研究人員與技工全部上山，並在山上成立伙食團，共同搭火做飯，實實在在地過一段水泊梁山豪傑聚眾山寨的日子。板栗坳的住房按照等級制分配，職級較高的研究人員分配的房子相對明亮寬敞，職級低的青年人自然要在小黑屋裡蹲著。為便於管理，整個住房與辦公場所基本以當地原稱如桂花坳、柴門口、田邊上、牌坊頭、戲樓院等四處大院落為主。
按照各機構座次排列，中國營造學社作為一家被政府“棄之不顧”的民間學術機構和史語所的附庸，此次是被迫來到李莊，經過學社另一位重要支柱劉敦楨和林徽因等人的努力，總算在李莊郊外的上壩月亮田找到一處農舍落下腳來。這座房舍屬於普通的川南民宅，佈局為前後兩個較大的院落，院中各有平房幾間，梁家與劉敦楨一家各佔其一部分，用於日常生活，其餘的房屋作為營造學社的辦公室用房。主持學社工作的梁思成因在離昆時突發高燒，直到一個月後方隨史語所最後一批車隊趕來。此後，梁、劉二人在本地找了幾個木匠製作了幾張桌子與條凳，算是辦公用具，以備同仁看書、繪圖、寫作之用。
中國營造學社總算安頓下來，條件雖苦，但畢竟有史語所的圖書可參看，有過去野外考察的大批資料可供整理、編寫，有一個較為安靜的環境，學問可以慢慢做下去。相對這幾家機構而言，陶孟和率領的中央研究院社會科學研究所就顯得頗有些尷尬和狼狽了。