曹操在赤壁大敗，回到許都，心裡鬱鬱不樂。偏在這個時候，他最鍾愛的小兒子倉舒得了重病，家里人到處請醫抓藥，都不見效。眼看孩子沒有救了，曹操傷心地說：“要是華佗在，孩子不會死得那麼早。”
曹操所說的華佗，是我國歷史上一位著名醫學家，和曹操是同鄉。華佗自小熟讀經書，尤其精通醫學。不管什麼疑難雜症，到他手裡，大都藥到病除。當地官員和朝廷太尉聽到華佗名聲，徵召他做官。華佗都推辭不去。
華佗診病極其準確。一次，有兩個官員鬧頭疼發熱，先後找華佗看病。經華佗問明病情，給一個開了瀉藥，另一個開了發汗藥。有人在旁邊看華佗開藥方，問他為什麼病情相同，用藥卻不一樣。華佗說：“這種病表面看來一樣，其實不同。前一個病在內部，該服瀉藥；後一個只是受點外感，所以讓他發發汗就好了。”這兩人回去抓了藥服了，果然病都好了。
還有個姓李的將軍，請華佗給他妻子治病。華佗去了，一摸脈，說：“這是懷孕時候傷了身子，胎兒留在肚裡了。”李將軍說：“我妻子已經小產過，胎兒已經下來了。”華佗說：“按照我的判斷，胎兒還在病人肚子裡。”
李將軍不相信。華佗走了以後，過了一百多天，他妻子的病越來越重，只好再請華佗來治。
華佗說：“肯定有個壞死的胎兒在肚裡。大概你妻子原是雙胞胎，一個先小產下來了，一個留在肚裡。”
華佗給病人服了湯藥，又給她扎針，果然產了一個死胎，病人很快就恢復健康了。
華佗不但能治內科，還善於做開刀手術。他配製一種麻醉劑叫麻沸散。有個病人患肚痛病，痛得厲害，經過十多天，鬍鬚眉毛全脫落下來。華佗一診斷，說：“這是脾臟潰爛了，得趕快開腹治療。”華佗讓病人服了麻沸散，打開腹腔，把壞死的脾臟切除，再縫好創口，敷上藥膏。過了四五天，創口癒合，一個月康復了。
歷史書記載的有關華佗治病的傳說還有很多。據說，有個太守生病，請了許多醫生診治都沒治好。華佗診治以後，認為這種病只有讓病人發怒，才能治好。他故意向病人索取很貴的診費，卻拖拖拉拉不認真給他開方抓藥，過了幾天，竟不告而別，還留下一封信罵太守得了病是自作自受。
太守果然大怒，立刻派人追捕華佗。太守的兒子知道華佗用意，暗暗叮囑家人不要去抓華佗。太守聽說抓不到華佗，更加怒氣沖天，一氣之下，嘔出幾口黑血。不想這一嘔，病反而好了。
曹操一直患頭風病。一遇到工作緊張，頭風病發作，痛得受不了。他聽說華佗的醫術高明，就把華佗請來，華佗扎了幾針，頭痛就止了。曹操不肯放他，把他留下來做了隨從醫官，好隨時給他治病。
華佗雖然樂於幫助人，熱心給人們治病，但他卻不願一直呆在曹操身邊，給一個人管藥箱。有一次，他藉口回家探親，順便去取點藥，曹操沒有懷疑，讓華佗走了。
華佗回到家裡，託人給曹操捎了一封信，說他妻子病得厲害，一時回不了許都。曹操一再催促，華佗還是拖著不去；曹操又命令郡縣官吏去催，也碰了軟釘子。
這一來可惹惱了曹操。曹操派個使者到譙縣去調查。並告訴使者，如果調查下來，華佗妻子確實有病，就送他四十斛（斛，音ｈu，古代以十鬥為一斛）小豆，聽任華佗推遲假期；要是華佗謊言搪塞，就把華佗抓來。
調查結果，華佗被抓走了。
曹操把華佗抓到許都，他認為華佗故意違抗他的命令，是大逆不道的行為，下令把華佗處死。
謀士荀彧認為這個處刑太重了，勸曹操說：“華佗醫術高明，他一死，牽涉到許多人的生命，希望丞相從寬發落。”
曹操本來也是個愛惜人才的人，自從他打敗了袁紹後，有點驕傲起來；再說，他正在氣頭上，哪肯聽荀彧的勸阻，氣呼呼地說：“哼，我不怕天下就沒有像他那樣的醫生。”說完，就派人把華佗殺了。
華佗被捕離開家鄉的時候，隨身還帶著一部醫書，這是他根據多少年來積累的經驗寫成的。他本來沒想到得罪曹操竟招來殺身大禍。他覺得自己遭到罪沒法挽回，可是讓這部書湮沒太可惜。臨刑前一天，他把獄吏請來，對他說：“請您把這部書好好保存，將來可以靠它救病人。”
那獄吏膽小，怕接了華佗手裡這部書，將來曹操追究起來，自己受到牽連，說什麼也不肯保管。
華佗十分失望，他嘆了口氣，向獄吏要了火種，在監獄裡把寶貴的醫書一把火燒毀了。
打從華佗死後，曹操發頭風病，就再沒有找到合適的醫生給他治療。但是曹操並不肯承認自己做錯了事，說：“華佗這小子是有心不肯根治我的病，即使我不殺他，也不見得會治好我的病。”直到他的小兒子倉舒死了，他才懊喪萬分。
華佗死後，他的幾個學生繼承他的事業，繼續為百姓治病。可惜記下華佗的經驗的那部醫書竟失傳了。