“十二因緣”是“業報輪迴”的理論基礎；業報輪迴是早期佛教的宗教核心。
按照後來佛教比較普遍的說法，“十二因緣”是涉列過去、現在和未來三世的因果鏈條，現世的果必然有過去世的因，現世的因必將引出未來世的果。十二支在三世因果中的循環運行就是這樣的。
這就叫做三世二重因果。這裡的“世”，指有情的一生。過去的一生行為，決定今世一生的狀況；今世一生的行為，決定來世一生的狀況，這就是因果報應。
作為能夠導致果報之因的行為，叫做“業”。 “業”是梵文的意譯，音譯“羯磨”，意思是“造作”。業分身（行動）、口（言話）、意（思想）三類，也就是人的一切身心活動。任何思想行為，都會給行為者本人帶來一定的後果，這後果叫做“報應”或“果報”。業有一種不導致報應決不消失的神秘力量，叫做“業力”，“業力不失”是聯結因果報應的紐帶。作什麼性質的業，得什麼性質的報，這是鐵的法則。所謂善有福報，惡有罪報，是其主要內容。報有遲早，有“此世報”，也有“它世報”。報是必然的，不可逆轉。按照善惡罪福的業報法則，有情流轉在“三界五道”中。 “三界”是佛教根據禪修的程度和想像，對世俗世界的劃分，所謂欲界、色界和無色界，“五道”則是按照經驗和宗教傳說對世間“有情”類的劃分，所謂天（神）、人、畜牲、地獄、餓鬼。也有講六道的，即另增“阿修羅”一道。 “阿修羅”是一類專與天神戰鬥的惡魔，來自古印度神話。作善業的生於天、人二“善道”，作惡業的墮於畜牲等“三惡道”。善惡有程度不同，即使生於同一“道”中，也千差萬別。人的貧富壽夭，就是這種業報造成的。這“道”既包括“有情”自身，也包括不同“有情”所處的周圍環境。這樣，“業報”的宗教理論，就成了早期佛教的創世說，也成了解釋人生差別和社會不平等起源的學說。
業報輪迴的思想不是佛教的獨創，在佛陀活動時期，似已普遍流行。佛教不同於婆羅門教的地方，在於佛教不承認有梵天那樣的創世主，不承認四種姓是梵天的意志，更不承認以婆羅門種姓為最優勝。業報面前，人人平等，四種姓“名雖不同，體無貴賤”。業報不失，也不會因偶像崇拜和巫術咒語而有所改變，祭祀決不能去罪得福，婆羅門不享有不受惡報的特權。早期佛教主張自作業自受報；自己的思想行為創造自身和周圍環境，一切責任和後果都由個人承擔。這類思想，有時相當激烈，把對婆羅門教的批判推到極端。這一理論要點，在近現代的西方一些思潮中還能發現。
“五陰”、“十二因緣”和“業報輪迴”的思想，在理論上可以概括為“無常”和“無我”。 “無常”指法無常體，沒有什麼永恆不變的事物；“無我”指人無獨立永恆存在的實體。這無常、無我之說，構成早期佛教“空”觀的主要內容，也被視作“苦”的本質所在，是世間人生的真諦。
早期佛教的這些說法，反映了客觀事物的部分真理，即發展變化和普遍聯繫的方面，含有相當豐富的辯證法思想；但它否認相對穩定，否認整體有不同於部分的質，特別是否認人在改造物質世界上的能動作用，使這種辯證法導向屈從和悲觀，是一種消極辯證法。
哲學理論上的“無我”說，與宗教教義上需要有一個輪迴的承擔者，有不可調和的矛盾；“無我”說可以使人對自己的行為完全不負責任，“業報”說則教人對自己的行為負全部責任。對這些矛盾，佛教內部進行過多種調解，但始終沒有得到圓滿的解決。