昆陽大戰以後，劉演和劉秀名聲越來越大。有人勸更始帝把劉演除掉。更始帝藉口劉演違抗命令，把劉演殺了。
劉秀一聽到他哥哥被殺，自己知道力量敵不過更始帝，就立刻趕到宛城（今河南南陽市），向更始帝賠不是。有人問起他昆陽大戰的情形，他也一點不居功，說全是將士們的功勞。他也不敢給他哥哥戴孝，照常吃飯喝酒，有說有笑，一點也不流露出他憂傷的心情。
更始帝以為劉秀不記他的仇，反倒有點過意不去，拜劉秀為破虜大將軍，但是畢竟不敢重用。後來，長安攻下來了，王莽也給殺了。更始帝到了洛陽，才給劉秀少數兵馬，讓他到河北去招撫河北郡縣。
這時候，各地的豪強大族有了武器，有的自稱將軍，有的自稱為王，也有自稱皇帝的，各據一方。更始帝派劉秀到河北去，正好讓劉秀得到一個擴大勢力的機會。他廢除王莽時期的一些苛刻法令，釋放一些囚犯，一面消滅了一些割據勢力，一面鎮壓河北各路農民起義軍。整個河北差不多全給劉秀佔領了。
公元２５年，劉秀和他的隨從官員認為時機成熟，在鄗（音ｈaｏ今河北柏鄉縣北）自立為皇帝，這就是漢光武帝。
更始帝先建都洛陽，後來又遷到長安。他到了長安以後，認為自己的江山已經坐定，開始腐敗起來。他濫封官爵，自己不管政事，成天在皇宮裡喝酒作樂，還縱容他手下的兵士搶劫。原來一些綠林軍將領，對他十分不滿。
赤眉軍的首領樊崇眼看更始帝不行了，就率領二十萬人進攻長安。更始帝派兵抵抗，接連打了幾個敗仗，急得他不知怎樣才好。綠林軍中有些將領勸更始帝離開長安，反而遭到更始帝的猜疑、殺害；還有一些起義將領投奔了赤眉軍。更始帝內部一亂，赤眉軍就順利地打進了函谷關。
赤眉軍決定推翻更始帝，但是樊崇他們不能擺脫漢朝舊貴族正統觀念的影響，定要找個姓劉的做皇帝。當時赤眉軍姓劉的一共有七十多個，其中有個十五歲的放牛娃劉盆子，據說跟西漢皇族的血統最近，就硬把劉盆子立為皇帝。
赤眉軍打進長安，更始帝逃到城外，樊崇派使者限令更始帝在二十天內投降。更始帝沒法，只好帶著玉璽向赤眉投降。
赤眉軍進了長安，聲勢浩大。可是幾十萬將士的口糧發生了困難。富商和地主趁機屯積糧食，長安天天有人餓死。這樣一來，長安的混亂局面就沒法收拾了。
樊崇帶著軍隊離開長安向西流亡。但是別的地方的糧食也一樣困難；到了天水（郡名，在今甘肅）一帶，又遭到那裡的地主豪強的攔擊。樊崇只好又帶著大軍往東邊來。
漢光武帝趁著赤眉軍進長安的時候，佔領了洛陽。他們一聽到赤眉軍向東轉移，就帶領二十萬大軍分兩路埋伏在那裡。
漢光武帝派大將馮異到華陰，把赤眉兵引向東邊來。馮異用計把一隊赤眉軍包圍在崤山下。他下了戰書，跟赤眉軍約定時間和地點決戰。老實的樊崇不知道敵人的計策，派了一萬多赤眉軍發動進攻。馮異先派出少數兵士對敵。赤眉軍看見漢兵人少，就全軍出擊。沒想到馮異的伏兵上來了，打扮得和赤眉軍一模一樣，雙方混戰在一起，分不出誰是赤眉兵，誰是漢兵。
赤眉軍正在為難的時候，打扮成赤眉軍的漢兵高聲叫嚷著“投降！”“投降！”赤眉軍兵士一看有那麼多人喊投降，沒了主意。軍心一亂，這一支赤眉軍就被繳了武器。
公元２７年１月，樊崇帶著剩下的赤眉軍向宜陽（今河南宜陽縣）方向轉移。馮異火速派人報告漢光武帝。漢光武帝親自率領預先佈置好的兩路人馬截擊，把赤眉軍圍困起來。到了這步田地，樊崇只好派人向漢光武帝求和。
漢光武帝把劉盆子他們帶回洛陽，給他們田地房屋，讓他們留在洛陽。但是不到幾個月，就加上謀反的罪名，把樊崇殺害。